新朝廷將軍政徹底分開了，雖然兵部仍舊是文官管理，但負責的基本是事務，而真正練兵、行軍打仗，全都要靠武官了。八旗體制既然廢除，那麼等於清國軍制需要重新制定，綠營什麼的也沒有存在的必要了。
同樣仿照一部分大唐體制，清朝的軍事制度也進行了大改革。首先，清軍在編制上進行改造，五人一伍，十人一什，這種基層建制沒有變化，不過伍長從屬於什長，實際上什長就相當於班長了。往上基本上爲三三制，三個什爲一排，三個排加連部組成連，連爲百人規模。三個連組成一個營，三個營組成一個標，標爲千人左右的規模，比大唐步兵團要小一半。然後三標爲一協，三協爲一鎮，也就是師級部隊，規模萬人左右，極爲標準的三三制。
不過在軍官稱爲上，還是保留了大批原先清軍的稱號。連長被稱爲連總，營長被稱爲營總，標長官爲標統，協長官爲協統，鎮長官則仍舊是總兵。
戰時可能會將若干鎮的部隊組成一個軍，軍的規模不定，依需求而變化，最高長官爲都統。
清軍也開始使用軍銜制，一開始朝廷官員們和永琰還想搞些大清特色，不過由於未來這支清軍肯定在某些程度上會與唐軍存在合作，所以白南直接否了他們提議，用全球通用的將校尉的三級體制框住了新軍。從少尉排總、中尉連總、上尉營總，到少校標統、中校協統、上校總兵。都統爲少將，中將爲方面軍總司令，上將則爲戰區總司令、軍種司令、總參謀長等。
後面這些將軍自然一時還用不上，因爲實質上現在朝廷直屬之下，是沒有清軍的。
大唐的團長是上校銜，手下才一千五百人，而清軍的總兵手下一萬人，也同爲上校銜。這個怎麼看都是有問題的，不過裡面卻充滿了唐人的考慮，不提清軍的鎮戰術單位其實跟唐軍的團級部隊差不多，而未來如果真的有聯合的作戰，白南是希望以大唐的上校團長，制清軍的上校總兵的，所以職銜上必須跟唐軍軍官平級或者矮一級。
這裡就不得不提一支特別的部隊了，那就是以綠營降兵和直隸良家子弟組成的武衛軍了。在先前的戰爭中，唐軍消滅了十餘萬八旗和綠營，其中一部分綠營已經接受改造和改編，進入武衛軍，而另一部分沒有接受改編的，則連同自己的家人，也就是軍戶，準備移民到大唐本土了。這些綠營軍戶總數在五萬人左右，攜家帶口，基本屬於半強迫遷移的，不過情緒大體還都比較穩定，因爲軍戶都得到了一筆安家費和一些食物供給，也拿到了一些地契。不過綠營軍戶的授田要略少於自願移民，一人八畝，這個也是爲了進行區分。
五萬軍戶的遷移，是國內的強烈要求，勞動力的短缺使得國內要求白南想辦法，將一切可能遷移的移民送往國內，白南就順手將那些不積極加入武衛軍的軍戶一併遷移過去了。直隸本地也有一些人想要出洋，不過相對較少，比起廣東客家人，北方人相對來說更傳統保守，不過人口基數在這裡，也是比較可觀的人口了。
武衛軍一共編制了三萬人出頭，正巧是三個師。在其定位上，最終白南確立了一個原則，那就是，武衛軍名義上受大清朝廷和大唐的雙重領導，但實際上由大唐方面負責其訓練、指揮，軍費等各項開支由大唐支付。這樣一來，武衛軍嘴裡喊着要爲大清效忠，但實際上是吃唐人的糧，事到臨頭聽誰的，不言自明瞭。
而且，現在武衛軍全體上下，一條辮子也沒了，永琰和新朝廷對於這支號稱是大清第一支新軍的力量，絕對沒有幾分真實的信任。不過武衛軍此時仍在訓練之中，遠總指估計至少還需要二到三個月的時間，武衛軍纔會擁有初步地戰鬥力。
此時也不得不提一個問題，白南勾畫的未來大清新軍，絕對不是一支近代化的軍隊，武衛軍這個僞軍且不提，絕大部分的清軍，仍舊會是一支以冷兵器爲主的部隊。可能白南會“善心大發”，給一鎮的清軍配備大約500到1000支sc-2火槍，甚至會有sc1776型線膛火炮18門，但是本質上它不會是全火器化的部隊，而是冷熱兵器結合的特殊部隊。
白南不會傻到給自己找麻煩，他如果用sc-2火槍和sc1776火炮將清軍裝備成一支全火器化的近代軍隊，就算其戰鬥力有限，那麼對於唐軍來說，再也不可能出現京師事變那樣，唐軍一動而清軍兵敗如山倒的局面了。
當然，完全不給新軍裝備火器又是不可能的，因爲原本的清軍就裝備了大量的火器。一方面，一定的火器銷售符合大唐軍工業的利益，美國人、法國人、英國人現在都仿製出了一些類似大唐出口的線膛火槍，清國從大唐這裡買不到，自然會求到歐洲列強那裡。京師事變基本上給了清人一記當頭棒喝，一波開眼看世界的新潮流，白南已然可以預料得到。
另一方面，大唐本身的武器進步水平更快，而裝備大約相當於19世紀中期火器的清軍，絕對沒法全面像二戰時期武器水平看齊的唐軍一樣有戰鬥力。大唐的機械化軍隊，可以做到完全的碾壓。即便是清軍耍花招，截留平均分配給各鎮的武器，裝備個一支特殊軍隊使用，打造成像武衛軍那樣，也絕對沒法在猛虎團、雪豹團這樣的軍隊面前支撐多久。
其次還有一個白南考慮的問題，大唐這一次狠狠地在清國身上咬了一大口。可能已經讓那些歐洲列強看出了這個古老帝國的外強中乾，他們可能不求向唐人一樣佔到那麼多的便宜，但是能多吃一口就是一口。如果清軍實在太弱，在面對外侮的時候，唐人就不得不親自出手站臺，這顯然不符合唐人的利益。另外可以想見在變革時期，國內會層出不窮一些野心家，大唐希望大清在相對地穩定中慢慢瓦解自己的社會結構，所以什麼川楚教亂、太平天國起義、同治陝甘之亂一類的東西，唐人決不能坐視。
十九世紀三次大規模的國內戰亂，每一次的人口損失都在千萬以上，這是白南不能想象的，假設這三四千萬人沒有無謂地死亡，而是移民到了北美或其他地域去，對於大唐未來的發展和影響力擴張，助益巨大。
所以，清軍不能太無能，至少能對付對付亂民和外來侵略者。這又是一個具有一定挑戰的難題，太強了未來唐軍有麻煩，太弱了還是麻煩，掌握適度真不是一件容易的事情。
由於乾隆朝戶部國庫、內務府庫全被唐人給收了，所以現在這個新朝廷是幾乎沒有任何經費的。爲了不至於新朝廷揭不開鍋，永琰只能以關稅作爲抵押，交換了遠總指三千萬兩的借貸。這事兒讓永琰恨得晚上都要磨牙，他知道唐軍搶了國庫和內務府，還把城裡所有滿人的家財都搶了個空，現在他居然還要拿關稅作抵押借原本就屬於自己的錢，年利率百分之三。
白南卻知道，大清市場如果全面朝大唐打開，那麼明年的關稅必然突破千萬兩，隨後會有一個驚人的爆發增長，未來每年五六千萬兩都是常事。連本帶利以關稅償還，三年內恐怕就能將這筆錢還清了。
一心重新壯大朝廷的永琰，爲了一點小錢錢，也算是絞盡腦汁了。最終，他還是扔出了賣官鬻爵這個自古以來屢試不爽的手段。本身現在朝廷和地方官員都特別缺，而一時間靠科舉和其他方式顯然不可能把官員都補齊，那麼爲什麼不靠着這個機會發筆財呢。
無品級公職，五百兩；從五品，一千兩；正五品，二千兩；從四品，三千兩；正四品，五千兩；從三品，一萬兩；正三品，兩萬兩。這次的捐納到正三品爲止，都怪白南給新朝廷一共才定了十個官員等級，這買官賣官起來也是在不方便。
不過永琰也不敢太過，所有的捐官買的是品級，如果要入職，必須進行考覈，這個考覈相對科舉要容易很多，當年順治時期也是這樣的。考覈通過之後授實缺，保證人人都有官位，如果真的有能力，二萬兩捐一個知府也是很有可能的。不過要是想要捐到省政府裡，那就得多交一萬兩了，雖然捐不到巡撫這樣的大員，但是省局中的副職說不定是能捐到的，比如一個什麼省農業局副局。
如果你有錢而且心大，五萬兩，一步到位，進京朝廷入職正三品，皇上也說不定見得到，也許一朝受寵信，就爬起來了。
白南在看到永琰制定的新捐納計劃之後，也是極爲無奈的，不過他並不反對。一方面，新朝廷中都察院的反貪智能大大加強了，很快官員們就會發現，養廉銀沒有了貪污被發現後果嚴重。這個捐官的回報率就堪憂了。
而捐官之後大肆斂財，一定程度上激化社會矛盾，又是大唐希望看到的。