朱由校的話，是李之藻所沒有想到的，求極宮的事情他當然知道，在他看來，那就是一個喊出‘上下求索’‘君子無所不用其極’口號的一個‘國子監’而已。但想要接着瞭解一下，再深入的東西，卻被錦衣衛攔住了，理由很簡單，求極宮是大明的機密所在，事涉軍事機密。而軍事機密中的神弩機密，讓錦衣衛一次損失了三十多人，這豈是一幫外國人或者外國人教徒能有所涉及的？
在李之藻看來，雖然外國的月亮並不是圓的，但他們的東西的確是值得學習的。不過皇上卻無視這種知識，讓他感到了，這種態度是危險的，一個國家如果連承認自己的短處的勇氣都沒有，那是一種嚴重的不負責任。最起碼紅衣大炮，是買人家國外的吧？
“皇上，草民斗膽請皇上在瞭解了洋人那些知識之後，再行定論。他們的知識，讓他們可以遠涉萬里重洋，可以造出航行如此之遠的船舶；更可以造出紅衣大炮這種射程、威力都如此巨大的武器，若大明仍然以泱泱大國自居，一直固步自封，而斷了交流學習那樣只會讓大明在這些知識方面和那些洋人越離越遠。草民與徐尚書都曾經在那裡學習過，故草民請皇上萬勿如此輕視。”
“嗯，李之藻你的見解的確不凡，在大明能看到如此境界的，恐怕就你和徐愛卿等人了。洋人們在數學、物理、天文曆法等方面，的確有可取之處，這點朕沒有絲毫的否認，尺有所長、寸有所短，取長補短互通有無。這是一個國家必須要面對的，而整天以天朝上國自居，這是自欺欺人。若在科技上也一直的閉關鎖國，那樣的確是錯誤的、不可取的。但你這裡面有些誤會，朕的意思是。這些知識自然科學知識，目前大明比他們只強不差，他們所掌握的還遠遠差與大明。比如徐愛卿所學到的數學、幾何等知識，相較求極宮目前傳授的知識，應該比大明低了一個或者二個層次，目前而言。這種交流的迫切性還不高，若以天主教與交流而言，兩害相權取其輕，朕選擇的是拒絕。”
朱由校看了看李之藻，發現後者相當的吃驚，接着說。“更有一點，你也無須偷換概念，和西方國家的交流，和與天主教的交流，是兩回事。朕當然需要大明去交流，但那是與這些國家的交流，而非天主教。天主教那裡的教宗可以控制、影響這些國家的國王的登基、國策。這實在是朕無法接受的。天主教教宗若想與大明交流，只有一條，不能在大明傳教，朕甚至可以將其當做一個政體、國體看。但傳教，將視爲對大明的宗教侵略，天主教可以以異教徒等對待其它的小國家，但想左右大明，這肯定是不可能的，這個關係你做爲大明人可要搞明白了。”
李之藻的話的確是進步的，按着他的觀點如果一直如此下去。中國開眼看世界，增進和世界科技的結軌，最起碼的不會被世界所拋棄，這種思想可比被洋人打的無還手之力後的清朝，有一些人提出的師夷之技以制夷。要強的多了，也及時的多了。
但傳教的目的是什麼？傳教目的說神聖點就是將福音帶給他國人民，但真實情況呢？
如果要交流的話，朱由校當然的會選擇西方的國家，比如英國、法國等國的皇室，他們代表着國家，而教廷卻影響着他們，用宗教捆綁着他們，這顯然是不正常的。
“振之，（李之藻字）皇上所傳授的知識，比利瑪竇等所知已經高了許多的層次，礙於皇上禁止對別國傳授，故一直均無提及。”徐光啓這時對李之藻解釋說。
“皇上見解的確超凡入聖，知識更是學貫古今中西，草民只能用佩服兩字形容了。但皇上不知如何對天主教是如此的戒備森嚴？天主教和佛教均爲外國宗教，爲何皇上僅以神膚色的不同而認定了天主教不適合在大明發展呢？或者天主教並沒有給大明帶來一點點的負面影響，他們每個傳教士都在或多或少的在大明辦着許許多多的善事，並將上帝的福音帶到大明來。皇上如此，是否太過武斷了。”李之藻對於天主教那是相當的忠誠的，想想看，連父母的葬禮他都能搞成天主教的，可見忠誠到了什麼程度了。所以說出了類似大不敬的話來。
“因爲天主教並不適合大明，”面對着如此，朱由校奇葩的沒有生氣，仍然語氣平和的說着。在他看來只是正常的談話而已，沒有什麼不同。更何況，剛纔李之藻的見解，的確代表着先進士大夫。
“不適合？還請皇上明示。”李之藻一愣，沒想到皇上沒有發怒，反而如此說。
“朕談到了人類的起源問題，大明是以女媧娘娘造人說，而天主教則是上帝造人，那人類的始祖就出現了兩個，一是女媧娘娘，二是上帝。那大明人應該信誰的？難道去信造了白人的上帝而不是造了泥人的黃色人種的女媧娘娘？這是第一個不適合，祖宗的不適。”朱由校有點戲弄心裡的說着。
“回皇上，《聖經》上已經註明了，黃種人是‘閃’的後裔，閃當時離開了歐洲到了亞洲，”李之藻咬着牙說了這話。
“李之藻，去查一下時間，閃出現的時間裡，那時是我中華的何朝代，這種無稽之談，也不要拿出來了。中國人是炎黃子孫，強行的拿過來一人過來當我們的祖宗，這樣的事洋人拿着自己的聖經說事也就算了，但李之藻你做爲一個大明人，卻如此人云亦云，可真是數典忘祖了，你自己認白人當個祖宗，這點是你的自由，卻還要把整個大明人的祖宗都否認掉了，可真是孝順！身爲漢人，一個人硬是過來自認祖宗，不僅僅膚色不同、語系不同，時間不對，這些你不僅僅的不去反駁，還到處的傳播，你的腦子呢？老子化胡說沒學過嗎？這是在罵整個中國，豈有此理！”朱由校的確生氣的說，這種被強認祖宗的話，一箇中國人竟然能信，真是腦子進了大糞了。
“皇上息怒，草民惶恐”這一條李之藻當然也是不太信的，一個民族拿着自己的傳說來到另一個民族說事，這的確是太說不過去了。現在被皇上抓住了，發了一通的火，也的確有些不自在。
“朕再來問你，你剛纔對朕是三拜九叩，對朕口呼‘萬歲’，這種禮節，天主教許可嗎？每年祭孔典禮及喪葬祭拜之儀，對孔子稱之爲‘聖’人，甚至是祭拜祖先牌位之典禮及舉行其它祀祖儀式，這些天主教許可嗎？”平復了一下情緒，朱由校接連的問道。問這個不是沒有目的的，天主教在中國傳教的時候，的確遇到了這些問題，這是和天主教之教義：絕對禁止敬拜偶像及舉行其它祭典，相沖突的。就是傳教的第一個利瑪竇，也不得不把自己當做了‘西儒’來打進了中國的土大夫圈裡，開始了中國式的特色傳教，把這些問題極大的忽視了。
但其死後，就有傳教仕把這些嚴重和教義不符的交給了羅馬教廷，教廷對這些一直反覆着，最終到了康熙年間還在矛盾着，一是禁止，二是向中國的‘舊傳統’低頭，只要不妨礙教徒的根本信仰，可以參加祭孔。而其他的卻沒有解決，直到朱由校的前世。
聽了這些話之後，李之藻大爲驚奇，因爲這正是衆傳教仕的矛盾之處，以前是聽利瑪竇的，但現在卻得聽‘龍華民’的，根本就不是一個意見，甚至是要徹底的杜絕此類和教義違背的事件，把利瑪竇的一切完全的推翻。但皇上這話又如何作答？明擺着，皇上都說天主教不適合在大明瞭，若再把教義搬了出來，說不可以。那不明擺着同意了皇上的說法嗎？若睜着眼睛說瞎話，那肯定是欺君了。這還真把李之藻難爲死了。
“朕知道你不好回答，因爲羅馬教廷都還沒有一個明確的回覆，你更沒有沒法回答。朕以前說過，各個民族都有自己的祖先，都有自己的圖騰，在白人的眼裡，他們的祖先就是那七日可以造人的上帝。而在中華民族眼裡，五千年的文明古國裡，漢人的祖先就是伏羲女媧，黃河流域和長江流域，孕育了我們炎黃子孫。他們的傳說裡有無所不能的上帝、有着天國；而我們則有着三皇五帝，有着天宮，有着玉帝，有着三清教主等等。這些神話都是寄託着對先人的追思，和對圖騰的崇拜。丟棄了自己的祖宗，而去崇拜別人的祖宗、崇拜別人的圖騰，那是數典忘祖，是不孝。無論是你去信上帝還是他的兒子耶穌，或者是印度的佛，都是一樣的，李之藻，朕是見你見識不凡，不想讓你誤入岐途，方如此解釋，好自爲之。”