西北這邊雖然再打仗，可南北雙方經過幾次談判及各方面的因素，最終達成了以下協定：
由段祺瑞出任內閣總理組建內閣，由黎元洪任中華民國第一任大總統，國號爲中華民國，定都北京，改用民國紀年。
同時頒佈了《中華民國憲法》，其中明確規定用內閣制。
孫文也夠誠信，於3月25日，正式發佈通電宣佈下野，從此跑去天津當寓公。
說實話，這南方妥協，不是因爲孫文、黃興想開了，真的覺得共和了。而是段祺瑞在裡面使了點手段，至於這個手段嘛，很簡單，段祺瑞給廣西都督陸榮廷、雲南都督蔡鍔寫了兩封信並派人給二人送去。信上說只要他發出通電：支持北方條件。便答應給他們兩百萬大洋，兩萬條槍。
大概那個年代的人思想很單純，結果真還答應，並且還真的發出了通電，這兩人一發通電，南方各省的幾個都督也就通通發出通電。
於是孫文與黃興只能無奈宣佈接受北方條件，於是就建立了共和政府，南北實現暫時性統一。
不過這個黎元洪當大總統，其實南方覺得辛亥革命時，他便當了湖北都督，並且還不錯，所以支持他當大總統。而北方覺得這老黎以前也是前清新軍的一個協統，並且最重要的是這哥們兒北上後沒有兵，好控制，所以也就接受了南方的意見。
而黎元洪不知是祖墳風水好，還是老一輩積下的福多，每次都是這麼幸運。
武昌起義時，讓人從自己家的牀底下用槍逼着稀裡糊塗的當上了湖北都督。這南北和談成功後，又被南北方經過一退步，又稀裡糊塗的當上了中華民國第一任大總統。雖然是個圖章總統（就是隻蓋印沒實權的總統）。
人命好了躲都躲不開這句話放在黎元洪身上是再好不過了。
段祺瑞就任內閣總理後，開始組建內閣：
任宋教仁爲交通總長，唐紹儀爲外交總長，熊希齡爲財政總長，陳其美爲教育總長，樑士詒爲警察總長，蔡鍔爲陸軍總長，薩鎮冰爲海軍總長兼海軍總司令，周學熙爲工商總長。
改中南海海晏堂爲居仁堂併爲總理府，改順王府爲總統府。
30日在北京舉行了典禮，在總理府舉行了酒會，各國大使，各地都派來代表前來參加。
4月5日，蔡鍔宣佈：“任職陸軍總長，由唐繼堯任雲南都督。滇軍一切權利歸於唐繼堯。”
不知是蔡鍔與段祺瑞私下籤定了什麼還是真認爲讓他北上就真的是共和了，竟然發完通電後真的決定坐專列北上。
段祺瑞坐專列北上，段祺瑞也真的讓他當上了陸軍總長，並派兵一百保護，其實被軟禁了。
段祺瑞又下令：廢除前清軍制，原來的鎮改爲師，協改爲旅，標改爲團，營繼續爲營，隊改爲連，棚改爲排，改鎮統制爲師長，協統領爲旅長，標統制爲團長，營管帶爲營長，隊官爲連長。
軍銜，領章，肩章的樣式按西北軍政府所提交意見所制。
國旗定爲五色旗，陸軍旗爲鐵血十八旗，海軍旗爲青天白日旗。
頒佈《剪辮令》限全國十日內所有人剪掉辮子。
4月6日陸軍部頒佈了《中華民國陸軍章程》其中規定了一個正常陸軍師下轄兩個步兵旅、一個炮兵團、一個騎兵團、一個工程營、一個輜重營、一個警衛連、一個衛生連。
一個步兵旅下轄三個團，一個團1500人，一個炮兵團下轄一個山炮營，野炮營，榴彈炮營，共1200人，騎兵團下轄兩個騎兵營，一個騎兵營轄兩個騎兵連，一個團共1000人，一個工程營500人，一個輜重營600人，衛生連120人，下轄兩個擔架隊，一個隊20人，醫官30人，醫療兵50人，一個警衛連120人。
但這個章程雖頒佈出來了，但是由於各地編制雜亂真正達到這個章程的只怕沒幾支部隊。
之後老段又統一了軍隊番號並且任命了各省的軍政長官：
一鎮改編爲陸軍第一師，何宗蓮任師長，少將銜，駐秦皇島。
三鎮改編爲陸軍第二師，曹錕任師長，少將銜，暫入東北剿匪。
四鎮改編爲陸軍第三師，吳風嶺任師長兼任熱河都統，中將銜。
五鎮改編爲陸軍第四師，張永成任師長兼山東都督，中將銜。
六鎮與暫七鎮改編爲陸軍第五師，張懷芝任師長，駐河南鄭州，少將銜。原六鎮統制李純改任陸軍次長，少將加中將銜。
直隸混成協改爲陸軍第一混成旅，王汝賢任旅長，上校銜，駐京師，以衛京師之安。
組建蒙古邊防軍，轄三師：陸軍第六師、陸軍第七師、陸軍第八師，徐樹錚任六師師長兼蒙古巡閱使、蒙古邊防軍總司令，授上將銜。七師師長由盧永祥任，少將銜，八師師長由吳光新任，少將銜。外蒙駐六師，七師以防不測，第八師駐內蒙。
張勳的江防軍改爲陸軍第九師，張勳任師長，少將銜，駐徐州。
東北三省所有軍隊，改編爲東北邊防軍，二十鎮改編爲陸軍第十師，張作霖任師長兼奉天都督，中將銜，暫編二十三鎮改爲陸軍第十一師，孟恩遠任師長兼吉林都督，中將銜，黑龍江混成協改爲陸軍第十二師，何豐林任師長兼黑省都督。東北邊防軍總司令由段芝貴任兼巡閱使，授上將銜。
陝西所部一鎮改編爲陸軍第十三師，由陳樹藩任師長，少將銜，于右任任陝西都督，中將銜。
西北四鎮改編爲西北邊防軍，一鎮改編爲陸軍第十四師，二鎮改編爲陸軍第十五師，三鎮改編爲陸軍第十六師，四鎮改編爲陸軍第十七師。尹昌衡任西北邊防軍總司令兼西北巡閱使，上將銜。
雲南十九鎮，改爲陸軍第十八師，由唐繼虞（唐繼堯的兄弟）任師長，少將銜。唐繼堯任雲南都督，中將銜。
貴州所部改編爲陸軍第十九師，由袁祖銘任師長，少將銜，劉顯世任貴州都督，中將銜。
廣西所部改編爲陸軍第二十師，由沈鴻英任師長，少將銜，陸榮廷任廣西都督，中將銜。
廣州二十五鎮改編爲陸軍第二十一師，暫四十九混成協改爲陸軍第二十二師，二十一師長由龍濟光任，少將銜，二十二師長由蔣尊簋任併兼任廣州都督，中將銜。
福建第十鎮改爲陸軍第二十三師，孫道仁任師長兼福建都督，中將銜。
浙江第二十一鎮改爲陸軍第第二十四師，朱瑞任師長，少將銜，暫編二十一混成協改編爲陸軍第二混成旅，由蕭星垣任旅長兼浙江都督，中將銜。
江蘇第九鎮改編爲陸軍第二十五師，由徐紹楨任師長，暫編二十二混成協改編爲陸軍第三混成旅，由艾忠琦任旅長，上校銜，十三混成協改爲陸軍第四混成旅，旅長由魏宗瀚任旅長，上校銜，徐紹楨兼江蘇都督，中將銜。從此不設上海都督，改設上海護軍使，瀘軍改編爲陸軍第五混成旅，旅長由倪嗣沖任旅長兼上海護軍使，少將銜。
南京周圍民軍改編爲陸軍第二十六師，黃興任師長兼南京鎮守使，中將銜。
江西暫編二十七混成協與幾支民軍改編爲陸軍第二十七師，由李烈鈞任師長兼江西都督，中將銜。
湖北所部軍隊改編爲陸軍第二十八師，陸軍第二十九師，二十八師師長由靳雲鵬任，二十九師師長由李厚基任，少將銜。靳雲鵬兼任湖北都督，中將銜。
湖南所部改編爲陸軍第三十師，揚德善任師長少將銜，譚廷闓任湖南都督，中將銜。
安徽暫編三十一混成協與幾支民軍改編爲陸軍第三十一師，由臧致平任師長，少將銜，柏文蔚任安徽都督，中將銜。
河南暫編七鎮改爲陸軍第三十二師，暫編二十九混成協改編爲陸軍第六混成旅，三十二師長由傅良佐任，少將銜，第六混成旅長由曲同豐任，上校銜。由張懷芝任河南都督，升中將銜。
山西所部改編爲陸軍第七混成旅、陸軍第八混成旅，合編爲晉邊軍，閻錫山任晉邊軍軍長兼山西都督，中將銜。
全國大大小小共分了三十二個師，八個混成旅，但從中不免可看出段祺瑞從中動了手腳，各地都有皖系的人，所以這一任命可能會掀起一場動亂。