萬曆皇帝以爲能將文官集團慢慢的拖垮後屈服自己的意見，但他實在是不瞭解這些文官。批評他的人遠沒有氣餒。用皇帝自己的話來說，他們不顧懲罰以博取當前的名聲。
早在皇帝‘罷工’初期，大理寺評事雒於仁上書批評皇帝，說他有‘酒色財氣’四個毛病。說神宗“嗜酒則腐腸，戀色則伐性，貪財則喪志，尚氣則戕生”。
神宗看了他的上書後大怒，還是申時行代爲解免，纔將他削職爲民。時日一久，萬曆懶惰之名大著。有的歷史學家認爲他的惰性來自先天遺傳，也有歷史學家則懷疑他已經染上了抽鴉片的嗜好。
皇帝遲遲不立太子，導致皇宮內外和全國上下謠言四起。有些謠言還記錄於史書。比如說恭妃王氏是一個年長的女人，在和萬曆邂逅相遇的時候就已經消失了青春。此後她又一目失明，所以不能繼續得到皇帝的寵愛。另外一個故事則說是萬曆病重，自度即將不起，有一天一覺醒來，發現恭妃王氏的胳臂正枕在他的腦袋下，臉上的淚痕未乾，而貴妃鄭氏則無影無蹤。還有一個故事提到了常洛的祖母慈聖太后。她反對皇帝棄長立幼的企圖，爲此和他作了一次專門的談話：
皇太后：“如果你真要這樣做，你將何以向天下臣民交代？”
皇帝：“這容易。我只要說他是一個宮女的兒子就可以了。”
皇太后：“你不要忘了，你自己也是一個宮女的兒子！”
這時國內外形勢危機四伏，楊應龍在西南叛變。脖拜在寧夏造反。日本的豐臣秀吉侵略朝鮮。東北的建州女真，但是北京城裡的文官們最關心的，還是當今聖上一旦官車宴駕，誰將繼他登上萬歲的寶座。
有一位名叫顧憲成的文官，他的同僚王家屏因爲‘爭國本’批評了皇帝，皇帝一氣之下，就罷了他的官。閣臣缺員，照例由吏部會同其他官員“會推”幾個人選供皇帝選擇。而顧憲成等人把王家屏列爲“會推”名單中的第一人選，這不是分明在和皇帝對着幹嗎？不僅如此，顧憲成還得罪了首輔。有一回首輔王錫爵找他談話說：“現在竟有這等怪事！內閣以爲是的，外廷總要反對；內閣以爲非的，外廷卻都成！”
顧憲成針鋒相對回答道：“是啊！現在的事情實在奇怪：天下以爲是的，內閣都要反對；天下以爲非的，內閣卻都贊成。”這樣，他把皇帝和首輔全都得罪了，還能有好果子吃嗎？皇帝降旨：將他“削籍爲民”。這是萬曆二十二年的事。
回家後，顧憲成和朋友高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼等人開了家書院講學。還把一幅對聯掛在門口：風聲、雨聲。讀書聲，聲聲如耳；家事、國事、天下事。事事關心。
明末著名的“東林黨”，形成了！
東林書院將正直的士大夫吸引過去。而這些人自然支持書院創立者的看法，在他們看來，萬曆皇帝對他長子的偏見（這種偏見導致他偏袒他的第三子繼位）是不合乎道德，不合乎禮儀的。他們反對萬曆皇帝立朱常洵爲太子的熱情，不遜於任何狂熱的宗教信徒。
萬曆二十九年，皇帝最終屈服了，皇長子朱常洛被立爲皇太子，朱常洵爲福王。即日詔告天下。次年正月，併爲太子冊妃郭氏。但文官們看來事情還沒有結束。那位掩袖工讒的鄭氏日夜挨在皇帝身旁，誰敢擔保情況不起變化？
但萬曆皇帝在文官集團面前已經充滿了屈辱感和無力感，他對文官集團早就不再信任，現在更是滿懷憎恨，皇帝的罷工持續了下去。
臣僚們抗議的奏章不斷向他提出，他也不加答辯。因爲他知道，只要在奏本上一加未批，不論是激烈的駁斥還是冷靜的辯說，這些硃批和原來的奏摺都要送到給事中的辦公室裡傳抄公佈，這就正好中了那批抗議者的下懷，使他們達到了沽名買直的目的，而暴露了自己缺乏雍容的氣度。最合適的辦法就是把這些可惡的奏本留中，即扣押在宮內不加批示。
於是有良心的官員覺得無法執行他們的任務，只好提出辭呈。萬曆以同樣的態度對付這些辭呈，既不接例慰留，也不準離職。有的官員在盛怒之餘徑自掛冠而去，吏部建議對他們追捕而加以究問，萬曆同樣還是置之不理。
到他臨朝的後期，一個文官自動離職就意味着一個名位已被廢革，因爲不再有人補缺。到萬曆四十二年，政府裡的六部尚書中，現在只剩下一部有尚書了，全國的巡撫、巡按御史、各府州縣的知事已缺了一半以上。皇帝即不批准吏部對官員的升遷，也不批准處罰官員。這等於將政府機構的激勵機制和監督機制全部破壞。
但萬曆皇帝現在已經一無所求，既然愛子不能當上皇帝，那就多給他點零花錢吧。土地稅和人頭稅有明太祖制定的祖宗家法在，不到危急關頭不能加稅。神宗於是徵收商稅，除書籍與農具免稅之外，一切商品交易都收稅百分之三。另外就是臭名昭著的“礦稅”。
神宗派大批太監四面八方的出去收礦稅。只要“礦稅使”認爲甚麼地方可以開礦，就要地產的所有人交礦稅。這些太監無惡不作，隨帶太批流氓惡棍，到處敲詐勒索，亂指人家的祖宗墳墓、住宅、商店、作坊、田地，說地下有礦藏，要交礦稅。結果天下騷動。徵收的財物繳入神宗內庫的只十分之一、太監剋扣的是十分之二、隨從瓜分的是十分之三、流氓棍徒乘機向良民勒索的是十分之四。
萬曆皇帝給福王朱常洵婚娶時，排場闊綽，花費了多至三十萬兩白銀。建築王邸又花了二十八萬兩。
福王去河南就藩時攜帶了大批財物。百姓們默默地看着這個將富裕建立在他們苦難之上的年輕王爺，祈求上天給他懲罰。幾十年後，李自成大軍攻破洛陽，將福王的血和鹿血一起倒入酒中，取名叫“福祿酒”。在明代歷史中，神宗經常被過度地描寫成一個荒唐、好色、懶散的皇帝。從萬曆三大徵看來，神宗絕不是一個平庸的皇帝。雖然，我們可以說他是好大喜功，但是不要忘了，他在給朝鮮國王的信中始終強調朝鮮要力求自保的事實。實際上，神宗對於每一次軍事行動，似乎都充分認識到其重要性。而且，在戰爭過程中對於前線將領的充分信任、對於指揮失誤的將領的堅決撤換，都顯示了神宗的膽略。
相比於萬曆爺跟文官集團的抗爭，崇禎皇帝朱由檢的政治改制則更有目的性，也並不是爲了一己私慾！他是非常的有步驟有計劃的！
從崇禎皇帝朱由檢重生，一直隱忍到今時今日才正式拋出自己的想法，而不是在當初建立皇黨的時候，就一股腦的開始改現代，不可謂城府不深！
因爲重生後的崇禎皇帝朱由檢非常的清楚，要對抗實力強大，以高尚的論調爲掩蓋，實則是一堆八股文造就出來的窩囊廢的這麼一個羣體，自己必須建立一個更加有體系的政黨來加以對抗！
縱然崇禎皇帝朱由檢的這個四不像政黨，還不能跟後世中國強大且偉大的政黨相提並論，但作爲政黨的凝聚力是崇禎皇帝朱由檢所需求的！