一個在宦海沉浮四十多年的人，一個曾爲一人之下萬人之上的人，而今成了一老人，雖然滿腹孔孟之書、陽明心學，不料想卻成了崇佛的善信，着實令人傷感。
退田事未了，疏浚吳淞江的奏本已然允准。海瑞以應天十府之財力，自籌工程費用，不動分文國帑，朝廷焉有不準之理。
經過緊鑼密鼓的準備，隆慶四年（公元1570年）正月初二，疏浚工程啓動，徵集來的二十餘萬民工，在吳興、吳江、崑山、青浦、嘉定五縣全長八十餘里的吳淞江一字兒排開，以排山倒海之勢清淤、挑泥、築堤，嗨喲嗨喲的號子聲響徹雲霄。海大人親臨一線指揮，足跡遍佈吳淞江全線，掐進度，查質量，沒日沒夜工作，熬紅了眼睛。歷時四十七天，到二月二十日，疏浚工程全面告成。一不做，二不休，海瑞調過頭來，組織民工北開白茆河，到三月底，白茆河全線疏通。太湖之水，得以奔騰入海，倒塌民居，得以修補，災民復歸，補種蔬菜雜糧，只盼收穫了。
應天府尤其是蘇鬆兩府百姓歡欣鼓舞。但是反對海瑞的聲音也響起來了。
隆慶四年（公元1570年）春，刑部都給事中舒化，起而彈劾海瑞拘泥固執，不切實際，不通人情世故，不達政體，不適合處理地方事務，應該安排南京的清閒職務“養起來”。
隆慶帝沒有采納舒化的主張，首輔李春芳是個好好先生，擬旨讓海瑞“撫地方如故”。一浪剛過，一浪又來，緊接着，給事中嘉興籍的戴鳳翔又奏了一本，論海瑞“不諳吏事”，“庇奸民，魚肉縉紳，沽名亂政”。同時列舉海瑞諸多不近人情的事例，兩任妻子先後被休，七個月前，家中一妻一妾同時去世，疑似謀殺。修身齊家治國平天下，家也不齊，何能治國？
應天十府是國家賦稅重地，大明嘉靖時，這十府的賦稅佔全國十三道（省）的二成半強，應天一亂，國家財政命脈受到威脅。此時高拱剛由張居正薦重返內閣兼掌吏部。高拱對海瑞並無好感。因爲海瑞對自己的政敵徐階草擬的兩詔十分讚賞，此人官居大位，於己不利，就擬旨道：“看得都御史海瑞，自撫應天以來，裁省浮費，釐革宿弊，振肅吏事，矯正靡習，似有懺懺爲國爲民之意。但其求治過急，更張（政變）太驟，人情不無少拂（違背），既經言官論劾前因，若令仍舊視事（任應天巡撫）恐難展布（展開工作）。”就是說，不宜留任了。
海瑞氣極，上書自辯，稱戴所指責“無一事是臣本心，無一事是臣所行事蹟”，純屬“誣妄”。還把一腔怒火，燒向朝中衆大臣，怒斥“今舉朝皆婦人也”。首輔李春芳自我調侃說：“滿朝都是女流，那我不就成了老婆子了？”
自辯上奏，引來滿朝文武的憤慨，大臣們聯名彈劾，高拱擬旨批覆稱海瑞“詞稱請歸（辭官），意甚快憤（泄憤），且固執偏見”，“御史官見其輕噪，連名糾劾，誠非過舉”。
海瑞坐在府院正生悶氣，吏部的文書已到，調海瑞南京糧儲，即刻赴任。怒氣沖天的海瑞疾書辭官。海瑞離開江蘇時，沿路百姓歡送，但南京的官吏、鄉紳，卻以手加額，彈冠相慶。對海瑞的應天新政，後人津津樂道。海瑞罷官叫得響，種種傳說不脛而走，離歷史的真相愈行愈遠，豈不可嘆！
其實海瑞何曾被罷官？朝廷認定他“不諳吏事”，調任糧儲，避開了複雜的人際關係，維護他來之不易的良好名聲，也算是一種呵護。況且身爲都察院右僉都御史的正四品大員，調任戶部所屬南京糧儲，實乃平調，但海瑞倔勁上來，他“乞賜臣回籍，永終田裡”。
海瑞在應天功不可沒，整頓賦役弊端，推行一條鞭法，澄清吏治，疏浚吳淞江、白茆河，減輕百姓負擔，這些政績，可圈可點，然負面影響也頗深遠。他審理土地所有權的案件，不做翔實的調查取證，僅按“與其屈小民，寧屈鄉官”的思路行事，連買賣已過五年的田產也強判大戶退還，難免不公，引起新的冤案。他勒令大戶退還“佔奪”之田，蘇鬆常鎮四府鄉官衆多，不加調查，以政令代替法律，致江南經濟秩序缺失章法，引起動盪。水災期間，他又下令佃戶不準向東家交租，債務人不準向債權人還債；責令富戶鄉官留足口糧，餘糧貸於饑民，以致饑民包圍富戶鄉官，索貸糧食，刁鑽者甚至借貸多家謀利，還指富戶存留口糧爲餘糧，強行借貸。這些都成了朝中給事中們的彈劾口實。