兩廣總督蕭彥與廣東巡撫戴耀要求駐守香江澳門的劉慶出兵協助廣東總兵李棟清剿廣東沿海各府縣零星倭寇海盜。
劉慶率六千水陸大軍從澳門香山澳出發，沿途清剿廣州府、肇慶府沿海一帶大小七八夥海盜，海盜們面對義軍來勢很快的戰船根本無法逃脫，紛紛選擇投降。
劉慶按照主公陳瀚的一貫做法將不太順服的海盜首領頭目盡數秘密處決，將大部分海盜嘍囉收編，劉慶麾下兵力增加到近兩萬。
廣東總兵李棟命雷、廉遊擊將軍陳居仁出兵配合清剿海盜倭寇，陳居仁率三千官軍清剿雷州府海寇，海寇紛紛逃竄至廉州府，迅速合流爲一夥，大肆劫掠廉州府潿洲島一帶珠池（珠母海，今北海）珍珠。
駐守潿洲島的首任潿洲遊擊將軍陳震負責守護珠池，陳震率兩千明軍對進入珠池的海盜倭寇發起進攻，海盜倭寇大肆劫掠一番後紛紛南逃瓊州府，陳震隨後追殺而去。
覬覦珠池的賊人團伙衆多，萬曆十七年就發生過一次大規模盜珠大案，明廷因此才設置潿洲遊擊將軍鎮守珠池。陳震擔心被其餘盜珠賊趁虛而入，不敢貿然離開潿洲島珠池一帶。
海盜倭寇流竄至瓊州府，夥同當地海盜洗劫瓊州府，更是一舉擊敗瓊州府官軍，瓊州府文武紛紛組織軍民據城堅守。瓊州府官兵經常被較大海寇團伙擊敗，瓊州府城數次被攻破，更有生黎不服王化作亂，因此在瓊州府做官風險較高。
潿洲珠池中的珍珠財富使得亡命之徒紛紛覬覦已久，接連不斷冒險盜珠。雷、廉遊擊將軍陳居仁在萬曆十七（1589年）與把總童龍勾結千餘盜珠賊展開大規模監守自盜，出動百餘艘船瘋狂盜取珠池珍珠。
瓊州府參將楊有桂受賄，嫁禍於原曾盜珠已就撫已久定居瓊州府城的李茂、陳德樂兩人。兩人與舊部時常暗中互通消息，二人舊部黨羽叛變，攻掠瓊州府文昌、萬州、陵水等處及高州府吳川。
瓊州府參將楊有桂出兵征剿，生俘李茂、陳德樂及其部將盜珠賊千餘人，大動干戈的瓊州府官兵上至參將楊有桂，下至士兵紛紛在抓捕過程中漁利獲取珍珠。事後被揭發，楊有桂被免職，幕後最大黑手陳居仁一直逍遙法外。
早有犯罪前科的陳居仁再次借清剿海寇之機，暗中派人勾結海寇瘋狂劫掠雷州、廉州珠池，陳居仁及部將暗中配合放水。
高州府神電衛北面明軍大營帥帳中，年近半百高瘦的廣東總兵李棟一身戎裝，一張蠟黃國字臉濃眉大眼，目光注視着剛進帥帳來的劉慶，劉慶上前單膝跪拜見禮道：“見過李總兵”
“劉副帥免禮”廣東水師被倭寇襲敗，瓊州府位於海中，想要迅速平定海寇，只能依靠劉慶統率的東番守備府南洋水師編隊，李棟道：“海寇劫掠珠池，擊敗瓊州府官軍，本官決定命劉副帥協同雷廉遊擊陳居仁出兵瓊州府剿滅海寇。”
劉慶自是樂意出兵瓊州府，海寇瘋狂劫掠珠池中的珍珠怕是不少，劫掠的錢財更是不少，當下領命道：“標下遵命，只是我大軍糧餉還請李總兵能先撥給。”
廣東沿海守將多與海盜勾結養寇自重，縱賊劫掠，就連李棟部將遊擊沈茂更是憑藉實力威脅向盜珠賊索賄。廣東官兵對清剿海寇消極對待，更是對外來和尚不長久的總兵李棟的軍令陽奉陰違，不斷放水。
劉慶也從歸順的海盜口中得知廣東官兵勾結海寇一事，只是心知肚明，隻字不提，上次瓊州府盜珠大案被檢舉揭露，最後只是瓊州府參將楊有桂一人被免職，廣東這潭水很深。
“劉副帥放心出兵剿滅海寇，糧餉本官定會爲你送來。”李棟對部下廣東官兵陽奉陰違也無可奈何，唯有劉慶部番兵好使。
“謝總兵大人，標下告退。”劉慶躬身告退
劉慶隨即率兩萬餘大軍南下雷州府，雷廉遊擊陳居仁奉命率三千官兵隨同劉慶出兵渡海前往瓊州府征剿海盜倭寇，陳居仁率三千雷廉官兵在前爲劉慶渡海引路。
瓊州海峽海面上霧氣繚繞，能見度很低。
明軍周師一艘高大的福船座艦上，四十來歲一身戎裝的陳居仁不算高，一張蠟黃國字臉，目光炯炯有神看着身後的義軍水師戰船向身邊的一名將領問道：“童龍，都安排好了嗎？”
“迴游擊大人，標下都安排好了。”中年千總童龍一張刀疤臉一臉得意獰笑道：“等我們戰船一過去，他們就發起進攻。”
“不錯”陳居仁一臉詭笑道：“東番守備陳瀚手下將領劉慶勾結海寇反叛朝廷，襲擊我雷廉官兵，被我出兵剿滅，我可是爲國朝剷除一大禍患啊。”
童龍會心一笑道：“遊擊大人英明神武，令標下欽佩不已。”
座艦上，劉慶正召集六名手下將領前來吩咐道：“左右兩翼後陣加強戒備，防止陳居仁勾結海寇偷襲我們。”
“標下得令”六名將領單膝跪拜領命
在金門料羅灣海戰中立下軍功被陳瀚大力提拔擢升爲順義師千戶的林宇提議道：“劉副帥，我們何不主動出擊，一舉將陳居仁和海寇悉數殲滅，我們不能被動防禦，主公說過最好的防禦就是進攻。”
劉慶沉思片刻後道：“海上霧氣太大，我們不能採取以往分兵兩翼包抄戰術，需得小心謹慎。”隨即吩咐道：“陳武，你率兩千順義師在前開道，若遇海盜倭寇來攻，可誘敵深入，一舉殲滅。”
“標下得令”二十來歲高瘦的陳武本是潮州海盜，在潮州率着數百名海盜主動投降，被陳瀚任命爲把總，緊接着因功擢升爲千戶。
義軍水師戰船紛紛擺出半月陣在霧氣繚繞的海面上緩慢航行，陳武統率先鋒四十艘戰船兩千將士在前開道。
海面上突然出現大批福船、沙船、漁船正飛快朝義軍左右兩翼衝殺而來，左右兩翼的義軍將士發現來襲的海盜倭寇船隻疾呼道：“是海寇，快示警迎戰。”
‘嗚嗚……’示警號角聲響起。
‘咚咚……’義軍左右兩翼水師戰船上戰鼓聲隨之隆隆響起
義軍將領紛紛高呼道：“不得讓海盜靠近，快發炮進攻。”
‘轟……轟……’稀疏的炮聲響起，不少無敵大將軍炮和佛朗機炮都啞火了，原因是海上霧氣瀰漫，溼氣太重，火藥引線受潮，根本點不然。
“放銃”義軍將領接連下令道：“放箭”
‘砰砰……、嗖嗖……’不但火炮啞火，就連火繩槍也有不少火藥受潮無法使用。
林宇見義軍最厲害的火藥武器盡然失靈不少，當即高呼下令道：“準備接舷戰”
“是”傳令兵領命高呼道：“準備接舷戰”
劉慶得報左右兩翼遭到大批海盜倭寇駕船進攻，高呼下令道：“傳令左右兩翼大軍給我剿滅海盜倭寇”
“是”傳令兵領兵高呼道：“劉副帥有令，命左右兩翼大軍剿滅海盜倭寇。”
座艦附近的鷹船忙穿梭在水師編隊中傳達軍令
前方一艘鷹船飛快划來稟報道：“報，雷廉遊擊陳居仁突然掉頭率軍進攻陳千戶先鋒大軍，陳千戶被纏住難以脫離，請求劉副帥發兵增援。”
“狗孃養的陳居仁，膽敢勾結海寇襲擊我義軍。”劉慶聞報氣憤不已下令道：“中軍隨我出戰一舉殲滅陳居仁這狗賊。”
“是”傳令兵領命高呼傳達軍令
劉慶率五十餘艘大小戰船朝着前方趕去增援先鋒陳武，陳武率兩千順義師先鋒正與陳居仁統領的三千雷廉叛軍接連不斷髮起進攻，火藥武器受潮一時難以使用，雙方都選擇展開白刃接舷戰，互相朝着對方戰船上跳上去拼殺。
陳武兵力少，加上大多數都是剛收編的海盜，剛一接戰不敵陳居仁，逐漸落敗抵擋不住陳居仁的攻勢。
‘咚咚……’順義師後陣接連不斷響起的戰鼓聲傳來，被雷廉叛軍及海寇殺得死傷慘重的兩千順義師先鋒將士紛紛士氣高漲高呼道：“劉副帥援兵到來，殺光狗賊陳居仁，殺。”
“殺”海面上一片喊殺聲震天，雙方戰船橫衝直撞，你來我往展開更加猛烈的接舷戰。
隨着劉慶率增援水師戰船趕到，義軍水師壓倒性的兵力戰船優勢逐漸扭轉戰局。
“都給我衝上去，擒殺狗賊陳居仁。”劉慶親自指揮水師戰船趁着接舷戰跳上陳居仁座艦，雙方拼殺在一起。陳居仁的座艦更是遭到三艘義軍水師戰船圍攻，義軍水師依仗着戰船高大堅固蜂擁衝殺進陳居仁混亂的雷廉舟師中。
“都給我殺，別讓反賊靠近。”陳居仁揮着大刀在做困獸猶鬥，原本鼓動手下雷廉官兵襲擊義軍，又有海寇在後偷襲東番水師，哪知劉慶早有防範，更是將自己統率的雷廉官兵舟師團團困住。
童龍見勢不妙率着十幾艘戰船朝着西邊逃去，劉慶忙着圍攻陳居仁，只能放任童龍逃走。
陳武帶着手下衝殺上陳居仁所在的座艦福船上，憤恨不已怒喝道：“狗賊受死吧”
“有種過來啊”陳居仁手握大刀朝着陳武衝殺上來：“臨死也要拉你作伴”
‘嗖’一支箭矢襲向陳居仁，陳居仁腦門上頓時多了一支箭矢在晃動，陳居仁手中大刀脫落吊在甲板上，整個人朝後倒下。
陳武上前手起刀落砍下陳居仁腦袋提着高呼道：“叛賊陳居仁已被斬殺，叛軍速速投降。”
劉慶在後指揮座艦衝殺上來高呼下令道：“陳居仁勾結海寇襲擊友軍，已被斬殺，其餘雷廉叛軍降者不殺。”
“陳居仁勾結海寇襲擊友軍，已被斬殺，其餘雷廉叛軍降者不殺，降者不殺。”義軍將士紛紛高呼喊降
被困住的雷廉叛軍見義軍不斷喊降，紛紛放下兵器跪在戰船上高呼道：“我們願降，都是狗賊陳居仁造謠蠱惑我們說東番兵勾結海寇反叛朝廷。”
“我們都是被陳居仁這個狗賊給騙了，我們願降。”