重慶和涪州是明軍在川東最後兩個據點，而且躲在重慶的瑞王朱常浩又是大明的近支皇室，所以抵抗較爲激烈。
明末宗室中，同崇禎皇帝朱由檢最親的是他的祖父明神宗的子孫，即福、瑞、惠、桂四藩王。
福王朱常洵已死，他的兒子小福王朱由崧則逃到了南京，在皇太極控制北京朝廷以後，被封爲了所謂的總督南京戎政，用於分化南都潞王和福王兩派明軍力量。
瑞王朱常浩自己原封陝西漢中，可是他聽說闖軍正在向陝西逼近，不等闖軍真的攻入關中，就擅自離開封地，躲到了四川。崇禎帝這時候自保尚且困難，也就無暇顧及朱常浩擅自離開封地一事。
惠王朱常潤原封荊州，在李來亨消滅左良玉集團不久以後，就被楚闖將士抓住，公審處決。
最後一個桂王朱常瀛，他是明神宗第七子，原封湖南衡州，天啓七年九月二十六日就藩。當大西軍進軍湖南的時候，朱常瀛別無他法，試圖逃往廣西。由於奔竄慌忙，亂兵乘機搶劫，朱常瀛只帶着第三子安仁王朱由楥逃到了廣西梧州；第四子永明王朱由榔則留在了湖南永州。
朱常瀛自己跑到廣西以後，因爲大西軍屢屢在桂湘邊界活動，一日三驚，居然被活活嚇死。他的兒子安仁王朱由楥還沒來得及繼承王位，就同樣病死在廣西，桂王王位便落到了朱由榔的手中。
可惜好景不長，朱由榔還沒有來得及逃去廣西，就被大西軍俘獲。本來按照張獻忠的慣例，俘虜到的明朝宗室是要一律處死的，何況朱由榔是崇禎皇帝的近支兄弟，更是屬於必死無疑的行列。
但恰逢這時候大西軍決定進行戰略轉移，準備遠離湖廣，避免楚闖的攻擊，因此正向四川進軍。忙碌之中，殺掉朱由榔的事情就被先放置了起來。
等到了川東，大西軍幾次攻打重慶不利的時候，張獻忠左右的謀士潘獨鰲和徐以顯，就和張獻忠提到這是因爲瑞王朱常浩尚在重慶城中。
朱常浩也是崇禎皇帝的近支兄弟，在明朝官紳之間很有號召力。有瑞王做神主牌位，四川的官紳才能聚集起來，組織起聲勢浩大的團練武裝抵抗大西軍進軍。
所以徐以顯一再勸說張獻忠不要冒然處死桂王朱由榔，而是要把他留在軍中，看看未來，或許會起到令人意想不到的作用。
桂王朱由榔被困在大西軍中，生命得不到半分保障，每天都活在擔驚受怕之中。只有耶穌會的那位傳教士安文思看重朱由榔的親王身份，非常積極地對朱由榔傳佈天主教。
正缺乏精神寄託的朱由榔，恰巧需要天主教這樣一個麻醉自己的工具。兩人一拍即合，很快安文思就爲朱由榔準備了一場洗禮儀式。
因爲軍中條件簡陋，一切只能從簡，安文思佈置了簡單的神臺，在神臺上置明燈二盞，清茶三杯，有一張悔罪奏章，上寫求洗禮者朱由榔的姓名，格式如下：
小子朱由榔跪在地下，真心悔罪，祈禱
天父皇上帝格外恩憐，赦從前無知，屢犯天條。懇求
天父皇上帝開恩，準赦前愆，準過自新，魂得昇天。自今真心悔改，不拜邪神，不行邪事，遵守天條。懇求
天父皇上帝時時賜聖神風，化噁心，永不準妖魔迷濛。時時看顧，永不準妖魔侵害。
日日有衣有食，無災無難。今世見平安，昇天見永福，託救世主天兄耶穌贖罪功勞，轉求天父皇上帝，在天聖旨成行，在地如在天焉。俯準所求，心誠所願。
到行禮時，朱由榔高聲讀悔罪奏章，求上帝赦罪，讀訖焚化。安文思便問朱由榔說：“願不拜邪神否？願不行惡事否？願恪守天條否？”
等到朱由榔連連稱是後，安文思又是由一大盆清水中取水一杯灌於朱由榔頂上，一邊說：“洗淨從前罪惡，除舊生新。”
洗禮儀式，就算是結束了。
由於張獻忠位高權重，脾氣乖張，此前安文思也不敢大着膽子給張獻忠做這等冒犯的洗禮。但他給桂王朱由榔洗禮以後，張獻忠對洗禮儀式感到好奇有趣，就主動勸服安文思給自己也進行了洗禮。
大西軍中另有一些受到安文思佈教影響的將領、士兵，也紛紛請求洗禮，這其中甚至還包括許多賀一龍的部下在內。
張可望和張定國兩人對這滑稽的一幕，也沒有多說什麼。畢竟將士接受洗禮以後，確實精神面貌稍有改善，而且賀一龍的部下跟着受洗，看來也可以避免這一支部隊生出什麼亂子。只要小心避免安文思沾染大西軍的軍政實權，那麼讓士卒們信一個什麼天父皇上帝，也沒有什麼所謂。
畢竟西營利用這種宗教也不是第一回了，早在多年前西營攻破鳳陽的時候，張獻忠就曾經利用鳳陽一帶流行的白蓮教信仰，自稱爲白蓮教傳佈的“古龍真元皇帝”。
張獻忠率部轉向涪州阻擊明軍總兵曾英以後，賀一龍更加加緊了對重慶的進攻。重慶位於長江和嘉陵江匯合處，三面臨江，是一座易守難攻的山城。
但是張可望和安文思率領的火炮部隊大發神威，大西軍從西面陸路先攻佔浮圖關，進抵城下，然後就集中火炮轟擊通遠門附近的城牆。在安文思的指導下，西營大炮如臂使指，很快就打開了進攻道路，賀一龍立即與張定國率部攻入。
張定國所部軍紀嚴整，他佔領府庫以後，不許革營士兵進入重慶搶劫。賀一龍惱怒之下，居然擅自下令革營士兵縱兵大掠，瑞王朱常浩、四川巡撫陳士奇、重慶知府王行儉、巴縣知縣王錫等人因此都死於亂兵搶劫之中。
本來大西軍在張獻忠信奉天父皇上帝以後，張獻忠每天就抱着一本聖經、拿着一支十字架，成日用所謂天條十款說事，一改過去情緒易於極端變化的毛病，嚴格約束起了西營的軍紀。
大西軍進入四川以後，幾乎再沒有肆意搶劫和殺害過無辜百姓。可是這回攻破重慶城以後，賀一龍因爲被張定國阻止，得不到重慶府庫的財寶，居然就把張獻忠一再強調的“天條”當成放屁一般，肆意縱兵殺戮搶劫，重慶城裡軍民震駭，紛紛逃到張可望和張定國的軍營中避難。
但是革營將士搶劫殺戮上了頭，竟然直接衝撞友軍軍營，張定國還算隱忍，張可望卻是一個什麼脾氣？徑直下令士卒放炮還擊，直接把革營亂兵一舉轟散。
這件事情馬上就傷到了西營和革營之間虛假的一團和氣，賀一龍本想立即發作，率兵攻打張可望的軍營。可是因爲張獻忠聽說重慶已破的消息以後，很快就從涪州附近趕了回來，便不好動手了。
第二天，張獻忠不計前嫌，又特地設了大宴款待賀一龍，還說要給讓張可望給賀一龍賠禮道歉。
當晚賀一龍就帶着幾十個親兵，興沖沖地到張獻忠府上赴宴，只是出於多年養成的習慣，他千佩劍之外，又在靴中塞了一把短刀。
來到張獻忠的臨時府邸時，張文秀已在那裡等候多時。賀一龍一干人隨着他穿過幾進院落，來到一個庭院裡，革營親兵們被諧到東酋廂房去飲酒，賀一龍由張文秀陪着進入北房。
張獻忠滿面笑容地迎上來，寒喧幾句，便請他人座。北房中放了三張桌子，張獻忠在中間一張桌子後坐下。革裡眼在張獻忠對面坐下，他落座時下意識地全屋掃了一眼，發現每張桌上都點有兩支蠟燭，可以把菜餚照得一清二楚；靠牆站着些兵丁，面目他就看不清楚了。