大約五百年以前，中國的道教文化興盛，武功配合心得使得中華大陸出現了無數半仙之體。
此時中國大陸的旁邊，一個小島之國正處於兵荒馬亂的時代。此時島國的一位帝王派人到中國請了一位得道高人前來助戰，但此高人早已淡出紅塵世事，無意幫助戰亂。
帝王眼看自己的霸業要毀於一旦，放下高貴之軀，親自前來跪求，連續三天三夜不動的精神和誠意感動了高人，高人答應隨帝王回去助陣。
到了那個叫東盈的島國，帝王又懇求高人收自己兩個手下爲徒。高人既然已經決定幫忙，不好意思拒絕，就勉強答應了，教了兩個年輕人一些修真的皮毛。
兩個年輕人到也十分刻苦，本事越來越大，但怎麼修行都趕不上那高人一層，心中大不滿足，趁高人不備，將高人的寶書典籍偷竊入手，並假借高人之名，騙取了一些道友的法寶秘籍。
高人得知以後十分憤怒，向兩人索要密集，並不許將密集功法透露出去。兩人早已把典籍抄寫了數份，將正本歸還高人，並立誓不會透露。秘籍失而復得，高人不忍再追究下去，轉身離去。
然而二人並沒有遵守諾言，將密集奉賢給了帝王，並暗地組織了兩個幫派，修習秘籍中的殺戮之道，爲怕高人知曉此事，兩人傳令下去，凡習功法者，且勿張揚，凡事隱姓埋名，不得暴露於人羣之中。
從此兩個組織分爲兩個流派，並以兩個建派祖師的名字取爲派名。一個爲伊賀，一個爲甲賀。
隨着一代梟雄織田信長落敗，戰國時代接近尾聲，伊賀和甲賀兩人也隨着大戰的落幕而淡出，消失在歷史舞臺之中。之前的那個帝王，就是這個落敗的梟雄織田信長，隨着歷史不斷地前進。他落敗的原因也漸漸成了一團迷霧，各種說法都有。
而楓今天所面對的，就是曾經消失在歷史舞臺中的忍者首領——甲賀！