《明日議定書》的簽訂很快就通過菊機關的秘密渠道傳到了城外，第一個知道此事的是正在攻擊日軍鬆平定勝部的第二步兵聯隊長陳廣睿。
御馬監騰驤右衛總旗出身的陳廣睿，對於所謂的《明日議定書》十分的不滿，認爲這是那個沒鳥的副使擅自主張。
因爲，根據議定書中的內容，皇帝親軍將士奮勇遠征，換來的不過是幫助日本的鳥國王復政，這算什麼？
“老子不懂政治，老子只知道倭人的京城就在眼前，白花花的銀子和女人等着弟兄們去拿，怎麼反過來就要弟兄們保護這屁城呢！”
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陳廣睿“呸”了一口菊機關的信使，恨恨的要抽對方一鞭子。邊上的參謀副官渡邊趕緊攔住，低聲勸說聯隊長閣下趕緊將此事上報。
“媽拉個巴子，你找兩人把這傢伙送到後面去。”
陳廣睿氣沖沖的來到前沿，透過千里鏡看到有幾個戴着面具的日軍將領正在朝皇軍這邊指點什麼，看架勢沒將第二步兵聯隊先前發起的進攻放在眼裡。
陳廣睿惱了，馬上命令第一大隊組織第二撥進攻，一定要將這股卡在日本京城前的最後一根骨頭拔掉。
自打隨師團進入臺灣後，陳廣睿已經一年多沒有回過本土，加上對日作戰以來，他的聯隊損失很大，不少一直跟隨他的部下都陣亡了，因而心中很是憋着一股火氣。
“誰能把鬆平定勝的首級給老子拿來，老子升他三級！”
下了重賞後，陳廣睿竟然又緊跟着發佈了一條命令，他對軍官們道：“告訴弟兄們，進了日本人的京城，老子給他們放十天假！”
“閣下，這似乎不妥吧？”
渡邊參謀負責聯隊和師團的聯絡及軍令事務，不管是軍方面還是師團方面，都不曾有指示對京都可以破壞，因此他要提醒聯隊長閣下不要輕易做出上面不許可的事情。
“沒什麼不妥，弟兄們餓着肚子打到這裡，不讓他們進去快活一次，老子對不住他們！”
陳廣睿固執己見。
聯隊長的命令下達之後，整個聯隊的官兵爲之興奮起來，哪怕那些日本籍的官兵也都欣喜的手舞足蹈起來。
有軍官的許可，在利益的刺激面前，軍紀自然就會變壞。
眼面前的可是日本的京城啊！
那裡有多少達官貴人，又有多少財富呢！
渡邊見無法勸阻聯隊長，只能暗歎一聲，將此事迅速上報。
與此同時，正與日軍進行交戰的第一聯隊、第五聯隊的官兵們都接到了來自聯隊本部命令，這些命令雖然在行文上有所區別，但竟然跟第二步兵聯隊的命令大體一致。
常石殺降事件的後果出現了。
對放下武器日軍的大規模屠殺無疑刺激到了整個皇帝親軍，在部分極端軍官的煽動和刻意組織下，事態向着大本營根本無法阻止、甚至無法預見的一面滑去。
第五步兵聯隊的一箇中隊在俘虜了幾百日軍之後，未經請示就將這些俘虜全部坑殺。
“由於日軍的迅速瓦解，我皇軍各部隊的神勇快速推進，約有萬餘日本兵被切斷了退路。他們丟下武器向我軍投降。然我軍兵力有限，要處理如此衆多的俘虜，糧食方面的保證根本無法實現。因此，我擅自向所屬各部隊發出命令，要他們效仿常石事件，全部處決掉這些俘虜。”
本來負責收容俘虜的工兵聯隊長安國寺一夜之間處決了一萬餘俘虜。常石事件之前，安國寺曾向大本營進言，要善待俘虜。
第三步兵聯隊的一個大隊俘虜了一千多日軍，他們不知道怎麼辦，在聽說後方發生了常石事件後，這個大隊立即將俘虜們全部處決掉。
臨時抽調入日的臺灣警備師團第一步兵聯隊長魏廣生是魏公公的九太爺，在到達日本編入第一軍序列後，魏廣生就經常與第一軍各聯隊長聯絡。
常石事件沒有發生前，魏廣生就經常說幹嘛要接受那些倭兵的投降，統統殺了不是省事得。早幾十年前嘉靖爺那會，可不見倭寇對我皇明子民有善待的。老輩人可都說了，那東南沿海的百姓叫倭寇們禍害的慘了噢。
這等帶有強烈復仇的言論自然引起了大本營參謀長官蔣西鳳的反感，他向魏公公建議將其調離，但建議多次卻未能獲得同意。
此事令得魏廣生產生錯覺，以爲他侄重孫是在默許他行事。於是，魏部一路可謂是燒殺搶掠，所過之處幾成赤土。
又因魏部肅寧子弟衆多，此後數月甚至長達兩年，肅寧籍皇軍官兵不斷將從日本搶掠的財貨運往家鄉，使得從前的北直隸有名的貧困縣搖身一變成了全省有名的富裕縣。
多遠的姑娘都要嫁到肅寧，意外的解決了肅寧兩百年來的出太監的臭名，導致天啓年間宮中太監定額大大不夠。
九千歲魏忠賢對侄兒感慨道：“咱咧給皇爺做一輩子沒能讓家鄉百姓過上好日子，你小子出海晃一圈倒是成了家鄉的活菩薩咧。趕明讓他們別再立咱的生伺了，都立你的，都立你的。”
最讓大本營震怒的不是魏公公的九太爺，而是第一步兵聯隊長，也是常石事件的主要責任人真田一郎。
其在第一步兵聯隊官兵演說中公開宣稱，說什麼幕府的一切都是我們的敵人，哪怕山川草木也是！
常石事件之後，真田下發了一道密令，“凡在京都以及京都附近的戰場，一般的日本百姓，縱令是老人、女人或者小孩，部隊都要嚴加註意。近期不斷髮生我聯隊官兵被日軍單獨兵襲殺事件，故不能粗心膽大，需要特別注意，尤以後方部隊爲然。如果發現這些行爲，一律不寬恕，必須採取斷然處置。”
第六步兵聯隊長李炎昭宣稱：“京都是日本的京都，也是皇明的京都。皇軍對京都的佔領是帝國意志的貫徹，因此不允許京都存在任何幕府的流毒！”
這些將領的種種言論無疑加深了皇軍在京都作爲的惡劣性，使得皇軍在相當長的一段時間內軍紀十分的敗壞。
可讓人難以理解的是，對前線各部隊的胡作非爲，身爲最高統帥的魏公公竟然未做任何阻止。
甚至多年後在一次採訪中，魏公公說自己當時在臺灣平定土蠻時的舊傷發作，因此無法有效指揮部隊。故對於原日本國京都發生的諸事件，公公本人並不清楚。
事件中，可能有平民被誤殺，對此，公公本人一直是愧疚的，所以他後來向皇帝請命兼任日本鎮守太監，便是想爲日本的發展做一些貢獻，以撫平戰爭給日本人民留下的創傷。
採訪結束後，公公善意的提醒採訪的《皇明日報》記者：“過去的事情就不要再翻了，京都事件帝國早已經定性，一些吃飽了撐的文人妄想通過此事翻案，明面上是想深挖歷史真相，但實際上矛頭卻是對準咱家的。對這些人，我們必須警惕，我活着他們不敢鬧，我要死了，指不定就得被他們鞭屍咧。我看咧，對這些人不敲打一下不行啊，早年間的學習班有必要再開幾期，讀書人嘛，腦子總是不切實際。”
這次的報道和隨後的相關措施起到了很好的效果，但有一點魏公公並沒有說真話。
他一直在前線。
就在皇軍攻佔京都的第二天，魏公公就帶領滷薄參加了入城式，並親手爲對日作戰以來陣亡將士擂響了漢唐年間的舊樂招魂鼓，以求皇軍將士魂兮歸來，永震倭國。
入城式上，天降灰雪。
此是城外正在焚燒死者殘骸，因數量太多難以計數，行人於二三裡外望如積雪。
次日，魏公公親自召見曹文耀、伍福銘、真田一郎、山本幸二、李炎昭、汪大海等第一軍高級將領，對他們攻克京都予以嘉勉，並各贈寶刀。
..........
常石發生的事件很快就被當地的日本村民傳了出去，數千日本士兵及將軍長子的被殺讓幕府方面人心爲之一滯。
明國軍隊官方對外聲稱德川家光乃是詐降，因此皇帝親軍採取了必要措施以防止事態惡化。
但是私底下，正在執行對京都攻擊作戰的皇軍將領們卻對部下們聲稱，對待敵人就應當施以殘酷，今後作戰也必須對幕府軍隊進行實質的消滅。
菊機關及復興社方面的宣傳口徑出奇的一致，那就是帝國從來不以德川幕府爲作戰對象，因而不必給予德川幕府軍隊格外的人道關懷。
受到常石事件影響，尤其是參與鎮倭的部隊官兵鬥志更加昂揚，官兵們克服種種困難，有力殺傷當面日軍，迫使倭酋德川秀忠不得不棄軍東撤。
就在身受喪子之痛的德川秀忠無奈東撤時，不知從哪個途徑竟然流傳出天皇陛下的御旨，說凡是在幕府替德川家效力的，以及幫助德川家的都屬於“非國民”，一旦幕府倒臺，朝廷就將清算這些“非國民”。
同時，皇帝親軍新的告日本人民書也迅速在日本全境傳遞，“諭日本官紳軍民人等知道......如有抗拒不遵，大兵一到，玉石俱焚，盡行屠戮！”
向皇帝陛下報喜的捷報與向教皇陛下報喜是同時進行的。