既然福建官府願意主動出力解決海漢力有不逮的後勤運輸問題，那麼海漢這邊也的確就沒什麼其他的後顧之憂了。剩下來需要討論的，就是雙方如何在行動當中能協調一致，做到令行禁止。
這種跨陣營的指揮體系在大規模作戰中無疑是一個難題，而且此次戰場是無邊無際的大海，各支部隊之間的聯絡通信手段往往只能依靠旗語和煙火，戰場上的溝通效率也會受其影響。去年兩次在南日島海域作戰期間，海漢海軍和福建水師多數時候都是分開行動，一個很重要的原因就是因爲雙方在指揮體系上的差異沒辦法在短時間內得到融合。
不過南日島戰役之後的半年多時間裡，福建水師倒是有了不少機會和駐金門島的民團海軍一起合練。加上福建明軍中本來就有不少將官曾經接受過海漢的短期軍事培訓，合練起來進度倒也不慢。時至今日，提前數月到金門島與海漢海軍合練的數艘海漢造戰船已經基本能夠跟上海漢的節奏了。
但這也僅僅只是福建官府此次參戰的其中一支軍隊而已，此次將要出動參戰的船隻將多達三百餘艘，與海漢海軍提前進行過合練的不過十之二三。當然了，福建水師並沒有這麼多戰船可用，其中有一多半是從漳泉兩州臨時徵調的民船，在戰時充當運送士兵和物資的工具。而這些臨時徵調的船隻在此之前並沒有經過專門的訓練，福建水師所能做的也就只是派出一些水兵到這些船上去擔任領航和指揮。
如果在海上爆發大規模的混戰，這些船隻未必能如臂指使地發揮出應有的作用，反倒是容易因爲溝通不暢而拖了自己人的後腿。因此在開戰之前，雙方就必須要先商定一些戰時溝通、辨識身份以及處理突發狀況的辦法。
4月17日，福建明軍的參戰部隊也基本完成了集結，水陸兩軍都已經在中左所做好了開戰前的準備。而福建官府爲此所調集的各種作戰物資，也正源源不斷地送抵中左所和金門島兩處軍事基地。
近日漳州泉州的大規模人員物資調動並沒有進行掩飾，而這樣的大動作也瞞不過海峽對面的澎湖。事實上在海漢大部隊開進福建當天，就已經有消息傳回到澎湖。
海漢民團大部隊的到來對於十八芝來說絕對是一個壞到不能再壞的消息，儘管在此之前鄭芝龍等人對於局勢惡化到這樣的程度已經有了一定的預計，但心裡難免都還存有一絲僥倖，認爲海漢的動作或許不會這麼快。當這天真正來到的時候，十八芝上上下下還是陷入到了難以抑制的恐慌之中。
在消息傳開的當天晚上，就有三艘船無緣無故地從馬公港消失了。雖然這些人沒有在離開前留下隻言片語，但留下的人卻在紛紛傳說離開者就是爲了逃避海漢人即將發動的進攻。十八芝的頭目們並沒有及時對這樣的傳聞進行管制，然而過了一夜之後，馬公港又少了幾條船，而這次偷偷溜走的傢伙不但帶走了船，還打着鄭芝豹的名號從島上的糧倉提走了三千斤糧食。
鄭芝龍得知之後自然是大發雷霆，一面派船追捕逃走的屬下，一面將鄭芝豹叫到書房狠狠地訓斥了一通。訓完自己兄弟之後，鄭芝龍倒也沒忘了亡羊補牢，下令澎湖所有港口碼頭進行管制，沒有鄭芝龍的手令，任何人不得駕乘百料以上的海船出航。
鄭芝龍現在的處境的確十分艱難，雖然已經與各個大頭目商定了撤往海外，但撤退計劃一直未能完全定下來。毫無疑問，對岸如果知道十八芝選擇撤離，很有可能會銜尾而至，趁十八芝撤退期間發動進攻。而十八芝在澎湖有上萬屬下，加上家屬足足有三萬人上下，並不是一朝一夕就能全部撤走的。留下來墊後的，很可能就會被對岸的大軍給堵在澎湖。
爲了能夠早日定下撤退的計劃，鄭芝龍不得不自己先站出來，從他的直屬人馬中抽出一千人負責墊後，而其他各家頭目則通過抽籤的形式，抽出四家來再湊一千人，總計兩千人留在澎湖主島上，作爲最後一批撤離的人員。同時鄭芝龍也特地派了數艘快船前往漳泉附近海域，監視聯軍的動向。
而海峽對面的聯軍自然也沒有閒着，加緊了在海峽內的巡航力度，雙方在四月中旬的短短數天之中，就在海上交手了好幾次。不過十八芝一方明顯吃虧多一些，因爲聯軍派出來巡航的船隻幾乎都裝備了產自海漢的火炮，而十八芝的偵察船爲求輕快，船上基本不會配備任何重武器，雙方一旦接近到一定的距離，聯軍一方的火炮就會讓十八芝的海船嚐到只能捱打不能還手的滋味。
到四月下旬，十八芝的船已經不敢在白天靠近金門島附近海域進行抵近偵察，只能選擇入夜之後才從比較遠的地方駛到近處進行觀察。這樣的偵察效果自然好不到哪裡去，只能大致地判斷出聯軍一方的艦隊規模。鄭芝龍所獲得的報告，也只是三百到五百艘船這樣一個比較模糊的數字。
儘管十八芝手頭可用的船遠遠不止三五百艘，但鄭芝龍也明白自家的船跟對手的船比起來並不在一個實力層面上，南日島的教訓已經充分表明了雙方的實力差距，鄭芝龍也並不打算再用自家的海船和兒郎白白去給對手刷戰績了。
四月底，去琉球和浙江考察環境的兩支船隊也先後回到了澎湖。浙江方面傳回來的消息讓十八芝的大頭目都是心中發涼，沿海島嶼較多的台州府、寧波府都加強了對近海的防禦力度，甚至要求島上的住民暫時回遷到大陸上，避過這段風頭再說。而浙江方面的反應如此之大，據說就是來自於福建官府向其提供的資料，表明了十八芝將在四五月之間攻打兩省的鬆門衛、昌國衛、觀海衛等地。
鄭芝龍當時就在書房裡摔了價值數百兩銀子的海漢制崇禎元年限量紀念版五彩玻璃硯臺，大罵海漢人心狠手辣不是東西。作爲當事者，他當然很清楚十八芝並沒有在近期大舉攻打浙江海岸的計劃，雖然派出了船隊前往浙江勘察，但目的也僅僅只是希望能在浙江近海拿下一兩個無人島，以作今後貿易中轉所用。然而海漢人制造出的這個虛假消息，卻使得浙江官府神經緊張，加緊了對沿海地區的防禦部署，使得十八芝很難再在浙江沿海順利立足——至少在近兩個月是不太可能了。
十八芝當然也可以選擇強行攻打，但問題就在於已經輸不起，一旦戰事不利，連後退的地方都沒了。鄭芝龍不敢冒這個風險，所以只能把注意力投向琉球，那裡基本算是十八芝的最後一絲希望了。
琉球羣島所在的位置位於臺灣島和日本之間，有大小島嶼一百餘座，在元末分爲中山、山南、山北三個獨立的政權，其中以中山國的勢力最爲強大。
明洪武五年，即公元1372年，明王朝派出使臣楊載出使琉球三國，並分別冊封了三國的國王。而三個小國也都明確表示向大明稱臣納貢，成爲大明的藩屬國。1429年中山國興兵滅了另外兩國，定都首裡城，統一了整個琉球。
不過因爲琉球王國自身的實力虛弱，在此之後仍多次遭受外部勢力的入侵。17世紀初日本德川幕府讓薩摩藩率軍入侵朝鮮，薩摩藩的藩主島津氏向琉球敲詐軍費，遭到拒絕之後，島津氏派出大將樺山久高率部入侵琉球，俘虜了琉球國王尚寧，並迫使其答應了每年向薩摩藩輸送糧食8000石的條件，從此琉球也開始向日本的薩摩藩和江戶幕府朝貢，成爲了“一國兩屬”的狀態。
對於十八芝來說，琉球王國所擁有的防禦力量比起早幾年被動挨打的福建水師尚有不如，要直接攻打琉球島也並非不可能的事情。只是琉球島距離澎湖的距離太過遙遠，航程是澎湖到漳泉兩州的六七倍之多，直接向當地發動攻擊的難度還是稍顯大了一些。而且還有一個讓十八芝不能忽視的顧忌，就是琉球也是日本幕府的藩屬國，焦頭爛額的大明或許並沒有心情來顧及海外藩屬國的狀況，但日本薩摩藩可不會對這個地方的得失坐視不理，畢竟這裡每年進貢給薩摩藩的糧食和財物，對島津氏而言都是一筆不菲的財富。
如果十八芝正面攻打琉球國，那薩摩藩介入戰爭的可能性將非常大。雖說鄭芝龍也不是那麼畏懼薩摩藩，但在逃亡的狀況下，能夠避免交戰就還是儘量避免比較妥當，畢竟十八芝可供戰爭消耗的資源已經十分有限了。
另外考慮到遷居過去之後，今後還要設法和日本幕府保持貿易關係，冒然與薩摩藩產生摩擦也並不是一個明智的選擇。因此鄭芝龍的考察目標並不是琉球王朝所在的主島，而是在琉球島西南約140海里處的宮古島。
宮古島位於琉球羣島西南部，距離福建約300海里，島上地勢平坦，加上週圍臨近的伊良部島、下地島、來間島、池間島、大神島的陸地面積，已經超過了200平方公里，而其中主島上的有一半以上的土地都可以作爲耕地進行開發。其陸地面積和土地條件，都遠遠超過了陸地總面積不到100平方公里的澎湖列島。另外島嶼西側有多處天然港灣可供開發，對於靠海吃飯的十八芝來說，絕對是一個不錯的落腳之地。
當然最重要的一點，是琉球王國對這裡的統治影響力極爲有限，島上幾乎沒有駐紮像樣的武裝力量，大概琉球國王也根本就沒想過會有誰會冒着得罪大明和日本兩個大國的風險，來搶佔這麼一個沒什麼特別物產的地方。如果十八芝打算佔下這裡，只要直接駕船前往當地，然後展示一下自己的武力，基本不用作戰就可以順利地接收當地的統治權了。
從澎湖前往宮古島需要從臺灣島北部繞過，航程近四百海里。以十八芝旗下的海船平均航速來計算，大概五六天就能抵達當地。不過對於十八芝來說，要將宮古島作爲目標的話，留給他們的行動時間就已經不多了。這不僅僅是因爲海峽對面咄咄逼人的對手，而且還因爲宮古島每年5月中旬到6月中旬都是梅雨季節，海況也將會比較糟糕，對於大規模遷徙的船隊而言並不是一個適合的自然環境。
在經過仔細盤算之後，鄭芝龍將出發的日子定在了農曆立夏這天，即1632年五月五日，爭取趕在梅雨季節到來之前完成這次大規模的逃亡行動。
鄭芝龍沒有急於公開宣佈這個消息，因爲他也知道手下龍蛇混雜，島上肯定會有福建官府的奸細，也保不齊有那貪圖富貴之徒，聽到消息之後就會叛逃報信。因此他定下計劃之後，也只是告知了大頭目當中的鄭芝豹、鄭芝莞、鄭芝鳳、洪旭、甘輝、施大瑄等幾個家人和親信。類似李魁奇、何斌、郭懷一等貌合神離的頭目，鄭芝龍連半點口風都沒有露。
不過世上沒有不透風的牆，儘管鄭芝龍試圖將秘密保守到出發之前兩三天才公開宣佈，但由於十八芝內部的保密制度並不嚴格，相關的消息還是在幾天後就傳揚開了。對於前途惶惶不安的海盜們在得知鄭芝龍已經下定決心不作抵抗就放棄澎湖之後，人心更是難以再凝聚到一起。
4月28日，海盜頭目何斌、郭懷一率部叛逃，一下子拉走了六十多條船和近千人。他們並沒有選擇前往福建投降，而是去往了大員港，選擇投靠荷蘭人。在他們看來，荷蘭人在大員港所興建的熱蘭遮城已經初具規模，遠比跑到千里之外的陌生荒島上可靠得多。