看着快步走到自己面前的劉浚，杜睿的一顆心猛地向下沉，該來的總是要來的，躲也躲不過，在來倭州之前，杜睿怎的都沒想到，居然會有今天這一幕，可是現在的真實情況卻是，這真的發生了。
劉浚走到杜睿的跟前一拱手，道：“末將劉浚見過大帥！”
杜睿看着劉浚，臉上帶着高深莫測的笑容，道：“小將軍來的真巧！”
劉浚如今不過十七八歲的年紀，初入軍伍，杜睿在他的面前也的確有資格賣賣老，畢竟兩人根本就不是同一等級的，杜睿貴爲當朝國公，總參謀部部長，掛元帥銜，而劉浚不過是倭州都護府的一名校尉，上尉職銜。
劉浚的面色微微一變，在杜睿這個大唐戰神的面前，他還是不禁有些膽怯，低頭道：“家父得到密報，說是有倭人要對大帥不利，便遣末將前來護衛，沒想到末將來遲，讓大帥受倭人驚擾，還請大帥恕罪！”
杜睿淡淡的一笑，看着劉浚道：“驚擾倒還沒有，量這些倭人如何傷得了我，如今也沒事了，小將軍還是請回吧！”
“這個”劉浚不禁一陣猶豫，咬了咬牙道，“大帥！如今近畿地方不太平，大帥還是速速回平安京的好！以免再被倭人有機可乘！若是大帥有所差池，家父恐擔待不起！”
杜睿心中一聲長嘆道：“回平安京！？以本官看來不過是出了虎口，又如狼窩吧！”
劉浚聞言，面色頓時一陣慘敗，額頭上已經顯出了細細的汗珠，咬着牙道：“大帥此言何意！？”
杜睿見都到了這個關頭，劉浚還如此冥頑不靈，不禁有些怒了，冷笑一聲道：“好大膽的劉仁軌，你當真以爲你們父子所做的一切本官看不通透嗎？”
劉浚被杜睿突然爆發出來的氣勢嚇得一愣，忙道：“這個大帥此言，末將不甚明瞭！”
“不甚明瞭！？”杜睿眼中精光爆射，怒道，“你們父子做得好大事，難道還想要瞞過本官嗎？”
杜睿一怒，劉浚頓時被嚇得渾身打顫，他從軍以來，也在倭州和倭人多次廝殺，是經歷過生死的，可是面對杜睿這等南征北戰，東征西討，在屍山裡睡過覺，在血海之中洗過澡的沙場宿將，氣勢上完全被壓制住了。
“大帥大帥末將”劉浚被杜睿的氣勢所逼，連連後退，說話都不利索了。
杜睿也不再理會劉浚，昂然前行，站在了那一隊唐軍的面前，大聲道：“你們難道也要跟着劉仁軌謀反作亂，做那大唐的叛逆嗎？”
這些跟着劉浚一起來的唐軍，都是劉仁軌的心腹，劉仁軌要做什麼，他們雖然不甚明瞭，可是卻也清楚一些，不過此時被杜睿點破，謀反的後果他們可是一清二楚，一時間也是惶恐不已。
“大帥大帥恕罪啊！”一個唐軍士兵實在是承受不住杜睿的威壓，突然滾鞍落馬，拜服於地，連連叩首哀求。
其餘的唐軍見狀，也紛紛下馬，跪在了地上，他們這些人都是當初跟隨杜睿一起征伐倭國的唐軍，在倭國滅國之後，便被杜睿留在了倭國擔任戍衛職責的。
杜睿接着又看向了劉浚，寒着一張臉，道：“怎的？到了現在，難道你還是不肯說實話嗎？”
劉浚也沒想到事情會變成現在這個樣子，方纔他還想着要魚死網破的，可是沒想到杜睿一句話，就讓這些他們父子百般拉攏的將士全都投降了。
見已經撕破了麪皮，劉浚也就再顧不得那麼多了，突然抽出了腰間的寶劍，指向了杜睿，大喊道：“我們父子就是要反，皇帝處事不公，我父於國有大功，卻被閒置在這倭州，一待就是六年的光景，君不正，臣投外國，我父子有什麼錯！”
杜睿聞言，面色雖然依舊冷峻，可心中卻不由得一痛，他想過劉仁軌會有怨言，可是卻沒想到劉仁軌有朝一日會因此而反，如今看來倒是他太想當然了，只想到了要保證倭州的安定，徹底斷絕這個日後華夏的心腹大患，卻沒想到，一個人的忍耐力。
如果歷史上沒有他的出現，劉仁軌現在恐怕還在一個郎將的位子上蹉跎歲月，知道唐高宗征討高句麗的時候，才異軍突起，進入了高宗的視線，從此平步青雲，扶搖直上。
而現在呢？
劉仁軌已經一躍成了大唐名將，征討三韓，倭國之時立下了莫大的功勳，儼然已經成了大唐軍界的一顆將星。
將一個大唐軍界的將星放在倭島數年，不得升遷，遠離長安這個大唐的政治中心，確實有點兒流放的意思，可是這絕對不是劉仁軌父子因怨謀反的理由。
“住口！”杜睿怒喝道，“身爲大唐軍人，你的職責是保家衛國，守護大唐的疆土，你父子心中有怨恨，你們可知道就在大唐的南方海濱，婆羅洲上，當初本官率船隊出海遠洋之時，曾佔據一處海島，直到現在，那些忠勇的大唐將士依然駐守在那座海島之上，到如今已經過去了十餘載，和他們相比，你們有什麼可抱怨的！”
方纔氣勢還很盛，準備魚死網破的劉浚頓時沒了聲響，無言以對，和那些十餘年駐守海島的唐軍將士相比，他確實沒什麼可抱怨的。
倭州雖然落後，可卻並不貧瘠，劉仁軌身爲倭州都護府的大都護，儼然就是這裡的土皇帝，皇帝給予了他這份信任，已經是殊爲難得了。
杜睿接着又道：“你道你父親對國有大功，本帥問你，和那些戰死了的將士相比，你們父子如今所得到的一切，大唐可曾虧待了你們！”
杜睿這句話是對劉浚說的，同時也是對那些跟隨劉浚一起來自的唐軍將士說的，這番話說出來，那些唐軍將士頓時無地自容，一個個跪倒在地上，連頭都不敢擡。
他們也是鬼迷了心竅，被劉仁軌父子一陣蠱惑，昏了頭，這纔跟隨劉仁軌父子，一起行那大逆不道之事，如今被杜睿點破，這些唐軍將士也不由得想起了那些戰死沙場的同袍弟兄，和他們相比，他們如今還能好生生的活在這世上，還有什麼不滿足的呢！
杜睿又道：“你們跟着劉仁軌父子謀反，所求不過是富貴，可是你們想過沒有，劉仁軌如何是大唐的對手，即便你們事成，又能如何，你們的家眷都在中原，難道你們要他們一輩子都揹負着一個反賊親人的名頭活下去嗎？”
“大帥恕罪！”
那些唐軍聞言，心中頓時一陣驚懼，連聲哀求起來，他們也不過是被眼前的利益迷惑了心神，如今被杜睿一提醒，這纔想起來，家人親眷都在中原，一旦他們這邊謀反，等待家人的將會是什麼命運，可想而之。
大唐自杜睿變法以來，雖然廢除了不少酷刑，可對於謀反大罪的懲罰，卻是極爲嚴厲的，一人謀反，三族盡誅，這個代價，他們誰都承受不起。
杜睿點了點頭，道：“幸而爾等翻然悔悟，倒還不算晚，大錯既然沒有鑄成，本官就暫且繞過你們，容你們戴罪立功！”
劉浚見杜睿連敲帶打，輕而易舉的就扭轉了形勢，心中也不由得一陣悲苦，頹然的低下了頭。
杜睿見已經差不多了，手中的長劍一揮，將劉浚手中的劍打掉，喝了一聲：“綁了！”
立刻便有飛虎軍上前，將劉浚一腳踹翻在地，拿出繩索就綁縛起來，這些飛虎軍的將士對於大唐都是極爲忠誠的戰士，對逆賊自然沒有什麼善待一說。
劉浚被帶了下去，那些跟隨而來的唐軍，杜睿也全都交給了杜平生統領，事情已定，杜睿卻沒有一點兒高興的模樣，悵然的一聲長嘆。
劉仁軌居然會謀反，這是杜睿萬萬沒有想到的，對劉仁軌，杜睿可是十分看重的，雖然如今歷史的走向已經和原本完全不同，可從徵三韓和徵倭國這兩陣，杜睿還是感覺到，劉仁軌並未因爲歷史的改變而泯然衆人。
劉仁軌雖然是個文官，然他在歷史上第一次發跡便是因爲戰功，在歷史上的顯慶五年，唐高宗爲滅高句麗，決定先攻下百濟，去其外援，然後再攻滅高句麗。
三月，唐高宗命左武衛大將軍蘇定方爲神丘道行軍大總管，率水陸大軍十萬出兵百濟。八月，唐軍平定百濟，俘其國王及太子，在其地置熊津等五個都督府，並留郎將劉仁願鎮守百濟府城。十二月，唐高宗命李世績爲遼東道行軍大總管，發兵高句麗。
在這一戰中，劉仁軌則統領水軍，監督海運，負責後勤保障。
龍朔元年三月，唐命左衛中郎將王文度爲熊津都督，安撫百濟餘衆，不巧王文度於渡海時死去。百濟僧人道琛及故將扶余福信擁衆據周留城抗唐，又派人前往倭國迎回故王子扶余豐，立其爲國王。
這時，倭國亦欲乘朝鮮半島三國內亂之時，保住在高麗半島上的勢力，緩和國內的政治危機，遂派阿曇比羅夫率日軍護送扶余豐回到百濟。
蘇定方歸國以後，道琛與扶余福信引衆圍攻百濟府城，劉仁願遣使告急。唐高宗詔令劉仁軌爲檢校帶方州刺史，領王文度部衆，從近道徵發新羅兵以救援劉仁願。
劉仁軌聽到這個消息，非常高興，並說：“天將富貴此翁耳！”
於是選吉日而行，臨行前，劉仁軌發誓：“擬削平遼海，頒示國家正朔，使夷俗遵奉焉。”
此次，是剛滿六十歲的劉仁軌第一次帶兵出征，鑑於沒有作戰經驗，所以劉仁軌治軍非常嚴明。率唐軍轉戰而前，所向無敵。道琛率百濟軍在熊津江口立兩道柵欄，抗拒唐軍。劉仁軌率部與新羅兵四面夾擊，大敗百濟軍，士卒爭入柵內，由於便橋狹窄，落水及被唐軍所殲達萬餘人。道琛連失兩柵，遂解除對劉仁願的包圍，退守任存城。道琛自稱領軍將軍，福信自稱霜岑將軍，招兵買馬，其勢愈壯，對唐軍構成威脅。劉仁軌見所率唐軍兵少，便與劉仁願合兵一處，養兵蓄銳。
這時，高宗又詔新羅出兵，援助劉仁軌。新羅王遂遣將軍金欽率兵向百濟府進發。行經古泗，遭受福信部阻擊，金欽只得由葛嶺道退回，由此不敢復出。不久，福信殺死道琛，兼併其衆，專制政柄。
龍朔二年二月，唐平壤道行軍總管蘇定方久攻平壤不克，又值大雪，遂解圍歸國。唐高宗也認爲不宜再戰，便下詔書指示劉仁軌：“平壤軍回，一城不可獨固，宜拔就新羅，共其屯守。若金法敏藉卿等留鎮，宜且停彼；若其不須，即宜泛海還也。”
唐軍將士也皆欲西歸，劉仁軌則客觀、細緻分析了敵我雙方的形勢，決定堅守百濟，伺機出擊。他說：“《春秋》之義，大夫出疆，有可以安社稷、便國家、專之可也。況在滄海之外，密邇豺狼者哉！且人臣進思盡忠，有死無貳，公家之利，知無不爲。主上欲吞滅高麗，先誅百濟，留兵鎮守，制其心腹。雖妖孽充斥，而備預甚嚴，宜礪戈秣馬，擊其不意。彼既無備，何攻不克？戰而有勝，士卒自安。然後分兵據險，開張形勢，飛表聞上，更請兵船。朝廷知其有成，必當出師命將，聲援才接，凶逆自殲。非直不棄成功，實亦永清海外。今平壤之軍既回，熊津又拔，則百濟餘燼，不日更興，高麗逋藪，何時可滅？且今以一城之地，居賊中心，如其失腳，即爲亡虜。拔入新羅，又是坐客，脫不如意，悔不可追。況福信兇暴，殘虐過甚，餘豐猜惑，外合內離，鴟張共處，勢必相害。唯宜堅守觀變，乘便取之，不可動也。”
衆將聞言，也覺得劉仁軌說得有理，皆相從。
時扶余豐與福信等也認爲唐軍孤城無援，即將撤退，還遣使探問：“大使等何時西還，當遣相送。”從此未加防備。
劉仁軌、劉仁願知百濟防衛鬆弛，遂七月趁其鬆懈，率部突襲，相繼攻克支羅城及尹城、大山、沙井等柵，殲敵及俘獲甚衆，分兵守之。
福信等退守真峴城，憑藉該城臨江高險，又當衝要，嚴兵守衛。隨後不久，劉仁軌伺其稍懈，率新羅兵夜至城下，驅衆從四面攀草登城，天亮時佔據真硯城，終於打通了從新羅運糧的道路。
劉仁願遣使歸國報捷，同時請求派兵增援。此時，唐高宗已得知倭國出兵增援百濟，遂命熊津道行軍總管、右威衛將軍孫仁師發淄、青、萊、海四州兵7000人開赴熊津。
福信等丟失真峴城後，處境日窘，又與扶余豐之間的猜忌與日俱增。福信遂裝病不出，企圖趁扶余豐前來問疾之時，伏兵殺之。不料此謀泄露，扶余奉便帥親信襲殺福信，遣使分赴高麗、倭國，乞師援助。
龍朔三年，倭國天智天皇以援助百濟爲名，令倭將毛野稚子等傾舉國精銳27000餘人向新羅發起進攻，奪取了沙鼻歧，奴江二城，切斷了唐軍與新羅的聯繫。
九月，孫仁師率部抵達熊津，與劉仁軌、劉仁願會師，唐軍兵勢大振。唐軍立即召開軍事會議，商討下一步的作戰計劃。
會上有人認爲“加林城水陸之衝，請先擊之。”
但劉仁軌覺得此舉不妥，並提出了自己的方案，他說：“加林險固，急攻則傷損戰士，固守則用日持久，不如先攻周留城。周留，賊之巢穴，羣兇所聚，除惡務本，須拔其源。若克周留，則諸城自下。”
此舉得到唐軍諸將的一至認可，於是於是唐軍分爲二路：劉仁願、孫仁師和新羅王金法敏率陸軍前進；劉仁軌則與部將杜爽、百濟降將扶余隆率水軍與糧船從熊津江入白江而下，和陸軍會合，同趨周留城。
初八，孫仁師等在白江打敗百濟殘餘部隊及倭兵，攻克周留城。由於周留告急，倭將廬原君臣率水軍萬餘渡海而來，準備自白江口登陸。
劉仁軌率水軍率先到達白江口，二十七日，倭國水軍也從海上抵達白江口，兩軍遭遇。當時唐朝水軍爲7000餘人，戰船170艘。
倭國水軍萬餘，戰船1000多艘。倭軍雖在數量在多於唐軍，但大唐因國力強盛，經濟發達，所造海船以形體高大、性能良好著稱於世。所以唐朝水軍的戰船在數量上雖處於劣勢，但在質量上卻遠勝倭國戰船。
並於這次海戰，史書記載非常簡略，而後世的日本史書則記載較爲詳細。由於大唐水軍先到達白江口，加上戰船精良，劉仁軌遂採取疲敵之策，先搶佔有利位置，列戰船於白江嚴陣以待。倭軍到後，率先發起進攻，結果不利而退。而唐軍仍堅陣而守。
二十八日，日本諸將與百濟王在首戰敗於唐水軍後，仍盲目地高估自己的實力，錯誤地認爲“我等爭先，彼應自退”，於是未加整頓部署，不觀天氣變化，便“率日本亂伍中軍之卒，進打大唐堅陣之軍”。
劉仁軌見倭軍來攻，充分利用唐軍戰船的優勢，指揮水軍將倭軍的船隻左右夾住，使其不得迴旋，隨後再施以火攻，一時“煙焰漲天，海水皆赤。”
經過激戰，唐軍四戰四捷，取得了輝煌的勝利：焚燬倭軍戰船400多艘；擊斃倭將樸市田來津；扶余豐趁亂逃奔高麗，其所佩寶劍被唐軍繳獲；王子扶余忠勝、扶余忠志和倭軍殘部投降；百濟諸城全部歸順，百濟再次得以平定，只有遲受信據守任存城不降。
白江口海戰是中國古代戰爭史上一次大規模的海戰，因中國史書記載有限，所以鮮爲人知。作戰中，劉仁軌指揮有方，在兵力不如對方的情況下，先採取守勢，而後因勢利導，以己之長攻敵之短，並輻以併火，最後取得了中日戰爭史上第一次大規模作戰的勝利。
陸上倭軍聞此訊，大驚不已，“相謂之曰：‘州柔（即周留）降矣，事無奈何。百濟之名絕於今日，丘墓之所，豈可復往？’”
白江口海戰的勝利，使唐軍很快佔領了百濟全境，形成對高句麗的夾擊態勢。同時也粉碎了日本侵入朝鮮半島的野心。日本天智天皇深恐唐軍進攻本土，自公元664年開始，在國內耗費巨資，修築了4道防線，以備唐軍。
此前，百濟首領沙吒相如、黑齒常之在平壤道行軍總管蘇定方回軍後，招集亡散，各據險響應福信，白江口海戰後，各率所部歸降。
劉仁軌好言安慰他們，然後讓其各自率軍攻打任存城，並準備派唐軍相助。孫仁師認爲：“相如等獸心難信，若授以甲仗，是資寇兵也。”
劉仁軌卻不以爲然，說：“吾觀相如、常之皆忠勇有謀，感恩之士，從我則成，揹我必滅，因機立效，在於茲日，不須疑也。”
於是發給黑齒常之等糧食和武器，分兵相隨，遂克任存城，遲受信拋棄家屬，投奔高句麗。至此，百濟皆平。
此時，唐高宗召劉仁願、孫仁師回朝，令劉仁軌領兵鎮守百濟。百濟經過多年的戰亂，“合境凋殘，殭屍相屬”。
爲此，劉仁軌採取一系列措施，來安定民心，恢復社會秩序，掩埋骸骨，登記戶口，任命官長，治理村落，修路架橋，修補堤堰，恢復陂塘，督促百姓種田養蠶，賑濟百姓，贍養孤老。很快便醫治了戰爭所帶來的創傷，使百姓安居樂業起來。然後劉仁軌又屯田積糧，訓練士卒，做好攻打高句麗的準備。
劉仁願回到京城後，唐高宗問道：“卿在海東，前後奏請，皆合事宜，而雅有文理。卿本武將，何得然也？”
劉仁願據實回答說：“劉仁軌之詞，非臣所及也。”
唐高宗聞後非常高興，給劉仁軌晉升六級官階，正式任命爲帶方州刺史，併爲他在長安建第，厚賞家屬。
劉仁軌留守百濟，在暫時放下軍事領導權的同時，很快就發揮了自己在政治上的見底，他首先發現唐軍就存在着許多問題，如將士思歸、士氣低落、軍隊的戰鬥力和後勤保障也非常差。經過一段時間細緻的調查，劉仁軌找到了原因，然後於麟德元年十月初六上書唐高宗：
“臣蒙陛下曲垂天獎，棄瑕錄用，授之刺舉，又加連率。材輕職重，憂責更深，常思報效，冀酬萬一，智力淺短，淹滯無成。久在海外，每從徵役，軍旅之事，實有所聞。具狀封奏，伏願詳察。臣看見在兵募，手腳沉重者多，勇健奮發者少，兼有老弱，衣服單寒，唯望西歸，無心展效。臣問：‘往在海西，見百姓人人投募，爭欲徵行，乃有不用官物，請自辦衣糧，投名義徵。何因今日募兵，如此佇弱？’皆報臣雲：‘今日官府，與往日不同，人心又別。貞觀、永徽年中，東西征役，身死王事者，並蒙敕使弔祭，追贈官職，亦有回亡者官爵與其子弟。從顯慶五年以後，徵役身死，更不借問。往前渡遼海者，即得一轉勳官；從顯慶五年以後，頻經渡海，不被記錄。州縣發遣兵募，人身少壯、家有錢財、參逐官府者，東西藏避，並即得脫；無錢參逐者，雖是老弱，推背即來。顯慶五年，破百濟勳，及向平壤苦戰勳，當時軍將號令，並言與高官重賞，百方購募，無種不道。洎到西岸，唯聞枷鎖推禁，奪賜破勳，州縣追呼，求住不得，公私困弊，不可言盡。發海西之日，已有自害逃走，非獨海外始逃。又爲徵役，蒙授勳級，將爲榮寵，頻年徵役，唯取勳官，牽挽辛苦，與白丁無別。百姓不願徵行，特由於此。‘陛下再興兵馬，平定百濟，留兵鎮守，經略高麗。百姓有如此議論，若爲成就功業？臣聞琴瑟不調，改而更張，佈政施化，隨時取適。自非重賞明罰，何以成功？臣又問：‘見在兵募，舊留鎮五年，尚得支濟；爾等始經一年，何因如此單露？’並報臣道：‘發家來日，唯遣作一年裝束，自從離家，已經二年。在朝陽甕津，又遣來去運糧，涉海遭風，多有漂失。’臣勘責見在兵募，衣裳單露，不堪度冬者，給大軍還日所留衣裳，且得一冬充事。來年秋後，更無準擬。陛下若欲殄滅高麗，不可棄百濟土地。餘豐在北，餘勇在南，百濟、高麗，舊相黨援，倭人雖遠，亦相影響，若無兵馬，還成一國。既須鎮壓，又置屯田，事藉兵士，同心同德。兵士既有此議，不可膠柱因循，須還其渡海官勳及平百濟向平壤功效。除此之外，更相褒賞，明敕慰勞，以起兵募之心。若依今日以前佈置，臣恐師老且疲，無所成就。臣又見晉代平吳，史籍具載。內有武帝、張華，外有羊祜、杜預，籌謀策畫，經緯諮詢。王浚之徒，折衝萬里，樓船戰艦，已到石頭。賈充、王渾之輩，猶欲斬張華以謝天下。武帝報雲：‘平吳之計，出自朕意，張華同朕見耳，非其本心。’是非不同，乖亂如此。平吳之後，猶欲苦繩王浚，賴武帝擁護，始得保全。不逢武帝聖明，王浚不存首領。臣每讀其書，未嘗不撫心長嘆。伏惟陛下既得百濟，欲取高麗，須外內同心，上下齊奮，舉無遺策，始可成功。百姓既有此議，更宜改調。臣恐是逆耳之事，無人爲陛下盡言。自顧老病日侵，殘生詎幾？奄忽長逝，銜恨九泉，所以披露肝膽，昧死聞奏。”
劉仁軌在文中陳述了唐軍現在招募兵役中存在的問題，並詳細分析了其中的利弊。認爲府兵制和臨時募兵制都不能適應國家的軍事需要，如果突然發生戰爭，大唐將是沒有兵備的國家，一蹴而倒的危險是存在的。
唐高宗見到奏章後，非常重視，立即派劉仁願率兵渡海，接替劉仁軌及所部回國。但劉仁軌卻不同意立即回國，並說明了自己的理由，他說：“國家懸軍海外，欲以經略高句麗，其事非易。今收穫未畢，而軍吏與士卒一時代去，軍將又歸。夷人新服，衆心未安，必將生變。不如且留舊兵，漸令收穫，辦具資糧，節級遣還；軍將且留鎮撫，未可還也。”
但劉仁願卻說：“吾前還海西，大遭讒謗，雲吾多留兵衆，謀據海東，幾不免禍。今日唯知準敕，豈敢擅有所爲！”
劉仁軌氣憤地說：“人臣苟利於國，知無不爲，豈恤其私！”
隨後，劉仁軌再次上表陳述自己的理由，肯請留下繼續鎮守百濟，並請求任命扶余隆爲熊津都督，招撫其衆。這些都得到了唐高宗的認可。
劉仁軌不單單在政治，軍事上頗有見地，而且還爲人剛正，常常犯言直諫，在唐高宗後期，武則天操縱朝政。弘道元年十二月，唐高宗病卒，武則天親政。劉仁軌做爲前朝元老，被加授特進。弘道元年十二月二十一日，劉仁軌再次出任尚書左僕射、同中書門下三品。
光宅元年二月初八，武則天廢皇太孫李重照爲平民，令劉仁軌專門主管西京留守事務。並寫信給劉仁軌說：“昔漢以關中事委蕭何，今託公亦猶是矣。”
劉仁軌見武則天臨朝後，獨斷專行，於是便以年老體衰爲由進行推辭。同時還陳述漢朝呂后禍敗的事實，以此規諫對武則天。武則天見是劉仁軌規勸自己，知他年老體衰，不會有太大作爲，便派秘書監武承嗣去撫慰他，並說：“今日以皇帝諒暗不言，眇身且代親政。遠勞勸誡，復表辭衰疾，怪望既多，徊徨失據。又云‘呂后見嗤於後代，祿、產貽禍於漢朝’，引喻良深，愧慰交集。公忠貞之操，終始不渝；勁直之風，古今罕比。初聞此語，能不罔然；靜而思之，是爲龜鏡。且端揆之任，儀刑百辟，況公先朝舊德，遐邇具瞻。願以匡救爲懷，無以暮年致請。”
不但沒有責備劉仁軌，不久，還將劉仁軌的爵位進封到了郡公。
此時的劉仁軌知道武則天勢大，沒有與她發生衝突，有時還爲武則天做事。如裴炎入獄後，郎將姜嗣宗自洛陽出使長安，劉仁軌問他洛陽的情況如何，姜嗣宗說：“嗣宗覺裴炎有異於常久矣。”仁軌曰：“使人覺之邪？”曰：“然。”劉仁軌於是說：“仁軌有奏事，願附使人以聞。”姜嗣宗很爽快的答應了，第二天，姜嗣宗帶着劉仁軌的奏章返回洛陽，結果奏章中說的是“嗣宗知裴炎反不言。”武則天看後，將姜嗣宗絞死。
垂拱元年，武則天改革官制，劉仁軌改任文昌左相、同鳳閣鸞臺三品。正月二十二日，劉仁軌因病去世，享年八十五歲。武則天停朝三日，讓京城中的各級官員，依次前去弔唁，並追贈開府儀同三司、幷州大都督，陪葬乾陵，賜其家實封三百戶。
劉仁軌出身貧寒，後雖身居顯位，但從不矜倨。每次接見年輕時的舊友，都是穿着很樸素的衣服。當年任陳倉尉時，相工袁天綱曾對劉仁軌說：“君終當位鄰臺輔，年將九十。”後果如其言。
歷史上的劉仁軌素以儒將稱著，當時唯裴行儉能與其相比。史書稱：“昔晉侯選任將帥，取其說《禮》《樂》而敦《詩》《書》，良有以也。夫權謀方略，兵家之大經，邦國系之以存亡，政令因之而強弱，則馮衆怙力，豨勇虎暴者，安可輕言推轂授任哉！故王猛、諸葛亮振起窮巷，驅駕豪傑，左指右顧，廓定霸圖，非他道也，蓋智力權變，適當其用耳。劉樂城、裴聞喜，文雅方略，無謝昔賢，治戎安邊，綽有心術，儒將之雄者也。”
雖然史書上，因爲劉仁軌晚年之時服從武則天，對他的評價不算很高，但是杜睿卻對這個華夏曆史上，在戰場之上第一個擊敗倭人的將軍，分外推崇。
劉仁軌雖身爲文官，但在古稀之年仍能爲國家建功立業，非常難能可貴。白江口海戰的勝利，也使劉仁軌成爲中國戰爭史上爲數不多海軍名將。在與高麗、百濟的戰爭中，大唐統治者對東征將領可謂精加選擇，充分發揮了這些軍事將領的指揮和作戰才能。如薛仁貴“勇冠三軍”，龐同善“持軍嚴整”，高侃“勤儉自處，忠果有謀”，契苾何力“沉毅能斷”、“有統御之才”，李績“夙夜小心，忘身憂國”等，都是唐軍將帥中的佼佼者。
而劉仁軌則更要高出一疇，他不但智勇雙全，而且有較高的政治才能，雖然孤立百濟，卻能使當地百姓“大悅”，使自己立於不敗之地，爲戰爭的最後勝利起了重要作用。
可就是這個劉仁軌，就是這個被杜睿從一介不如品級的督糧小官，一下子提拔成副帥的人，如今居然因爲心懷憤懣，要起兵謀反，回顧一下歷史上那個文武雙全，剛正不阿的劉仁軌，杜睿都懷疑，這兩者是不是同一人。
在杜睿的計劃中，劉仁軌可是佔着很重分量的，如今大唐在平定了吐蕃之後，又將主要的精力轉移到了中南半島之上，但是在那之後，經略海外，可就是重中之重了，到那個時候，劉仁軌這個華夏曆史上的第一位海軍名將，還能沒有用武之地。
可是如今劉仁軌居然要謀反，杜睿一想到這個，心中又是憤怒，又是悲傷，一個大唐的英雄，居然會爲了名爵上的那點兒小事，選擇謀反這條路，當真可悲可嘆。
“睿郎！”
方纔發生的一切，讓汝南公主等人都是心懷驚懼，此時見局面已經被控制住了，這才上前，擔心的問道：“睿郎！可是劉仁軌要謀逆！？”
杜睿沒有回答汝南公主，而是看向了李治，道：“這就要問李公子了！”
李治被杜睿的眼神一打量，倒也不心虛，坦然道：“你說的不錯，那劉仁軌確實曾向我暗示過，不過我以爲他是得了你的授意，纔來試探我的，誰知道他居然這麼大的膽子！”
杜睿並不懷疑李治的話，聞言也沒有再逼問什麼，只是無所謂的一笑。
一旁的安康公主急道：“壞了！？睿郎！元春和孩子們！他們”
杜睿一笑道：“不用擔心，元春他們我都已經安排好了，想來此時已經到了船上，安全不用擔心！”
杜睿做事一向謀定而後動，剛一到倭州，他就預感到了事情不妙，縱然後來知道那個天草四郎是個和他一樣的重生者，可大唐在倭州駐守着十萬大軍，莫說是天草四郎這麼個沒有金手指，沒開外掛的穿越衆，即便是開了逆天修改器的，劉仁軌也不大可能剿滅不了，那麼接下來唯一的解釋自然就是劉仁軌養賊自重，別有所圖。
杜睿既然已經懷疑到了劉仁軌的身上，自然不能拿着自己和家人的身家性命開玩笑，他這邊隨杜雲蓮到了李治的居所，另一邊，元春等人則在四百飛虎軍的護衛之下前往了馮茗的水軍駐地。
杜睿則以身爲餌，到底要看看劉仁軌打什麼注意，果然和他想的不差，劉仁軌居然想着借倭人的手取他的性命，若是劉仁軌沒有歹心的話，倭州多大的地方，近畿這裡甚至比不得大唐的一個州，劉仁軌在倭州經營多年，怎麼會不能及時發現有倭人要對他不利。
安康公主聞言，這才放心了些，接着又道：“睿郎！如今倭州，劉仁軌勢大，到處都是他的人，我們該如何是好！”
杜睿一笑，道：“哪裡是他的人，這些軍士都是大唐軍人，他們生是大唐的人，死是大唐的忠魂，可不是哪一家的私兵！”