第二平行宇宙的戰事告一段落，時空戰艦的蟲洞封鎖消除，五大勢力心照不宣的回到屬於自己的統治範圍。
經過第二平行宇宙的一系列變故，整個平行宇宙的戰爭瞬息銷聲匿跡，包括冥界雪宮在內，所有掌權者都在徹查自己的內部。
時空戰艦在第十一平行宇宙自爆，重演了異世界發生的那一幕，神族聯盟在搜查無果後只能放棄，索恩就如同蒸發一般，沒有人知道他的下落。
而此時歷經獨眼巨人摧殘的青龍族主城，也在緩慢的重建中，諸族在斬殺獨眼巨人的戰鬥中將這座古城摧毀大半，歷經磨難的青龍族白龍族衆人在如此這般情況下也終於撇去前嫌，兩族之間的裂痕得以消除。
玄武飛船停靠在被破壞掉的青龍大殿殘骸上，苗條俊一行人走下飛船，看着毀於一旦的青龍城，心情異常複雜。
戰爭帶給人們的，往往都只是傷痕，沒有人希望有戰事，卻又無法制止戰事，看到青龍城的慘狀，身爲超獸戰士的苗條俊一行人，自知自己仍然是任重而道遠。
衆人到達青龍城廢墟不久，火麟飛、龍戩、龍瑩也來到這裡。
該來的事情終究會來，在命運的驅使下，超獸戰士必定要再次攜手，爲平行宇宙的將來做出他們應有的貢獻。
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沃是萬惡分割線
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一行人聚集在玄武飛船的時候，時間也到了深夜，確切來講是平行宇宙間重合七天時間的第三天深夜，留給超獸戰隊的時間已所剩無幾。
所幸的是龍戩解救龍瑩的時候，在關押的地方一併找到了劍龍和龍飛，青龍城繁瑣事務他們兩個自會處理，苗條俊一衆人也就沒有必要在第二平行多做停留。
而根據神殿傳遞來的消息，距神域之門開啓的時間僅剩下一天，超獸戰隊可直接前往第十二平行宇宙去，值得一提的是神殿發生鬼谷也出現在那裡。
苗條俊和衆人簡單商量過後，決定先去第五平行宇宙找到天羽，然後與冥王等人一同開赴第十二平行宇宙。
……
與此同時，神域之門將要開啓的事情如同颶風一般席捲平行宇宙。
鬼王陣營所屬火翎、青黎、溟空昱接到鬼谷的命令，即刻動身趕往第十二平行宇宙與他匯合。
神殿幾個祭祀也接到墨麒麟先知的命令，明皇率領夜家兄妹、獅鷲王、暗月、殘陽及三個分身隨即前往第十二平行宇宙。
定居在第十二平行宇宙的神鳳族、聖麒麟族、黑暗妖龍族那更是忙翻天，他們要爲前來的其他勢力成員安排暫居之地，又要確保魔族不會在他們的地盤鬧事。
這萬一處理不好，可就會引起爭端，再起戰事諸族可承受不起，在第十二平行宇宙對抗獨眼巨人他們都損失太多精銳了。
諸神之門的開啓，對於平行宇宙的任何一方都是大事，因爲這關乎着“神的契約”，而對於時空戰艦的人來說，這也是一個新的契機....
（到這裡終於可以開始正文了，使命最後的一部分劇情可以開始了，要結局了喲。）