9月27日，蕭震雷召開了最高軍事會議，在此次會議上確定了將遠征軍以作戰地域的不同正式劃分爲兩個部分的決議，分別爲東方戰區和西方戰區，其中東方戰區由蔡鍔爲戰區司令長官，主持東方戰區長官司令部的工作，統籌、協調和指揮東方戰區的遠征軍部隊；西方戰區由蔡國棟爲戰區司令長官，主持將東歐戰區和東南歐戰區合併爲西方戰區，組建西方戰區長官司令部，統籌和協調西方戰區所有大小事務，對西方戰區所有遠征軍部隊擁有最高指揮權。
由於西方戰區需要補充大量作戰物資，軍隊剛剛經歷過大戰，急需休整，所以西方戰場現在戰事不具備大規模向德奧進攻的能力，只能維持目前的勢態，蕭震雷給蔡國棟的命令是停止全面進攻，有機會或有必要的時候也可以發起局部小規模戰鬥，但在沒有主動發起全面進攻的能力之前，不宜擴大戰爭勢態，目前西方戰區的任務是讓大部隊休整和加強巡邏，同時以最快的速度完成西方戰區長官司令官的組建，並使之儘快運作起來，減少防區的力量薄弱之處和盲點。
蕭震雷給蔡國棟下達這個命令的目的有兩個，一是讓自身有時間恢復力量，不論是不對的進攻能力還是後勤補給，都需要時間；二是讓德奧高層放心地將主要力量去對付英法，這樣最大程度的讓德奧與英法血拼，消耗這些老牌資本主義帝國的國力。
將西方兩個戰區濟寧合併，這無疑有助於統一指揮，能夠有效的節省後勤運輸力量、能夠讓更加將力量集中，在統一指揮下，各軍團之間的配合會更加密切，而英法等協約國對華國的這種重新調整指揮系統的情況也是非常讚賞和支持的。
蔡國棟在召集各軍團主要軍事長官開會時說：“大總統和最高軍事委員會的命令已經下來了，目前我們當務之急的任務是以最快的速度將西方戰區長官司令部組建起來，儘快讓這個戰區長官司令部投入運作，接管整個戰區的指揮、軍令發佈執行、後勤運輸補給等工作。在戰區長官司令部組建完成之後。我們的任務暫時是做好防禦工作，把後勤運輸搞起來，在必要或可能的情況下可以進行小規模的戰鬥，但最好控制戰鬥的規模。在沒有能力發動全面進攻之前，不能擴大勢態。
我們首先來說一說戰區長官司令部的組建，我擬定在司令部轄下成立指揮作戰廳、司令部辦公處、通訊處、軍令執行處、督察處、軍情處、軍官管理處、保衛處、接待處、對外聯絡處、憲兵司令部、後勤運輸管理部等部門。其中指揮作戰廳轄下陸軍指揮作戰局、海軍指揮作戰局、空軍指揮作戰局和防空部隊指揮作戰局等等，關於司令部這些下屬機關的負責人和工作人員，我們必須儘量用最少的人手把工作接手過來。有時候人手越少，工作效率反而越高，不會出現互相推諉的現象，人手越多，可能工作效率反而不行，之所以要儘量減少司令部轄下機關的工作人員，除了提高工作效率之外，在出了問題時也可以直接問責，誰的工作出了問題，就找誰。一目瞭然。
司令部下屬直轄負責人和相關的工作人員主要從之前的東歐戰區和東南歐戰區兩個司令部內抽調，新的戰區長官司令部組建起來之後，之前的東歐戰區司令部和東南歐戰區司令部就正式撤銷，沒有被安排到新的長官司令部的工作人員和軍官一律下派到各軍團，由各軍官再安排他們的工作，這個工作由軍官管理處負責！至於新成立的長官司令部轄下各機關部門的主要負責人人選問題，兩天之內會有結果，到時候會有通知下達，接到通知的人要趕過來開會，開會完畢之後接到任命的將領和軍官回去之後負責把你們各自負責的部門的架子搭起來。人手方面和辦公地點、用品分別找軍官管理處和司令部辦公處解決，諸位還有其他什麼問題嗎？”
與會人員聽了蔡國棟的話之後都沒有出聲，有些人是沒什麼主意，另外一些人則是抱着上面怎麼安排。他們就怎麼執行的態度，再說關於這件事情，最高層已經下達了命令，即便有人反對也沒有用。
無論怎麼說，戰區合併的事情已經成爲定局，在這一過程中。肯定要精簡機構和工作人員，能力不足和多餘的軍官、將領的職位都會動一動，大部分會直接下派到部隊，如果職位不夠，可能還會降級使用，這種情況也不是不可能。
直到蔡國棟第二次出聲詢問與會人員是否還有其他問題時，纔有人站起來問道：“報告長官，我想問一下，對於海軍和空軍方面的軍官調動、武器彈藥裝備物資運輸和調配是否也歸屬在戰區長官司令部轄下？”
蔡國棟道：“這是當然，既然是統一指揮，我們西方戰區當然包括了遠征西方的空軍和海軍，他們的軍官調動、武器裝備和彈藥物資都由司令部轄下的軍官管理處和後勤運輸管理部負責，遠征軍海軍艦隊和空軍部隊的指揮也分別歸屬在司令部轄下的指揮作戰廳下屬的海軍指揮作戰局和空軍指揮作戰局”。
此時，在朝鮮漢城，蔡鍔也在主持着同樣的會議，與蔡國棟那邊不同的是，蔡鍔這邊即將成立的東方戰區長官司令部下面只有兩個軍團，即第三軍團和第四軍團，第三軍團新上任的軍團長是吳佩孚、副軍團長朱熙，參謀長是何良辰；第四軍團長是陳繼祖，副軍團長是羅山，參謀長是劉之潔。
相比蔡國棟的西方戰區，蔡鍔的東方戰區的長官司令部的組建就簡單一些，畢竟總兵力少了一大半，西方戰區目前有160萬人，而蔡鍔這邊的東方戰區的第三軍團和第四軍團一共只有六十萬人。
兵力少，對統帥的統帥能力要求也低，六十萬軍隊對於蔡鍔來說還是很輕鬆就能指揮若定的，東方戰區的司令部組建只話了蔡鍔一個星期的時間就組建起來了，他分別將第三軍團的副軍團長何良辰和第四軍團的副軍團長羅山抽調過來分別協助他指揮和聯絡第三、四軍團，又從海軍和空軍分別抽調了兩個將軍專門負責指揮和聯絡海軍和空軍，在後勤管理和運輸上，東方戰區比鄰國內，運輸方面要比西方戰區簡單快捷得多，國內許多不能跑遠洋的船隻卻可以跑日本，也能去海參崴，因此東方戰區成立起來之後，它的司令部後勤部門就將不少物資運輸交給這些可以跑日本的船隻運輸。在運輸力量不足的情況下，東方戰區後勤部門甚至還將一些兵員和傷病的運送任務交給這些民間小貨輪做，這大大減輕了後勤部門的運輸壓力。
在東方戰區，華國海軍早已經封鎖了日本海峽，將切斷了海參崴的日軍與日本本土之間的聯繫，此前俄國的工業基本都集中在歐洲部分，在西伯利亞並沒有什麼工業，因此在西伯利亞的日軍無法補充武器彈藥，特別是子彈非常的匱乏。
限於與華國的盟約，美國只能將武器彈藥賣給歐洲人，卻不能賣給日本人，因此在西伯利亞的日軍爲了節省子彈和炮彈，基本上都是不進行射擊訓練的，這近一年多來只是進行拼刺等白刃戰的訓練。
而爲了解決彈藥不足的問題，在西伯利亞的日軍只能將西伯利亞的俄羅斯人強行組織起來，讓他們去挖挖礦，從礦石中提煉出硫磺和硝酸鹽，用來製造一些爆炸藥，而且這些爆炸藥的威力還很小，畢竟華國封鎖了日本海之後，日本本土也無法派軍工專家前往西伯利亞，在西伯利亞更沒有設備提煉出純度更高的製作爆炸藥的成分。
自從日本佔領西伯利亞之後，西伯利亞的俄羅斯人就幾乎慘遭了日軍的毒手，由於華國海軍封鎖了日本海，使得進入西伯利亞的日軍幾乎斷絕了後勤，爲了解決生存問題和彈藥問題，日軍將西伯利亞所有的俄羅斯人全部強行組織起來，讓他們開荒種田、開礦挖礦，且又不給西伯利亞的俄羅斯人吃好，如由不從者，一律被殺害。
自從西伯利亞的日軍強迫俄羅斯人開荒種地、開礦挖礦之後，每天都有大量的俄羅斯人累死和餓死，病死者也不在少數。在吃不飽的情況下，又要從事大量的體力勞動，誰也受不了，這兩年多來，西伯利亞的俄羅斯人每天的死亡人數都在數千人以上，直到現在爲止，西伯利亞的俄羅斯人口已經少了一大半，很多廣大的區域千里無人煙，而且還有不少城市死得只有很少的俄羅斯人，更有一座座空城。。