《靈樞》一名，始見於王冰《素問》序及王冰的《素問》注語中。王冰在注《素問》時，曾兩次引用“經脈爲裡，支而橫者爲絡，絡之別者爲孫絡”這句話，在《三部九候論》中引用時稱“《靈樞》曰”，在《調經論》中引用時又稱“《針經》曰”，可知《靈樞》即《針經》。而其他《素問》注中所引《針經》，皆爲《靈樞》之文，則更證明了這一點。
《靈樞》名稱的演變大略如此，而其命名之義則需具體分析。馬翃和張介賓認爲是因爲樞機之玄奧。《靈樞》主要研究的是針刺問題，故稱《針經》；因其卷帙爲九卷，故名曰《九卷》，並因此而有《九靈》、《九虛》等名。
至於《靈樞》，雖有《九卷》、《九虛》、《九靈》和《針經》等幾個傳本系統，但隋唐以後都亡佚了。宋代林億、高保衡等人校正醫書時也因其殘缺過甚而欲校不能。南宋史崧所獻的《靈樞經》雖與王冰所引之《靈樞》及王唯一所引之《靈樞》在內容上均有所不同，但畢竟是存世的唯一版本。史崧之所以將《靈樞》改成二十四卷，也只是爲了與王冰所注之《素問》卷數相同而別無深意。因爲原本這兩部書都是九卷，所以最終都成了二十四卷。
元代胡氏“古林書堂”刊本將《靈樞》併爲十二卷，也是與其所刊《素問》十二卷本相匹配。至於明刊《道藏》本之《靈樞》只有二十三卷而不是五十卷，則是因爲《靈樞》較《素問》文字量少的緣故。
總之，王冰次注的二十四卷本《素問》是現存最早、又經北宋校正醫書局校正的版本。
史崧改編的二十四卷本《靈樞》是現存最早和唯一行世的版本。
黃帝內經》分爲《素問》和《靈樞》兩部分。
《素問》重點論述了臟腑、經絡、病因、病機、病證、診法、治療原則以及鍼灸等內容。
《靈樞》是《素問》不可分割的姊妹篇，內容與之大體相同。除了論述臟腑功能、病因、病機之外，還重點闡述了經絡腧穴，針具、刺法及治療原則等。
素問目錄
南朝·全元起篇
卷一，平人氣象論第一，決死生篇第二，髒氣法時論第三，宣明五氣篇第四，經合論第五，調經論第六，四時刺逆從論第七，凡七篇。
卷二，移精變氣論第八，玉版論要篇第九，診要經終論第十，八正神明論第十一，真邪論第十二，標本病傳論第十三，皮部論第十四，氣穴論第十五，氣府論第十六，骨空論第十七，繆刺論第十八，凡十一篇。
卷三，陰陽離合論第十九，十二髒相使篇第二十，六節藏象論第二十一，陽明脈解篇第二十二，五臟舉痛第二十三，長刺節篇第二十四，凡六篇。
卷四，生氣通天論第二十五，全匱真言論第二十六，陰陽別論第二十七，經脈別論第二十八，通評虛實論第二十九，太陰陽明表裡篇第三十，逆調論第三十一，痿論第三十二，凡八篇。
卷五，五臟別論第三十三，湯液醪醴論第三十四，熱論第三十五，刺熱篇第三十六，評熱病論第三十七，瘧論第三十八，腹中論第三十九，厥論第四十，病能論第四十一，奇病論第四十二，凡十篇。
卷六，脈要精微論第四十三，玉機真藏論第四十四，刺瘧篇第四十五，刺腰痛篇第四十六，刺齊論第四十七，刺禁論第四十八，刺志論第四十九，針解篇第五十，四時刺逆從論第五十一，凡八篇。
卷七，闕。
卷八，痹論第五十二，水熱穴論第五十三，從容別白黑第五十四，論過失第五十五，方論得失明著第五十六，陰陽類論第五十七，四時病類論第五十八，方盛衰論第五十九，方論解第六十，凡九篇。
卷九，上古天真論第六十一，四氣調神大論第六十二，陰陽應象大論第六十三，五臟生成篇第六十四，異法方宜論第六十五，咳論第六十六，風論第六十七，厥論第六十八，大奇論第六十九，脈解篇第七十，凡十篇。
以上八卷，合七十篇也。
唐·王冰篇
攝生，陰陽，臟腑，治法，脈法，病機，病證，刺法，精氣血，運氣，四診合參
卷一，上古天真論篇第一，四氣調神大論篇第二，生氣通天論篇第三，金匱真言論篇第四。
卷二，陰陽應象大論篇第五，陰陽離合論篇第六，陰陽別論篇第七。
卷三，靈蘭秘典論篇第八，六節藏象論篇第九，五藏生成篇第十，五藏別論篇第十一。
卷四，異法方宜論篇第十二，移精變氣論篇第十三，湯液醪醴論篇第十四，玉版論要篇第十五，診要經終論篇第十六。
卷五，脈要精微論篇第十七，平人氣象論篇第十八。
卷六，玉機真藏論篇第十九，三部九候論篇第二十。
卷七，經脈別論篇第二十一，藏氣法時論篇第二十二，宣明五氣篇第二十三，血氣形志篇第二十四。
卷八，寶命全形論篇第二十五，八正神明論篇第二十六，離合真邪論篇第二十七，通評虛實論篇第二十八，太陰陽明論篇第二十九，陽明脈解篇第三十。
卷九，熱論篇第三十一，刺熱篇第三十二，評熱病論篇第三十三，逆調論篇第三十四。
卷十，瘧論篇第三十五，刺瘧篇第三十六，氣厥論篇第三十七，咳論篇第三十八。
卷十一，舉痛論篇第三十九，腹中論篇第四十，刺腰痛篇第四十一。
卷十二，風論篇第四十二，痹論篇第四十三，痿論篇第四十四，厥論篇第四十五。
卷十三，病能論篇第四十六，奇病論篇第四十七，大奇論篇第四十八，脈解篇第四十九。
卷十四，刺要論篇第五十，刺齊論篇第五十一，刺禁論篇第五十二，刺志論篇第五十三，針解篇第五十四，長刺節論篇第五十五。