自從離開了第五艦隊之後，斯普魯恩斯就沒有以往那麼好的運氣了。就算金上將仍然很支持他，而且尼米茲也通過在軍隊與政府內部的關係爲他提供了幫助，可是在回到了諾福克之後，斯普魯恩斯就一直在處理那些他最不願意遇到的麻煩，比如針對大西洋艦隊作戰行動的調查工作。
聖地亞哥淪陷之後，美軍內部的矛盾全面爆發了，而矛盾的焦點就是由誰來承擔這個責任。
金上將是肯定不會承認是因爲艦隊沒有積極行動，才導致聖地亞哥淪陷的，畢竟艦隊只是次要力量，而真正負責防禦聖地亞哥的是陸軍部隊，而不是海軍。可問題是，馬歇爾也不願意承擔責任，甚至不願意讓佈雷德利來背這個黑鍋，因爲當時馬歇爾找不到一個可以頂替佈雷德利的將領了。
在陸軍總參謀部提交給總統的戰報中，有意的避開了陸軍所應該承擔的責任，反而將海軍在戰役中的消極表現放到了首位，這其中，就以大西洋艦隊的消極行動最爲重要。當然，不能否認大西洋艦隊的消極行動產生了影響，可是金上將絕不會承認這一點，而且他的觀點有一定的證據支持，比如正是因爲大西洋艦隊的積極行動，唐帝國海軍的主力艦隊才無法在戰役初期爲登陸部隊提供支持，不然聖地亞哥會更快淪陷，而沒有守住聖地亞哥，是因爲陸軍的反擊不夠強大，而且佈雷德利在戰役之前的判斷出現了根本性的錯誤。至於當時聖地亞哥港的海軍部隊在戰鬥中的表現，這個並不是關鍵，因爲那不是作戰部隊，只是負責管理港口，以及維持港口正常運轉的一支非戰鬥性部隊而已。
之前，美國陸海兩軍的統帥還沒有發生過直接爭吵，而且在一些關鍵問題上，馬歇爾與金一直保持着默契。比如在新奧爾良遭到轟炸之後，總統要求發動一次報復性反擊行動，馬歇爾與金都不支持，結果阿諾德也沒有做出什麼文章來。可是這次事關誰來承擔責任的問題，不管是馬歇爾，還是金，兩人都不想因此而受到責難，更不想讓自己的部下來背黑鍋。自然就都不會讓步了。
事情從八月中旬鬧到了下旬，總統甚至爲此專門召開了一次軍隊高層會議，可結果馬歇爾與金上將都不肯讓步。鬧到最後的結果是，總統，也不耐煩了。說白了，必須要有人出來承擔責任，而且絕不會是馬歇爾或者金本人，而是負責指揮部隊作戰的將領。那麼，也就只兩個人有可能背黑鍋，一個是古巴防禦司令佈雷德利，另外一個就是大西洋艦隊總參謀長斯普魯恩斯。
可問題是。當時馬歇爾全力擔保佈雷德利。而金上將又權利擔保斯普魯恩斯，而且都指責對方作戰不力，才導致聖地亞哥迅速淪陷。而且都認爲，如果對方能夠更積極主動一點，或者是對戰局的把握更準確一點，就不會遭受如此慘敗。毫無疑問，這種爭執是沒有任何好處的，特別是當美軍總司令（總統）是一個不折不扣的強硬派的時候，陸軍總參謀長與海軍部長的爭執絕不會有任何好地結果。
當時，美國總統德拉諾剛剛開始他的第四界任期，他是美國曆史上唯一一個連任四界的總統。雖然美國國內大部分民衆在受到了欺騙性的宣傳之後，都對戰爭充滿了希望。但是作爲一個已經連任四界，而且需要更多人支持的總統，也就是美軍總司令來說，軍隊內部的任何爭吵都是沒有好處的，不管是馬歇爾，還是金有道理，這種爭執絕對要制止，也絕對要打壓下去。
八月二十二日，總統給了陸軍總參謀長與海軍部長一人一巴掌。當天就成立了一個獨立調查委員會。並且直接由白宮領導，不通過國務卿的內閣，也不受兩軍影響，而加入該調查委員會的都是總統幕僚班子裡的權勢人物。該調查委員會地任務就是查清楚到底是誰地錯誤指揮，以及消極態度最終導致聖地亞哥迅速淪陷。
因爲當時古巴戰場上的戰鬥還沒有平息下來，唐帝國陸戰隊正在猛攻巴亞莫與奧爾金，在馬歇爾全力擔保，以及提出臨戰換帥對作戰嚴重不利之後，調查工作就首先從剛返回諾福克沒有幾天的大西洋艦隊開始。而參與調查地人員都是總統的親信，並且獲得了總統的最高授權，還有一支憲兵部隊配合進行調查。也就是說，該調查委員會有權力傳訊包括斯普魯恩斯在內的大西洋艦隊的任何一名官兵，並且進行隔離詢問，而不需要接受金上將的干預。
金上將對此表示了強烈的不滿，可是再不滿，他也無法改變總統的決定。該委員會的調查小組在八月二十二日下午就到達了諾福克，並且在當天就將艦隊司令部的參謀軍官首先隔離了起來，然後是各戰艦艦長，在後方負責聯絡地參謀軍官。到二十三日上午，斯普魯恩斯也受到了傳訊。調查工作全面開始了。
不管這次調查的結果如何，對斯普魯恩斯，大西洋艦隊，甚至是美國海軍而言，這絕對是一次巨大的打擊。首先這讓很多人意識到，總統不再信任海軍。其次，調查工作嚴重的影響到了大西洋艦隊的正常秩序。最後，這還嚴重分裂了大西洋艦隊，給部分有野心的參謀提供了表現的機會。特別是在傳訊了之前被斯普魯恩斯解除了職務的那幾名“謀反”的參謀之後，大西洋艦隊內部已經四分五裂，而且人心惶惶，還有哪個官兵會想到作戰行動呢？
連續好幾天，斯普魯恩斯都在接受各種各樣地詢問。除了他心底要保全大西洋艦隊的想法之外，他沒有隱瞞什麼，而且也沒有必要隱瞞什麼。說實話，當時負責調查的那幾個人都不是海軍軍官，對海軍又有多少了解呢？而且斯普魯恩斯在指揮艦隊作戰的時候，就已經考慮到會遭到調查，因此他在下達命令，部署作戰任務的時候都相當主意措詞。可是斯普魯恩斯忽略了一個問題，那就是大西洋艦隊不是他之前的第五艦隊，他的大部分親信參謀都沒有在這裡，那麼就不是所有的參謀都會站在他這一邊。
到了八月二十八日，調查人員查到了當初斯普魯恩斯趕走的那幾名參謀軍官，這也是整個調查地轉折點。在這幾個參謀軍官的供詞中，都提到斯普魯恩斯消極應戰。很快，好幾個受到單獨審問的參謀軍官的供詞也出現了漏洞。
到九月二日的時候，斯普魯恩斯受到了第六次傳訊，這也是持續時間最長的一次詢問。雖然調查人員很是客氣。但是卻提到了幾個極爲關鍵的問題。比如，斯普魯恩斯在知道唐帝國的聯合艦隊將出現在巴哈馬羣島南部海域之後，爲什麼不積極迎戰，而是選擇了撤退。以及在被敵人地偵察機發現之後，爲什麼沒有立即發動進攻，而是逃避。還有在隨後的行動中，大西洋艦隊爲什麼改變了作戰安排，轉而離開了戰場，而不是南下進入加勒比海。面對這些問題，就算斯普魯恩斯早就有所準備。可也很難給出一致的答案。他的回答在很多地方都相互矛盾。
到這個時候，斯普魯恩斯已經是迴天乏力了。他是精明的指揮官，是戰術應用的高手。也是戰場上最明智的人，可他並不是陰謀家，也沒有策劃陰謀的那種天分。調查越深入，斯普魯恩斯在戰役中所採取的消極應戰的行動也就越明顯。到九月五日的時候，全面調查工作基本上結束。雖然調查委員會沒有權力決定將領與軍官應該受到什麼樣地懲罰，但是斯普魯恩斯當時就已經知道，他的海軍軍人生涯結束了。
美國總統是在九月七日的時候拿到了調查委員會對大西洋艦隊全面調查的第一份報告的。這份報告中有很多地方的措詞都相當強烈。可想而知，在總統把金上將叫到白宮，並且讓金上將看了調查報告之後，金上將會有什麼樣的反應。當時。金上將就提出了辭職，表示願意承擔大西洋艦隊的一切責任，很明顯，金上將不惜以辭職相威脅，以保護斯普魯恩斯。總統不可能接受金上將遞交的辭呈，因爲沒有第二個人可以頂替金上將，無奈之下，總統只能命令調查委員會進行更深入的單獨調查。
當時，金上將沒有忘記另外一件事情。即古巴的地面戰鬥基本上已經結束，唐帝國陸戰隊沒有繼續發動進攻，而且在可以預見的兩到三個月之內，敵人也不會發動大規模的進攻，那麼就應該對陸軍在防禦聖地亞哥，以及古巴東南部地區地作戰行動也進行相應的全面調查。說白了，這就是禍水東引，只要在陸軍也查出了問題，那麼總統就不能把責任都推到海軍身上去，到時候，甚至不需要讓海軍來承擔主要責任，也就自然不會讓斯普魯恩斯離開大西洋艦隊了。
針對陸軍的調查是在九月九日開始的，佈雷德利被招了回來，而且還有上百名參謀，以及前線指揮官接到了傳訊。與大西洋艦隊的情況一樣，針對陸軍的調查工作也很是徹底，至少那些善長玩弄政治手腕的調查人員不會被馬歇爾故意安排的障礙所難倒。同樣的，馬歇爾地反應也十分的強烈，並且在九月十日的時候，就直接去了白宮，把寫好的辭呈交給了總統，同樣以辭職來威脅總統，要總統停止調查。
到九月十二日，總統不得不將馬歇爾與金上將叫到一起，在重申必須要進行徹底調查之後，他沒有接受兩人的辭職要求，反而要兩人以軍人的身份，繼續爲國家效勞。很明顯，總統的態度不會改變，調查工作也不會停止。可問題是，馬歇爾與金上將心裡都清楚，隨着調查深入，問題肯定是越查越多，到時候誰也下不了臺，說不定還會因爲調查而引發兵變，至少也會影響到軍隊的士氣，在國內造成不好的影響，到時候又怎麼收場？
總統與兩軍統帥的矛盾差點就在這個時候爆發，而事情的轉機出現在九月十三日，佈雷德利上將繞過了馬歇爾，親自向總統表示願意承擔失敗的責任，並且辭去現有的所有職務，接受全面調查。
佈雷德利的選擇是比較明智的，當時必須要有人出來承擔責任，而且他在戰前的判斷嚴重錯誤，這一點是沒有辦法改變的。相反，斯普魯恩斯犯的錯誤要比他輕得多，如果從他們兩個中挑一個出來承擔責任的話，那麼肯定是佈雷德利，而不是斯普魯恩斯。佈雷德利主動提出辭職，這要比總統下達解職更好一點，至少能夠保全他作爲軍人的名譽與身份，而不是恥辱的下臺。
對於佈雷德利的行爲，馬歇爾憤怒歸憤怒，可是他不得不接受事實。原本事情到此也就告一段落了，可當時艦隊裡存在的問題是不可能繼續隱瞞下去的。結果，在九月十四日，也就是聯合艦隊離開了金斯敦的當天，總統命令金上將直接指揮大西洋艦隊，而不是由斯普魯恩斯這個艦隊參謀長代理指揮。也就是說，金上將的主要身份不再是海軍部長，而是大西洋艦隊總司令。
金上將接受了總統的命令，因爲這是讓斯普魯恩斯留在大西洋艦隊的唯一辦法。當天，金上將就去了諾福克，正式接管大西洋艦隊。也就在當天晚上，唐帝國海軍聯合艦隊離開金斯敦的消息送到了諾福克。金上將隨即命令斯普魯恩斯去動員艦隊，做好出發的準備工作。而當時艦隊已經四分五裂，要想迅速動員起來幾乎是不可能的。直到十六日，艦隊仍然沒有做好出發的準備工作，而當金上將收到巴哈馬羣島遭到轟炸的消息後，他也知道，大西洋艦隊即將開始最後一次作戰行動了。