建國後，和陳雲始終反對對民族資產階級實行過“左”的錯誤政策；社會主義改造過程中，陳雲受命主持對資本主義工商業的改造工作，積極貫徹中央確定的和平贖買政策；改造完成後，他和一起率先開始了改革和完善社會主義經濟體制的探索
我國是在一個經濟文化基礎十分落後的情形下取得民主革命勝利的。這就決定了革命勝利後必須儘快把工作重點放到經濟的恢復和發展上去。但由於我國又是一個小生產勢力十分強大的國家，小農思想所主張的絕對平均主義，對發展資本主義有一種天然的恐懼心理。因此，新民主主義革命在全國勝利前後，不少人都主張儘快消滅私有制，實現公有化。爲此，在天津解放後不久，曾受黨中央委託前往蹲點，並發表了着名的“天津講話”，穩定了資本家的心理，促進了經濟的迅速恢復和發展。
但是，這種“左”的情緒並沒有隨着新中國的建立而消失。建國初期，有不少領導幹部普遍希望過早採取消滅資本主義的政策。例如，有的地方對私營企業徵收過高的稅率，加上缺乏經驗，有些制度也不盡合理。對此，不少私營企業家很有意見，上海工商界的一位代表人物、着名會計師徐永祚曾對解放初的稅收政策提出了尖銳的批評，認爲對私營企業的政策可概括爲“重、重、追、苛、細、擾”。
穩定物價鬥爭勝利後，私人資本主義經濟的虛假繁榮不復存在，在經濟結構的轉換中，其發展遇到了嚴重困難。於是又有人提出要乘機一舉消滅資本主義私人經濟，認爲“今天鬥爭對象，主要是資產階級”。陳雲對此率先提出了批評。1950年4月，他在中財委召開的會議上指出：“我們既然在經濟上承認四個階級，有利於國計民生的私人工商業就要讓它發展，有困難就要幫助。”“對資產階級無非有兩種辦法：一是不給‘油水’；二是給一點‘油水’。二者必居其一。我主張從預算內劃出一部分，給資產階級一點‘油水’，這對我們更有利。”
贊成陳雲的意見。在1950年4月召開的中央政治局擴大化會議上，指出：“和資產階級合作是肯定了的，不然《共同綱領》就成了一紙空文，政治上不利，經濟上也吃虧。‘不看僧面看佛面’，維持了私營工商業，第一維持了生產；第二維持了工人；第三工人還可以得些福利。當然中間也給資本家一定的利潤。但比較而言，目前發展私營工商業，與其說對資本家有利，不如說對工人有利，對人民有利。”並在一份全國統戰會議工商組討論會的發言記錄上，明確批示，表示不同意“今天鬥爭的對象，主要是資產階級”的說法，指出“今天的鬥爭對象主要是帝國主義封建主義及其走狗國民黨反動派殘餘，而不是民族資產階級。對於民族資產階級是有鬥爭的，但必須團結它，是採用既團結又鬥爭的政策以達團結它共同發展國民經濟之目的。”並提出，對民族資產階級的限制應是主要限制“那些不利於國計民生的工商業，即投機工商業，奢侈品和迷信品工商業，而不是正當的有利於國計民生的工商業，對這些工商業當它們困難時應給以扶助使之發展。”在經營範圍方面，應與國營經濟有適當分工。在目前階段，國營經濟應與私人資本主義共同發展。他批評了那種只許國營經濟發展，而不許私人資本主義存在的主張是“完全錯誤的說法”。6月，在七屆三中全會上又說：“有些人認爲可以提早消滅資本主義實行社會主義，這種思想是錯誤的，是不適合我們國家的情況的。”這次全會，明確提出了“不要四面出擊”的方針。
6月23日，在一屆政協二次會議上說：對於民族資產階級來說，“只要戰爭、土改關都過去了，剩下的一關就將容易過去的，那就是社會主義這一關，在全國範圍內實行社會主義改造的那一關。只要人們在革命戰爭中，在革命的土地制度改革中有了貢獻，又在今後多年的經濟建設和文化建設中有所貢獻，等到將來實行私營工業國有化和農業社會化的時候（這種時候還在很遠的將來），人民是不會把他們忘記的，他們的前途是光明的。我們的國家就是這樣穩步前進。”當然，對資產階級進行社會主義改造，畢竟是消滅這一剝削階級的政治革命，有可能會遇到一些阻力。對此，曾指出，將資本家的生產資料收歸國有，雖然是用和平的、不流血的辦法，但有很大的強制性。
在調整私營工商業的過程中，中央決定加大對私營企業的加工定貨，陳雲指出：“這是逐步消滅無政府狀態的手段。通過這種辦法，把他們夾到社會主義。”
黨的領導人在最初設想向社會主義過渡的具體步驟時，曾提出過“直接過渡”的想法，即在新民主主義社會的各項準備工作做好時，用很短的時間，“直接”、“突然”過渡到社會主義。如在1948年9月中央政治局會議上曾說，到底何時開始社會主義的全線進攻，也許要15年。1949年9月，他在回答民主人士關於何時到社會主義的提問時，又說：大概二三十年吧。
對“突然過渡”的論述則更多也更詳細。在“天津蹲點”期間，他說：到社會主義的時候，由國家下個命令，資本家將企業交給國家或由國家加以收買，就可以實現由新民主主義向社會主義的過渡。1951年6、7月間，他又說：將來搞社會主義，在城市20個人以上的大工廠，都採取剝奪的手段。取消私有隻能採取革命剝奪的手段，不能採取逐步動搖、削弱甚至否定的辦法，而是用一二年時間來一個運動就解決問題。受這一思想的影響，陳雲也說過：“資本家並不可怕，到實行社會主義時，最後一二年就可以解決，現在不必着急”。
從1952年9月起，也許是考慮到“突然過渡”既不利於社會穩定，又不利於經濟發展，同時也不適合中國民族資產階級的具體情況，開始提出要用三個五年計劃或者更多一些時間逐步完成社會主義改造，而不是在10年或者更多一些時間以後再進行社會主義改造，向資本主義全線進攻。他說：七屆二中全會提出限制與反限制的鬥爭問題，現在這個內容就更豐富了。工業中，私營佔32.7%，國營佔67.3%，是三七開；商業零售是倒四六開。再發展5年，私營比例會更小，但絕對數字仍會有些發展，這還不是社會主義。5年以後如此，10年以後會怎麼樣，15年以後又怎麼樣，要想一想。到那時候私營工商業的性質也變了，是新式的資本主義，公私合營、加工定貨、工人監督、資本公開、技術公開、財務公開，他們已經掛到的車頭上，離不開了。從這時起，開始醞釀提出了以“逐步過渡”爲主要特徵的黨在過渡時期的總路線，提出要用三個五年計劃或者更多一些時間逐步完成對農業、手工業和資本主義工商業的社會主義改造。
在社會主義改造中，陳雲主要負責資本主義工商業的社會主義改造工作。他是中央對資本主義工商業改造領導小組的組長。
在對資本主義工商業的社會主義改造中，中國根據馬列主義的基本原則，結合中國的具體情況，創造性地提出通過國家資本主義的途徑，用和平贖買的辦法，實現對資本主義工商業的改造。
列寧曾經指出：“真正革命民主國家中的國家壟斷資本主義，必然會是走向社會主義的一個或一些步驟！”國家資本主義的性質取決於國家“爲誰的利益服務”。“社會主義無非是從國家資本主義壟斷再向前跨進一步。換句話說，社會主義無非是變得有利於全體人民的國家資本主義壟斷了。”“國家壟斷資本主義是社會主義最充分的物質準備，是社會主義的前階，是歷史階梯上的一級，在這一級和叫作社會主義的那一級之間，沒有任何中間級。”
《共同綱領》規定，“國家資本與私人資本合作的經濟爲國家資本主義性質的經濟。在必要和可能的條件下，應鼓勵私人資本向國家資本主義方向發展。”在國民經濟恢復時期，我國的國家資本主義經濟逐步建立和發展起來。在沒收官僚資本時，對原先在官僚資本主義企業中的私人股份，新政權仍然讓其在原企業中繼續存在。這樣就出現了第一批國家資本主義性質的公私合營企業。“五反”運動後，國家對私人銀行、錢莊實行公私合營，從而擴大了公私合營的數量和範圍。
1953年春，中央統戰部部長李維漢受中央委託，率調查組赴上海、南京、武漢等地作調查。5月下旬，他向中央送上了一份題爲《資本主義工業中的公私關係問題》的報告，深刻分析了各種形式的國家資本主義在我國社會中的地位和作用。他向中央建議，通過國家資本主義實現對私營資本主義工商業的社會主義改造。高度重視這一報告，並決定將它“提交政治局會議討論”。關於國家資本主義的許多論述都來自李維漢的報告。
指出，所謂國家資本主義經濟是指“在人民政府管理之下的，用各種形式和國營社會主義經濟聯繫着的，並受工人監督的資本主義經濟”。它是“一種特殊的資本主義”，“帶着很大的社會主義性質”。他指出：鑑於資本主義數量是不可忽視的，數量很多，又少不了它，而我們又有辦法把它改造爲社會主義，所以目前一腳踢開資本主義是不可能的，也沒有資格。只能通過發展國家資本主義，來改造它。
認爲，國家資本主義是實現向社會主義這一原則性過渡的靈活性。“社會主義全民所有制是原則，要達到這個原則就要結合靈活性。靈活性是國家資本主義，並且形式不是一種，而是‘各種’，實現不是一天，而是‘逐步’。”他還指出，“國家資本主義不是隻有公私合營一種形式，而是有各種形式。”實現對資本主義工商業的社會主義改造，“就是逐步實行各種形式的國家資本主義，以達到社會主義全民所有制。”
1953年9月上旬，在同民主黨派和工商界部分代表座談時，對國家資本主義問題進行了系統全面的論述。他指出：“經過國家資本主義完成對私營[工商業]的社會主義改造，是較健全的方針和辦法。”“國家資本主義是改造資本主義工商業和逐步完成社會主義過渡的必經之路。”他還對國家資本主義的具體形式進行了探索，認爲“公私合營、全部出原料收產品的加工定貨和只收大部產品，是國家資本主義在私營工業方面的三種形式”，“[私營]商業亦可以實行國家資本主義。”既批評資本家的惟利是圖，也要允許資本家有利可得，“即使中國的[私營]工商業基本上是爲國計民生服務的，部分的是爲資本家謀利的——這樣就走上國家資本主義的軌道了。”“實行國家資本主義，不但要根據需要和可能（共同綱領），而且要出於資本家自願，因爲這是合作的事業。”要合理安排好按照所得稅（34.5%）、福利費（15%）、公積金（30%）、資方紅利（20.5%）的適當比例，保證私營企業的正當利潤，改正私營企業中資方無權和不發紅利的缺點，“否則將阻塞國家資本主義的道路。”發展國家資本主義要堅持“穩步前進，不能太急”。他認爲，把資本主義改變成國家資本主義，是社會主義改造的第一步，全面完成社會主義改造，還要走第二步，即把國家資本主義改變爲社會主義全民所有制。
通過國家資本主義由低到高几個階段的逐步發展，使得資本主義工商業逐步納入到社會主義計劃經濟的軌道，爲最後成功地實現對資本主義工商業的和平改造提供了條件。
在國際運動史上，是馬克思和恩格斯最早提出了用贖買的方法來和平改造資產階級的設想。恩格斯曾回憶說：“我們決不認爲，贖買在任何情況下都是不容許的；馬克思曾向我講過（並且講過好多次！）他的意見：假如我們能贖買下這整個匪幫，那對於我們最便宜不過了。”列寧在十月革命勝利後，也曾試圖採取贖買的辦法來改造資產階級。他指出：“馬克思曾十分正確地教導工人說：正是爲了易於過渡到社會主義，保存大生產的組織是很重要的；如果（作爲一種例外，當時英國是一種例外）將來種種情況迫使資本家和平屈服，在贖買的條件下文明地有組織地轉到社會主義，那就要給資本家付相當多高的錢，向他們贖買，這種思想是完全可以容許的。”但是，十月革命後，俄國資產階級都站到了與蘇維埃政權爲敵的陣營裡，列寧的思想沒有實現。
中國對資本主義工商業的社會主義改造，創造性地運用了馬列主義關於和平贖買的設想。1955年11月，在主持起草《關於資本主義工商業改造問題的決議（草案）》時，明確提出了和平贖買的思想。他在《決議草案》中加寫道：對資本主義工商業的社會主義改造，“並不是不要付出代價的。爲了結成和繼續這個聯盟，爲了藉助國家資本主義達到社會主義的目的，我們就需要對資產階級償付出一筆很大的物質代價。這就是對於資產階級私有的生產資料，不是採取沒收的政策，而是採取贖買的政策。”他指出，我們採取和平贖買的政策，“這是從我們中國特殊歷史條件中產生出來的政策。這種政策並不違反馬克思主義的原則。馬克思、恩格斯和列寧都曾經認爲在某種條件下采取贖買政策，是可以允許的，是對於工人階級有利的。”這一決議還根據的意見，提出了具體的贖買辦法。“我們的贖買辦法，就是從中華人民共和國成立的時候起，在大約10年左右的時間內，工人階級在爲了滿足人民羣衆和國家的需要而生產的同時，也爲資產階級生產一部分利潤。在企業利潤的分配中，資本家所得雖然不到1/4，但是如果以10年左右的時間計算，這筆利潤的數目，就可能達到20億元左右人民幣。這是逐步的贖買，不是一下子贖買。也不是由國家另外拿出一筆錢來進行贖買，而是由工人階級在10年左右的時間內用給資本家生產一部分利潤的方法進行贖買。”根據的意見，《決議草案》還規定：“除了對於資產階級的生產資料進行這種辦法的贖買以外，對於那些有技術才能和有管理企業的能力因此使企業能夠供給國家更多工業品的資本家，還給予較高的薪水，同時，直到現在還有許多資本家用職員的名義在企業中支取相當高的薪水，其中一些人是沒有能力而掛名支薪的。這些，在過渡時期，也是屬於一種贖買的性質。這種贖買，也是必要的。”
改造問題解決後，陳雲開始着手解決資本家在改造後的收入和安排問題。當時有人認爲，資本家的財富是剝削來的，因此在贖買時只要象徵性地給一些錢就可以了。對此，主張要贖買就是真正贖買，全部贖買，並且要贖買到底，“不要半贖買半沒收”。“不要省這幾個錢，不要虎頭蛇尾，有始無終。”
陳雲完全贊成的主張，也認爲要贖買就要真贖買。因爲，中國的資本家不僅對發展經濟做過貢獻，而且在政治上擁護中國的領導，又自覺地接受社會主義改造。況且資本家人數雖然不多，但社會政治影響大，稍一不慎，就會產生嚴重的消極後果。同時，中國的民族資本家都是從事輕工業的，數量雖多，但算得上是大企業的爲數卻很少，真正贖買也花不了多少錢，是國力完全能夠承擔得起的。
當時資本家的普遍心態是“保三望四”，即年息穩得3%，爭取4%。陳雲經過反覆思考和計算，向中央提出，定息的原則應從簡從寬，一律定爲年息5%。這一決定公佈後，全國資本家普遍感到喜出望外，認爲確實是太寬大了，內心非常滿意。後來，陳雲又根據黨中央和的意見，提出從1956年起，7年不變，如7年後工商業者生活上還有困難，還可以拖一個尾巴。從而進一步消除了一些工商業者的憂慮，不少人在合營以後都爲發展企業而盡心盡力地工作。
針對改造步伐一再加快、引起資本家情緒波動而影響生產的狀況，陳雲還一再強調改造要循序漸進，步子要穩妥，對資方人員要妥善安排，以有利於生產的發展。他指出，在社會主義改造中，對資本家，要網開一面，不要兩面夾攻，要儘量使資本家心情舒暢。對資本家原先的牌子，最好把它保存下來。“如果統統改掉，編成號頭，使人搞不清楚，還不如‘瑞蚨祥’、‘全聚德’等各種各樣的牌子掛着好一點。這樣資本家也舒服，牌子是祖宗傳下來的，把牌子搞掉，他們是會心痛的。”
情況確實如此。當時在全國各地的私營企業改造都處於一片高漲的情況下，大勢所趨，資本家不可能發出公開反對的聲音，但是心裡頭卻並不完全是沒有想法的。自己甚至家族幾代人辛辛苦苦經營起來的企業眼看着要被公私合營，變成國有的了，在感情上產生一定的痛苦，是難免的。1955年11月16日，周恩來在中央召開的關於資本主義工商業社會主義改造問題會議上的講話中以榮毅仁爲例說：他是全國第一號的資本家，他在這個地方講，他那個階級應該消滅，可是，另外碰到一個人又跟他說：你祖宗三代辛辛苦苦地搞了這點工廠，在你手裡送出去實在可惜呀！他也眼淚直流，這是很自然的，合乎情理的。兩種情形都存在，都是真實的。這種又接受和平改造，又感到痛苦的表現，如實地反映了中國民族資產階級的心態。如果交出工廠，如棄敝屣，沒有一點痛苦，那就不是資產階級了。陳雲的上述主張在一定程度減少了資本家的失落情緒。
陳雲還指出，對資方人員，一定要全部養起來，而且要量才使用。他說：工商業者的絕大部分是懂技術的，有業務經驗的。不懂的只是極少數。他們的技術和業務經驗，對人民、對國家、對社會主義建設是很有用的。國家需要這些懂技術懂業務的人。國家對資本家與對待地主是不同的。地主對發展社會生產有害無益。資本家懂得技術，能管理工廠，組織生產。政府安排資本家並不是對資本家特別好，而是因爲這對國家對人民都有好處。對資本家不僅今天要安排，將來也要安排。因爲資本家在解放後，擁護人民政府，擁護土地改革，支持抗美援朝，這些都是好事情。好事做得越多，得到的好處自然也會越多。
陳雲還指出，一定要讓有能力的資本家在公私合營後繼續當企業的負責人。對此，有些工人可能不理解，會說從前他當廠長、經理，合營後還是他；資本主義是他，社會主義還是他。有些資本家也害怕，當了經理後，工人說閒話，不聽他的話。陳雲對資本家說，你們要有思想準備，聽了這個話後，不能生氣。因爲過去工人與資方長期是對立的，這種對立情緒不是一下子能改變的。正如兩個人剛打完架，要一下子坐在一起有說有笑是不可能的。政府可以向工人講清楚，資本家願意公私合營，不要他們是沒有道理的。現在資本家與過去有所不同，過去爲利潤工作，現在爲國家工作。他們中有的人有技術，有業務經驗，國家也需要他們。工人是講道理的，是會認識到應該團結資方的。工商業者自己也要改變對工人的態度，改變對工作的態度。
陳雲不僅注意對資本家本人做說服教育工作，還十分注意做資本家家屬的工作。在一次工商聯座談會上，有的資本家反映說：“我們通了，但是老婆不通。”也有的說：“兩個副總理講了幾個鐘頭，但是還不抵老婆一席話。”對此，1956年3月，陳雲專門主持召開了全國工商業者家屬代表會議，就他們關心的一些問題進行了解釋。
在公私合營的中，有些工商業者家屬，把家裡的黃金、美鈔、人民幣、寶石戒指、金鋼鑽、房產等都拿出來增加資金，這本來是好事，但如果提倡不適當，就會發生偏差，有些人不想捐獻，但迫於形勢，也不得不捐獻。對此，許多家屬感到壓力很大。針對這個問題，陳雲在會上指出，政府不提倡這種捐獻，因爲一提倡，一表揚，就會形成一種空氣，一種壓力，發生強迫命令的現象，使不能或者不願意增資的人也增資了。這種現象，一定要加以避免和糾正。全行業公私合營，政府不是想要你們增資，這次開會也不是想要你們增資。你們增資一兩千萬，數目就不小了，但對政府的幫助並不大，反而給你們自己造成困難。大家願意捐獻，心是好的，但是政府希望你們最好不要捐獻。已經捐獻而造成困難的，要趕快退回去。沒有東西捐獻的，不要認爲不光彩。政府不是希望你們再拿錢出來，而是希望你們與政府同心協力，辦好企業，建設社會主義。
對一些資本家願意放棄定息的想法，陳雲希望工商界不要這樣做。因爲有的人有條件放棄，有的人家裡人多需要定息，不能放棄。有人放棄，就會給沒有放棄的人帶來壓力。因此，他希望大戶小戶都不要放棄。
通過這些解釋和說明，工商業者家屬瞭解到，公私合營後，資方人員的工作安排是沒有問題的，生活和福利待遇也是有保障的，從而解除了他們的後顧之憂。
由於社會主義改造的步驟太快，加上一些領導人不僅本人不熟悉經濟工作，而且對資方原有管理人員的意見又不能虛心聽取，使得許多企業的產品質量明顯下降。特別是一些名牌產品的質量下降得更爲明顯。例如，北京“東來順”的涮羊肉在合營後就不好吃了。有些人因此發牢騷說：“社會主義還是不如資本主義好，資本主義的羊肉到社會主義後都不好吃了。”這話後來竟傳到了的耳朵裡。他對此非常重視。1956年1月，在中央召開的知識分子問題會議上說，搞社會主義，不能使羊肉不好吃，也不能使南京板鴨、雲南火腿不好吃，現在雲南沒有火腿了嗎？不能使物質的花樣少了，布匹少了，羊肉不一定照馬克思主義做，在社會主義社會裡，羊肉、鴨子應該更好吃，更進步，這才體現出社會主義比資本主義進步，否則我們在羊肉面前就沒有威信了。隨後，在第六次最高國務會議上，又專門提出：請陳雲同志講一講，爲什麼資本主義的羊肉社會主義以後不好吃了。並說：“社會主義革命的目的是爲了解放生產力。”
陳雲經過深入調查研究後發現，“東來順”的涮羊肉之所以在合營後不好吃了，主要是因爲“我們輕易改變了它的規矩”。他說：“它原先只用35斤到40斤的小尾巴羊，這種羊，肉相當嫩。我們現在山羊也給它，老綿羊也給它，凍羊肉也給它，涮羊肉怎麼能好吃？”而且，“羊肉價錢原來一斤是一塊二角八，合營以後要它和一般鋪子一樣，統統減到一塊零八，說是爲人民服務，爲消費者服務。這樣它就把那些本來不該拿來做涮羊肉的也拿來用了，於是羊肉就老了。本來一個人一天切30斤羊肉，切得很薄，合營後要求提高勞動效率，規定每天切50斤，結果只好切得厚一些。羊肉老了厚了，當然就不如原來的好吃了。”
同樣，“全聚德”烤鴨子在合營後也不如以前好吃了。陳雲經過調查後發現，原來“全聚德”的烤鴨用的是專門的鴨子，這種鴨子從小喂起，大概要喂100天左右，飼料主要是綠豆和小米，糧食統購統銷和公私合營後，我們給它的是勞改農場的老鴨子，烤出來的鴨子當然就不好吃了。
根據這些調查，陳雲提出，要保持名牌產品的質量，公私合營後，這些產品原有的生產方法、經營方法，應該在一個時期內照舊維持不變，以免把以前好的東西改掉了。
爲了保證公私合營後產品的質量不下降，品質不減少，陳雲還提出了五條措施：一、對有些商品，如百貨中的一部分，國家不再統購包銷。好的，國家要；不好的，就不要。陳雲說：“這叫‘將’你一‘軍’。不好的不要，就要跌價，跌價工廠就要虧本。一虧本，工資都發不出，管理人員就要動腦筋，想辦法提高質量，增加品種。這要有步驟有計劃分批地進行。”二、對商品的設計人員，像工廠的工程師，時裝店的設計師，要給予獎金。三、優質優價。好貨好價錢，質量好的價高，不好的價低。四、要設專人負責。五、要給好的原料。
爲了方便人民生活，陳雲還對小商販的前途和命運作了思考。1956年3月，他在全國工商業者家屬和女工商業者代表大會上說，在長時期內，大部分小商小販在中國社會裡是不可缺少的。如果沒有小商小販，市場一定會很死，居民就會感到不方便。他指出，小商小販也是一筆財富。賣餛飩、賣酸梅湯的小商小販，如果都取消了，只有“全聚德”、“東來順”，老百姓就要反對我們。在衚衕裡和火車站有賣飲食的，冬天是熱的，夏天是涼的，鄉下還有送貨上門和收購破銅爛鐵的，少了這些小商小販，老百姓也會不滿意。他說，到了社會主義社會，長時期內也還需要夫妻老婆店，因爲老百姓還要買小雜貨、油鹽醬醋，還要吃大餅、油條、餛飩、湯糰。
當然，對小商小販也要進行社會主義改造。小商小販自身也願意接受社會主義改造。在社會主義改造初期，由於沒有來得及對小商小販的社會主義改造進行規劃，有些小商販還有怨言，說：嫌貧愛富，光吃肉不吃骨頭。公私合營到來後，他們更是天天敲鑼打鼓，放鞭炮，遞請願書，要求公私合營。
於是，一些地方爲圖省事，盲目實行按行業改造，分工歸口管理。天津附近有個集鎮甚至出現了這樣的笑話：聽說要歸口，就把理髮的和殺豬的歸併在一起，理由是都拿刀刮毛。有的地方，合併規模過大，一條街上只有很少幾家商品銷售點和理髮店等服務設施，而且不在人口集中的居民區，又實行嚴格的上下班制度，給人民的生活造成很大的不便。
對此，陳雲本人也有切身體會。解放後，陳雲有很長一段時間住在北京的南長街。當時，他家對門就有一個小鋪子。這個小鋪子只能站兩個顧客，但是它賣的東西適合那個地方羣衆的需要，有文房四寶、牙膏牙刷、針頭線腦，甚至郵票，樣樣都有。什麼東西羣衆有需求，他們就賣什麼東西，怎樣賣法羣衆喜歡，他們就採用那樣一種賣法。百貨公司的信封，是成扎賣的，他們一個也賣。百貨公司的信紙是成本賣的，他們一張也賣。售貨時間也不一樣，百貨公司是八小時工作制，到點關門，他們是晚上12點敲門也賣東西。但在公私合營後，工作人員開始拿固定工資，品種也不全了，晚上12點以後也不開門了，服務態度也有變化。
因此，陳雲認爲，對小商小販不能用公私合營的方法進行改造。他說：夫妻老婆店不能發固定工資。如果按月發工資，那末，半夜敲門買東西，他就不會開門了，一定會說：“睡覺了，明天來吧。”因爲反正他按月拿工資，他省心了，但對老百姓就不方便了。不僅夫妻店不能發固定工資，攤販也不能發固定工資。如北京賣蔬菜的，過去推車到衚衕去叫賣，現在組成了聯營小組，發固定工資，他就不到衚衕裡去叫賣了，老百姓很不滿意。
陳雲主張，在公私合營後，對小商小販在很長時間內仍然要保持他們的單獨經營方式。“對他們應該很寬很寬。他要求加入合作社，也只能掛個牌子，報個名，登記一下就算了。把他們組織起來，每個人要在一個小組統一進貨，統一經營，統一覈算，那就有一種危險，即餛飩皮子就不那麼薄，而是厚了；肉不是鮮的，而是臭的了。”他認爲，對小商小販，最好的辦法就是經銷、代銷。這種辦法，既使小商小販得到了妥善的安排，也沒有給人民的生活造成太多的不便。實踐證明這是一種適合中國國情的改造小商小販的成功做法。
爲了解決加工定貨和統購包銷中存在的問題，他在1956年6月30日的全國人大一屆三次會議上提出，在商業部門內部，要改變過去那種自上而下的統派購制度，實行選購辦法，要“在鞏固的社會主義基礎上實行一定程度的自由推銷和自由選購，也就是在計劃經濟許可範圍內的自由市場”。7月，他在一次會議上又提出：“市場管理辦法應該放寬。現在從大城市到小集鎮大部分都管得太死，放寬後，害處不大，好處很多。”“今後重要物資如糧食、布匹，還要統購，實行計劃分配。有些供不應求的熱銷貨，也要實行計劃分配。其餘的可以自由選購。”他認爲，“既要實行計劃經濟，管好市場，反對投機倒把，又不要把市場搞死。不走這條路，我們又找不到其他更好的路。”
這些思想的提出，實際上已經觸及到了改革和完善社會主義經濟體制這一深層次問題。1956年9月，陳雲在八大上的發言中，提出了在工商業的購銷關係、生產經營形式、市場管理、物價政策等方面搞活經濟的若干措施，即“三個主體三個補充”的思想。他認爲新的社會主義經濟體制將是：在工商業經營方面，國家經營和集體經營是工商業的主體，但是附有一定數量的個體經營。這種個體經營是國家經營和集體經營的補充。至於生產計劃方面，全國工農業產品的主要部分是按照計劃生產的，但是同時有一部分產品是按照市場變化而在國家計劃許可範圍內自由生產的。計劃生產是工農業生產的主體，按照市場變化而在國家計劃許可範圍內的自由生產是計劃生產的補充。在社會主義的統一市場裡，國家市場是它的主體，但是附有一定範圍內國家領導的自由市場。這種自由市場，是在國家領導之下，作爲國家市場的補充，因此它是社會主義統一市場的組成部分。
1956年11月，收到中國民主建國會主任黃炎培的來信。信中說：“全行業公私合營，工商業者的表現是好的。這幾個月，有少數人表現了消極作用，流行着定息萬歲的口號，白天是社會主義，夜裡是資本主義，還出現地下工廠、地下商店。可以看出，資本主義工商業的改造任務還是艱鉅的。”不久，全國工商聯召開會員代表大會，先後三次找了工商聯的負責人和各省代表進行談話，瞭解情況。陳叔通在同的談話中，反映了資本家的一些疑惑：資本家對定息能拿多久心裡沒底，怕取消太快；資本家現在還給安排工作，怕再過幾年會不會被一腳踢開；合營以後，如何進行自我改造？
12月7日，在同民主建國會和工商聯負責人的談話中說：現在我國的自由市場，基本性質仍是資本主義的，雖然已經沒有資本家。它與國家市場成雙成對。上海地下工廠同合營企業也是對立物。因爲社會有需要，就發展起來。要使它成爲地上，合法化，可以僱工。現在做衣服要三個月，合作工廠做的衣服一長一短，釦子沒眼，質量差。最好開私營工廠，同地上的作對，還可以開夫妻店，請工也可以。這叫新經濟政策。我懷疑俄國的新經濟政策結束得早了，只搞兩年，退卻轉爲進攻，到現在社會物資還不足。他說，還可以考慮，只要社會需要，地下工廠還可以增加。可以開私營大廠，訂個協議，10年、20年不沒收。華僑投資的20年、100年不要沒收。可以開投資公司，還本付息。可以搞國營，也可以搞私營。可以消滅了資本主義，又搞資本主義。當然要看條件，只要有原料，有銷路，就可以搞。12月8日，在同工商界人士的談話中，他還提出：“你們把問題都提出來，政府來研究，陳雲副總理來考慮，解決一些能夠解決的問題。”
順着這一思路，在12月29日召開的人大常委會第52次會議上說：如果資本家要蓋工廠，是否可以批准他蓋呢？可以的。我們國家有百分之九十幾的社會主義，有百分之幾的資本主義，我看也不怕。“有這麼一點資本主義，一條是它可以作爲社會主義經濟的補充，另一條是它可以在某些方面同社會主義經濟作比較。”1957年3月，他在湖南視察時又進一步指出，我們現在有一種迷信思想，“我是社會主義，就比私人資本主義先進。”這種迷信思想要不得，一定要去掉。只要我們去掉這種迷信思想，我們有人有錢，社會主義的名聲又好，靠這樣多的優越條件，再加上學習私人資本主義的先進經驗，社會主義就一定會競爭贏資本主義。否則，就是資本主義優越於社會主義。4月，他在上海黨員幹部會上說：社會主義經濟是計劃經濟，但是計劃性把多樣性、靈活性搞掉了。實際上，社會經濟生活是幾千種、幾萬種、幾十萬種，而計劃又不能計劃那麼幾千、幾萬、幾十萬的，只計劃那麼多類，結果就把社會經濟生活搞得簡單了，呆板了。5月，他在北京對中央黨校負責同志談話說，研究社會主義經濟，還要特別注意一個問題，就是使社會主義經濟既要有計劃性，又要多樣性和靈活性，蘇聯在這方面的教訓是值得我們注意的。他們只有社會主義的計劃性，只講究計劃經濟，搞得呆板，沒有多樣性，靈活性。又說，我們一定要比資本主義經濟搞得更要多樣，更要靈活。如果我們的經濟還不如資本主義的靈活性、多樣性，而只有呆板的計劃性，那還有什麼社會主義的優越性呢？
這些思想實際上是對陳雲“三個主體三個補充”思想的進一步發展。