T病毒使保護傘公司主管系統紅皇后的程序發生了錯誤，變得殘暴嗜血的她想要殺死地球上所有的生命毀滅地球。唯一能夠阻止紅色女王的只有最瞭解T病毒威力的愛麗絲一人。
而此刻，失去了能力的愛麗絲卻被保護傘公司囚禁在位於海底的秘密基地中。
威斯克通過病毒侵入了保護傘公司的系統，他放走了愛麗絲並告訴她，她是人類最後的希望，而爲了拯救人類，雙方必須冰釋前嫌共同抵抗更強大的敵人。
愛麗絲遇見了保護傘公司的前頂級特工艾達王，兩人一路上奮勇殺敵結下了深厚的友誼。同時，愛麗絲舊日的戰友們也組成了一個小分隊，從外向內進行突圍。
保護傘公司在海底建造了逼真的模擬城市，並使用克隆人作爲T病毒的實驗對象，試圖研究出控制生化危機的方法。
爲了抵達出口，愛麗絲一行人一路擊殺了更多新型強大的喪屍，穿越了東京、紐約、華盛頓和莫斯科四座模擬城市，終於突出重圍見到了威斯克。維斯克重新賦予了愛麗絲超能力，並告訴她她是人類最後的希望。
亞當穿越之前，只看到了這麼多，對於自己也不知道的後續劇情，自然也無法告訴小丑。
小丑想着腦海中的故事，臉上的笑容越來越詭異。
“其實應該將終結者給我就夠了，那麼…”小丑從地上緩緩的站了起來。“目標愛麗絲。”
“你沒事吧？”一個聲音很溫柔的女士，看着蹲在大街旁邊的小丑。“需要我幫你叫救護車嗎？”
“不需要，謝謝你女士。”小丑帶着感激的笑容問：“請問這是哪個城市？”
“浣熊市啊，你確定你沒事？”聲音很溫柔，但身材很‘豐滿’的女士有些擔心的看着帥氣的小丑。
“沒事，我感覺非常棒！”小丑臉上的笑容慢慢擴大。
目前是一切故事開始之前，小丑已經迫不及待的想要參與進這個他渾身血液都沸騰的遊戲了。
就在小丑準備出發尋找愛麗絲的時候，忽然想起了什麼，轉而把目標放在了安布雷拉公司。
發展信仰需要人口，特別是需要那些在末日中掙扎的人口，而愛麗絲又能幫助小丑找到多少呢？
應該跟着愛麗絲，然後找到接觸安布雷拉公司上層的機會，然後想辦法奪取火焰女皇的權限！
小丑來到了所有故事開始的起點，蜂巢上方的別墅。
小丑很輕易的進入了別墅，可還沒等他做些什麼，一股煙霧從地板升起，故事已經開始了。
小丑覺得腦袋有些昏沉，可他並沒有使用神力祛除這種狀態，反而帶着笑容暈了過去。
“躺着別動！”
一切意識迴歸，小丑迷迷糊糊的甦醒，就看見一個女人正在觀察自己的瞳孔。
“我說躺着別動！”
女人用手電一邊觀察着葉晨，一邊道：“看着這道光，眼睛跟着轉動。”
小丑老實的聽從着指揮，一點都不像小丑。
“OK。”女人伸出三根手指，問道：“我現在舉起的是幾根手指？”
“我來看看，好美的手。”小丑看了一眼，回答道：“三根。”
“很好，感謝你的誇獎。”女人又接着問，“告訴我你的名字。”
“我、我不知道……”小丑臉上的表情扭曲着。“大概是亞當，或者傑克什麼的，也有可能是布魯斯，布魯斯-韋恩？”
“他沒事。”女人轉過頭，“失憶了，就像那個人一樣，不過他的精神可能有點異常，說話怪怪的。”
小丑四處亂看，眼角餘光一瞥，感覺有人目不轉睛的看着他，不禁回看過去，就發現一位金髮碧眼，身穿紅色連衣裙，性感靚麗的女人。
對這個女人的身份，喜歡生化危機系列的小丑自然是熟悉無比，正是他的目標。
艾麗絲！
小艾麗絲，幹嘛盯着小丑叔叔？需要疼愛嗎？
小丑對着艾麗絲眨了眨眼睛，露出一個滑稽的笑臉。
列車還在快速移動，車廂裡這時無人說話，比較安靜。
小丑心中卻非常開心，因爲艾麗絲還在看着他。
小丑覺得自己有很大的魅力，讓艾麗絲對他一見鍾情了，一定是這樣！
“是你們把我帶到車上的？”小丑看向了站在一旁的僱傭兵。“雖然我失憶了，不過我絕對討厭坐車！”
沒人理會小丑。
過了一會，列車終於停了下來。
“下車！”
僱傭兵的隊長，名爲馬修·艾迪森的光頭黑人率先跳下車，端起槍警惕的觀察着周圍。其他人陸續也跟着下車。
這裡是個類似倉庫的地方，前面應該就是蜂巢入口。
幾個僱傭兵小心翼翼的在前面探路，小丑則和艾麗絲等人跟在後面。
這個時候，小丑終於發現了不對，好像少了一個人！
不由認真數了起來，七個傭兵，艾麗絲，馬特，加上自己確實少了一個人，反派人物“思班斯”——那個前來蜂巢偷病毒的商業間諜不見了。
重要角色不見了？
是要小丑叔叔開啓末日嗎？
可病毒不是已經泄露了嗎？
一定是亞當的資料有問題！
小丑帶着遊戲的心情走着，甚至開始了蹦蹦跳跳，周圍的人都用詭異的眼神看着小丑，想起了醫務兵一開始的話。
這傢伙精神絕對有問題！
他是怎麼跑到這裡來的？
衆人順着平臺一直向上走，很快，在車站平臺與實驗室入口處，一座封閉的鋼鐵大門擋在了衆人面前，那大門上還有一組特殊的符號和細菌標誌，表示着該實驗室的公司與此處危險！
“打開那扇門。”
小丑幾個人一直緊跟在僱傭兵們身後，小丑甚至分析了需要幾秒幹掉這些傢伙。
走到大門前時，艾麗絲忽然向黑人馬修·艾迪森問道：“聽着，我想知道你們是誰？還有這裡究竟發生了什麼事？”
馬修·艾迪森轉過頭來看向了她，他對其餘幾名僱傭兵揮了揮手，這幾人連忙從包裹中取出一些機械，開始在大門那裡破解起來。