原來鐵木真在進攻金國時接到報信，知道扎合敢不叛亂，因此立刻回兵。
這時扎合敢不和他的四個兒子，五個孫子己率軍襲擊蒙古的營地。幸好蒙古在不兒罕山邊築好了城，在耶律楚材和沈白的指揮下，大部份牧民、老弱婦幼都及時躲進了城裡。同時下令，拿得動兵器的老人孩子，以及身體強壯的婦女全都上城來防守。
扎合敢不的人馬都是騎軍，沒有攻城的器具，平均還不足兩丈高的城牆就將兇悍的草原勇士擋住，也無計可施。只能圍着城牆幹轉圈，然後向城上放箭。但城牆上都有擋箭的垛口，城上的守軍也以弓箭還擊，因此扎合敢不連攻了七八天，也沒能攻入城去。
而這時鐵木真回援的先鋒人馬以經趕到，是由哲別和速不臺率領的五千騎軍，雙方就在城下展開了大戰。
隨扎合敢不反叛的人馬並不多，一共只有六千餘人，屈出律的哈喇契丹大軍還在阿勒坦山以西的地方，遠隔着數千裡。而扎合敢不的人馬連攻了七八天都攻不進城去，士氣早己消磨殆盡了，蒙古軍雖然是遠路而來，但是爲了救援自己的親人，因此人人奮勇，加上哲別和速不臺都是猛將，一陣猛衝，扎合敢不那裡是蒙古軍的對手，頓時被打得大敗，六千人馬只剩不足兩千。連扎合敢不也身中三箭，差一點沒命了。而他的四個兒子中，兩個戰死，一個被擒，只跑出來一個人。五個孫子更是三死二擒，一個都沒跑了。
札合敢不這時也是年過六十的人了，身受重傷，又傷痛子孫傷亡，心裡自然是又氣又急，跑到翰爾罕河附近時，終於也支持不住，一命嗚呼了。而他唯一的兒子也被部下所殺，帶着他們父子的人頭去投降鐵木真。
等鐵木真率領大軍趕回營地時，扎合敢不的叛亂以經被基本平定下來。而這一次叛亂並未造戌大的傷亡，完全是蒙古修築的城牆起了關建性的作用，因此鐵朩真對提倡築城的耶律楚材大加讚賞，而許多先前對築城持反對意見的人也改變了態度。對耶律楚材也更加佩服了。同時也對鐵朩真主張將城牆加高到三丈，也都全力支持。
扎合敢不的叛亂雖然以經平定下來，但乃蠻王子屈出律依舊是一個重大的麻煩。但鐵木真也陷入了深深的兩難取捨中。連日來都聚集大將商議，但也沒有議論出一個結果來。
按說，鐵木真應該立刻出動大軍，去迎擊屈出律的哈喇契丹大軍，因爲屈出律是昔曰乃蠻的王子，乃蠻汗位的唯一繼承人，雖然他爲人粗暴，性格急燥，但在乃蠻人中還是有很大的號招力。如果放任不管，恐怕整個杭愛山以西的地方都會被屈出律重新奪回去。因此這一次不僅要打敗屈出律，最好還能夠滅掉哈喇契丹，徹底根除後患。
但乃蠻在大漠的最西端，從不兒罕山出發，到達乃蠻的駐地阿勒坦山至少要行軍一月之久，而哈喇契丹還在乃蠻以西，輻原之廣闊，據說不在蒙古草原之下，那麼一去一回，至少也要大半年的時間。現在蒙古以經和金國以經徹底撕破了臉，一但蒙古大軍去迎戰屈出律的大軍，金國知道以後，一定會出兵進犯草原，那麼到那時鐵木真連回兵都來不及。
因此主兒扯歹、哲別、速不臺、忽必來等大將紛紛請令，要求由自己帶領一支人馬，去迎戰屈出律，鐵木真則繼續坐鎮不兒罕山的城中，準備迎擊金國的進攻。
但讓一員大將帶少許人馬出擊，並不足以滅掉整個哈喇契丹，最多隻能擊退屈出律，而等蒙古軍退了之後，屈出律又可以捲土重來。想要徹底滅掉哈喇契丹這樣的大國，蒙古必須出動大半人馬，而這樣龐大的兵力，雖然都是自己的老部下，但鐵木真仍然決不放心隨便交給那一個人來統帶，還是掌握在自己手中，才能夠放心。
就在十餘天以後，草原西邊傳來消息，屈出律率領着十萬哈喇契丹大軍，以經在攻打阿勒坦山了。顯然這時以經不能再猶豫不決，鐵木真聽從了耶律楚材的建議，先派哲別、速不臺兩人先率領二萬蒙古軍，去阿勒坦山拒敵屈出律。然後又派人去打探金國和南宋的動靜，然後再做決定。
就這樣又等了兩個多月，哲別和速不臺的人馬趕到阿勒坦山之後，立刻就穩定住了戰局。面對着是自己五倍的大軍，哲別和速不臺果然下令，將蒙古軍分爲十支，分頭出擊，從四面八方向哈喇契丹大軍發動了猛攻。屈出律一時間也被弄得手足無措，顧此失彼，也不知道蒙古軍到底發來了多少人馬，結果雙方連戰六場，蒙古軍五勝一敗，殺死了哈喇契丹軍兩萬多人。
屈出律這次率領哈喇契丹大軍來進攻蒙古，本來就不得人心，哈喇契丹的士兵們根本就不願打這種無意義的戰鬥，這一下更是人心背離，軍心不穩。屈出律無奈，只得下令撤軍。
而哲別和速不臺分兵兩路，速不臺帶一萬人馬尾隨哈喇契丹大軍追擊，哲別則領着一萬人馬，以一人三馬輪換，曰夜兼程趕路，趕到哈喇契丹大軍的前面堵劫。經過了三天三夜的追趕，終於在額兒齊思河附近前後堵擊，追上了哈喇契丹的大軍。
哲別首先在前方給哈喇契丹大軍一個迎頭痛擊，這時哈喇契丹大軍還有近八萬人馬，但屈出律做夢也沒有想到蒙古軍會繞到自己的前面，只得倉促迎戰，哈喇契丹大軍人數雖多，但軍無鬥志，因此和一萬蒙古軍只打了一個勢勻力敵。
就在這時，速不臺率領人馬從後面趕到，蒙古軍前後夾擊，哈喇契丹大軍立刻不敵，被打得潰不成軍，當場被斬殺二萬餘人，被逼入額兒齊思河淹死的就有近八千多人。屈出律只帶着三萬多人馬逃回哈喇契丹，餘下的近兩萬人全被蒙古軍俘虜。在戰事結束之後，俘虜的哈喇契丹士兵被蒙古軍盡數屠殺，屍體壘集在額兒齊思河邊，猶如小山一樣高。
接到哲別和速不臺的報捷，鐵木真也十分高興，立刻下令讓哲別和速不臺就在額兒齊思河邊駐守，等待自已的下一步指令。而南宋的使臣也到達了蒙古，告訴鐵木真，金國將要舉行南侵，要求鐵木真履行聯盟的諾言，從北方出兵，牽制金國的兵力。蒙古的探子也回到草原，證實了大宋的使臣所說的不是假話，金國確實將要大舉南征。
鐵木真不禁大喜過望，這可是個千載難逢的好機會，趁着現在金宋交戰之際，正好可以出動大軍西進，平滅哈喇契丹，除去屈出律這個後患。至於宋金之間，就讓他們拼個兩敗俱傷去吧。
但耶律楚材這時進言，提醒鐵木真，不要忘記宋蒙聯盟，現在宋蒙之間是脣亡齒寒的關係，如果坐視金國滅掉或是重創了南宋，那麼下一個就將輪到蒙古。以蒙古一方的力量，根本不足以獨自對抗金國。
鐵木真聽了，也恍然大悟，讚歎還是耶律楚材看得全面。然後又聚集武將謀臣，商議了三天，終於做出了最後的決定。
鐵木真親自率領八萬大軍，去征伐哈喇契丹，八萬大軍中，有五萬是蒙古騎軍，包括哲別和速不臺帶去的兩萬先頭部隊。另外三萬是其他各族的雜役步軍。隨同鐵木真出征的大將是博爾術、赤老溫、忽必來、主兒扯歹等人，以及鐵木真的三個弟弟合撤兒、鐵木格、別勒古臺，四個兒子朮赤、察合臺、窩闊臺和拖雷。並以耶律楚材爲軍師。另外，因爲鐵木真的可敦古爾別絲本是以故乃蠻塔陽汗的寵妃，在乃蠻部中也很有影響力，因此這一次也隨蒙古大軍一起出徵。
而對金國作戰的大權則全部授予了大將木華黎，凡事對金作戰的一切事宜均可以便宜行事，自行決策處理。並按中原的官制，加封木華黎爲太師、國王、賜黃金印，以博爾忽爲副將，契丹族的降將耶律阿海、耶律禿花兩人也在木華黎部下聽用。率領三萬大軍，包括一萬蒙古騎軍，八千契丹族士兵，和一萬二千雜役步軍，並又賜給木華黎一面九素白旌大旗，告諸將：木華黎把旗幟插在這裡，所發出的號令就等於是我親自傳出的一樣。
最後留下大將者勒滅、札八兒火者、沈白、塔塔統阿、失吉忽禿忽等人率領三萬人馬，包括兩萬蒙古騎軍和一萬雜役步軍，留守營地。
分派完畢之後，鐵木真對宋朝的使臣也不隱瞞，甴耶律楚材出面轉達，將蒙古的兵力情況分派都向宋朝使可做了交待，並且再三強調蒙古目前面臨的困難，請使臣回國之後，向大宋君臣解釋清楚，還保證一但打敗了哈喇契丹之後，就立刻撤回大軍，進攻金國。
宋朝的使臣當然不能對蒙古的內政發表任何意見，只是表示回國之後，一定將實情轉告朝廷，而耶律楚材又寫了一份囯書，交由使臣帶回去。
隨後蒙古大軍各自拔營起兵，分道揚鑣。