果然，錦衣衛鎮撫司奉聖上旨意，又受嚴氏父子囑託，開始審訊吳時來。吳時來是個文人，也很硬氣。“誰人指使？沒有人啊。”“你們想想，此前彈劾嚴嵩，哪個有好果子吃？我料定我必死無疑，就是拙荊也不敢告知，怎會受人指使？”連續拷問幾天，吳時來翻來覆去，就是這兩句話。
鎮撫司官員見問不出名堂，便嚴刑拷打，幾天受刑下來，吳時來身體不支，便說：“願招。”那審理的官員大喜，換了一張笑臉：“只消招出指使人，保管閣下安然無事。”吳時來一本正經說：“太祖皇帝設置言官，就是讓言官彈劾，規定期間毫無彈劾舉動，便有刑罰侍候。我彈劾嚴嵩是太祖皇帝神靈的指使。”吳時來自然又遭一頓暴打。
這樣反覆拷打，吳時來不斷“願招”，而他的招供令鎮撫司官員哭笑不得。閒話少說，總之，吳時來一會兒招供說：“我自幼讀孔孟之書，孔孟教我爲臣須忠，忠就該知無不言，這是孔孟的指使。”一會兒說：
“上天賦正人君子忠義之性，忠則知無不言，言無不盡，如此說來，是上天的指使。”又說：“是唐代魏徵的指使，他託夢給我，爲臣應該直言……”反正招來招去，就是不說徐階指使。連嘉靖也啼笑皆非，反倒覺得吳時來聰明過人。而張翀、董傳策也絕無招供。三月之內，每當吳時來吃刑不過，迷糊中耳聞隱隱約約的木魚聲，遍體的傷痛頓時減輕。
三個月下來，審訊毫無進展。
三個月的最後一天，徐府中日日聽慣了的木魚聲、誦經聲忽然戛然而止。徐階和夫人覺得詫異，趕忙走進小知也的臨時禪房，只見小知也站起身來，雙掌合十：“阿彌陀佛，徐施主災星已消，貧僧該告辭了。”過了許久，徐階才省悟，四張口者，嚴氏父子也。當年嚴的寫法是“嚴”。一張天口者，吳時來也。四口戰一口，吳時來勝出。嚴氏父子無奈，只得把“戊午三子”發配邊遠地區充軍收場，徐階逃過一劫。
“戊午三子”的彈劾風波，使嘉靖、嚴嵩、徐階間的關係產生了微妙的變化。嚴嵩不是說“戊午三子”背後肯定有人嗎，酷刑拷問三月之久，未見其人，看來嚴嵩不是判斷有誤，就是陷害徐階，嘉靖開始對嚴嵩產生了厭倦感。本以爲是徐階指使，原來徐階倒是個正人君子，嘉靖對徐階產生信任感。經過此番風波，徐階終於醒悟，正邪不兩立，冰炭不同爐，爲國家社稷，爲天下蒼生，該設法剷除嚴氏父子這兩顆毒瘤了。
“戊午三子”的彈劾，使嚴嵩覺得有失尊嚴。同時，審訊三月仍未達預期目的，嚴嵩氣焰矮了不少，他上章請求罷職。嘉靖給嚴嵩面子，予以挽留。
此年國家仍無寧日。王直被誘殺，義子王滶憤慨之極，與倭寇舊部重新結聚，四處竄擾。新起的幾股倭寇劫掠台州、溫州，轉犯福州、泉州。而北邊的濟農，率軍三萬，入侵永昌、諒州、甘州、宣府。遼東發生了饑荒，安慶的饑民聚衆爲盜，與安慶守備黃佐激戰，黃佐兵敗被殺。
大明王朝從嘉靖三十七年（公元1558年）開始，頹勢已經積重難返，內憂外患，民不聊生，可以說國家到了崩潰的邊緣。