在圍困南昌的同時，明軍派出魏君重所部，由南昌北上，攻取九江，截斷武昌至南昌的增援之路。魏君重名義上是率領的滅朔軍的一個師，其實他這個師屢經戰鬥，已經擴充至近三萬餘人。朱永興的意思很明顯，魏君重所部是早晚要獨成一軍的。他的這個想法也早通報了魏王馬寶，讓馬寶再從閩省和贛省百姓中招募一師，補足滅朔軍的差額。
若論明清兩國的地域，明朝還是處於劣勢；但要論動員能力，以及民衆參與支堅的熱情，清朝則是遠遠不及。湖廣士紳捐輸的糧食，光復區百姓的踊躍支前，使明軍的後勤壓力大爲減輕，且士氣高漲。
永曆十六年，康熙元年，公元1662年十二月二十一，在沿途民衆的傾力相助下，三十餘門重炮運抵南昌城下；十二月二十二，坑道施工業已完成，開始填裝火藥。
十二月二十三日凌晨，南昌西城牆在兩聲轟然巨響中垮塌，嚴陣以待的明軍立刻吶喊衝鋒，從兩個缺口處蜂擁入城。激戰至下午三時許，南昌城內的清軍被全部肅清，都統穆佔被擊斃，所帶滿蒙兵將被盡數斬殺。
十二月二十四日，朱永興在南昌城內接到了魏君重的急報，九江已下。至此，武昌的上游、下游皆被明軍所控，基本上失去了重地的意義。
而明軍繞過武昌的戰略行動獲得了巨大成功，沿江東進便是南直隸的上游咽喉——安慶，只需拿下安慶，便可控制長江及準河，是以取南京必先得安慶。
當年鄭成功由長江入攻南京，主力攻下鎮江後屯於南京城下，以張煌言率偏師往攻安慶。張煌言船不足百，兵只兩千，除了收復安慶之外，周圍四府十餘縣亦盡落入他手，一時間局面大好，只可惜鄭軍主力一敗，安慶等地亦不可守，也只得急忙後撤，將這些府縣歸還於清兵之手。
一道道諭令從南昌飛出，快馬加鞭送往各處。各部明軍紛紛而動，大決戰終於拉開了帷幕。
十二月二十六，經過兩日休整的蕩朔、殄朔兩軍由南昌出發，走九江，東進下游的重鎮安慶。
十二月二十七，魏君重率部由九江西進，兵逼武昌；同時，嶽州的徵朔軍，荊州新成的討朔軍，以及長江水師，一併向武昌壓去，合擊已被孤立的這一清軍集團。
十二月二十九，閩省滅朔軍兵出分水關，由蒼南、平陽、瑞安直取溫州；靖海侯鄧耀率分艦隊開至溫州外海，並於溫州以北的樂清佯攻登陸，予以配合。
永曆十七年，康熙二年，公元1663年一月二日，鎮海伯楊彥迪、建平伯鄭纘緒率兩千餘艘戰船由崇明出動，直入長江。在南通江面，破朔軍借船南渡長江，水陸大軍直指清軍第一道江防——江陰。
一月五日，明軍進至江陰，清朝文武官員憑城扼守。明軍水師先破江上工事，然後駛近城池予以炮轟，破朔軍趁勢猛攻，江陰小縣，一日而下；八日，明軍進抵瓜州，陣斬清遊擊一名，敗敵滿漢兵馬數千，炸斷攔江鐵索，摧毀鎖江防線“滾江龍”，焚燬清軍江上浮營（又稱木城）三座，使清方苦心經營的江防工事全部瓦解。同一天，明軍攻克瓜州，清操江巡撫投降。
一月六日，西路明軍一改幾日來不急不緩的推進速度，晝夜倍道，兼程而進，直逼安慶。而作爲奇兵突出的一部明軍騎兵，事先化裝成清兵模樣，由高得捷率領，先於大軍詐開城門，安慶清軍驚慌失措，在敵情不明的情況下，數千之衆竟出東門倉惶而逃，安慶乃下。
一月十日，西路明軍正繼續東進，已有蕪湖等地官紳派人送來密信，通報納降歸附的消息；明軍以不足一千的騎兵先行，於一月九日收復蕪湖；一月十日，長江水師一部衝破武昌江面，前來會合，並通報武昌正被三路明軍圍攻，城內清軍有棄城北竄的跡象。
一月十一日，明水陸大軍在鎮江銀山大破清江寧派來的援兵，清鎮江守將與知府獻城投降。十三日，先鋒舟艦已進抵南京城下。
一月十五日，明軍西線軍團於當塗與東線哨船會合，從而基本上形成了東西會師，截斷長江，合擊南京的戰略意圖。
從攻克南昌到東西會師，不到一個月的時間裡明軍長驅直進，幾乎沒有經過什麼大戰。
按後來的歷史記載：“帝御駕親征，王師所至，江之南北相率來歸。郡則太平、寧國、池州、徽州；縣則當塗、蕪湖、繁昌、宣城、寧國、南陵、南寧、太平、旌德、貴池、銅陵、東流、建德、青陽、石埭、涇縣、巢縣、含山、舒城、廬江、高淳、溧水、溧陽、建平；州則廣德、無爲以及和陽，或招降，或克復，凡得府四、州三，縣則二十四焉。”。
取得這樣巨大的成果，原因主要有三個：一是清軍在長江下游的兵力單薄，三個重兵集團一在南昌被殲滅，一在武昌被圍攻，一在江浙被滅朔軍牽制；二是當時反清復明勢力的社會基礎還相當大，各地紳衿百姓不忘明室，明軍於西南崛起並屢戰屢勝，使他們重燃希望，盼之久矣；三是明軍紀律嚴明，所到之處秋毫無犯，使士紳百姓簞食壺漿，傾力相助。
而明軍的戰鬥力，以及動用的大軍，更是遠超當年鄭成功所發動的長江之役。不算其他戰場予以配合的明軍，東西會師之後，陸軍便有殄朔、蕩朔、破朔三個軍，以及一直擔任朱永興近衛師的靖朔軍第一師，再加上水師陸戰隊，已經超過了十三萬之衆；水師更是有兩千餘艘大小船隻，官兵兩萬餘人。在裝備上，明軍擁有的火槍火炮的數量和威力更不是當年的鄭軍可比。
此時明軍兵抵南京，形勢與鄭成功長江之役時又大不相同。上游州縣、水路多爲明軍所控，不必象當年鄭軍，擔心清軍由這個方向趕來增援；明軍水師更爲強大，炮火更猛，清廷想從北方增援，如何渡江，便是一個難以逾越的障礙；而江浙清軍固然能夠回援，卻要面臨被滅朔軍銜尾追擊的危險，且要盡棄江浙要地。
這個時候便看出之前穩步進取的好處了，周邊無強敵，進抵南京城下的明軍可以說是後顧無憂。當然，清廷在江浙不斷投入兵力，此時南京的清軍數量也要多於長江之役時，有一萬有餘。而在明軍勢如破竹般向南京逼進的時候，爲了保衛南京，南京的江南總督郎廷佐不惜以放棄部分州縣爲代價，從附近地區調集一切可用的軍隊，同時向清廷發出十萬火急的求援奏疏。
“自海逆於京口得志後，賊勢大盛，於十三日，已溯江逼近江寧。時因城大兵分，力薄難支，懇請速從京師調遣大兵前來，方可恢復，大江兩岸城池亦不致失守。”
“賊兵水陸二十餘萬、戰船兩千餘艘，猖獗之勢更勝鄭逆。現攻下鎮江、太平、寧國等府，浦口、六合、丹塗（當作丹徒）等州，欲攻圍南都，危如壘卵，乞發大兵南下救援撲滅，免致燎原焰天”。
郎廷佐的奏疏或有誇大之嫌，但此次明軍進攻南京的兵力和氣勢確實強大，使其惶恐難安，以致在奏疏中發出窘迫之語。
但些時求援已經晚了，朱永興不會犯鄭成功那樣的錯誤，更知道太平軍是如何攻破武昌和南京的。城牆雖高大堅固，依然難擋爆破之術。
一月十九日，朱永興駕臨南京城下。此時，殄朔軍在獅子山立營，蕩朔軍於雨花臺駐紮，破朔軍屯紮西南角，並沒有四面合圍南京。這是吸取了鄭成功失敗的教訓，十餘萬大軍雖然佔據壓倒性優勢，但明代的南京城垣周圍非常廣大，要將南京包圍得水泄不通，是有困難的。且分兵則勢弱，當初鄭軍分營圍城，便是被清軍分頭擊破的。
最多七天破城，能有多少清軍入城增援？朱永興趕至獅子山，立刻召集各軍將領進行了戰役部署，命令各軍工兵集中起來，全力由靜海寺、天后宮開挖地道，突破口即是城北儀鳳門。同時在城南雨花臺附近架設炮兵陣地，作爲佯攻掩護。又命水師和陸戰隊並陸軍一部進攻江北的江浦、浦口，阻遏江北清軍的增援。
爲什麼要急着攻破南京？在朱永興與參謀們的推演中，還有一個方案，便是故意拖延，待江南之敵全聚於南京後再一鼓全殲。但朱永興記得一句話，叫夜長夢多。
如果能儘快攻取南京，不僅是軍事上的勝利，而且在政治意義上有巨大的影響。南京一下，然後分兵四出，仍在觀望之中的清綠營官兵和更多的漢族官紳必然反正來歸，頑固不化者則聚而殲之，明軍即可迅速佔領江南，從而形成與清廷一輪新的對峙。
該緩時緩，該急時急。朱永興要在開春前解決江南戰事，不耽誤春季耕種，以備明年大舉北伐。所以，在有利態勢達成之後，立刻兵行如火，展開了雷霆萬鈞，並是蓄謀已久的推進和攻勢。
可以說，到目前爲止，明軍各部在接到諭令後的配合是默契的，都在發揮着作用。如果因爲要追求過度完美，而喪失了最後的勝利，那朱永興是永遠不會原諒自己的。
軍議已畢，朱永興帶着幾名高級將領和親衛登上獅子山眺望，不禁慨嘆道：“虎踞龍盤？莫不是諸葛亮虛言欺騙孫權？看這山，既不高，且山勢多平緩，易攻難守。北面被視作天險的長江又是江面開闊，流勢亦不急。若是在此山上架起重炮，轟到城內當無問題吧？”
從軍事角度來說,城外的山、河對保衛南京作用不大。宋朝時擋不住趙匡胤的大軍；在明朝也擋不住清軍的攻取，這在一定程度上也是造成“一片隆幡出石頭”的原因吧！
敘國公馬惟興也仔細觀察了一番，點頭贊同朱永興的品評，“這南京城啊，只是城牆高且厚，卻無其他可守之處。不過，風景很好，聽說有很多遊玩之處。”
南京可以說是古今文化薈萃之地，自然景觀、人文古蹟點綴其中，用“城在園中”一詞形容最爲恰當。南京古城中有玄武湖；城東有明孝陵、靈谷寺等；城南有夫子廟、烏衣巷、瞻園等；城西則有清涼山、石頭城、莫愁湖。
“待江南戰事一了，汝自可暢遊一番。”朱永興笑着點了點頭，說道：“首先破城的榮譽呢，就交給殄朔軍了。”
“殿下放心，克屬神京，非我軍莫屬。”馬惟興用力地揮了下手臂，笑道：“閒的太久了，倒讓小輩出盡了風頭，連這殄朔軍的名頭也不響亮。呵呵，末將這般年紀，說大不大，說小不小，可得抓緊時間哪！”
“這話說得不對。”朱永興環視了一圈周圍的高級將領，淡淡地笑了笑，說道：“你們也是如此想嗎？”
“回殿下。”胡國柱拱手道：“江南勝局已定，北方的韃虜失去了財賦之地，又能蹦躂幾時？末將等想建功立業，便要趁早趁快。”
“韃虜之滅不過兩三年的時間，這點說得不差。”朱永興點了點頭，正色說道：“但國家就此便安定了？西北有蒙古諸部，頗有些野心勃勃的傢伙；東北有沙俄覬覦，蠶食我大明疆土；海外呂宋，西班牙人屠我同胞。國戰若勝，也不是刀槍入庫，馬放南山的時候。你們哪，眼光要放長遠，爲國征戰的機會多着呢！”
蒙古諸部，衆人倒能理解，至於沙俄和西班牙，則知者寥寥。但朱永興的意思很明顯，打敗韃虜並不是結束，開疆拓土，四處征戰是肯定的戰略。也就是說，武人建功立業的時候長遠着哪，不必急於一時之功。
“你們哪，多讀讀書，長知識，也開眼界。”朱永興看衆人的表情，不由無奈地搖了搖頭，“孤會讓講武堂編輯一本關於地理和國家知識的書，到時候，你們都要好好看看。”
“殿下高瞻遠矚，末將等萬萬不及。以後定好好學習，多多讀書。”翼國公馬自德恭維了一句，他在講武堂學習過，對沙俄和西班牙都有所瞭解，但在衆人面前也不想顯擺。
朱永興笑着擺了擺手，說道：“什麼高瞻遠矚，什麼英明神武，這些話以後便不要說了。人有所長，亦有所短。便說這戰陣廝殺，還是你們更有經驗，更能指揮若定。所以啊，日後這抵禦外侮，開疆拓土，便要辛苦你們了。”
“殿下言重了。爲國征戰，武人本份，何談辛苦二字？便是那天涯海角，只要殿下所指，末將等便去將其佔領，使其成爲我大明疆土。”平北侯夏國相正色說道。
“這可是你說的。”朱永興笑着調侃道：“在極北之地，有毛皮白色的熊，叫做北極熊，你去給孤抓幾頭來；在南面千里的大海中，有一大島，上面有肚子上有口袋的動物，你去給孤捕來。”
“白色的熊，沒問題。”夏國相先是肯定地點頭，隨後又疑惑地問道：“肚子上有口袋，那是什麼動物，竟然會針線活兒？”
“哈哈哈哈。”朱永興開了玩笑，卻反倒被逗得開懷大笑，指着夏國相咳嗽不已。
衆將不知其故，待朱永興喘息方定，大概解說了袋鼠的生理結構，衆人才恍然大悟。紛紛議論天地之大，無奇不有，轉過頭又取笑夏國相自作聰明，竟把動物當裁縫。
“那座大島地域廣闊，物產豐富，比我中華小亦有限。”朱永興指着南方，充滿着憧憬，“而今卻是荒蠻，只有少量土著居住。如果孤在有生之年能夠將此島納入我大明版圖，哪怕是由漢人佔據，自稱爲王，孤亦感欣慰。”
“末將願爲殿下達成此心願，雖波濤萬里，亦在所不辭。”鄭纘緒海上生涯，一聽是個話頭，忙拱手請纓。
“好，有此雄心，便不愁大事不成。”朱永興讚賞地連連頜首，手劃了一圈，指着衆將說道：“都好好保重身體，好好活着。孤日後用你們的地方還多着呢，可別未老先衰，只能趴在牀上空自嘆息啊！”
“殿下身體康健，方是我大明之福。”敘國公馬惟興拱手道：“末將亦遵殿下吉言，留着這身體爲殿下永遠效力。”
“願爲殿下永遠效力。”衆人都齊聲說道。
“那就讓咱們敘寫一段君——這個佳話吧！哈哈。”朱永興及時收住了口，但衆人都心中明白。
一個小軍官從山下跑了上來，施禮報告道：“南京城內派來使者，書信在此，請殿下覽閱。”
早有親衛接過書信，檢視無虞後方呈給了朱永興。
“……大王到此，即當開門延入。奈我朝有例，守城者過三十日，城失則罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞大王寬三十日之限，即當開門迎降……”
朱永興隨手將書信交給衆將傳閱，冷笑道：“故伎重施？嘿嘿，真當孤如延平王那般自大？”R1152