這一次孟飛領兵攻入倭國，下達了一個讓所有兵將都有點震驚的消息，那就是取消了大中軍以前的許多軍紀約束，什麼燒殺搶掠、強姦濫殺，完全不受約束，前提是隻要作戰的時候聽從命令，不亂來就行，打贏了之後，隨着他們隨便搶，隨便殺，女人隨便玩兒。
這一下這些兵將們有點傻眼，但是很快人類的原始獸性便被徹底他們釋放了出來，日本人算是徹底倒了大黴了。
大中軍所過之處，可以說是嚴格執行了三光政策，燒光殺光搶光，先把那些身強力壯並且願意倒戈投降，跟着大中軍當帶路黨的傢伙收編，然後逼着他們把剩下那些帶把的公的能殺的都殺掉，有些則就地閹掉，然後用鐵絲穿住他們的琵琶骨，穿成串填入運輸船之中，能活下來的就運回國內去，填入到各種勞役營，去做各種苦力，修路、修河，修橋、築城都需要人來幹，正好這些被俘的倭人，就成了最好的勞力。
吃的不講究，只要暫時餓不死就行，住的簡單，天爲被地爲牀，冷的話擠一擠暖和了，實在是架不住凍死了，正好是不錯的肥料，反正這些人不是人，聖上有旨，可以不把他們當人對待。
至於那些年輕的日本女人，則俘虜之後裝船運回國內，大批被通過新成立的教坊司——— ..填入到了勾欄瓦舍之中，充當了妓女，着實招來了不少好色之徒前去嚐鮮，大大的給大中財政增添了一筆不菲的收入，也滿足了很多齷齪的男人的怪癖。
反正現在也沒有什麼日內瓦公約，在這個時代屠殺戰俘，是不會遭到任何人譴責的，也不會招致其他國家的武力干涉，所以東征倭國的大中軍兵將，着實把人性最醜陋的一面給揮灑的淋漓盡致。
於孝天給孟飛下的旨意，是給他兩年時間，把倭國給滅掉，孟飛顯然是個干將，忠實的履行了他的職責，率領着麾下的大中軍和朝鮮僕從軍，用了九個月的時間，便攻克了日本的京都，將被日本人視作爲神的後光明天皇生擒活捉，大中軍縱火燒燬了京都。
德川家光最後集結日本殘存的所有兵力，又召集了所有可以參戰的農民，在承天六年夏天，對大中軍發動了最後一次反擊。
雙方展開了一場鏖戰，整整激戰了四天天，雖然倭軍方面做的是背水一戰，意圖拼一個魚死網破，但是這些臨時徵集的平民組成的倭軍，不管是士氣還是戰鬥技能亦或是裝備質量，都完全和大中軍無法相提並論，甚至於連和那些被充作炮灰的高麗棒子和倭奸自稱的挺刀隊也完全不是一個級別，只能憑着最後的一腔血勇蜂擁而上，這樣的戰鬥已經不能稱之爲戰鬥了，完全可以說是一邊倒的屠殺，七天下來，足足十幾萬臨時拼湊的倭軍成爲了屍體，整個戰場上屍山血海，就連那些久經戰陣的大中軍精銳兵將們，看着眼前這等慘狀，也感到有點不舒服。
七日之後整個倭軍終於徹徹底底的崩潰，殘存的倭人如同雪崩一般的朝着四面八方逃去，而德川家光眼看再無翻盤的可能，在戰敗之際切腹自盡。
至此整個日本的抵抗全部瓦解，只剩下了零星的地方武裝還在做着垂死的掙扎，但是在大中軍和朝鮮僕從軍的圍剿之下，一股股的逐漸被絞殺。
而倭國也就此徹底宣告覆滅。
隨軍的一些大中朝軍中員記錄下了這一場滅國之戰，後來帶回了國內，一些大中朝的官員看到了着一些有關東征之戰的記錄，感覺這麼做實在是太過殘忍，於是向於孝天建言，勸於孝天能下旨阻止大中軍如此暴行。
但是於孝天對此置之不理，並且下旨查沒所有有關東征的書面記載，並且向孟飛下達了封口令，着令孟飛對所有東征參戰的人員，下達封口令，不得將他們在倭國所製造的各種暴行，傳回國內。
整個東征倭國之戰，算上後期對各地的清剿，一共歷時兩年時間，整個倭國基本上沒大中軍全面控制，可以說倭國各地，都被殺的是屍橫遍野，後來以至於連收屍的人都找不到了，無奈之下孟飛爲了避免給大中軍造成瘟疫蔓延，這才下令減少了屠殺，留下一部分倭人，專門收屍，大量屍體就地直接挖出大坑掩埋，靠近海邊的則把屍體直接投入大海餵魚。
後世有史家曾經對這場東征之戰進行了一番考察，當時日本人口總共已經達到了將近五千萬人左右，但是在戰爭結束之後，整個日本據說只剩下了不到五百萬人口，整個人口十去其九，史稱戊子之屠。
即便是後來剩下的這不足五百萬倭人，在後來持續的十幾年反覆的屠殺事件之中，也基本上徹底泯滅，包括倭國留下的各種歷史獻以及諸多建築遺蹟，也都紛紛被泯滅，甚至於連倭國的字，也被禁絕使用，最終導致歷史上東方島國日本，成了一個謎一般的過去式。
因爲後來在東征結束之後，當時的主帥孟飛，下令焚燬了所有在日本找到的字方面的資料，除了極個別的有關技術方面的獻翻譯留存，其餘的基本上都進行了焚燬，同時還下令廢止日，殘存下來的倭人，也全部改漢語，任何人不得再說日語，或者使用日記載事情。
以至於後世的史家，基本上找不到有關日本歷史的記載，這個民族在大中朝承天年間，就如同人間蒸發了一般，徹底的泯沒在了歷史河之中。
後世史家只能從一些大中朝的地方歷史記載之中，尋找到一些有關倭奴方面的記載，只知道在這一段時間，大中朝曾經發動過一次大規模的徵倭軍事行動，但是具體發生了什麼，都沒有詳細的記載，彷彿經此一戰之後，倭國如同人間蒸發了一般，只能從其它一些國家歷史獻之中，尋找到有關倭國的一些記載。
當然於孝天想要從這個世界上徹底滅絕倭人，也並不可能，因爲這個時代因爲日本禁止天主教在日本傳教，並且迫害當時日本的天主教徒，逼迫不少日本的天主教徒離開了日本，逃亡在外，分佈在東南亞很多地方，於孝天即便是滅了倭國，也無法徹底將這些流散的倭人全部幹掉，導致了部分流散的倭人得以了倖存，多多少少的在世界上留下了一些倭人的遺種。
大中朝一些地方史之中記載了當時在承天年間，東征倭國之戰以後，大中朝各地都出現了大量的被閹割的倭奴，在各地從事最艱苦的勞役。
這些倭奴在承天年間，可以說爲大中朝本土的基礎建設做出了巨大的貢獻，也付出了極其慘重的代價，因爲他們都是被閹割過的人，期極其沉重的勞作，使得他們死亡的很快，僅僅十年之間，這些倭奴便基本上全部死亡，而且他們無法留下任何後代。
在這一時期，大中朝的色情業也得到了極大的發展，大中朝各地涌入了大量的倭女，被充入到了各地官辦的妓院之中，同時一些私人妓院，也打量購買了許多倭女，但是隨着這些倭女年老色衰之後，漸漸的也就退出了妓院，嫁給了一些窮人，或者有錢人爲妾。
後世之人只是從一些據傳是這些倭女生下的後裔那裡，多少流傳下來了一些有關當年大中軍東征倭國，所製造的一些慘案。
在二三百年之後，一些考古家在後世已經改稱爲東海省的舊日本的一些地方，發掘出了大量的萬人坑，特別是在京都一帶的地方，曾經發掘出來了一個超大型的萬人坑，根據面積和單位面積之中屍骨的數量，大致判斷出這個超大型萬人坑之中，起碼填埋的屍體，超過了十萬人之衆。
還有一些山谷之中，後世也發現了大量的白骨，數量根本無法進行統計，總而言之，在大中朝承天年期間，舊時的一個曾經被稱作日本的國家，就這麼像是人間蒸發了一般。
而那些當年參戰的大中軍兵將，在回國之後，對於他們在東征期間所作所爲，絕大多數人都閉口不談，甚至連家人詢問，也絕不肯多說他們都做過什麼事情。
只有極少數人，偷偷的記載了一些有關這次東征的一些他們的所見所聞，還有他們親自幹的事情，後來被他們的子孫後代，流傳到了後世，成爲了對於這一段歷史極少量的字記載，證明了在承天年間，大中皇帝於孝天，曾經下旨對一個民族，進行了一次慘絕人寰的大屠殺，將一個曾經自稱大和的民族，徹底從這個世界上抹殺掉了，甚至連他們存在的歷史，也隨着一起被抹殺掉，以至於這個民族，成了後世很多好奇的者心中的一個謎。
後世有史家評價於孝天的一生的時候，說於孝天乃是一個天縱之才，同時也是一個手上沾滿血腥的劊子手，可以說是一個非常非常的矛盾結合體。
一方面他對華人宅心仁厚，出臺了非常多惠及廣大普通民衆的政策，但是同時他也是一個極其兇殘的人，在他在位期間，曾經滅亡了很多個國家，甚至是滅絕了很多個民族。
而歷史上東征倭國之戰，可以說是他人生之中，幹過的最爲殘忍的一件事，雖然後世之人知道曾經歷史上的倭國，有過很多劣行，在大明朝的一二百年之間，有大量的倭寇活動於中國沿海一帶，曾經給中國沿海一帶的百姓造成了極其慘重的損失。
但是相比於孝天后來屠滅了整個倭國，滅絕了史上自稱爲大和民族的行爲相比，卻可以說用千倍萬倍以上的手段，報復了這個民族。
很多人想不通，作爲一箇中國曆史上最偉大的明君，於孝天爲何如此痛恨這個大和民族，以至於滅掉了倭國之後，甚至還要把整個大和民族給滅絕掉，這件事也最終徹徹底底的成爲了一個不解之謎。
就在東征倭國之戰，還沒有最終結束的時候，承天六年初，於孝天離開了京師，親自前往了大連造船廠，參加了一條船的下水儀式。