且說北京皇宮裡的崇禎皇帝，年前關了袁崇煥，究竟該如何處理也實在是頭疼。從心裡來講，崇禎並不想真殺袁崇煥，所以想來想去，最後給了個說法——解任聽勘。說白了，就是免職查看。沒想到，揭發檢舉袁崇煥叛變、投敵等問題的奏摺一時間鋪天蓋地。一個人說，可能是誣告，兩個人說，可能是串通，幾十人，幾百人都這麼說，崇禎終於相信了。
崇禎三年（1630）年八月十六日，崇禎在平臺召開會議。參加會議的有內閣、六部、都察院、大理寺、通政司、五府、六科、錦衣衛，甚至翰林院也派人捧場來了。當衆列數一大串罪名後，崇禎最後宣佈：依律，凌遲。
凌遲即民間所說的“千刀萬剮”，是指處死人時將人身上的肉一刀刀割去，使受刑人痛苦地慢慢死去。這種酷刑最早出現在五代時期，正式定爲刑名是在遼，此後，金、元、明、清都規定爲法定刑，是最殘忍的一種死刑。在明朝時期，凌遲一般比較精細，大多數凌遲都超過千刀。
大限之日眨眼即到，從天牢到西市口的道上，擠滿了看熱鬧的人。巳時整，天牢大門打開，袁崇煥被推進囚車，押赴刑場。
圍觀的老百姓指着囚車咒罵着，罵什麼的都有，咒罵聲此起彼伏。袁崇煥出生入死多年，見過血流成河，見過血肉橫飛，屍首分離，只是沒想到，自己死時竟然會是這個場面。聖上被皇太極矇蔽情有可原，可是百姓們不應該啊？難道他們不記得寧遠大捷了嗎？不記得錦寧大捷了嗎？不記得當時圍城之時，我在廣渠門痛打奴酋了嗎？爲什麼老百姓也如此恨我？我真的做錯了嗎？想到這兒，袁崇煥仰天大吼：“老天爺！崇煥冤啊！”
一些本來不相信袁崇煥謀逆的人聽到喊聲後，忍不住落淚，悄悄地離去了，但仍有很多年輕士子和民衆在起鬨，藏在人羣中的餘明德等親信咬着嘴脣，不敢哭出聲來。
午時三刻，三聲炮響過來，劊子手準備行刑。
袁崇煥仰天長嘆，念出了自己的遺言：一生事業總成空，半世功名在夢中。死後不愁無勇將，忠魂依舊守遼東。
從蠻荒之地的苦讀書生，福建的縣令，縣城的小小主事，堅守孤城的寧遠道，威震天下的薊遼督師，有過失意，有過得意，被誤解、被冤枉，即將被千刀萬剮至死，袁崇煥也沒有失望。或許他知道，總有一天，自己的冤屈才能被洗刷，自己的抱負才會被瞭解，或許這一天永遠都不會來到，他註定要遺臭萬年，註定是一個落寞的英雄。
行刑手很快就對袁崇煥處以刑罰，過程血腥殘忍，圍觀的百姓卻有一片叫好聲，而人羣中的餘明德看了幾眼便直接昏了過去。
從正午一直割到天黑，袁崇煥一共被割了三千多刀，現場血流成河，死狀慘不忍睹。
袁崇煥被凌遲處死的消息傳到瀋陽，瀋陽城一片歡呼。那些死於或傷於袁崇煥大炮下的士兵家人皆拍手稱快。
皇太極親率衆貝勒焚香祭祖，將這一喜訊告知先汗之靈。
魏寶山和馬伯通聽到消息後，說不上是高興還是難過，總覺得這樣的結果並不應該發生在袁崇煥身上。殺人不過頭點地，他犯得着凌遲活剮嗎？爺倆坐在對面，喝着酒，想着事，這個喜訊似乎並沒有想像中那樣讓人激動。沒辦法，各爲其主，只能刀兵相向，不殺對方，反過來，自己這方就要遭殃，有些事註定難以兩全。
皇太極率衆貝勒告祭先汗完畢後，入帳議事。
早在七月中旬，皇太極聲東擊西，假裝率大軍離開瀋陽，直奔蒙古，實則從舊遼河處徑直南下，六萬大軍出其不意地圍住了大陵河城。
范文程獻計道：“汗王，祖大壽最尊崇袁崇煥，如今大淩河被圍，城中的祖大壽必不知袁崇煥的死訊，如果我們以書信告之，必可動搖軍心！”
皇太極點了點頭：“文程先生所言極是，夫戰，攻心爲上。一切就由先生操辦吧，勸祖大壽歸降！”
當夜，一封書信射進了大淩河城。
祖大壽拆開一看，信中寫道：“久聞祖帥忠肝義膽，文武兼備，學生范文程不勝仰慕。今去書特告知祖帥，袁督堂已於八月十六日被凌遲處死。剮三千餘刀，每刀所剮僅拇指蓋大小，剮見折骨，都堂怪叫不絕於耳，竟有士子民衆爭食其肉，慘不忍睹……”
祖大壽閱罷，氣得臉色煞白，大罵道：“昏君！昏君！督堂大人赤膽忠心，支撐遼東數載，卻反遭昏君毒手，天下之冤，莫過於此。有朝一日，我一定要率軍入京，廢了這個無道的昏君，另立明君，替督堂昭雪！”
遼軍將士視袁崇煥爲主心骨，知道袁督堂慘死，舉城哀號，聲聞於天。
一晃，圍城圍了兩個多月，這其間，從錦州、松山等城來過幾次援兵，都被皇太極給擊退了。皇太極圍而不打，就是要逼祖大壽投降。眼見時機差不多了，皇太極密令手下大將阿山率兵六千，扮成明朝的援軍，從西向東而來，引誘祖大壽出城。同時又命多爾袞等人假裝迎敵，一定要演得逼真，讓祖大壽中計。
祖大壽在城頭見東面煙塵滾滾，喊殺聲震天，遙見大明軍旗迎風飄揚，終於眉展眼舒地笑了，自己等了多日的援軍終於等到了。趕緊跑下城，親率精兵五千，打開東門，向西殺去，迎合“援軍”。
皇太極一看祖大壽中計了，興奮不已，趕緊對莽古爾泰下令：“五哥，你帶你的正~藍~旗趕緊從後面包抄，必可活捉祖大壽！”
沒想到，莽古爾泰一反常態，沒動地方，回答道：“汗王，我手下連日傷亡慘重，昨天又被阿山調去了一些，現在人不多了，只有五牛錄了！”
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