陳越回京升任大總統，可他這個大總統卻並沒有辦公地點。按道理說，大總統職同於內閣首輔，可陳越卻並不願在內閣辦公，內閣在宮內不說，辦公地點逼隘之極。
雖然朝廷承諾，會在洪武門西建設大總統府，不過尚需要一段時間，在大總統府建好之前，陳越便只能在自己的齊王府辦公。
齊王府便是原來的魏國公府，經過魏國公徐家二百多年經營，山石亭林，可以說一步一景，事實上是一座風景秀麗的園林，用作居住還可以，根本不適宜做大總統府這種朝廷最高機構。不過沒辦法，暫時遷就着吧。
離開皇宮之後回到齊王府，吳婉兒寇白門等人早已翹首以待，一別經年，見面之後自然有說不出恩愛和話語，這裡就不再贅述。
陳越回京的第三日，崇禎舉行大朝會，京城四品以上的高官俱參加朝會。
在朝堂上，陳越這個大總統正式宣誓就職，從崇禎手裡接過大總統的印璽。
崇禎當朝下旨，取消內閣，以後的政事皆有大總統府處置。陳越擔任大總統，史可法、路振飛、錢謙益出任副總統。
按照事先商議，崇禎同時宣佈，大總統府下設立政務院、都察院、大都督府，分掌政務、監察、軍務。
原來的六部暫歸政務院管理，由路振飛擔任政務院掌院。錦衣衛和御史臺歸都察院管理，掌握糾察民情、諫言彈劾、監督官員等等，由史可法擔任都察院掌院。
大都督府則管理全國兵馬，武將任職、升遷、獎懲，兵馬調動，出兵剿匪，軍備製作等等，相當於把兵部的部分職責也合併在其中。由大總統陳越兼任大都督，楊正平和常延齡充任左右都督。
政務院、監察院掌院、大都督平級，並稱爲三相，史可法爲人正直，卻在權變上稍差，便由他擔任都察院掌院，手掌全國監察大權，位置也極爲重要。至於大都督，手掌全國兵權，這個職位也只能陳越自己兼着。
大總統是新設立的職位，自然要涉及到官制的變革，這些都是應有之意，而這次變動對朝臣們的影響並沒有多大。而其中最大的變動便是把錦衣衛納入都察院，從此錦衣衛歸屬朝廷編制，不再是皇帝私人鷹犬，這更是羣臣們喜聞樂見的。
然後崇禎又下旨取消每日大朝，官員們不用每日一早便入宮朝會。
各個衙門各司其職，遇到大事可上書大總統府，由大總統召集相關人等商議解決，若是大總統也無法解決，再上疏皇帝，由皇帝決定。
這道命令等於把權力從皇帝手中剝奪開來，相當於皇帝讓出了大部分權力，不過從設立大總統職位之時，所有人都知道，這便是應有之義。
陳越之所以堅持如此，是覺得大朝會全無任何意義，每逢大朝，都是無止休的爭吵，一件事情，不管是什麼衙門的官員都參與叫囂，簡直沒有任何必要。專門的事情專門人負責，大家只要各司其職就行，這樣反而事情便得更容易。大明之所以落到現在這幅境地，很大的原因就是扯皮太多，無休止的黨爭太多，陳越決定從源頭加以制止。
而陳越正式就任大總統之後，並沒有急着進行改革，因爲他首先要解決的是各地的叛亂問題。
現在大明遠遠沒有到達和平狀態，順賊被趕到了西寧甘肅兩州，西賊則叛軍在四川，而福建沿海，鄭森佔據了南澳廈門金門等島嶼，悍然打出了奉天靖難的旗號，矛頭直接對準了陳越自己。
在這一切都未解決之前，根本沒有進行變革的環境，不宜操之過急。
陳越以大總統的身份下令，任命餘楓平西大將軍，負責平定陝西順賊之亂。三處叛軍之中，陝西的順賊是最容易解決的，因爲在餘楓手有着十萬強軍，以陳越嫡系的北伐軍爲中堅。
陳越下令，任命李奕爲平賊大將軍，全面負責剿滅四川的西賊餘孽。陳越撥給李奕一萬嫡系爲中堅，再調江西兵五萬，湖廣兵五萬，再加上在四川和西賊對恃的數部明軍，總兵力接近二十萬，剿滅西賊當無問題。
陳越同時下令，以王寅爲東南督師，統率東南兵馬負責剿滅鄭森叛軍。王寅手中掌握着大明最精銳的水師，其中西夷夾板蓋倫船二十多艘，三桅福船一百多艘，實力無比強大。
然而水戰不比陸戰，大海實在太過寬闊，想剿滅同樣擁有大量船隻水軍的鄭森實在困難。
爲了配合王寅剿滅鄭森叛軍，陳越下令，以江西總兵金聲桓爲平南將軍，率領江西兵五萬入福建，從陸上給鄭森施壓。只要金聲桓能守住沿海各個城池不被鄭森攻破，鄭森沒有陸上的接濟，必然會越打越弱，剿滅鄭森也只是時間問題。
對付三方流賊叛軍，朝廷動用的兵力達四十多萬，這麼多的兵力，需要消耗的錢糧是天文數字，而過去西賊順賊之所以無法剿滅，最大的因素便是錢財問題。在往日，和叛軍作戰的都是地方軍隊，錢糧都有地方政府負責供應。現在朝廷徵調了這麼多的客兵進剿，大部分錢糧自然要由朝廷解決。
若是往日，以朝廷的財力根本無法做出這麼大規模的行動。可是現在卻不同了，因爲陳越有錢啊！
鄭家的覆滅，鄭芝龍積攢了十多年的財富大半落在陳越手中，光是這筆錢財就有上千萬兩之多。而叛軍在福建、浙江、江東查抄士紳繳獲的海量財富，更是一筆數量龐大無比，這筆財富隨着叛軍的落敗大半被陳越掌握。
爲什麼明明叛軍是受自己掌控，陳越卻非要做戲出兵剿滅叛軍，除了做戲給朝廷給天下人看，更大的原因還是爲了掌握在叛軍手裡的財富罷了。雖然查抄士紳的財富大部分被錢楓林下令上繳，可錢帛動人心，大半的錢財卻被叛軍士兵私藏。而十多萬叛軍中真正的心腹卻只有數千東番軍和兩萬多江西兵，其他都是浙江降兵以及新加入的江浙百姓。
落入這些叛軍手中的錢財，非得用強硬手段才能奪回。所以纔有了陳越平叛之舉。
故，陳越現在手中掌握的錢財數量及其龐大，足以抵得上國庫數十年的收入，供應幾十萬軍隊剿匪自然毫無問題。而有了充足的錢糧，陳越相信，剿滅叛軍流賊指日可待。