海洋中海生無脊椎動物在志留紀時仍佔重要地位，但各門類的種屬更替和內部組分都有所變化。如筆石動物保留了雙筆石類，新興的單筆石類也很繁盛；腕足動物內部的構造變得比較複雜，如五房貝目、石燕貝目、小嘴貝目得到了發展；軟體動物中頭足綱、鸚鵡螺類顯著減少，而雙殼綱、腹足綱則逐步發展；三葉蟲開始衰退，但蛛形目和介形目大量發展；節肢動物中的板足鱟，也稱“海蠍”在晚志留世海洋中廣泛分佈；珊瑚綱進一步繁盛；棘皮動物中海林檎類大減，海百合類在志留紀大量出現。脊椎動物中，無頜類進一步發展，有頜的盾皮魚類和棘魚類出現，這在脊椎動物的演化上是一重大事件，魚類開始征服水域，直殼鸚鵡螺出現了新的競爭者--廣翅鱟。
陸地上，蕨類植物開始出現，一些海洋生物開始向陸上發展，如布龍度蠍子。
4億-3.5億年前，是爲泥盆紀。這一時期是地球生物界發生巨大變革的時期，由海洋向陸地大規模進軍是這一時期最突出、最重要的生物演化事件。
首先，脊椎動物進入飛躍發展時期，各種魚類空前繁盛，有頜類、甲冑魚數量和種類增多，現代魚類——硬骨魚開始發展。其中最爲著名的當屬鄧氏魚，最大個體身體長約8米、重量可達2噸，可輕易捕食鯊魚。因此，泥盆紀常被稱爲“魚類時代”。在泥盆紀晚期，由魚類進化而來的兩棲類登上陸地，標誌着脊椎動物開始了脫離水體並最終征服陸地的演化歷程。其次，陸生植物裸蕨在陸地上完全站穩了腳根，並且，它們的三支後代石松類、楔葉類和真蕨類開始大發展，到泥盆晚期，出現了許多這類植物構成的成片森林，大地真正地披上了綠裝。植物的成功登陸，使荒漠的大陸變成綠洲，標誌着植物的發展在泥盆紀進入了新的階段。另外，泥盆紀中晚期的陸地上還出現了最早的裸子植物，但直到二疊紀晚期它們才成爲陸地植物的主角。
爲了促使地球生物儘快向陸地發展，降臨者在泥盆紀晚期再次出手干預，主導第二次物種大滅絕，或稱爲晚泥盆紀大滅絕。在這一事件中，82%海洋物種遭到滅絕。
自泥盆紀後，降臨者開始將目光放到了陸上，3.5億-2.9億年前石炭紀正式登場。石炭紀早期陸地面積不斷增加，陸生生物空前發展。當時氣候溫暖、溼潤，沼澤遍佈。大陸上出現了大規模的蕨類森林，給煤的形成創造了有利條件。大規模的森林釋放出大量氧氣，導致當時的氧氣含量超過了45%。這一現象導致了陸上的個體都向着巨型化發展，體長三米的馬陸，翅展兩米的蜻蜓在蕨類森林中隨處可見。
然而這時發生了一件讓降臨者始料未及的事情。自從泥盆紀開始，各種植物在陸地上繁育已經超過一億年了，無數植物遺留下來的枝葉在地面上形成了超過30米厚的煤炭層。某天，地底的熔岩燒穿了地殼引燃了煤層，一場席捲全大陸的超級大火開始蔓延。這場浩劫足足持續了近40年，隨後大火造成的有毒氣體和煙塵擴散開來，遮住了陽光，未在火災中死去的物種再次大批死亡。。。
距煤炭層燃燒過去了5萬年，滅絕事件基本結束。在這場災難中，兩棲動物受到重創，而引螈奇蹟般的存活了下來。節肢動物可就沒那麼好運了，巨馬陸、巨脈蜻蜓、巨獨角仙、巨蜚蠊等動物都滅絕了，巨型昆蟲的時代結束了。在這場災難中，受益最大的就是哺乳動物、鳥類、爬行動物的直系祖先——原蜥。它們的種羣在這次災難中發展壯大，在接下來的數百萬年進化出許多不同的物種。海洋動物中，三葉蟲受到了重創，並在下一次物種大滅絕事件中消亡。這就是造成46%物種滅絕的物種大滅絕——石炭紀燃煤事件。
古生代最後一個紀元是二疊紀，開始於2.9億年前，結束於2.5億年前。經過四千萬年的發展，地球生物早已恢復了元氣。降臨者在石炭紀燃煤事件中看中了爬行動物的潛力，然而佔據當時生物鏈頂級地位的霸主是哺乳動物的祖先，如麗齒獸麗，齒獸身長約3.5米，體重約300千克。麗齒獸第一種長出犬齒的動物，它的犬齒長達9釐米，鋒利異常，且帶有鋸齒，奔跑時速達到100千米。而且它們的腦容量很大，成羣活動。
爲了給他們看好的爬行動物騰出生存空間，降臨者在西伯利亞地區引爆了地殼。一個直徑五十公里的直通地幔的巨大缺口出現在地球上，這個超級火山一直噴發了數萬年之久。流動着的岩漿覆蓋了整個歐亞板塊，並煮沸了海洋。這一時間內空氣的溼度一直保持在80%以上。而隨着熔岩一起噴發出來的火山灰再次遮蔽了太陽，使地球陷入了40萬年的漫漫長夜。
二疊紀末發生的有史以來最嚴重的大滅絕事件，估計地球上有96%的物種滅絕，其中95%的海洋生物和75%的陸地脊椎動物滅絕。三葉蟲、海蠍以及重要珊瑚類羣全部消失。陸棲的單弓類羣動物和許多爬行類羣也滅絕了。這次大滅絕使得佔領海洋近3億年的主要生物從此衰敗並消失，讓位於新生物種類，生態系統也獲得了一次最徹底的更新，爲恐龍類等爬行類動物的進化鋪平了道路。