畢方濟之所以這麼重視這兩千部西書的下落，根本在於他是一向主張走上層路線傳教，也是“學術傳教”路線，通過傳播學術的手段來發展信衆。
畢方濟本來就是走上層路線的大高手，若干年後他不但獲得了南明隆武帝的極大信任，中國天主教在這一路線的指引上甚至通過瞿安德神父有了一個在中國天主教歷史絕無僅有的成功典範。
趁着永曆帝在外地的機會，瞿安德神父成功對整個永曆帝的整個宮廷進行了洗禮，從兩宮太后到皇后甚至太監都受洗成了天主教的信徒，永曆帝事後也不得對這個事實予以默認。
幾個月之後，瞿安德又對皇太子進行洗禮，讓天主教覺得自己可以借中興之功而在中國生根茁壯發展壯大,甚至培植出第一位信奉天主教的中國皇帝，。
正因爲畢方濟是上層路線的大高手，因此畢方濟也對兩千部西書被盜造成的威脅特別敏感。
徐光啓、孫元化等許多縉紳都是這種“學術傳教”路線所獲得的豐碩果實，而一名縉紳入教往往就代表着整個家族甚至幾個縉紳家族成爲天主教的忠實信徒，而“學術傳教”之所以能取得成果在於東西方科學技術上的極大落差，不管是人文科學、自然科學還是軍事科學，歐洲都領先中國幾百年。
天主教雖然在歐洲處於被動局面，但是在中國卻是以文明與知識的領路人而自居。
而七千部西書來華，可以說是“學術傳教”路線的頂點，金尼閣是費盡了九牛二虎之力用盡了全部熱情在歐洲奔波逾年才辦成了這麼一件大事。
雖然由於南京教案的影響導致七千部西書入華以後並沒有發揮足夠的影響，但是所有在中國的西方傳教士不管是不是學術傳教路線的支持者，都認爲這七千部西書與其包含的西方知識是中國天主教團的最大財富。
但是這兩千部西書的遺失卻可以說是打斷了中國天主教團的幻想，讓他們清楚得認識到現在不僅僅是他們意識到西方科學技術的真正價值，天主教的敵人同樣企圖想走學術傳教的路線。
不然天主教的敵人根本不會關注這些他們可能根本看不懂的書籍，藏在上海的兩千部西書都是拉丁文、意大利文與法文，整個中國能看懂並翻譯這些書籍的明人很可能不超過一百位，對於絕大多數中國甚至是中國的官僚們來看，這兩千西書根本毫無任何價值。
可是王真潔既然放棄那些價值更高的金銀珠寶，而是直接從徐光啓家中劫走這兩千部西書，就代表她手上不僅僅認識到這兩千部西書的真正價值，而且手上也有一批能夠翻譯解讀並開發利用這兩千部西書的精英人才。
她與她背後的教團跟那些對天主教一知了解等於盲人摸象的邪教徒不同，對天主教即使不是瞭若指掌也是知之甚深，他們本來就是中國的本土教門最接地氣，若是走學術傳教的上層路線就等於打斷了天主教的脊柱。
而孫元化則是回答道：“多半是與海北鎮有關，除了海北鎮，誰會對這兩千部西書有這麼大的興趣？而且這兩千部西書運到上海本來就是作爲與海北鎮談判的籌碼。”
大多數中國士大夫和官僚並不知道這七千西書是什麼，也不願意深入瞭解這七千部西書的真正價值，即使有個別士大夫知道這七千部西書，也以爲是奇淫巧技不上大雅之堂，當今中華之世，真正十分看重這七千部西書的大人物只有海北鎮的柳鵬柳總兵。
但是這位柳總兵可不是天主教眼中最合適的合作對象，雖然他在自己的土地不斷引進西方技術，並有多位歐洲顧問替他效力，可是柳鵬對天主教了解很深而且有着很深的警惕心，因此他提出的合作條件也讓天主教覺得左右爲難。
雙方雖然都有合作的誠意，但是談判一直進行不順利，而且伴隨海北軍發展的蒸蒸日上，海北軍提出的合作條件也變得越發苛刻起來。
但不管海北鎮提出怎麼樣的苛刻條件，畢方濟都認爲柳鵬是天主教在中國最合適的合作對象，即使柳鵬堅持自己後宮如雲，絕對不會加入主張一夫一妻的天主教，但是畢方濟仍然對柳鵬寄以厚望。
正是因爲在畢方濟的堅持之下，中國天主教團纔會從澳門轉移兩千部西書到上海，沒想到這批西書抵達上海沒有多久就被王真潔劫奪而去。
而孫元化所說的這一切卻是畢方濟最擔心的現實，這位叫作王真潔的魔女可能用這批西書作爲籌碼跟柳鵬達成進一步合作，因此他只能下了決心：“我會請丁宮丁專員幫我打聽這批西書的去向，他雖然不是天主教徒，但卻是我們的老朋友！”
只是孫元化卻是毫不客氣地說道：“畢方濟神父，您不應當對這些異教徒抱太多的幻想，你應當把全部的希望寄託在保祿身上，他將有一番驚天動地的大作爲，保祿纔是聖教在中國最重要的柱石！”
保祿就是徐光啓的聖名，也是聖教三柱石中最重要的一位。
孫元化繼續訴說着他對於海北鎮的種種不滿：“海北鎮雖然說願意與我們好好談判，但是他卻要求我們把七千部西書全部轉移到龍口去，雖然可以繼續在我們的控制之下，但是我們不能阻止他們利用這些西書，甚至還要全力他們翻譯出版這些西書！”
“而且即使我們答應如此苛刻的條件，也得在三年之後才能在山東進行自由傳教！”
這纔是孫元化對柳鵬與海北鎮最不滿的地方，即使天主教付出這麼多代價，可是從柳鵬那邊得到一句三年之後才能傳教的空口承諾而已。
畢方濟只能搖了搖頭說道：“我也知道這樣條件近於屈辱，但是難道我們要答應柳總兵讓鄧玉函去山東爲他效力？”
一提到這個問題，孫元化還陷入了沉默之中，他現在也算是中國天主教的核心人物，雖然比不上徐光啓擁有決定或否定中國天主教任何一項重要事務的權力，但是天主教在中國的任何機密他有權第一時間知曉。
柳鵬對於與天主教合作提出兩個不同的條件，一個是七千部西書爲合作基礎，可以說是十分苛刻，另一個合作條件卻可以說是寬鬆至極，但是卻要求鄧玉函到山東替柳鵬服務，只要鄧玉函開始替柳鵬服務，那麼天主教就能在整個海北鎮控制內自由傳教。
但是畢方濟與金尼閣這些中國天主教的最高層人物在得到柳鵬的承諾之後，卻是第一時間拒絕了柳鵬對鄧玉函的提議，而是決定將雙方合作的基礎建立在七千部西書之上。
他們寧願把這七千部西書交給柳鵬，也不願意讓鄧玉函替柳鵬效力，如果說徐光啓是中國天主教最重要的柱石，那麼鄧玉函就是中國天主教最重要的瑰寶，鄧玉函的知識註定只能爲中國的皇帝服務才能發揮出他最大的價值。
因此一提到鄧玉函的名字，孫元化就變得沉默起來，他不知道應當怎麼回答畢方濟，但是正當他準備組織詞彙的時候，突然有人插嘴說道：“只是爲一位中國領主服務而已，你們想得太多了，我已經下定決心，馬上就去山東！去山東傳播主的光輝。”
一聽鄧玉函所說的這一切，不管是孫元化還是畢方濟都是大驚失色，孫元化一把就抓住了鄧玉函的手說道：“鄧玉函，你瘋了嗎？這件事我們應當請示金尼閣神父與保祿！”
只是鄧玉函卻有着自己的判決標準，他告訴孫元化與畢方濟：“我是神的子民，既然神讓我去山東替這位柳總兵服務，那就不能拒絕神的召喚！”
畢方濟卻是明白鄧玉函的心情，他再次詢問鄧玉函：“鄧玉函神父，你真已經看到神的召喚嗎？”
鄧玉函斬釘截鐵地回答道：“沒錯，我已經看到了神的光澤照耀中國的大地，我爲這些年在中國殉職的教士與信衆而驕傲！”
這個日耳曼傳教士的聲音裡充滿了虔誠與犧牲，也帶着無限的聖潔與光輝，畢方濟知道自己不能拒絕鄧玉函的意願。
畢竟與鄧玉函一起啓程赴華的西方傳教士有二十二位之多，但是跟着他一起活着抵達中國的傳教士卻只有八位而已，讓鄧玉函鬱鬱寡歡的不僅僅是這次遠航給他帶來的疾病，而是即使付出瞭如此驚人的犧牲，他仍然不能在中國傳播主的輝煌與文明的智慧。
由於南京教案的影響，鄧玉函並不能在中國自由傳播文明的光輝，甚至連金尼閣用莫大熱情運來的七千部西書大部分都只能留在澳門不能發揮用處，讓鄧玉函覺得自己萬分愧對那些一起渡海來華而死於途中的教友。
因此畢方濟不得不提醒鄧玉函：“那位柳鵬柳總兵是一位集睿智、狡猾、陰險、勇敢、固執、殘忍於一體的異教徒！”
只是鄧玉函卻是微笑道：“畢方濟閣下，您在是說薩拉丁嗎？還是說阿提拉？”