在工藤家裡，赤井秀一暗中監視着黑衣組織派來的人，這些由黑衣組織派來的人一直在暗中監視着阿笠博士家，在紅茶會議中，赤井秀一其中的一項任務就是這個。
這一天的帝丹小學放學後，柯南的心中有些沉重，因爲電視上、網絡上都在報道着工藤新一死亡的消息，對於柯南而言，他不知道該如何面對自己的女朋友毛利蘭，當柯南走到毛利偵探事務所的門前時，自己停頓了一下，他想起了在滑雪別墅殺人事件時，毛利蘭在自己面前傷心哭泣的場景，對於柯南來說，他真的不想再看到毛利蘭傷心的場景了，這時柯南在心中說道：“對不起，蘭。”
柯南低着頭，打開門，走進了毛利偵探事務所的會客廳，從廚房中出來了一個熟悉的身影向自己走去。
“柯南，今天你回來的時間有點晚啊，是發生了什麼事情嗎？”毛利蘭關心地對柯南說道。
“沒。。。沒有啊。”柯南有些緊張地回答說。
“算了，我開玩笑的，你現在很餓了吧，我馬上做飯。”毛利蘭繼續說道。
“還好啦。”柯南的回答依舊無力。
當毛利蘭走回廚房時，柯南望着毛利蘭的背影，他心中在想：“蘭肯定是在僞裝自己傷心的神情，不想讓我看到。”
此時柯南心中的愧疚越來越沉重，就在這時，有一個人走了進來，這個人不是別人，正是毛利小五郎。
與此同時，毛利蘭放下了做飯的工具，站在廚房裡一動不動。
毛利小五郎用嚴肅地表情看着柯南，就像是在盯着犯人的目光一樣，毛利小五郎坐在了柯南的對面，對柯南說道：“你這小子，究竟要隱瞞我們到什麼時候？工藤新一。”
柯南聽到這句話後很震驚，毛利蘭也在此時從廚房裡走了出來，對柯南鄭重地說道：“你能否按時順利地吃到晚飯，就看你自己的表現了，新一。”
柯南繼續爲自己辯解地說道：“你們在說什麼啊，我只是一個普通的小學生罷了，我怎麼可能是新一哥哥啊，你們不要搞錯了！”
“是嗎？水無憐奈曾經給我發過一段手機短信，她說有一個可怕的組織存在，你和小蘭去遊樂園去玩，你中途離開，此後工藤新一這個名字消失了一段時間，就在工藤新一失蹤後不久，一個叫江戶川柯南的小鬼卻在此時出現在我們身邊，這實在是太巧合了，在小蘭去找你的那天，你和阿笠博士在一起，也就是說你很可能對阿笠博士說出了實情，阿笠博士在幫你隱瞞你變小的真相，還有一件事，我一直有些疑惑的是在很多案件發生後，我有一段時間突然暈了過去，至於我說了什麼做了什麼，我都不記得了，這樣的事情不止一次發生過，這同樣不正常，於是我去找了阿笠博士，不過今天在阿笠博士家的周圍我看見了有些行跡可疑的人，我馬上就想起了水無憐奈給我發的手機短信，他們就是那個可怕的組織成員，我走上去偷偷地將那夥人打暈並報了警，來到阿笠博士家，在與阿笠博士交談完之後，我終於知道了你的真實身份和你目前身上的那一套裝備，以及我在命案現場突然暈過去的事實，怎麼樣，你有什麼要說的嗎？”毛利小五郎的一番推理說道。
“當我在網上知道新一死亡的消息時，我很震驚、很痛苦，我和爸爸說了新一死亡的消息，而爸爸在用話語安慰完我後，就在這裡思考着這究竟是怎麼回事？當爸爸在想通了有關於你的一些事情後告訴了我真相，我起初並不相信你就是新一，當然你和新一是有很多相似的地方，我也曾經懷疑過你的真實身份，之後爸爸離開了這裡，去阿笠博士家求證，你回來時我對你依舊半信半疑，直到爸爸說出你的真實身份後，我才徹底相信你就是新一，雖然你隱瞞了我們這麼長時間，但我知道你有你的苦衷，我依舊相信你，如果你現在依然不承認自己是新一的話，也沒有關係，那就先按照目前的生活過吧，你依舊是柯南，我還是你的小蘭姐姐，爸爸依舊是你的毛利叔叔。”毛利蘭含着眼淚對柯南說道。
這時的柯南站了起來，向毛利小五郎和毛利蘭兩個人分別鞠了一躬，並說道：“對不起，我隱瞞了你們那麼長時間，是的，我就是工藤新一。”
毛利蘭在聽到柯南說完這句話後，已經抑制不了自己的心情了，她衝過去擁抱了柯南，毛利蘭笑着對柯南說道：“太好了，太好了。”
柯南看到這個情形，自己也笑了，他終於不用再隱瞞自己的身份了，而毛利小五郎站起身來，又走了出去，因爲他知道自己的女兒和工藤新一還有很多話要說。