雖然朱棣取得了這場戰爭的勝利，但他依然糾結，他糾結的是如何對建文皇帝定位問題。在明代實錄中，建文皇帝被定義爲一個昏聵、殘害手足、不遵循洪武皇帝遺願的人，甚至建文皇帝篡奪了本應該屬於永樂皇帝的皇位，如此一來，朱棣的靖難之役似乎名正言順。光有這些還不夠，建文時代大多數文獻被焚燬，以致於今人研究建文一代的歷史是那麼艱難，雖然沒有過多的史料對建文皇帝進行描述，但我們透過歷史的脈絡依然可以看到一個溫文而又殘酷、意志決絕而又步履維顛的皇帝孤然的落寞。
永樂皇帝開始不畏餘力的展示他的正統性，他開始重新修建大報恩寺，這確實有欲蓋彌彰之嫌，朱棣對此也很清楚，他要的就是堵天下悠悠衆口。不光如此，更加殘酷的還在後面，讓我們還是回到南京城破的最初階段。
南京城破在文人心目中不亞於一場改朝換代，對於一些人來說，1402年南京城破跟1645年的南京城破沒有任何區別。的確如此，在那個年代，爲此殉節的大有人在，甚至有跟此事無關的農民置身水中。在他們心目中，那個好皇帝不見了，在文人心中，他們的那個政治夢想破滅了，在南京城熊熊的大火中無情破滅了。
洪武皇帝雖然沒有給他的孫子留下一幫武將，但是卻留下了一幫錚錚鐵骨的文臣，如果你看一下名單，就會發現這是一個多麼豪華的陣容。
黃子澄、齊泰、方孝孺、景清、連楹、卓敬、練子寧、鐵鉉、暴昭、陳性善、王彬、宋忠、崇剛、陳迪、黃魁、顏伯瑋、王省、胡閏、高翔、王度、戴德彝、謝升、丁志方、甘霖、董鏞、陳繼之、韓永、葉福、王艮、高遜志、廖升、魏冕、鄒瑾、龔泰、周是修、程本立、黃觀、王叔英、林英、黃鉞、曾鳳韶、王良、陳思賢、龍溪六生、臺溫二樵、程通、黃希範、葉惠仲、黃彥清、蔡運、石允常、韓鬱、高賢寧、王璡、周縉、牛景先、程濟。
這批文臣不僅是明帝國最後的絕唱，更是結束了中國古典意義上的士大夫精神，此後的士大夫們從氣質上來說都跟前代不同，這場政治變動在士大夫的眼中絲毫不亞於宋元兩朝的滅亡，他們心目中的那個明王朝的確已經滅亡了。
很快，明王朝歷史上最震撼的事情發生了，這批儒生要麼被處死，要麼自殺殉節，朱棣不知道這些大儒是整個民族的靈魂，大儒殺之不祥。在洪武的那個恐怖年代，朱元璋也對這些大儒禮敬有加。雖然悲劇發生了，但這些儒生在國初的舞臺上進行了一次最精彩的表演，他們終於有機會來詮釋心中的理想與信念。
無論朱棣如何的遮掩、如何的粉飾，他都逃不過一個“篡”字。華夏最核心的思想就是正統，一個龐大而複雜的國度需要的不是英明睿智的領袖，而是能夠保持穩定的傳承秩序。如今的永樂皇帝卻打破了這種秩序，面對儒生的反對，他沒有像他的後世子孫萬曆皇帝那樣消極應對，而是以鐵血的政策來鎮壓。
《禮記·檀弓下》有記載：
公儀仲子之喪，檀弓免焉，仲子舍其孫而立其子，檀弓曰：“何居？我未之前聞也。”趨而就子服伯子於門右，曰：“仲子舍其孫而立其子，何也？”
伯子曰：“仲子亦猶行古之道也。昔者文王舍伯邑考而立武王，微子舍其孫腯而立衍也。夫仲子亦猶行古之道也。”
子游問諸孔子，孔子曰：”否，立孫。”
這是《禮記·檀弓下》中的記載，意思是公儀仲子的長子逝世，仲子不立其孫而立其另一個兒子，檀弓就此問伯子，伯子拿文王和微子來舉例證明仲子的決策是正確的，但孔子卻說出如此截然相反的觀點，那就是立孫乃是符合正統的決策。
《禮記》乃儒家十三經之一，從這裡可以看出孔子對於在嫡長子不在情況下立嫡孫問題給予了明確答覆。
朱棣的行爲有違華夏正統，它只能在帝國的運行中偶爾爲之，這種行爲不可成爲國家政治運行的常態，一旦成爲常態只會陷入無休止的紛爭中。