不過，三代火影敏銳地察覺到，二人揹着自己研究柱間細胞，其目的必定不會簡單。
只不過，爲了自己的私心（大蛇丸是三代火影最喜愛的弟子，三代火影內心中不希望同大蛇丸撕破臉皮，因此，三代火影一直在給大蛇丸棄暗投明的機會）和村子的穩定，三代火影沒有選擇和大蛇丸、和志村團藏翻臉，恰恰相反，三代火影有意無意地暗中縱容着二人的合作。
不過，這種縱容，終究還是令大蛇丸和志村團藏付出了一定的代價：
“根”部的職權受到了限制和削弱；大蛇丸繼承火影之位的可能徹底破滅了。
“哼。”聽到三代火影不留情面的反駁後，志村團藏輕哼一聲，不再說話。
說什麼“木葉從不先發制人”，一個月前“刺殺西瓜山河豚鬼三人”的計劃又作何解釋？
看了一眼三代火影虛僞的面容，志村團藏對三代火影的厭惡感又加深了一層。
三代火影和志村團藏都是二代火影的得意弟子，不過，在性格上，二人有着天壤之別。
三代火影，往好了說，叫智謀過人，往壞了說，就是表裡不一、富有心機。
表面上，三代火影是一個和藹可親的老爺爺，一個愛好和平的“鴿派”。然而，在三代火影和藹的外表下，隱藏着他不爲人知的黑暗一面。
孤立宇智波一族、排擠日向一族、散發謠言逼死旗木朔茂……
三代火影做的壞事不少，然而，這些壞事，卻很少被外人提及。
似乎，在全體木葉村民的心中，三代火影就是一個毫無污點的“完人”。
不過，聰明人往往可以看出，三代火影的正面形象，不過是依靠一些政治手段日積月累塑造出來的。
“你是木葉沐浴陽光的葉，我是深扎地下隱藏黑暗之中的根。”
團藏的這一句話，極其恰當地反映出二人的真實關係，以及三代火影爲什麼總是以正面形象面對大衆。
木葉需要一個偶像，讓大家去崇拜，爲大家樹立榜樣。
這個偶像，必須是一個內心充滿陽光、人生沒有污點、擁有博愛之心的人。
作爲火影，沒有人比三代火影更適合去扮演這個偶像了。
那麼，問題來了。
火影的職位會經常迫使三代火影做一些見不得人的事情，而這些事情，無疑會損壞三代火影好不容易塑造起來的偉岸的形象。
那麼，三代火影又是怎麼平衡二者之間的關係的，又是怎麼在行使火影職權的同時保持自己高光偉岸的形象的？
是志村團藏，是志村團藏爲三代火影背了黑鍋。
既然三代火影不能光明正大的做壞事，而這些壞事，又是三代火影不得不做的事情。那麼，何不讓志村團藏去代替三代火影下達命令？
在這一點上，三代火影和志村團藏達成了共識。
“根”部的存在，看似多餘（木葉已經有了一個暗部，“根”部的一些職能和暗部相重合），實則很有必要。
恰恰是因爲有了“根”部，三代火影才能塑造起自己正面的形象。
將好事留給暗部，壞事拋給“根”部。三代火影和志村團藏，暗部和“根”部，一個唱紅臉，一個唱白臉，雙雙支撐起了木葉。
說到這裡，可能有人會問了，難道志村團藏會甘心於爲三代火影背黑鍋，給自己留下一身罵名？
甘心，起碼目前爲止，志村團藏都十分甘心爲三代火影背黑鍋。
“根”部的存在，不是單贏，而是雙贏。
對於三代火影來說，“根”部幫自己處理了許多自己不方便下達的任務，保護了自己正面的形象不受破壞。
對於志村團藏來說，“根”部的存在，使得自己的權力在木葉村內僅次於三代火影，擁有極高的話語權。
如果沒有“根”部，志村團藏或許只是一個沒有實力、沒有依靠、話語權一般的普通高層。“根”部的存在，保留了志村團藏繼承火影之位的可能性，滿足了志村團藏隱藏於內心的“權力慾”，使得志村團藏毫無怨言地給三代火影服務。
相比“心機boy”三代火影，一直背黑鍋、被觀衆唾棄的志村團藏就顯得可愛和單純多了。
志村團藏毫不掩飾自己的性格和慾望。事實上，志村團藏也不需要進行掩飾。
無論是志村團藏還是三代火影，爲人處世的原則都是木葉不受他人的侵犯。
這也是三代火影和志村團藏被很多人尊敬的原因。
“三代，你的徒弟自來也和綱手都離開村子了。現如今，村子裡能夠禦敵的影級強者，就只剩下你、大蛇丸和旗木朔茂了。”長老團中，轉寢小春適時提醒道。
和原著中不同的是，由於宇智波祭的參與，旗木朔茂並未在任務中選擇拋棄任務、營救隊友。
這也就意味着，旗木朔茂不會像原著中一樣，因爲同伴的責備、村民的無端責備而走上自殺這條不歸路。
衆所周知，在火影原著中，由於自來也、綱手、旗木朔茂的相繼離去，木葉村在“三戰”後期的實力大大削弱。
經過宇智波祭這一“摻和”，旗木朔茂沒有死，木葉的實力比原著同期要高不少。對於即將同巖隱村的戰爭，木葉的勝算似乎要比原著中大了不少。
“這個我知道。”三代火影吐出一口白煙，“自來也和綱手兩個孩子不願意繼續留在村子裡，就由他們去吧。”
“現如今，大蛇丸正在養傷，我作爲火影不能輕易離開村子，能夠擔負前線抗敵大任的，就只剩下朔茂了。”三代火影皺起了眉頭，淡淡地說道。
本來，若是大蛇丸勾結志村團藏研究柱間細胞的事情沒有暴露，三代火影是十分願意將前線指揮官的大任授予大蛇丸的。
從一年前，和雲隱村的戰爭中，大蛇丸被三代火影授予前線總指揮官就能看出三代火影的私心了。
同是“三忍”，實力不遜於大蛇丸的自來也僅僅被授予“副指揮官”的職位。