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而可汗也在機緣巧合下知曉，裝載自己七十二個族人的光子魚雷就在企業號星艦上，在大展神威消滅了克林貢人的巡邏隊後，可汗乾脆利落的向柯克投降了。在可汗眼中，他的族人最重要，既然他們沒死落到了企業號星艦上，那他就要盡最大努力拯救他們。
在可汗的提示下，柯克一點點發現了陰謀的存在。當然，柯克發現的這個陰謀只是可汗想讓他看到的樣子，可汗在其中完全是受害者的形象。於是，柯克就在可汗的引導下，一步步的從一個陰謀走向了另一個陰謀。
柯克聯繫上了因爲與他的意見相左而退出星艦的輪機長斯科特，讓身在地球的斯科特前往一個位於太陽系的座標（23.17.46.11）查看，這個座標是可汗給柯克的，那裡有着可以證明可汗所說一切的證據。同時，企業號星艦上的柯克等人，也在可汗的指引下發現了藏在光子魚雷內的七十二個基因改造人。
輪機長斯科特雖然當時和柯克吵翻了，直接從企業號上辭職，但他們仍然是戰友。雖然斯科特因此氣得去酒吧買醉，但在接到柯克的消息後，+斯科特還是立即行動了起來。
駕駛着一艘小型飛船，斯科特按照座標來到了木星左近。木星是一個巨大的液態氫星體，它的質量爲太陽的千分之一。體積則是地球的1316倍，爲太陽系中其它七大行星質量總和的2.5倍。這樣的液態氫星體自然是無法進行星際建設的。但木星有着數十顆的天然衛星，其中便有固態星體。按照座標。斯科特最終來到了一顆木星的固態衛星附近。在這裡，斯科特見到了一個無比巨大的封閉式太空港。
斯科特悄悄駕駛着飛船潛伏到了太空港上空，趁着一支飛船組成的分隊進入太空港時，混入其中進入了太空港。太空港內的景象令斯科特大吃一驚，因爲那艘停泊在船位上的星艦是如此龐大，僅僅是目測，就約有一千米長，比星際艦隊現役的最大星艦企業號還要大一倍不止。噸位這麼大的星艦，斯科特不僅沒見過連聽都沒聽到過。
“老天……”斯科特正要用吐槽來表達自己的驚訝。就感到飛船後面傳來一陣強烈的藍白光芒。本就做賊心虛的斯科特駕駛着飛船猛地轉彎，躲避着預想中的攻擊。然而，調轉了方向的斯科特沒有看到攻擊，只看到一個直徑數千米的藍白光環出現在太空港門口，無數的人形機器人和飛船從光環之中的孔洞中蜂擁而出。
相對來說，星際聯邦的科技還是十分發達的。比如，星際艦隊中統一使用的通話器，即便柯克艦長在離地球數萬光年之外的克林貢帝國，仍然可以和自己的輪機長斯科特進行實時通話。而不會發生延遲；在與外星物種對話時，有着萬能翻譯器可以翻譯所有語言，不會出現語言無法溝通的困難；星艦上有着可以在在短時間裡就能完成對一顆星球的掃描探測，準確發現生命跡象的生命探測器。雖然這種生命探測器有着這樣那樣的缺陷，但不失爲一種強大的偵查儀器；可以稱得上娛樂休閒第一神器全息甲板，只要你能想到的。沒有全息甲板模擬不出來的；囚禁犯人的監管室所用的力場發生器，足以起到屏障作用；除了活體生命無法複製外。其他如日用品、工具和食物，皆可複製的通用複製機。
更有星艦的反物質反應堆爲太空航行提供充足的能源；星艦上的航行偏導儀和遠程傳感器。兩者結合可以將航線上的太空漂浮物清除，避免對飛船造成撞擊傷害；星艦表面的能量護盾，可以減免攻擊造成的傷害；星艦普遍裝備的相位武器“相位能量整流器”，即是光炮，威力可觀；星艦在低於光速航行時使用的脈衝引擎，可以讓星艦以接近四分之一光速的速度飛行；星艦上都有的傳送機，可以將人或裝備以原子的形式，從一個地方傳送到另一個地方有些甚至可以進行星際傳送，這種傳送還可以在曲速飛行的星艦上使用；最重要的當然是星艦所使用的曲速航行技術，這是一種通過在壓縮時空中航行的技術，其原理就是在運動物體周圍利用反物質驅動的曲速引擎製造一個人工的曲力場（arpfd），從而使物體能在這個扭曲的時空泡（arpbbb）中以若干倍於光速的速度移動。
聯邦的曲速技術非常先進，已經可以應用在體積較小的光子魚雷上，光子魚雷可以搭載常規戰術彈頭、反物質彈頭，亦可改裝成探測器、微型載人飛船，並可作曲速飛行。不過，相比《星球大戰》裡面的超空間引擎有些差距。漢·索羅的老破船千年隼號，配備了自稱是全銀河系最快的0.5級超空間引擎，可以在幾分鐘內帶他穿過整個銀河系，簡直是開掛般的存在。
不過，劉柯更看重《星際迷航：暗黑無界》而不是《星球大戰》，因爲劉柯此刻入侵的是31區的一個星艦製造基地。這裡有着完整的製造體系，包括星艦船體制造，曲速引擎製造，脈衝引擎製造，光炮製造，量子魚雷製造等。對於這些星際時代的科技技術，劉柯完全不用通過實物來進行逆向推演獲得技術，而是拿過來就能用，立刻就能進行生產改進。
當然，星際聯邦的科技也不是沒有短處。比如他們的單兵裝備就十分簡陋，武器除了相位槍還是相位槍。至於防禦，士兵則只是穿着常服，很少穿盔甲等裝備。而且他們的盔甲防禦力是有那麼一些，但只有一種保護功能，完全沒有飛行等能力，與從鋼鐵俠戰衣發展來的多功能機動裝甲相比，完全就是一個在地，一個在天，完全敗在機動裝甲之下。
雖然這些突然闖入的傢伙以前從沒見過，但以斯科特企業號星艦輪機長的眼光來看，這些飛船的造型似乎有些落後，僅是外形就不太適應星際航行。但飛船上面猙獰林立的炮管，卻說明這些飛船落後歸落後，卻是實打實的戰艦。而那些靈活的機器人，除了表面掛載的武器，還擁有着大量的內置式武器艙，完全就是一個個移動火力點，火力兇猛至極。
最堅固的堡壘從來到都是從內部被攻破的，更何況這座太空港的防禦力實在稱不上堡壘。於是，在傾巢而出的十三萬克隆人士兵、十萬臺各式機動裝甲、一萬五千個塞伯坦人的狂攻下，整座太空港飛速陷落。而賈維斯則開始入侵太空港內的電腦系統，雖然遇到了一些阻礙，但在黑哥出手後，整座太空港便落進了賈維斯的控制中。沒有一艘飛船逃脫，所有人員皆被一網打盡，不是被擊殺便是被俘。
一個肩章上掛着五顆將星的老者被克隆人士兵押到了劉柯面前，看着眼前的劉柯，老者問道：“你是誰？你的進攻是在對星際聯邦的宣戰！”
看着性格狠辣強硬的馬庫斯上將，劉柯不由生出了一些惡趣味，“馬庫斯上將，你面前的是皓月帝國的皇帝·埃爾。正如你所說，皓月帝國正式向聯邦宣戰。”
“爲此，我決定放你回地球，讓你幫我傳達雙方開戰的信息。賈維斯，給馬庫斯上將準備一艘逃生船，記得把曲速飛行、傳送機和通訊系統都拆掉，脈衝引擎的速度也調低點。”
劉柯如此安排，雖然是放了馬庫斯一條生路讓他回去報信，但這種飛行速度，馬庫斯回到地球怎麼也要幾年的時光。但馬庫斯來不及生氣，能夠逃出生天已經萬幸了。雖然暗中已是欣喜萬分，但馬庫斯還是板着臉跟隨着克隆人士兵向着逃生船走去。
然而，劉柯最後幾句話卻令馬庫斯的心再次沉入谷底，“馬庫斯上將，據我得到的消息，企業號星艦即將返回地球，柯克艦長沒有用光子魚雷轟殺可汗，反而是親自帶隊前往克羅諾斯星逮捕了他。你帶領31區所做的事情馬上就要曝光了，你還想回地球嗎？”馬庫斯一直期盼的戰爭到來了，但不是跟克林貢帝國，而是跟一個誰都沒聽過的皓月帝國開戰。戰爭雖然即將到來，但馬庫斯卻感覺到自己要被排斥出戰爭之外，這讓馬庫斯怨毒無比的瞪視着劉柯。
對於馬庫斯的仇視，劉柯沒有理會，反而開始檢視自己的戰利品。“賈維斯，檢查太空港中的星艦船塢，蒐集建造星艦的技術資料，清點各條生產線，清點剩餘物資。”
掃了一眼被克隆人士兵押解的31區工作人員，劉柯又說道：“找到太空港的工作人員名冊，這種生產要地的工作人員可定會詳細記載在案。我們需要找出其中的熟練工人和技術人員，讓他們爲我效力。”
賈維斯連接着每一個克隆人士兵、機動裝甲和塞伯坦人身上的鏡頭，這是爲了方便他收集戰場即時情報，掌控全局制定出合理的戰術策略。此時，利用這些鏡頭，賈維斯很快完成被俘人員的識別。
“先生，我已經完成了人員識別，太空港中只有一個俘虜並不是此地的工作人員，也不是駐軍。我在31區的資料庫中找到此人的資料，他是蒙哥馬利·斯科特。”
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