首先是改變了之前只在鄉村活動而不佔領大城市的原則，當初根據地之所以不佔領大城市，就是不想過份的刺激清廷，但既然都打起來了，自然就是撕破了臉，根據地也就沒有什麼好顧忌的了。
其實那時不少大城市實際都被根據地分割包圍起來，城外的鄉村全是根據地的勢力範圍，並且有大量人員滲入，因此攻佔下來十分容易，根據地很快就攻佔了歸徳府、陳州府、許州、衛輝府等地，並且將根據地的治所設在歸德府商丘縣，因爲這裡緊靠山東，不僅可得到山東支援，也方便根據地和山東進行各種物資交易來往，促進根據地的經濟發展。
隨後根據地又繼續向外圍擴張，先後又攻佔彰德府、衛輝府、開封府、陳州府、許州府等地，幾乎佔領了大半個河南省。而清廷僅僅只能保住河南府、陝州府、懷慶，以及南陽府，淺丁府的部份等少數地區。
而且根據地的擴張不是侷限於河南省，也包括河南及山東省周邊地區，除了早期的湖北襄陽府、德安府以外，還佔領了山西潞安府、澤州府，江蘇徐州府，安徽穎州府、鳳陽府等地區，只是爲了不過份壓迫清廷，在華東政府的限制下，根據地並沒有向河北境內擴張。
到了1905年的時候，河湖根據地實際己經包括了河南、湖北、山西、江蘇、安徽五個省的地區，總面積達16餘萬平方公里，人口有1700餘萬，當然根據地的範圍主要是還是在河南省，在其他各省中，除湖北之外，仍然只是佔領鄉村而放過大城市。
佔領了城市，就意味着根據地有了大量的人口，以及工商業，而這時華東政府的工業己初據規模，可以提供大量的工業產品，而河湖根據地的發展，又給山東的工業產品提供了一個不小的市場，而且河湖根據地實行土改之後，農民的收入有了大幅的提高，購買力自然也提高了不少，而工業產品的價格要低於手工產品，自然受到農民們歡迎，雙方各取所需，都得到了較快的發展。只是河湖根據地成立的時間不長，而華東政府又在準備戰爭，因此沒有在根據地進行大規模的投資建廠，推進工業化。
而華東政府參戰之後，英法俄日等國都在唆使清廷出兵進攻華東政府，因此爲了掩護華東政府，吸引清廷的注意力，河湖根據地這纔開始向河北境內擴張，先後攻佔了大名府、廣平府、冀州府、順德府、趙州府等地，並且直逼保定府，這一來果然引起了清廷的警覺，決定出兵征剿。
其實在出兵向河北擴張的時候，根據地政府就考慮到清廷會出兵征剿，畢竟一但向河北發展，就會威逼京師，清廷也決不會坐視不管，肯定會有所行動，因此根據地在向河北擴張的同時，也在積極的準備着第二次反圍剿之戰。
根據地的面積擴大了，人口增加了，經濟也有了相當的發展，軍事力量自然也有了極大的提高。現在根據地的軍隊義勇軍共計編制了3個師和7個獨立團，共計軍隊約6萬餘人，而之所以編制這麼多獨立團，是因爲根據地的領地分佈太散，各地的駐軍又不需要太多，只能多設團一級的軍隊。另外各地方還有約3萬左右民兵。
義勇軍的武器裝備雖然不能和人民軍相比，但也不算差，每名士兵基本的武器配備，如步槍、刺刀、*等都配齊了，每個班還配有兩具擲彈筒。
但炮兵、火力支援武器和人民軍相比，有相當大的差距，全軍僅僅只配一個75毫米野戰炮兵團，下轄4個營，共計72門75毫米野戰炮，而100毫米、125毫米等大口徑火炮則一門也沒有；師級作戰單位配備了兩個82迫擊炮連，共計有18門82迫擊炮；一個60迫擊炮營，共計有54門60迫擊炮，而沒有配100毫米迫擊炮；一個馬克沁機槍連，配9挺馬克沁機槍；兩個通用機槍連，配36挺通用機槍。
而團級作戰單位則只配備了一個60迫擊炮連，配18門60迫擊炮；2個通用機槍排，配12挺通用機槍，沒有配82迫擊炮和馬克沁機槍。
民兵則只能確保一半的軍隊有武器，因爲華東政府是不給民兵配備制式武器，因此民兵用的都是以前從戰場上繳獲的武器，在根據地的第一次反圍剿戰鬥中，義勇軍繳獲了1萬餘支步槍，其中漢陽造88式步槍有6000餘發，而且華東政府又拔來了一批，這才裝配了一半民兵部隊，而另一半民兵就只能用冷兵器了。
這樣的武器配置，在這個時代的中國來說其實也不算差，僅僅也就是比北洋新軍略差一點，但也沒有質的差距，而比其他的清軍還是要強得多。
北洋新軍是採用現代軍隊編制方式，因此也比較重視武器的統一，主要裝配的武器是，日式31式步槍或漢陽造88式步槍、馬克沁機槍；火炮主要是德國格魯森75mm野戰炮、57mm速射山炮，克虜伯75mm山炮、以及英國威克斯75mm山炮、日本三一式速射炮等。
北洋六鎮只有第一鎮配備2個炮兵營，其餘5鎮均只配一個炮兵營，每個炮兵營配60門各種火炮，口型分75、57兩種，類形分野戰炮、山炮，總體來看北洋新軍數量不少，但缺少大口徑火炮，而且山炮較多，野戰炮較少。而華東政府由於生產了大量的各種口徑迫擊炮，因此並沒有裝備山炮和速射炮，所有火炮均爲野戰炮。而如果將迫擊炮也算進來的話，義勇軍的火力其實也並不比北洋新軍差。
另外義勇軍在機槍上佔有一定的優勢，北洋軍雖然裝配了馬克沁機槍，但數量並不多，當然比起義勇軍來還是要多一些的，但義勇軍裝備了大量的通用機槍，威力雖不及馬克沁機槍，但勝在數量多，移動靈活，可以隨步軍一起運動作戰。
不過北洋新軍每鎮還配有一個騎兵營，而義勇軍還沒有成建制的騎車部隊，其實也別說義勇軍，就是人民軍現在也只有一個騎兵旅。因此現在騎兵是人民軍的最大短板。
總體來看雙方的裝備其實是各有所長，基本不相上下，而清軍的總兵力略多一些，但卻是進攻的一方，義勇軍是在家門口作戰，有主場優勢，因此誰都沒有明顯的優勢。
河湖根據地的軍事負責人慄文飛認爲，總體的作戰原則還是和第一次反圍剿戰一樣，採取誘敵深入到根據地境內，在運動中調動敵軍，並尋找戰機殲滅敵軍。雖然雙方的整體實力相差並不大，但也沒有必要和清軍硬碰硬拼，那樣就算是獲勝了，自身也會有相當大的傷亡，顯然是不划算的，這個思路也得到了華東政府贊同。
而得知清廷準備出兵之後，根據地也正式開始了戰前的準備工作，而義勇軍的各部隊也都擦拳磨掌，準備大幹一場，因爲人民軍出兵遼東參戰之後，連戰連勝，大敗日俄軍隊，現在攻佔了海參崴，這也讓義勇軍的將士們，由其是穿越的軍人都羨慕不已，畢竟人民軍、義勇軍其實是同一支軍隊的不同名稱而已，而看着當年一起穿越的同伴在遼東戰場上建功立業，揚名立萬，自己卻還守在國內，心裡自然不得勁，現在清軍要進攻河南，正好拿來練練手。雖然清軍不能和日俄軍隊相比，但也是卿勝於無，而且擊敗清軍之後，根據地肯定會再擴大，也還是有不少立功的機會。
當然這時河湖根據地還不知道清軍的兵力佈置和戰術安排，因此安排大量偵察人員在根據地的周邊活動，偵察清軍的動向，並在各條交通要跑地區設置哨點，觀察點，以便於監視清軍的行蹤。
而戰備主要是在後勤和宣傳方面。後勤方面主要是籌備物資、並且建立補濟點、設立野戰醫院，對部隊加強戰術訓練，整編民兵等。在宣傳方面則是以第一次反圍剿勝利爲例子，向根據地的民衆宣揚義勇軍必勝，清軍必敗的信念，同時也要求根據地的民衆服從根據地政府的安排，因爲根據地制定的是誘敵深入的戰術，自然免不了會在某些地區施行堅壁清野的戰術，這樣一來居民的配合也就十分重要了。
在第一次反圍剿作戰中，曾出現有一個原地主的家族拒不執行根據地政府的撤離命令，甚致還想迎接清軍來剿滅根據地，結果一家人都被清軍殺盡，財產被奪的事例，也被根據地政府作爲反面教材進行宣傳。
同時對在根據地內散佈各種消極言論、謠言誹語，甚致是暗中煽動民衆支持清軍，並打算協助清軍的人員、組織進行嚴格的查處，一但發現，決不輕恕。畢竟根據地成立的時間不長，根基不算完全穩固，而且在根據地實施土地改革，也確實得罪了一批地主鄉紳勢力，只是那時地主鄉紳迫於大勢，只能屈從於根據地的管理，但心裡未必真服氣，不少人都盼着王師能夠早日打回來，現在清軍果然打來了，因此這幫人難保不會有什麼冒險的行動，也不能不防。