警衛工作自然還是交給林原平來做，在二十師時他就是警衛團的營長，這次重新調整，他自然要升級爲警衛團長；手頭上有了一個超編軍，那自然不能當睜眼瞎，完全靠着上峰的信息和情報，組建特務團和偵察團是勢在必行的事情，特務團的團長他打算讓鄧東平兼着，參謀長去管這些事也比較方便，而偵察團團長自然要交給吳林生，賴文力戰死之後，孫玉民身邊的偵察好手只有他了。
李天喜同樣被任命爲了新三十四副師長兼任一團團長，黃偉則被任命爲了新三十四二團團長，王有財被任命爲二團團副，再加上副師長兼七團團長的戴存祥，新三十四師將會是孫玉民最爲倚重的力量，連他以前親自擔任師長的二十師也得排在新三十四後面，儘管孫玉民決心把二十師重新打造成甲種師。
還有一三九師，商震可能是考慮到如果原有的軍官在的話，可能會對孫玉民的指揮造成影響，只留下了一個副師長把部隊帶來，其餘的師部軍官全都給調離了。
孫玉民本來就極度缺少軍事幹部，要不然也不會突發奇想，從那邊要了一批參謀幹事過來補充軍部，現在一三九師也同樣出現了這種情況，再加上一個新編三十四師，對於參謀幹事和軍事幹部的缺口越來越大，他不好意思再向那邊開口，也不願意隨便從別人那要一些過來，寧缺毋濫，省得讓某些人安插一些人進來，那就得不償失了，他尋思從基層軍官中提拔一些，再從二十師和八十一師師指裡勻一部分出來，這樣的話至少是能先把部隊的班子搭起來，有了骨架自然就會形成戰鬥力。
二十師和新三十四師原本就是孫玉民的起家部隊，只要作好安排就不會有太大的問題，而八十一師展書堂，自己和他是有過交集的，雖然兩三年未見了，可並不妨礙他們之間的關係，再加上提拔他擔任了副軍長，不出意外的話，指揮調動八十一師應該沒有問題。這三個師都已經安排了合適的師長人選，惟獨剩下一三九師一時找不到合適的人選，雖然說商震給他留下了一個副師長，可孫玉民並不打算直接提升他，原因很簡單，沒有在他手下立過戰功的人，是不配坐在這麼重要的位置上，至於417團團長王恆，孫玉民雖然較爲欣賞他，也有心提拔他，可是又擔心直接提拔他，會讓422、423團的官兵不服氣，思來想去，決定自己先暫時兼了這個職位，把王恆提爲副師長，讓一三九師變成和新三十四師一樣，擁有兩個副師長。
這樣一來，十二軍的架構算是完成了：軍長孫玉民，副軍長劉文智（未到任）、展書堂，參謀長鄧東平；二十師師長張小虎；八十一師師長展書堂；新三十四師師長李鐵膽，副師長戴存祥、李天喜；一三九師師長孫玉民，副師長史中華、王恆；還有暫時是孤家寡人的炮兵團團長董文彬，以及警衛團團長林原平，偵察團團長吳林生，參謀長兼任的特務團團長鄧東平，刺刀分隊隊長周善軍，後勤處主任錢進，電訊處主任唐春紅，醫務處處長蘇婷。
因爲新三十四師的擴編，原本孫玉民帶來的一團還有被打殘的二團，和元氣未傷的七團給他提供了衆多的骨幹，特別是以前的那些連長們，紛紛被提升，雖然沒有李天喜和黃偉這麼大的幅度，但也已經是很快了，畢竟李天喜在二十師時就是主力團長了，而黃偉算是除去孫玉民原先的那些嫡系外，最受他信任的人，兩人擔當團長是毫無懸念的。而以前的一團三連連長許長庚被派到了一三九師四一七團擔任副團，肖貴興則被安排到了四二二團擔任團副，而二團三連連長鬍紅衛擔當了一三九師四二三團團副，他們自然不會孤身上任，加上他們帶來的部分骨幹，算是孫玉民爲控制一三九師使用的一個小小手段，畢竟他是要親自當這一個師的師長。而二團二連連長劉小山則升任了新三十四師一團團副，擔當着李天喜的副手，二團四連連長許傑則擔任了七團團副，跟着戴存祥絕對能學到不少東西。七團的那九個連長被提拔了三個到師部當參謀幹事，升任了三個當營長，另三人孫玉民打算委派到了八十一師，同樣要升他們的職，雖然和展書堂關係不錯，但孫玉民絕不能容忍手下的某支部隊裡沒有他的人，展書堂在軍中混跡這麼多年，自然會明白這一點，孫玉民也打算好了，如果展書堂硬是不同意，待八十一師到達修水後，他親自去和這個“老朋友”談。
孫玉民在忙着調整人員結構的時候，一三九師的大部隊已經到達了指定的集結地點武寧，隨後幾天，九戰區奉命給新三十四師補充的新兵也陸續過來，可是武器裝備錢進和戴存祥還未運到，致使近十天的時間裡，這些新兵們只能拿着木棍操練，這讓孫玉民哭笑不得。又過了十來天，展書堂的部隊也陸續到達指定的集結地點修水，得知孫玉民在瑞昌，展書堂帶着一個警衛連就趕了過來，孫玉民也給足了他面子，親自迎到了門前。
老友相見，自然是有着許多話說，倆人從白天聊到了深夜，如若不是陳萊催促了好幾次，讓展書堂誤認爲是孫玉民的小情人不耐煩了，把他給趕走，否則真說不準倆人會秉燭夜談到天亮。
孫玉民忙於調整部隊，攻擊九江的事情自然無暇顧及，而中井良太郎從情報上得知有大批國軍向九江周邊匯聚，哪裡還敢出來生事，帶着他的106師團死守在九江至南昌一線，大門不邁二門不出。
應孫玉民的要求，那邊從新四軍和八路軍甚至是從總部調集了一些幹部過來，孫玉民對這些幹部非常的看重，對外宣稱他們是自己留在扁擔石的人，應自己要求被劉文智從扁擔石派過來支援的。
這些都不算，最讓他意外的是，那邊經過唐春紅向他轉達，要他從把二十集團軍的一個政治處副主任要過來，擔任十二軍的政治主任。還告訴他，有部分隱藏在國軍內部的同志也會找藉口往十二軍調，讓他設法接收。
若是換了其他人，肯定會拒絕這個無理的要求，所以唐春紅在向他轉達這件事情時，都有些擔心他會翻臉。可孫玉民本來就打算帶着弟兄們走上這條路，對於這些要求全都是欣然接受。但同時他也提出了要求，那就是從那邊過來的所有人必須聽從他的指揮，不允許有私拉山頭的事情出現，再有就是所有的甚及到那邊的活動都得秘密行事，因爲畢竟十二軍纔剛剛新組，還指望着重慶政府的補給呢。
周善軍帶着人從扁擔石帶來了幾乎全部的金銀財寶，如若不是擔心銀圓太過於笨重，行動太不方便，劉文智甚至還讓他把銀圓都帶上。知道孫玉民要用很多錢，那顆價值連城的翡翠白菜，還有三腿金蟾，玲瓏金塔都被帶了過來，這將是孫玉民組建裝甲營和軍屬炮兵團的倚仗。
扁擔石有了大功率電臺，以後就能保持聯絡，這讓孫玉民鬆了口氣，畢竟那邊是自己經營了兩年的老巢，有着一個跟了自己許久的好兄弟，還有着自己的親生女兒和不是親生勝似的妹妹在那。
可沒想到，電臺裡面劉文智說她們都很好，實際上讓周善軍把她們給帶了過來，當孫玉民和陳萊看見小丫頭和初九時，倆人都不敢相信自己的眼睛，特別是陳萊抱着小丫頭和初九大哭起來。
周善軍還帶了兩個好消息，這都是劉文智沒說的事情，一件是王豔茹給周善軍生了個女兒，另一件則是劉文智和谷紅英走到了一起。
這都是天大的好事，周善軍算得上是孫玉民極爲看重的一個弟兄，他當了爹，孫玉民自然打心底裡的爲他高興；而劉文智和谷紅英走到一起，這倒是讓孫玉民感覺到有些意外，畢竟谷紅英有過不光彩的過去，這個不光彩的過去並不是說她當土匪頭子的事，而是她當土匪頭子時期的混亂私生活，而且谷紅英還要大劉文智幾歲。但總歸怎麼說，人家倆人願意走到一起，作爲他們最爲親密的人，自然要給予最真摯的祝福。
把小初九和財物安全送到了以後，隔天周善軍就委婉地向孫玉民提出了辭呈，他覺得虧欠王豔茹母女倆很多，現在既爲人父，自然要竭力照顧她們，這一兩年跟隨着孫玉民東征西戰，也幫着訓練出了一支類似後世特戰分隊的刺刀分隊，又培養出了接班人剛楞子，也算是已經盡力了。雖然孫玉民很不捨，可他還是沒有去挽留，因爲他自己也是爲人父，知道他所要承擔的責任。好在剛楞子這段時間天天跟着他學習，再加上他本身也是個習武之人，雖然還比不上週善軍，但總算是能擔起這個責任，再加上這次回來時，把本已走散的刺刀分隊帶了回來，陳鐵生和陳鐵養倆人帶的小分隊都沒有碰到戴存祥他們，在約定的地點等侯了一些時日後，便回到了扁擔石，沒過多久周善軍就回來了，自然將他們這些“兵王”們帶了回來。
原本還打算讓周善軍帶着刺刀小隊陪着錢進去一趟上海，德國人馬克曾給了一個聯繫方式，孫玉民想要組建裝甲營和重炮團，這無疑是目前所能夠想到的最好的辦法。可週善軍現在要走，這事就只能落到剛楞子身上，可孫玉民怎麼可能放心得下，只得決定自己跑一趟。可沒想到，纔剛剛和展書堂、鄧東平、張小虎、傻熊他們一說，就遭到了集體反對，最後決定由鄧東平和錢進走這一趟，剛楞子帶刺刀分隊的所有人去保護他們。
時間過得很快，待到把二十集團軍政治處副主任還有那些申請調過來的人要來後，時間也已經來到了十二月底。調整工作已完成的七七八八，原本散沙一團的十二軍四個師，立刻就煥發了戰鬥力，小試牛刀嘗試攻擊了一下武穴，沒料到鬼子聞風而逃，壓根就不敢正面接觸，這大概是因爲孫玉民這段時間的報紙上得頻繁，中井良太郎得知自己的對手，是讓土肥原這樣的狂人都害怕的國軍“戰神”，把防線收縮了不少，重心挪向了九江，以及九江至南昌一線，纔會讓孫玉民幾乎不費什麼力氣就奪取了武穴，也總算挨近了長江航道，爲接收購買的物資做好了準備。
老蔣發動的冬季攻勢也進入了收官階段，原本寄予厚望的全軍出擊，除去孫玉民殲滅了101師團外，其他各處並沒有什麼拿得出手的功跡。
冬季攻勢老蔣共抽調了約七十一個師的兵力，向日軍發動了全面攻擊，大出日軍的預料。日軍在作戰役總結時也認爲：這次冬季攻勢的規模及國軍的戰鬥意志“遠遠超過我方的預想，尤其是第三、五、九戰區的反攻極爲激烈。”
在老蔣和國民政府軍事委員會擬定的進攻計劃裡，只有第九戰區“向粵漢北段正面之敵攻擊，重點指向蒲圻、咸寧一帶，並向武昌挺進；同時攻擊南昌及南潯鐵路，進擊瑞昌、九江之敵。”達成了預定目標。陳誠九戰區所部曾攻克崇陽、靖安等地，並給予當面之敵——日軍第十一軍以沉重的打擊。日軍第十一軍司令官岡村寧次回憶道：該軍在冬季攻勢中作戰“非常辛苦”，守衛崇陽、通城的第六師團自始至終都受到國民黨軍隊的“頑強、頻繁反覆進攻。”
而在這場歷時三個多月的冬季攻勢中，國民黨軍隊直接參戰兵力達五十五萬餘人，出擊一千零五十次，與敵作戰一千三百四十次，殲滅日僞軍警兩萬多人，其中擊斃日軍中將一名、少將一名、大佐兩名，俘敵四百餘人，擊沉、擊傷敵運輸艦船九艘，繳獲各種火炮二十餘門，步槍兩萬七千餘枝。而這其中，孫玉民部的功勞幾乎就成了整場攻勢的功勞。
陳誠的九戰區在1939年的這一年裡，不僅取得了第一次長沙會戰的勝利，而且在冬季攻勢的作戰中也大出風頭，而孫玉民更被視爲了土木系的又一支重要力量，不僅讓李宗仁、閻錫山等地方軍閥豔羨不已，連王耀武、胡宗南、俞濟時等老蔣嫡系同樣是大爲佩服。