徐階的努力漸漸奏效，再次取得了嘉靖的信任，得以以禮部尚書的身份入值西苑的內閣大臣值班室，以備嘉靖隨時垂詢，成了一員不是閣臣的閣臣。就在此時，徐階迎來了驚心動魄的庚戌之變。
嘉靖二十九年（公元1550年），是爲庚戌年。此年八月，俺答率蒙古鐵騎，控弦策馬，突入內地，突破古北口明軍防線，取道通州繞道昌平，以排山倒海之勢，兵臨北京城下，分兵佔領西山、黃村、沙河、大榆河、小榆河。京師危如累卵，百姓惶惶不可終日！朝中大臣驚慌失措，就連嘉靖也有朝不保夕之感。尤其是嘉靖身邊的那些太監，他們在京郊廣置田產，安置在那裡的家人親戚，或被殺，或被虜，財產盡失，便圍着嘉靖哭訴，把本就焦慮不安的嘉靖的心緒擾得越來越亂，理不出一點頭緒。
定下神來，嘉靖想，眼下之急是加強京師防禦。即命兵部尚書丁汝夔統率京營軍禦敵。奉旨後丁汝夔清查軍隊，以便派兵。這一查吃驚不小，名義上十萬餘營軍，實際上僅五萬餘人，竟有一半是虛額，頂了名額，吃了軍餉，人卻都散在那些太監府中、達官衙內、豪紳家中當差呢，甚至還有在外經商的，兵備廢弛啊！無奈的丁汝夔邊向皇上報告實情，邊下令五萬營軍出城駐紮。嘉靖見營軍禦敵毫無勝算，便下令各鎮邊兵入援勤王。
東直門御馬廄的八個太監，被突入的韃靼俘去了，俺答命他們做信使，帶回了求貢書。切莫以爲俺答要求向大明進貢什麼，這求貢實際上是索取，求貢書是俺答開出的退兵條件，自然是獅子大開口。
嘉靖收到求貢書，便在西苑緊急召見嚴嵩、徐階。他手指求貢書問嚴嵩：“嚴愛卿有何高見？”那嚴嵩答非所問：“那只是一羣餓賊，皇上不必擔心。”徐階對嚴嵩輕描談寫的回答十分不滿，便接口說：“賊寇兵臨京師，肆意搶掠，殺人如麻，已不能以餓寇視之了。”嘉靖點了點頭，又問嚴嵩：“求貢書愛卿看到了不曾？”嚴嵩又是答非所問：“那是禮部的事。”一腳把球踢到徐階這兒來了。轉過臉來，嘉靖問徐階：
“徐愛卿有何主意？”“事自然是禮部的事，但一切由皇上聖裁。”“朕這是與你們商議，盡說無妨。”見嘉靖如此說，徐階便回道：“兵臨城下，如果要戰，倉促之間準備不足。眼下只能使個緩兵之計，假作同意求貢，抓住俺答求貢書只有漢文，沒有蒙文，不符慣例，今後難以作爲依據，要他退出長城，用蒙文文書求貢，與俺答耗時間。這期間如勤王兵到，就開戰；勤王兵不到，就只能答應他們的求貢。”嘉靖說：“如果勤王兵幾日內不到，就答應俺答的求貢，皮幣珠玉都給！”徐階說：“俺答的胃口只是皮幣珠玉事就好辦，只怕是給了不撤，繼續討索，還得有個準備。”嘉靖聽後一驚，說：“愛卿可謂深謀遠慮！”過了幾天，勤王兵至，嘉靖下旨開戰，而俺答呢，已經搶掠了不少財物，準備撤離了。
皇城之下開戰，勝了猶可，敗了主帥就有性命之憂。戰是不戰，丁汝夔求教嚴嵩。嚴嵩說：“在邊鎮上戰敗你還可掩飾，在皇上眼皮底下戰敗，皇上豈能不知？風險甚大，俺答飽掠以後，自然會撤。”
丁汝夔採納了嚴嵩的主張，按兵不動，後被嘉靖推出斬首，到了那時，丁汝夔方知上了嚴老兒的當。庚戌之變就以兵部尚書的被斬，落下了帷幕。