長崎自開港以來，一直遭到同行做南蠻貿易（日本與西班牙、葡萄牙、暹羅、安南等國商人之間實行的貿易）的松浦氏嫉恨以外，主要還有長崎附近信仰佛教的諫早領主西鄉純堯及其弟深堀純賢，曾數次出兵侵攻長崎附近的教會，都被大村純忠擊退。
後又屢用計謀，想要離間大村純忠和有馬義貞兄弟，乃至於暗殺大村純忠，但都沒有得逞。最後大村純忠終因不堪其擾，遂向羅馬教廷派來日本的巡察使亞歷山德羅·瓦利格納諾請求將長崎以及附近的茂木完全獻給教會。
其目的在於利用教會的力量維護長崎的安全，而大村純忠既能確保當地的稅收收入，也可在必要時前往避難。瓦利格納諾在經過將近一年的深思熟慮之後答應大村純忠的請求。
義軍一舉攻下大村氏居城，馬不停蹄一路南下攻城略地，大村氏在各地的領主鎮守的小城根本難以抵擋義軍來勢洶洶的攻勢，紛紛跟着主公大村喜前逃走。
諫早領主西鄉純堯及其弟深堀純賢領兵近四百餘人抗拒，遭到義軍席捲殺來，猶如螳臂當車的諫早領主西鄉純堯兄弟及其族人被義軍悉數殺死，收編其殘兵。
與此同時，作爲偏師的陳阿信主戰營第一隊一路水陸並進南下攻城略地，直抵長崎，義軍在陳阿信指揮下攻殺大村氏長崎奉行，並未急於進攻西夷弗朗機人控制的長崎港，倒是繳獲了大村氏在長崎的大小戰船十餘艘。
陳瀚拿下諫早城後屯軍於此，而島原高來郡的有馬晴信接到堂弟大村喜前的使者求援後，立即帶着一千大軍北上救援大村氏，還未趕到諫早城就得知義軍已經攻破諫早城，西鄉氏被滅族。
“忒帶（撤退）”二十來歲身穿鬼頭獅面盔甲的有馬晴信得知義軍兵力衆多，來勢洶洶，有馬軍在有馬晴信指揮下朝着南面山地有利地形撤退上去。
義軍五百先鋒倭人營已經出現在有馬晴信大軍陣前不遠處的北面，更有三百浪人營出現在有馬軍東面，退回島原的路幾乎已經被封堵了，唯有翻越雲仙嶽北麓崇山峻嶺回到島原居城。
有馬晴信當即下令道：“結陣，鞏固大陣。”
義軍大隊人馬在後趕來列陣西面，黃阿有統率着千餘浪人營、倭人營及主戰營第二隊六百人，近一千五百大軍，按照都督陳瀚的軍令進軍島原城，但是令雙方都沒想到的是會在雲仙嶽北麓發生遭遇戰。
有馬軍佔據有利地形，義軍先鋒突然遭遇有馬軍，先是封堵住了有馬軍的退路等待大軍趕來。
黃阿有在馬上看着依山結陣的有馬軍大感頭疼，有馬晴信經歷沖田畷之戰，有以少擊多的作戰經驗，黃阿有不敢輕易迎戰，將大軍集結在東面山嶺上死死擋住有馬軍歸路。
有馬晴信見對方不來攻，深感失策，當即下令數百大軍出陣挑戰，黃阿有也不甘示弱，立即命浪人營出戰，雙方在山間谷地上展開對攻，戰場上硝煙瀰漫，槍聲大作，鉛彈箭矢橫飛。
“駝子你給（衝鋒）”有馬晴信藉着硝煙瀰漫掩護下令有馬軍全軍攻下山去
黃阿有聽着山下喊殺聲大作，反應明顯慢了一拍，見手下浪人營開始潰敗了，慌忙下令道：“全軍進攻，給我殺。”
義軍主戰營在黃阿有帶着衝殺下山來，火銃手在前開槍射殺追着浪人營衝殺趕來的有馬軍，弓箭手在後放箭，倭人營護衛左右兩翼，義軍在黃阿有指揮下從容有序阻擋着有馬軍來勢洶洶的攻勢。
崩潰的浪人營將士慌不擇路被射殺了十幾人後紛紛從義軍大陣左右兩翼繞道撤退回陣，義軍漸漸鞏固好陣勢，與有馬軍開始對攻。
“殺給給”有馬晴信鳥叫着下令
黃阿有也下令道：“放”
雙方槍林箭雨朝着對方互射，有馬軍鐵炮輕足射速明顯落後於義軍火銃手兩三倍，義軍的定量裝彈藥節省了不少時間，三段擊接連不斷射殺有馬軍鐵炮輕足、弓輕足，有馬軍傷亡開始明顯增多。
戰爭的天平開始向義軍一方傾斜，有馬軍士氣逐漸低落，陣中的鐵炮輕足在雙方互射拼消耗中死傷殆盡，就連弓輕足也死傷慘重，有馬軍陣勢有些混亂。
義軍在黃阿有穩紮穩打下開始穩步向前推進，不斷射殺有馬軍。有馬晴信見勢不妙，一聲令下：“駝子你給（衝鋒）”
有馬晴信親率有馬軍直衝義軍右翼，黃阿有指揮着義軍迎戰從右翼殺來的有馬軍，豈料有馬晴信虛晃一槍，趁機奪路而逃，朝着島原城逃去。
“忒帶（撤退）”有馬晴信在馬上高呼下令
有馬軍損失慘重跟着主公狼狽不堪落荒而逃，義軍在後蜂擁追殺而去，一路銜尾直追不放。
黃阿有一直追着有馬晴信到島原城下，在城下町大肆劫掠一番方纔收兵，紮營在島原城北五十里。黃阿有派人向主公陳瀚稟報島原戰況，言明自己兵力不多，不敢貿然攻城，紮營島原城北五十里，待大軍趕來再攻城。
此時的陳瀚正在計劃拿下長崎港，一番深思熟路後親率大軍趕去長崎港，同時命木山六郎帶着三百義軍水師棄船趕來。
陳阿信部義軍偏師沒有對長崎港的弗朗機人展開進攻，而是等待主公陳瀚的軍令。
長崎之戰即將打響，葡萄牙人在長崎港約有三百多人，還有不少傳教士、商人，長崎一直都是教會傳教士的大本營，加上長崎港被大村純忠獻給教會，由葡萄牙人實際管理，大村氏擁有稅收權。
大村喜前帶着兩百多大村氏殘兵敗將也逃到長崎港避難，面對義軍大軍來襲，長崎港的葡萄牙人開始總動員起來，同大村喜前臨時拼湊出近千人，其中包括黑人僱傭軍、奴隸、大明及東南亞各國海商武裝、大村武士、浪人。
義軍大營位於長崎港北面的原大村氏長崎奉行所在的小城堡外，小城堡被義軍臨時徵用作爲輜重營重地。
陳瀚召集衆將部署圍攻長崎港作戰，帥帳外，陳瀚指點着長崎港道：“弗朗機人臨時拼湊了近千人，我們想要取勝就必須取得長崎港製海權。切斷弗朗機人的海上補給，可以使弗朗機人這幫烏合之衆不戰自亂，水師是此戰中重要力量。”
衆將目光都看向主公陳瀚，都想說我們義軍的水師纔剛組建，就木山六郎手下那幫毫無海戰經驗的水師營直接與弗朗機人作戰簡直就是去找死。
木山六郎也很擔心道：“主公，我們水師營可以招募海盜、倭寇、浪人，天草島有不少很有海戰經驗的浪人，我願爲主公招募來。”
“喲西，你能招募多少有海戰經驗的天草浪人。”陳瀚盯着木山六郎道：“普通百姓也可以，只要能上船作戰就行。”
木山六郎想了一會道：“應該不下五百人”
“招募水師士兵一事交給你去辦”陳瀚當下許下承諾道：“只要拿下長崎港，長崎港三分之一錢財歸所有參戰將士。”
“嗨”木山六郎領命出帳
陳瀚接着下令道：“陳阿信部從長崎港西面發動進攻，王阿忠部從東面發動進攻，拿下長崎港兩側附近高地，給我將弗朗機人壓制在長崎港內。”
“標下得令”兩人單膝跪拜領命
義軍主力精銳近兩千大軍對長崎港兩側山嶺發動攻勢，義軍攻打長崎港的戰鬥打響，義軍分批朝着葡萄牙人臨時混編僱傭軍發起進攻，義軍攻勢兇猛，火銃在前開道，竹束盾牌護衛着衝殺，一度殺得葡萄牙僱傭軍丟失一大片山頭。
葡萄牙人親自迎戰義軍，義軍的攻勢被鉗制住，雙方開始一度對峙半日。葡萄牙人從商船上拆下弗朗機炮直接扛上山來對付義軍，一陣炮轟下來，炸得義軍將士哭爹喊娘敗退下來。
陳瀚看着被葡萄牙人佛朗機炮炸得鬼哭狼嚎的手下義軍將士氣憤不已怒罵道：“娘希匹，敢炸老子的人。”
剛指揮浪人營、倭人營、難民營近近千人對長崎港西面發起進攻的陳阿信部被炸得鬼哭狼嚎一片，陳阿信緊急下令道：“撤退”
“忒帶”義軍各營快速撤離前方危險戰場，固守到手的幾座山頭。
陳阿信灰頭土臉騎着矮小倭馬跑來陳瀚的臨時指揮帥帳前，在兩名侍衛攙扶着下馬來。
劉阿杰正同陳瀚在觀戰，看着左臂纏着白布的陳阿信問道：“怎麼連你也被炸傷了”
“弗朗機人炮火太猛，盾牌根本抵擋不住。”陳阿信黑着臉，目光有些呆滯，可能是被炮彈轟得還沒回過神來，大倒苦水道：“主公，這仗沒法打，都是去送死。”
陳瀚看着長崎港東面的攻勢還算順利，已經接連往前推進，聽着槍聲就知道王阿忠已經將弗朗機人壓制住，陳阿信算是倒黴，被葡萄牙人用佛朗機炮炸得灰頭土臉，死傷不小。
“纔剛一開戰，稍有挫敗就灰心喪氣，你這個隊長就是這麼當的嗎？”剛從瞭望臺上下來的陳瀚怒視着灰頭土臉的陳阿信命令道：“給我繼續上，牽制住弗朗機人火力，爲東線製造戰機，你們也是大功一件。”
“主公，弗朗機人炮火真沒法抵擋。”陳阿信是不想再去送死，下一次估計連小命都保不住佛朗機炮一炮轟過來，死傷大片，前線戰場太殘酷了。
陳瀚沒好氣道：“弗朗機人不就是佛朗機炮厲害嗎？你就不想法子讓他打不到你們嗎？蠢貨。”
陳阿信聞言眼前一亮問道：“主公可是有妙計破了弗朗機人的炮火”
“輜重營不是有拋石機嗎？”陳瀚沒好氣道：“給我拉出來往弗朗機人的炮火陣地扔火藥罐，炸死這幫狗孃養的洋鬼子。”
“讓王阿忠給我頂住，頂不住也要頂，順風仗打慣了是吧，遇到硬仗就得拼命。”陳瀚怒喝命令道：“告訴王阿忠，西線馬上就會進入反攻，東線給我頂住了，頂不住我把他腦袋擰下來當夜壺。”
“是”侍衛領命翻身上馬打馬趕回去