隱藏在船上不肯投降的水匪裡面，也有武功高強，試圖反抗的，但是在列陣持槍的自衛隊面前，竟完全沒有反抗之力。自衛隊在搜查的時候也十分謹慎，基本不會輕易進入的船艙等地，而是使用最新研製出來的手雷對可疑之處進行攻擊，令隱藏其中的水匪還沒有見到自衛隊員的樣子就被炸得面目全非，喪失了反抗之力。
自衛隊手中的手雷並不是多得可以隨便浪費，只是他們根本不用炸遍每一艘船，在兩艘船還沒有炸到頭的時候，其他船上的人已經主動走出來投降了，總共也只用掉了六枚手雷而已。
這些後來纔出來投降的水匪顯然是比較死硬的，自然也會被自衛隊區別對待，在第一時間被捆綁得如同糉子一般。
這一仗，東門碼頭這邊擊斃水匪九十七人，抓獲俘虜一百三十三人，擊沉敵船一艘，繳獲大小船隻十一艘。審問後得知，來襲的水匪總人數是二百四十多人，有二十人左右跳水逃走，當然，也有被擊斃在水中的，實際人數就不是那麼清楚了。
就在碼頭這邊戰鬥進行得正激烈的時候，寶應縣城裡面也發生了戰鬥。城裡戰鬥的規模沒有城外這邊大，發動襲擊的水匪也只有四五十人。只不過參與城裡戰鬥的這些水匪顯然是水匪中的精銳，武功高強，而且在戰場上配合得也更純熟，給城裡跟隨着章維的自衛隊應付得有些困難。
二十名留在城裡的民團新兵也參加了戰鬥，新兵們面對有備而來戰鬥經驗又豐富的水匪精銳時，表現得沒有南崗那邊那四個班好，在戰鬥遇到挫折的時候，有人便打算看着逃走，被帶隊的教官用刺刀直接戳翻在地，才震懾住了其他人，沒有造成全隊的崩潰。
後來才知道，這次來襲的是遠在洪澤湖上著名的大寨青雲幫的人馬，正是應滿濟江求援而來的。他們這次共出動了近二十艘大小船隻，由二寨主徐元直帶隊，領着十幾個大小頭目，總共帶了三百人過來。
青雲寨這次來寶應的戰術目的便是消滅章維手下的全部親信，同時脅迫章維放棄皇糧清查行動。如果章維的骨頭硬，不肯配合的話，便將章維綁到寨子裡去，然後高調宣佈章維入夥青雲寨，大寨主溫鳳儀也會宣佈將寨主之位讓給章維，做他一個謀逆反叛的罪名，也給後面再來寶應的縣令們樹立一個反而典型，讓人知道他們的厲害，反正青雲寨中所有人都是溫鳳儀的親信，即使真的讓這章維當了寨主，真正的主事權也不會落在他手裡。
正是因爲這個目的，他們利用大部分人手在城外發動的兩場戰鬥都是爲了聲東擊西，吸引章維手中的武裝力量，給最後突襲縣衙創造條件。
作爲洪澤湖上最大的水寨之一，溫鳳儀知道章維手中那幾十名使用火銃作爲主兵器的自衛隊員戰鬥力十分強大，當初在輯查運河船隻的時候，在運河上曾經爆發過兩場戰鬥，這些自衛隊員兵不血刃地拿下了與他們數量相當的水匪。
後來在清查皇糧時，又爆發過現場衝突。這兩場衝突名義上都是由當地豪強發動的，可實際動手的主力都是青雲寨的人，同樣沒有計到任何好處，甚至都沒有給自衛隊帶來一點傷亡，可見這些從山東跟隨章維上任的自衛隊戰鬥力是如何的強大。
這次徐元直來到寶應之後，也曾經仔細打聽了自衛隊駐紮的地點，意外聽說縣衙新招的民團新兵之後，又打聽了這些新兵的訓練情況和駐紮情況。當聽說防守南崗三處糧倉的都是一羣新兵，又有自衛隊駕船裝載着稻穀沿運河北上，看來是去銷售謀利去了。
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對於民團中的幾十名新兵，徐元直完全沒有放在眼裡：誰人見過剛剛參軍不到一個月便能形成戰鬥力的隊伍？按照傳統的說法，所有新兵都無法做到這一點，所以他打算儘快動手，以免這些新兵訓練完成之後不好對付。現在的縣衙除了這些並沒有駐紮在城裡的新兵，以及因爲往山東運糧而離開的自衛隊員，笑得人畜無害的樣子就想上去抽上幾下。
雖然慶幸，不過這徐元直卻不是個粗心之人，他根據章維手下幾支武力力量的分佈情況，最終才制定了整體的作戰計劃，就是由城外的船隻襲擊和牽制城外的武裝力量，而後視城裡的章維是出城支援也好，或是龜縮在縣衙裡面的角落裡也好，提前混進城裡的人員都發動突然襲擊。
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像這次章維謹守縣衙，並不出城參加戰鬥，而是在這縣衙裡面謹守門戶，直等城外的戰事結果。徐元直對於這種情況早已做出十足的準備，便在城外槍聲響起之後不久，帶人朝縣衙撲去，對這小小的官府發動了強攻。
徐元直在洪澤湖水匪之中被稱爲“智多星”，機敏多智，行事穩重。這次帶隊來到寶應之後，他多次派人在城裡城外偵察章維和他手下人手的行動規律，在確知戰鬥力最強的自衛隊主力都不在城裡，而且新招募編練的民團多數也不在城裡的情況下，才制定了城外牽制、城裡突襲縣衙的戰術安排。
只是徐元直還是小看了自衛隊的戰鬥力，以至於在城外負責牽制的人手被迅速擊敗，在火銃和火炮的壓制下，竟然連逃跑都沒能做到，直接被全殲掉了。
城裡的戰鬥也不順利。
縣衙規模不大，只有前後兩進院子，左右各帶一個跨院。
章維在接到城外戰鬥的消息之後就組織全體人員集中到作爲後衙的後院東跨院。這裡是他平時生活休息的地方，院牆和房子是縣衙裡面最高大堅固的，來到寶應之後制定的應急預案也將這裡作爲受到攻擊時固守待援的堡壘，就連防守時的戰術都已經有過了預案。
此時在縣衙內的人手包括章維從即墨帶來的整個團隊的三十多人，還有本地的三班衙役中值夜的壯班和快班人員總共八人。民團那二十名新兵的營房在城南，並不在縣衙之中。
按照預案，十名自衛隊員很快進入各自的防守位置，前後房子的屋頂各有兩人，其餘六人則守在院子之中。那些原即墨縣衙的人員各持一支長槍，列隊守在院門內，他們在青島勞改的時候接受過簡單的隊列訓練，此時十幾個人手中的長槍如林，看上去倒有那麼幾分威勢。
至於那八名衙役，以前也接受過一點訓練，各自選了稱手的兵器，被安排守在書房門外，章維和三位師爺此時正在書房裡面，商量着這次在縣裡立威之後如何安撫全縣士紳和民衆的問題。