朱由崧在北京登基，大封武只是一個方面，朱由崧接下來開始頒佈治國新政。
第一項大力發展農耕，三年之內減免老百姓的租賦，三年以後再開始徵少量的農業賦稅。
朱由崧這一項是爲了休養生息，更是爲了取得廣大老百姓的支持。
但是偌大一個國家必須得增加稅收，沒有經濟收入怎麼支撐國家機器的運轉？
因此，朱由崧頒佈了第二項新政，向地主和商人增加稅收，按照地主擁有的田畝和莊園等面積收稅，增加商人的稅收分量。
這可能會遭到地主和商人的反對。爲了增加執行力和殺雞駭猴，朱由崧先懲治了一批貪腐。
首先在菜市口鬧市處死了明末四公子之一的侯方域。
這位侯公子是典型的東林黨，左派人物，專門跟朝廷過不去，隨着武漢的左良玉父子覆滅，侯方域被押到了京師（南京），投入死牢。
朱由崧覺得讓他活到現在，已經是他開了天恩。期間兵部尚書高宏圖曾經派人去抄侯方域的家，侯方域的父親侯恂聞訊逃亡。
朱由崧在北京登基，三天之後，侯方域人頭落地。
這個民族的敗類也算是得到了應有的下場。之所以這樣說，因爲歷史的侯方域並非是一個好人，不說他父一代子一代皆是東林黨骨幹，反對朝廷，這方面並無多大罪過。
主要是因爲他爲韃子奴役漢人出謀劃策，歷史他扒開過黃河，導致山東河南和直隸百萬人受災身死，爲韃子獻計，血腥鎮壓抗清農民起義，從這方面說，這是個雙手沾滿了漢人同胞鮮血的民族敗類，他背叛了祖宗，甘當漢奸，死有餘辜。
正因爲他不但有現實的罪行，跟武漢的左良玉父子扯旗造反，還有史書的罪行更深，鑑於他罪行累累，朱由崧纔要置他於死地。
接着朱由崧又傳旨，查抄了范進忠和許顯仁滿門。
這兩個人皆是武進士出身，朱由崧去年御筆親點，跟馬金花鄭成功同批的進士，朱由崧與他們同場競技，並恩封他們御前高級侍衛，可他們不感念皇恩浩蕩，竟然作奸犯科，爲韃子充當臥底，通風報信泄露軍情。
正因爲這兩個奸細，三河鎮一戰，朱由崧和馬金花賀宣嬌險些遇難，多虧朱由崧的穿越體質和兩位巾幗英雄的驍勇無敵，在萬馬軍殺了個幾進幾齣，多爾袞的三萬人馬硬是沒困住他們君臣三人，多爾袞損兵折將，反而被朱由崧追着滿山跑。
朱由崧回營之後，略施小計，便使這兩個奸細浮出水面，一怒之下，當時把他們倆抓住將他們二人五馬分屍。
但這事並沒有算完，朱由崧一直把他裝在肚子裡。不是因爲別的，因爲這人的出身與衆不同。范進忠晉商範永斗的後代，而許顯仁是徽商的後代。
對於明末的商人，朱由崧在穿越前知道他們的惡劣性質，爲了牟取暴利，他們不惜出賣國家和民族的利益，把原的鐵器甚至軍事情報出賣給韃子，韃子們能夠富國強兵戰無不勝，進圖原，這些奸商幫了他們很大的忙。
站在漢人民族利益的角度來說，這些商人犯下了滔天的的罪行，在穿越之前朱由鬆對他們深惡痛絕。
但是對這兩個武進士，朱由崧剛開始的時候並沒有因爲他們是奸商的後代，而歧視他們，是他們露出漢奸的本質，朱由崧纔不會輕易饒過他們。
朱由鬆把他們在疆場五馬分屍之後，消息傳到京師（這裡指當時的南京），錦衣衛很快出現在範宅和許宅，很快摸清了他們兩家，果然跟韃子暗有勾結，立即進宅抓人。
現在範家和許家兩大家男女老少幾百口，全部被關押南京的死牢。
朱由崧覺得現在是收拾他們的時候了。數輛囚車很快從南京被押到了北京，朱由崧傳旨，先遊街示威，講述這些奸商的罪行，然後在菜市口繁華處，全部砍了腦袋。
朱由崧在此時處決這些人，無疑起到了殺雞儆猴的作用，更重要的是，他的新政策頒佈的時候，一下殺了這麼多不法之徒，有商人有大地主，這下沒一個人敢抗捐抗稅，提出異議了。全都衷心擁護，包括朝一些本不樂願意的武大臣也不敢作聲了。
老百姓對朱由崧的這些新政當然更是擁護。
消息傳到了江南，只有一家敢反對朝廷的新政，那便是盤踞江南的鄭芝龍。
鄭芝龍果然非是池之物，聽到朱由崧頒佈這樣的新政，勃然大怒，立即和唐王朱聿健起事，在福州稱帝了，擁立朱聿健爲隆武帝，宣佈不承認朱由崧的大明。
原來，鄭芝龍盤踞福建多年，根深蒂固，富可敵國，擁有私人軍隊好幾萬人，戰艦千艘，崇禎皇帝拿他沒辦法，派重兵屢次征剿都失敗了，無奈之下才招撫了他，封他爲南安伯，總鎮福建。
鄭芝龍這些年可沒閒着，表面他歸順的大明，投降了朝廷。實際他聽調不聽宣，他的軍隊也沒人敢收編，福建這一帶是他的一畝三分地，他在這裡當起了他的土皇帝，當地的賦稅一律不交，全部裝進他的私人腰包，暗擴充實力。
特別是崇禎皇帝駕崩之後，李自成的人馬打進北京，後來又閃電般的敗出了北京，滿清韃子進來了。
鄭芝龍覺得機會難得，大幹一場的時候到了。恰在此時，弘光帝朱由崧被扶了寶座。鄭芝龍根本不鳥這個小福王出身的弘光帝，在福建一帶爲所欲爲。
這一年多的時間，鄭芝龍之所以沒有動靜，有兩個原因，一是他需要扯虎皮，做大旗，先是他缺乏一張虎皮。唐王朱聿鍵的到來，虎皮的問題算是解決了，兩個人一拍即合各取所需。鄭芝龍擁護他爲唐王，唐王也更需要鄭芝龍。
二是，他們需要出師有名。朱崧頒佈新政，拿大商人和大地主開刀，這便被鄭芝龍找到了藉口。
現在隆武帝手下不止一個鄭芝龍，還有一個反對皇權專斷的東林黨健將黃宗羲，擁有兵馬二十萬，勢力範圍爲整個福建和廣東一部分，公然宣佈與朱由崧的大明朝分庭抗禮。