一億年後，天第六界大改，八荒六合四海煥然一新，天地有了新秩序，六界有了新變革，並且六界也得到了重新劃分。原本的四片大陸，也因玄武神君的入魔，合爲一整片大陸，名喚神州大陸。
原本處於雲層之上的九十九重天宮，現已成爲新世界的一個標誌，而並非天宮神界唯一存在。還是雲層之上，皆爲天空世界，也稱天上世界，故稱之爲天界。
地府原本就是神界與鬼界聯合，現已自成一界，名爲地府世界，故稱其爲地界。
而其他世界依舊不改，天界依然統管其餘五界。天界之主，依然是六界共主，也稱天地共主。
除天地兩界，其餘四世界，生靈肉體生命皆有限度，那些生靈肉體消亡之後，神魂皆歸地府，按其生前功過對錯，安排神職鬼差，或是再次進入六道輪迴，忘卻一切，重新修行，亦或是循環往復，永世輪迴。
如此，天界和地界，也都新增了不少神仙鬼差。
天宮之中就有太白金星、四海龍王、風雨雷電等數千萬神仙。而地府之中便有了十殿閻羅、四大判官、黑白無常、牛頭馬面、孟婆等數千萬鬼王鬼差。
六界雖有新氣象，卻也有心劫難。
玄武神君所造那些生靈，東華帝君，他們一衆創世之神，觀察了兩萬年，發現並沒有什麼異常，於是破除封印，就將其放出。可後來因爲玄武神君心中不忿不滿，化身爲魔，後在黑龍協助之下，一統妖魔兩界，並且自封無上魔君，成爲女媧等神勁敵。
靈寶天尊剛開始隨玄武神君來到扶桑大陸之時，電獸玄武神君體內黑龍魔氣影響，體內濁氣變無限放大，赫然離體，化身爲通天，並承下靈寶天尊所有神法，靈寶天尊本身自此陷入昏迷，通天將靈寶天尊帶回碧遊宮，並將其封印於宮中，然後自命爲截教新任教主，故稱通天教主。
這也就是爲何當初，靈寶天尊剛到扶桑大陸不到一日，便回了碧遊宮，這也就是爲何當初，靈寶天尊回碧遊宮之時，並未去向東華帝君他們言明之真實緣由了。
後來，也就是在東華帝君他們破除封印放出那些森林不久之後，靈寶天尊的最後一次神魂飛入到了創世衆神夢中，並將事情原委告知於他們，他們也方纔明白，爲何會發生如此變故？
原來玄武神君早已心懷不軌，並且早已被體內魔氣所控。只是當他們得知這一情況之時，已經爲時已晚，再也無可挽回。
沒過多久，也就是在東華帝君等神得知真情之時，通天教主將玄武神君帶入天外天，放出黑龍。
之後東華帝君等神及時趕往天外天，並聯合天外天衆神，與黑龍和玄武神君大戰，後玄武神君大敗，黑龍則再次被削弱其大半神力，如今黑龍，實力早已大不如前，甚至連玄武神君這等，都無法戰勝，加之這次大戰，有衆大神助力，黑龍神石與意志盡數被毀，已經徹底淪爲一頭傻龍。
玄武神君又通過天外天特殊靈氣，將黑龍融於自身體內，徹底化身爲魔，之後吸納天外天所有靈氣，並將天外天世界徹底毀滅。
玄武神君與衆神抗衡不敵，逃出天外天，並且運用無上魔功征服了妖魔兩界所有生靈，並將其帶回到扶桑大陸。玄武神君在扶桑大陸設下了極爲強大的保護結界。
就算東華帝君他們神法再怎麼強大，也無法在短時間內功課扶桑大陸，這便給了他們調息之機，休養生息之法。何況他也知道，如今東華帝君他們也並沒有那個精力來管他們這些妖魔。
之後，玄武神君便開始做起了自己的無上魔君，他現在已經征服妖魔兩界，將來他還想一統六界，就像是東華帝君、西王母和女媧他們那般，既然那些人可以掌管天下六界，那他無上魔君一樣可以，甚至要比他們做得更好，將來有朝一日，他要一統天下萬靈，徹底掌管這八荒六合四海。
而事實也確實如無上魔君所料，這創世諸神根本沒有精力來與他們這些妖魔爭鬥。天外天世界被毀，天地萬界陷入動盪，萬界生靈也藉此開始發動戰亂，他們都希望自己能夠一統萬界，能像昔日天外天世界那般輝煌。
自此，東華帝君以西王母是卸任天地共主，他們也帶着太乙天尊、陸壓道人和天宮大半神兵神將，開始征戰天下八荒，維護世間和平。
而無上魔君所造出的那些生靈，如今也都有了自己的名號。
其中最爲有名的就是十二祖巫。這十二祖巫分別爲:金之祖巫——蓐收、木之祖巫——句芒、水之祖巫——共工、火之祖巫——祝融、風之祖巫——寒涼、雨之祖巫——玄冥、雷之祖巫——強良、電之祖巫——白閃、空間速度之祖巫——帝江、時間之祖巫——燭九陰、天氣之祖巫——奢比屍、土之祖巫——黃沙。
十二祖巫魔力無窮，乃無上魔君坐下最得力助手。除開這些，在這些生靈當中，剩下的便是魔軍與魔獸。
然而，爲了面對這些妖魔界邪靈，創世諸神也都煉製出了各種神器法寶，它們就是先天至寶、先天法寶與先天靈寶，再加上混沌至寶與天外至寶的威力，也算是能夠與其抗衡了。
而這些神器法寶具體名號也都極爲獨特。他們分別是:
太極圖、盤古幡、誅仙四劍、三生石、混沌鍾、混沌珠、八卦爐、造化玉蝶、玲瓏寶塔（鎖妖塔）、東皇鍾、乾坤神劍（後世爲軒轅劍）、天眼（陰陽眼），此爲十二大大先天至寶。
打神鞭、定海神針、鎮妖瓶、招妖幡、縛妖索、捆仙繩、紫金葫蘆、芭蕉扇、七星鞭、穿雲弓（後爲射日神弓）、流星箭（後爲射日神箭），此爲十二大先天法寶。
五行旗（中央戊己杏黃旗、東方青蓮寶色旗、南方離地焰光旗、西方素色雲界旗、北方玄元控水旗）、乾坤鼎（後世爲神農鼎）、十二品蓮臺、山河社稷圖、河圖洛書、七寶妙樹、天書（封神榜）、地書、冥書（生死薄）、紅繡球、崑崙鏡、龍鳳斬，此爲先天十二靈寶。
還有之前盤古劈開混沌所使用的開天神斧，幻化成三清法寶的創世青蓮這兩件混沌至寶，白矖所擁有的法器玲瓏玉笛、仙音所擁有的法器九天琵琶兩件先天至寶。
先天至寶、先天神寶與先天法寶，以及後來創世之神所煉製的武器與各種器具，皆稱之爲上古神器與先天法器。創世之神以外的神仙所煉製出的武器器具，是爲普通神器，抑或是普通法寶。
自天外天大戰後，玄武神君收復黑龍，迴歸扶桑大陸，通天再次歸入鴻鈞門下。
東華帝君與西王母，各自帶走了幾件神器，去征戰八荒。
而那些所剩神器，東華帝君與西王母讓鴻鈞道人進行合理分配。
東華帝君於西王母他們帶走的神器法寶是東皇鍾、乾坤神劍、天眼、穿雲弓、流星箭、崑崙鏡與開天斧。
天宮地府，衆多神仙，也都各有有所事。
之後，青龍神君、朱雀玄女、女媧、鴻鈞道人等衆神將四片大陸合併爲一片大陸，名爲神州大陸，而原先的扶桑大陸，就是現在的妖魔兩界。
而在凡間，經過數萬年的風雨飄搖，一切猶如剛剛開始，生靈萬物恰似煥然一新。
凡間有一天生聖人，名爲伏羲，因爲天生仁德，又身具慈善妙法，故早已成爲人間統治者，帶領人界萬靈進入到了一個嶄新時代。那便是從自由的無業散居時代，進入到有秩序有法則的聚居農耕時代。
之後女媧便從自己神魂之中，分離除三魂七魄來，注入一條靈蛇與一隻神龜體內，並將其結合化爲己身，下凡幫助伏羲治理人界天下。
可不曾料到，女媧將蛇龜所化之身投於凡間途中時，卻被匆匆趕來的天蓬星君給撞離了女媧預定軌道，導致時空錯亂，結果那副女媧之身，也不慎掉入崑崙山中，化作一株靈草，生長於大地之上，而此時的伏羲剛剛坐上人間至尊之位。
而這時空一旦錯亂，便無可挽回，只有任其發展。在不得已的情況下，青龍神君他們也就只好請來鴻鈞道祖相助，將天上的時間放慢了前進的速度，同時又將人界時間倒回去了幾十年，然後將這之後所發生之事，解盡數抹去，使人間從伏羲登上至尊只爲那一刻重新開始。
如此，也就有了天上一日，人間一年之說。
突發如此變故，女媧也就只好親身下凡，於是她將天地共主之位傳於朱雀玄女。
一切安排妥當之後，女媧便自封神法於體內，落於崑崙山，那株靈草生長處，你將自身的神魂與肉體，完全融入到先前所製造的身體當中，隨之也成爲了那株靈草，算是下凡歷練。
而且，鴻鈞道祖也告訴青龍神君和朱雀玄女，這是女媧該歷最後一場大劫數，此次大劫之後，他便毀再次爲這個世間立下滔天大功，此功勞無人能及，這也是命命中該有的劫數。
說完這一切之後，鴻鈞便帶着老君、元始天尊和通天教主，以及元始天尊座下十二仙人，去跟隨東皇太一征戰八荒了降服六合四海了。
天蓬星君犯下如此大錯，又因爲她是紫薇大帝坐下大神，故而紫薇大帝與鴻鈞道祖、青龍玄女、朱雀玄女共同商議，給了他一個極爲公正嚴明的處罰。
罰他去掌管天河，守護若水。並且命他在五百年內，招集十萬新兵，在五百年將這十萬新兵，訓練成極爲精銳的天河水兵，且不能有外力相助。
朱雀玄女登上天地共主之位以後，便敕封伏羲爲人皇，其父燧人爲天皇，降世女媧爲地皇，且爲大地之母，迴歸之後仍爲天地共主，永享後世萬代供奉。
如今東華帝君不在，天界便是由朱雀玄女、青龍神君與鴻鈞道祖共同做主，然鴻鈞道祖身兼統領萬道之責，且又剛剛前去給東華帝君助戰了。
故而四界之事，實爲青龍神君與朱雀玄女做主，不過，朱雀玄女既然是如今的天地共主，那自然是要以她爲主，青龍神君爲輔。
一切皆已就緒，朱雀玄女將天宮暫且交由紫微大帝掌管打理。
之後，朱雀玄女便與青龍神君一起，去人間世界的崑崙山，同伏羲一起迎接大地之母誕生。