嘉靖皇帝死後，海瑞被放了出來，從此一路升官，隆慶元年就做到了大理寺右丞，這些都賴於徐階的提攜。當時正值徐階與高拱鬥法，海瑞又開始炮轟高拱。事實表明，高拱正需要海瑞這樣的人來對付，海瑞在奏書中說，“徐階爲首輔天下開始出現治世的景象，徐階不招權、不納賄，而高拱性格狡猾而且兇，高拱的才具不足以擔任內閣大學士，而且高拱指使爪牙將是說成非，非說成是，臣以爲應該立刻罷黜高拱。”
海瑞的上書直接將高拱搞的沒有脾氣，打了高拱一個響噎。隆慶三年，在高拱回朝的前夕，海瑞升任都察院右僉都御史，總督糧儲、提督軍務，巡撫應天。
應天巡撫治所在蘇州，下轄應天、蘇州、松江、鎮江、常州、徽州、寧國、池州、太平、安慶十府，另外還總督杭州、嘉興、湖州三省稅糧。
可以說帝國半數糧倉都在這個地方，這個地方的份量自然是不言而喻的，讓海瑞出任這個地方的巡撫其原因究竟是什麼？這個時候徐階已經致仕，不會是他推薦，高拱跟海瑞有仇，也自然不會是他的舉薦，張居正向來看不起海瑞，他也不會舉薦海瑞，所以海瑞此次出任應天巡撫可能出自皇帝的聖裁，皇帝想利用這把利器去戳一戳江南的那些豪紳們。
海瑞人還未到任上，其聲勢已驚濤排海而來，整個江南上空似乎是陰雲密佈，一些本地的精英分子似乎開始喘不過氣來。一些當地的官員開始向吏部打報告要求調走，縉紳之家將大門由硃色塗成黑色，駐蘇州的一名宦官將轎子由八人擡改爲四人擡。
海瑞上任伊始便發佈他的督撫條約三十六條：境內成年男子一律從速結婚成家，不願意守節的寡婦立即改嫁，溺殺嬰孩一律停止，巡撫前往各地視察，地方官吏一律不許迎接，巡撫在各府縣逗留期間，伙食標準爲二錢至三錢銀子，雞魚肉可供應，但不得供應鵝及黃酒，境內公文一律使用廉價紙張，公文必須寫滿，不許留白，知府和縣令不許下鄉，有事讓吏傳喚民衆到場，境內停止生產一切奢侈品。
海瑞的這些條款顯得古怪而瑣碎，而且不近人情。
不久，海瑞又發佈文告要對那些因爲破產失去田產的農戶討回他們的土地。在本朝，洪武皇帝通過武力手段革除士紳階層，但到了明代中期這個階層又死灰復燃，因爲帝國的土地所有制仍舊是封建土地私有制。
有積蓄的自耕農或者政府公務員通常將錢以高息的形式貸給那些缺資金的農戶，這些借錢的農戶自然以田產做抵押，一旦還不起債務，所抵押田產自然歸貸款者所有。但帝國的法律又規定，五年之內失去田地的農戶可以以原價贖回，海瑞來到後便開始執行這一規定。
一時前來申請退田的人絡繹不絕，巡撫衙門口擠滿了前來要求退田的百姓，海瑞一個月居然收到要求退田的申請達幾千份，這名官僚居然碰到了跟洪武皇帝一樣的難題，那就是由於自身的理想化帶來一些複雜性的問題。
這些要求退田的申請很多都指向一個人，前任首輔徐階，徐家大約很久以前就從事高利貸生意，而且幾代沒有分家，到如今積累的田產已達六萬畝。這倒令海瑞難辦了，一方面徐階對他有恩，另一方面自己政令如山，而且天下的眼睛都看着自己。
事實說明我們這位官僚並非一根筋，他也具備靈活性，只是看情況而論。他採取了折衷辦法，他令徐階退了一部分田，又逮了徐階的弟弟，這樣既對老百姓有了交待，又維護了徐家的利益。
海瑞在處理徐階問題上獲得了空前的成功，至少人們認爲這是一個處事秉公的人，前來申請退田的人越來越多，而海瑞也越來越有信心，他跟當初的洪武皇帝一樣開始牽扯進一些雞毛蒜皮的瑣碎事情中去。
海瑞的行爲終是觸犯了士紳的利益，在他來江南的八個月後，終於開始有人彈劾他了。刑科給事中首先發難，他說海瑞不識大體、不近人情，出尋常之外、創新奇之法，只能放在清閒的崗位，不能重用。穆宗皇帝並沒有理會這些，他大概很享受的看着海瑞在地方上搞個不亦樂乎。
眼見刑科給事中的彈劾沒起到作用，徐階授意吏科給事中、嘉興人戴鳳翔彈劾海瑞。戴鳳翔在奏書中說海瑞“不諳吏事、魚肉縉紳、沽名亂政”，而且還說海瑞性情古怪，將自己的妻妾殺死。
雖然戴鳳翔的彈劾具備代表性，但依然不起作用，皇帝對這個特立獨行的官僚依然庇護，但羣臣對海瑞的態度卻大大轉變。當海瑞將矛頭對着嘉靖的時候，衆人還覺得有點意思，但當海瑞將矛頭對準士紳集團的時候，他們發覺事情不是那麼妙了，因爲政府官員的家庭多多少少也是這個集團。人們普遍認爲這個人志大才疏、性格偏激，只會將事情辦糟，所以只能閒用，海瑞在文官團體中樹立的那種形象轟然倒塌。
有隆慶撐腰，仍然是沒人能撼動他，但當高拱回朝以後，這一切就不同了。高拱是個睚
呲必報的人，隆慶元年海瑞對他的辱罵他還記憶猶新，高拱擔任吏部尚書後就發現了戴鳳翔參海瑞的奏書，高拱立即做出批示，免去海瑞應天巡撫的職務，改任南京糧儲總督，不久高拱又免去海瑞督糧官的職務，見此情形，海瑞便辭去職務回到了海南。臨行前，海瑞在給朝廷的上書中說道：“舉朝之士，皆婦人也。”
隆慶年的***仍然是血雨腥風，而且這種較量是在清流與清流、君子與君子之間，博弈的會更精彩、更激烈，我們也可以看見很多人的精彩人生。總體來說，鬥爭還是在革新派與守舊派之間進行，因爲有皇帝的支持，革新派要順利的多，跟前幾朝不同的是，皇帝對這種改革派是始終不渝的支持，而且這種改革派從中央到地方都有，這也是前朝不存在的特點。從隆慶元年到萬曆十年是帝國的改革期，這場改革涉及到軍事、人事、經濟方面，它在軍事方面帶來的私兵制，這多多少少的會提高帝隊的戰鬥力；在人事方面主要側重於對官吏的考覈，這點在張居正死後已經不復存在；在經濟方面主要是順應商品經濟的發展，將賦稅和徭役合併統一以白銀繳納。
這三方面的改革事實上都存在問題，有的還是災難性的。軍隊的私兵化會帶來軍隊的官僚化，會導致將領的自保，而這又會影響軍事任務的完成；對官吏考覈過嚴又會導致弄虛作假和官員加大對百姓的盤剝；白銀的貨幣化又會動搖農業的基礎性地位，尤其是這點，在明朝的滅亡中是一個很大的因素。
政策的制定和改革的推進往往看起來並不是那麼美好，它所帶來的弊端會在以後顯露出來，而這些或許又將成爲各級官吏苟安的說辭。無論如何，隆慶時代仍舊是一個偉大的時代，在這個時代打破了祖制，南北同時開關，這完全是利在當代，功在千秋的大事，這纔是後世人應該關注的大事。