1912的1月19日，教育部開張剛剛一個月，就發佈了《普通教育暫行辦法》。
《普通教育暫行辦法》共14條，主要內容有：
各級各類學堂均改稱爲學校，監督、堂長一律改稱校長；
小學一律於每年3月14日開學，中學、師範則根據地方財力自行決定開學時間；
初等小學可以男女同校；小學讀經科一律廢止；小學應注重手工科；中學爲普通教育，文、實不必分科；
廢止舊時獎勵出身，各級學校畢業者，稱某級學校畢業生。
同時，學校所採用的各種教科書須合乎共和宗旨，由各出版單位自行修改，學校教員對於教科書的內容也可根據這一宗旨隨時刪改。這個教育法令，在新舊社會交替之際，對於安定人心、穩定局勢、建立新的教育秩序，起了非同一般的作用。
這些規定，震撼了年深日久的封建教育秩序，爲全社會送來一股民主共和的清新之風。
1月30日，教育部下達了在全國推行社會教育的通令。所謂社會教育就是我們今天所說的成人教育。蔡元培此舉無疑是是想改變中國文盲衆多的狀況，力求普及教育，使人人都能識字，受到教育。他知道這不是一日之功，需要一段時間的不懈努力。在通令中要求“各地廣爲宣講，次第實行”。
教育部下屬只三個部門，其中便有社會教育司，與普通和專業教育司鼎足而立，足見蔡元培對社會教育的重視。
很多有識之士都指出過，推廣社會教育，實乃國情所急需，雖然難以立見成效，但畢竟開闢出一條教育新路。事實上，這也是高瞻遠矚之舉。
新中國建國之初，所開展的“掃盲”運動，應該是比較好的貫徹了蔡先生社會教育的主張的，當然，這爲後話。
1912年2月間蔡元培發表了著名的教育論文《對於新教育之意見》，比較系統地提出了五育並舉的思想。
一、軍國民教育
（一）從國外環境看來，中國處於“鄰強交逼，亟圖自衛，而歷年喪失之國權，非憑藉武力，勢難恢復。”
（二）就國內情況而言，要打破軍人成爲“全國中特別之階級”的局面，就“非行舉國皆兵之制，否則無以平均其勢力”。
二、實利主義教育
實利主義教育被蔡元培認爲是富國的手段，他認爲世界的競爭不僅僅是在武力，尤其是在財力。因此加強科學技術教育，提高生產力，發展國民經濟，國家 富強才能夠在世界競爭中生存下來。
三、公民道德教育
他把西方近代資產階級“自由、平等、博愛”的道德觀念，分別比做中國古代儒家所提倡的“義、恕、仁”。他主張廣泛吸收國外文化，同時“必擇其可以消化者而吸收之”，並且“必須以“我”食而化之，而毋爲彼此所同化”，他批評有些志行薄弱者，一到國外留學，“即棄捐其‘我’而同化於外人”。
四、世界觀的教育
世界觀教育是建立在把世界劃分爲現象世界和實體世界這個唯心主義世界觀的基礎下，要求人們遵循思想自由，言論自由的原則，不要被束縛於某一學說的思想，在當時具有打破幾千年思想專制統治的解放作用。
五、美育教育
美育教育是進行世界觀教育最重要的途徑，使人們從現象世界通向實體世界所必經的橋樑。美育教育的重要性源於其特點，人從現象世界通向實體世界存在的障礙不外兩種意識，一是人我之差別、二是幸福之營求。
《對於教育方針之意見》一文，是他這個時期在教育方面的主張的一篇代表作。
在這篇文章中，他提出的五育並舉的思想方針，否定了前清教育宗旨中忠君、尊孔兩條。“忠君與共和政體不合，尊孔與信教自由相違”，主張用民主共和的世界觀教育和美感教育來代替，這就破除了兩千年來中國傳統的封建教育兩條不可動搖的信條，體現了辛亥革命的偉大成果和民主精神，具有革命性的意義。
軍國民主義和實利主義要求注意軍事和實業。
蔡元培說:“夫軍國民教育者，與社會主義侯馳，在他國已有道消之兆。然在我國則強鄰交逼，亟圖自衛，而歷年喪失之國權，非憑藉武力，勢難恢復。且軍人革命以後，難保無軍人執政之一時期，非行舉國皆兵之制，將使軍人社會，永爲全國中特別之階級，而無以平均其勢力。則如所謂軍國民教育者，誠今日所不能不採者也。……
“我國地寶不發，實業界之組織尚幼稚，人民失業者至多，而國甚貧。實利主義之教育，固亦當務之急也。”
這是清末富國強兵思想的繼承和發展。
在公民道德一條，他要求以法國革命所崇尚的自由、平等、博愛作爲道德的要旨。
1912年2月12日，清帝退位，第二天，孫中山宣佈辭去臨時大總統。隨後的2月15日，南京的民國參議院如約推舉袁世凱爲臨時大總統。
南方方面對袁世凱最大的疑慮是其能否真正維護中國的共和政體，於是向袁開出了三個條件：臨時政.府首都設在南京；新總統應到南京就職；新總統必須遵守《中華民國臨時約法》及相關法律章程。
而“歡迎”袁世凱到南京就職的艱重任務被分派給了蔡元培，他被委任爲“迎袁專使”，與外交次長魏宸組、海軍顧問劉冠雄、法制局長宋教仁以及汪精衛等一批南京臨時政.府要員一同北上，以示隆重。
袁世凱清楚地知道南方臨時政.府的意圖，知道他自己一去南京，就將受制於革命黨人，所以是絕不會輕易就範的。這時，各國的列強也反對中國把首都南遷，怕損及他們的在華利益，他們支持袁世凱，這樣他們的在華特權將會被最大限度地保全。
這不是一個風光的差使，蔡元培自己也知道，“此行人人知不能達成目的”。朋友們紛紛勸他辭去這個任務爲佳。但是蔡元培說，“我不去，總須有人去，畏難推諉，殊不成話”。
果不其然，蔡元培一到北京，有許多所謂的“人民團體”找上門來，向南方臨時政.府代表團“請願”陳情，說首都不能南遷、袁世凱不能離開北京，否則會發生社會動亂。
不久，在北京的一些軍官和士兵“真的”發生了“兵變”，一時間滿城風雨，似乎北方的局面非袁世凱留在北京不能控制。其實，這些都是袁世凱和他的手下指使的，爲的是攪亂局勢，向身處北京的蔡元培等南方代表示威，也向南方臨時政.府施加壓力，製造留在北京的堂皇理由。
肯定的說，和袁世凱這樣的政客玩手段，耍陰謀詭計，蔡元培這樣的書生肯定不是對手。但如果說，作爲南方專使的蔡元培，一點也沒有發現這袁世凱背後的這些小動作，也未必是事實。當然，也肯定不像外間人以爲的那樣，蔡元培爲袁世凱的種種手段所矇蔽，以至於後來主動幫助袁世凱達成其心願。
蔡元培對袁世凱其人還是有他自己的看法的。
辛亥革命起事八天後，他有一封信給吳稚暉。
這時，他已從德國報紙上得知，清廷啓用久經罷黜的袁世凱重掌軍政大權，他在信中，特別提到清廷啓用袁世凱這件事，並發表他自己的見解。
蔡元培說，聽了這個消息，使他對於革命前途“之十分樂天觀，生一頓挫”。他繼續寫道：“弟以爲袁世凱者，必不至復爲曾國藩，然未必肯爲華盛頓，故彼之出山，意在破壞革命軍，而即藉此以自帝。”
也就是說，蔡元培判斷袁世凱其人，絕不會像曾國藩那樣基於禮教思想而效忠清廷到底，但也沒有美國的國父華盛頓那樣高潔的人品，爲了國家而甘願放棄個人名位，而會爲個人野心破壞革命事業，乃至自己當皇帝。
是的，最終，蔡元培還是對袁世凱做出了讓步，代表南方革命黨人允准袁世凱在北京宣誓就任臨時大總統。
1912年3月10日，袁世凱在北京宣誓就職。蔡元培代表南方臨時政.府接受了袁世凱就任大總統的宣誓，並代孫中山獻上祝詞。
第二天，蔡元培一行在離京返回南京前發表《告全國文》，回顧此行的意義。文中說，“……是故歡迎袁公，我等直接之目的也；謀全國精神上之統一，培等間接之目的也”。
這裡說的“精神上的統一”，或許飽含着貌合神離的無奈。無論如何，推翻滿清的目標已經實現了，無論誰當總統，畢竟共和政體已經在中華確立。
蔡元培其實沒做錯什麼。
首先，袁世凱肯定是不會離開他的老巢到南京就職的。對於南方政.府，只有兩條路可以選擇：第一，對袁世凱妥協，同意他在北京就職；第二，因爲袁世凱不肯到南京就職而南北分裂，最後的結果是開戰。
如果南方政.府選擇後者，在國人都盼望結束戰亂的時候，失去民心的不是袁世凱而是南方政.府。在者說，南方也一定沒有勝算，否則，也不會把大總統位置送出去。
所謂二次革命的失敗，不是在那裡擺着嗎？
何況在當時，希望與袁妥協以達到“謀全國精神之統一”的想法，並不止蔡元培一人，也是民國初年大部分革命黨人的共同心理。