在此之後，初泰二年末開始招募的那些預備軍中年紀過十八的軍士漸漸調到禁衛軍中，成立新翼營開始參與對劉備和曹操的突襲戰。
涼州的鎮西、定西兩軍也時常出動，進入雍州奪縣移民遷入西涼，說的好聽點是鼓勵百姓移居涼州，說的難聽就是擄掠人口，劉備對此頗爲震怒，幾番令徐晃、楊奉反擊，卻毫無成效。
於是劉備計劃的清剿曹操、控制中原的戰役，因爲劉協的針對性安排，變成了一場三家在中原的會戰，劉備、劉協、曹操總計投入的兵力高達百萬人，而淮陽的袁術、青州的臧霸也時常出兵，加上北方袁紹和劉備仍然保持開戰狀態，公孫瓚和劉虞正式在幽州對峙起來，劉協不停出兵清剿山越和揚州南境的鹽匪，爲了拖住劉備的主力進入中原，在長安和涼州之間，劉協的鎮西軍、定西軍也和劉備的長安駐軍保持長期焦灼狀態的對峙。
曹操此時纔想起戲志才之言，心中悔恨，急忙讓陳矯在九里山和石崵山之間修築長城，命名爲九石長城，同時加強沛城城牆，將小城相縣、蕭縣和細陽縣城牆依大城進行建設，自兗州和豫州遷移百姓百萬南下，使靈璧成爲戶過三十萬的大城。
九石長城總長一百二十餘里，曹操一面出兵對抗劉備，一面建城，錢糧頗爲不足，以百姓無糧過冬爲由向劉協借錢糧。
劉協知其正在修築九石長城，詢問戲志才，戲志才道：“若無此城，曹操定然守不住徐州！”
劉協便令人計算修築所需錢財，得知須錢六千萬錢，糧草兩千八百萬石，便讓曹操用鐵礦交換，待曹操同意後，復令張昭在三年內分六次撥付。
整個中原都因爲曹操之父曹嵩而點燃了熊熊戰火，整個大漢在黃巾起義和討伐董卓之後，再次陷入了一場劇烈的震盪中。
這一次的諸侯大戰，實力最強的劉協一心剿滅揚州的山越，在軍力上不弱於劉協的劉備一心滅掉眼中釘曹操，所以兩人盡力剋制在雙方之間爆發大規模的戰役，以免影響自己預定的計劃。
平定了山越之後，劉協就能夠安心吞併交、益兩州，進而纔能有實力和北方劉備對決；滅掉曹操之後，劉備才能夠盡得兗、徐兩州，甚至可以染指豫青，一場註定的對決就像宿命一樣擺在兩人面前，他們彼此都在爲那一天的到來而準備。
初泰四年秋，曹操再派滿寵前往襄陽，希望劉協出兵洛陽，曹操給出的條件是讓出徐州給劉協，爲了防止劉備坐穩中原，治略臺和統帥臺對這個建議很贊同。
劉協卻果斷的否定掉，他與滿寵說道：“天下有今日皆因曹操之故，豈能與之合作！我乃大漢楚王，怎能北攻皇帝之地！”
待滿寵辭去，劉協對衆臣道：“劉備善於用人，曹操亦善用人，然劉備長於堅忍，曹操長於攻伐。若劉備得勢，其堅忍之長盡失，反之曹操得勢，則楚地難有太平之日！況劉備雖有盡臣下才能之名，實則自身無能掌控局勢，長此以往必受制於重臣，日久則必生變數，我還可靜觀其變而動。操之能十倍於劉備，一旦得勢則如龍躍天，再難相制，今日機會難得，當乘機滅曹操！”
衆臣皆服，贊劉協不愧爲天縱奇才，私下底更知大業定矣！
在劉協心中，他深知曹操的能力遠勝劉備，故在自己沒有更多精力對付北方的時候，寧願劉備坐穩北方，也不願意看到曹操統治北方的局面。
在秋末休戰之時，劉協前往長沙視察東小麥種植的情況，發現農戶所種的糧種並不一致，有好有差之後，劉協立刻讓張昭成立糧種司，專門在各地抽選最好的良種，在官田試種之後再進行遴選，然後向楚地各地推廣。
金陵城的建設中，江東的大族吳氏在治略臺調撥五千萬錢的基礎上，組建了第一家符合劉協要求的東南商社，並且首先成爲建設業中的第一位國商，劉協親自從襄陽學府中抽調一部分擅長水利工程的學子前往東南商社，並將金陵城的八成以上工程包給商社，鼓勵商社繼續走下去。
劉協將士子按學識分成學子、學士、學者、博士、大賢五個等級，按課業分成經、商、律、醫、文、藝六類，凡此六類皆可向各學府申報資格，和工匠分層一樣，各層次士子都可享受治略臺的津貼，同時硬性規定各商社僱傭的士子和工匠，應按治略臺的規定支付相應薪酬。
由於商課在楚地實行多年，商人的地位也因爲國商的存在而提高很多，大部分人都沒有反對將精通商課的人定在士子之間，但對於醫類第一次擡到這麼高的地步，還是引發了大多數士子的反對。
劉協的第一個反應不是妥協，而是直接封張機爲景安亭侯，以表其救治百姓之功，同時規定學子擅長醫術的，優先招進襄陽學府。這一招讓很多人措手不及，張機的功勞是明顯的，他曾經救治漢靈帝，在南方發生瘟疫之時，屢次帶領羣醫南下救治百姓，遏制住傷寒的擴散，可以說在他手中救活的百姓過萬人，但能夠封侯位還是讓人吃驚，甚至是不可理解。
劉協通過這次封賞，巧妙的將人們的注意力移到醫師的作用上，很大程度緩解了士子對醫師的漠視和牴觸，也提升了醫師的地位，而自此之後，楚地樂於學醫的士子也逐步增加。
僅僅這些還不夠，劉協將襄陽學府擴大，將授課學士分開，在襄陽學府中設置襄陽經學院、襄陽商學院、襄陽律學院、襄陽醫學院、襄陽文學院和襄陽藝學院，同時在新成立的江南學府按同樣的制設進行改造，規定各院的首授官員必須有博士資格，職位爲祭酒，而襄陽學府原祭酒管寧提升爲總祭。
管寧對劉協連續的改制表示牴觸，上書只願擔任襄陽經學院的祭酒，這倒把劉協難住了，只好請黃承彥出山擔任總祭一職。
在這些事情處理完，劉協並沒有停止步伐，他繼續將馬鈞、白翳、鄭渾這些人提了出來，成立襄陽工院，負責培養工匠，並且將原本屬於軍備臺的劃定工匠等級的權利放到襄陽工院手中，任白翳爲祭酒。爲了防止士子爆發牴觸心理，劉協並沒有將工院納入襄陽學府，而是和襄陽軍院一樣，單獨劃規一個學府，同時將士子比較反感的農耕、水利、土木、煉丹等特殊課業劃歸襄陽工院。
在對待煉丹的問題上，劉協首先第一件事情就是把那些聚集在襄陽售賣靈丹妙藥的方士抓過來，狠狠地臭罵一頓，再故意安排張機等名醫出面反駁這些方士，最後再出面讓方士們按照自己的意思組建新的煉丹體系。
煉丹是很無聊的事情，劉協也不願意把這些人納入襄陽工院，可這畢竟是中國化學的始祖們，只能慢慢引導他們，日後能和羅馬交流之後，再吸納羅馬的數學、物理、化學、建築學等知識體系，對現在的體系進行更改。
此時劉協在對整個楚地學術調整上，盡力展開各方面平衡並重發展的策略，他知道直接引進後代的科學體系肯定是不現實的，只能想辦法促進東西方儘早展開對話，吸納西方科學體系的優點，對現在國內知識體系進行影響，日後再慢慢融合起來。
爲了加速這個進程，在海樓船還沒有完全試製成功之前，劉協讓治略臺和各大商社開始對海外進行探測，主要是制定地圖，同時劉協也安排襄陽工院進行航海課題的討論和研究，對於航海船隻、工具進行新的設計和改造，自己也提供了很多思路，比如時鐘的選擇上，提出了鐘擺制鐘表計時和沙漏計時兩種思路，讓工院的人自行試製。
新糧種的培育工作，劉協也安排給工院負責，指導工院對大漢的植物、動物進行登記、研究，雖然不指望他們發現進化論，但是能夠形成比較有體系的植物學和動物學也算是個好事，至少對現在的農業和畜牧業能夠產生積極的影響。
劉協在這些事情上，思路是很明顯的，他並不想將自己在後世學到的知識直接灌輸下來，而是建立一個體系，建立一個慣例，讓他們按着這樣模式自己去發現。
當然，他並不打算搞普及教育，現在大漢還不需要很大量的知識分子，需要的是軍隊和商人，推動經濟的發展確實需要百姓的力量，但讓百姓掌握大量知識並不是給與他們力量，反而是讓他們混亂，依照經濟學的基本原理，發展生產力，適度推動上層建築的更新纔是王道。