“公爵”杜克最近過得很不好！
簽了生死狀的他押運納米彈頭途中遇襲，所有成員只剩下他和“開傘索”活了下來。
雖然最終被霍克將軍領導的特種部隊救了一命，但納米彈頭還是丟失了。
這樣一來，就不會出現麥卡倫爲了找回納米彈頭，在特種部隊秘密基地內重新激活彈頭裝甲箱信號的一幕。
雖然電影裡最終搶回了彈頭，卻讓霍克將軍領導的特種部隊懷疑到了麥卡倫跟襲擊杜克和基地的神秘組織的關係。
王琦要的是一個隱藏在暗處無人得知的秘密基地，馬爾斯公司也是他需要的，麥卡倫跟眼鏡蛇組織的關係不能曝光，不然沿着麥卡倫這條線查下去早晚會被人發現蛛絲馬跡，所以他帶走了納米彈頭，導致杜克任務失敗。
不過現在也有一個壞處，王琦還想要隱身衣，三角洲動力裝甲等技術，就需要找到特種部隊在埃及的秘密基地位置。
此時杜克已經加入了特種部隊，他想要變強，需要隊友，希望查出真相爲戰友復仇。
霍克將軍一開始並沒有同意他的加入，直到杜克把他和安娜的關係說了出來，以保衛家國爲目的的特種部隊同樣希望查出襲擊杜克隊伍的神秘組織，這才同意了杜克的加入。
王琦命令麥卡倫直接以杜克押運失敗爲由，把他告上了軍事法庭。
杜克不得不結束了在特種部隊基地內的特訓，出現在外界，應付到來的審判。
有霍克將軍的幫助，加上王琦對麥卡倫的授意，這點麻煩很快就被擺平了，杜克重新獲得了自由，就在他出了軍事法庭，準備離開回歸基地的時候，安娜出現了。
王琦通過控制器，讓安娜出現在杜克視野，然後迅速逃離，杜克發現後不管不顧追了出去。
不僅因爲他和安娜是曾經的戀人，還有他希望抓住安娜，找到真兇。
兩人速度太快，特種部隊派來接應杜克的人沒反應過來就失去了他們的蹤跡，不多久，安娜把杜克引到了一個偏僻無人的地方。
“安娜！”杜克神色複雜，“你這些年去了哪裡，爲什麼要這樣做？”
“你很快就知道了。”安娜看着杜克，話語雖然平靜，腦海中卻有一幕幕過去的畫面閃過，內心不斷掙扎着。
杜克還想要說什麼，突然眼前一黑，失去了知覺昏倒在地。
王琦從他身後走了出來，“好了，任務完成，我們走吧。”
說着他提着杜克，帶着安娜通過穿越回到了北極基地，把杜克放在了手術臺上。
操控納米溶液注射的器械十分簡單，王琦已經完全能夠掌控。
安娜看着躺在手術檯上昏迷的杜克，無數零散記憶片段涌現在腦海中，眼神不斷露出掙扎之色。
越來越多的散雜記憶終於拼湊成了完整的畫面，安娜終於清醒了過來，納米蟲的控制被她壓制下去，就在針孔要扎入杜克體內的時刻，一擊向着王琦偷襲而來。
白幽靈如影子一樣出現在安娜身側，攔下了攻擊，卻沒對她下手。
“不！！！”安娜痛苦大喊一聲，看到納米溶液針劑扎入杜克體內，一點點注射進去，她的眼淚不由自主噗噗掉落下來，癱軟在地。
王琦給杜克注射完後，走到了安娜身邊，觀察着她。
納米蟲不是萬能的，就算是武力不高的安娜，也能擺脫控制，這可能是因爲情感或意志精神等方面的原因造成的。
不得不說雷克斯很有眼光，能夠發現自己的親姐姐與衆不同之處，甚至直接拿來當實驗品。
若是雷克斯還活着，安娜現在的狀態，或許能研究出點東西，或者做出改進，強化控制效果。
不過這樣的人太危險了，王琦也不後悔殺了他，此時安娜彷彿失去了靈魂一樣，瞳孔沒有焦距。
“把她先關起來。”王琦對白幽靈下了命令，然後把一個未激活的觸發信號裝置放在了杜克身上隱秘處。
抓着杜克回到了之前追趕安娜的地方，扔在了地上，躲在某處，一直等到特種部隊的人發現了杜克，他才離開。
回到基地，來到關押安娜的地方，此刻她已經恢復了神智，整個人像是生無可戀的樣子，看到王琦後死死盯住了他，眼中放出的是死仇的目光。
“你這個惡魔，不得好死！”
王琦自嘲一笑，隨後又露出不屑，冷漠反問道：“你還不知道吧，給你注射納米蟲的，就是你最親愛的弟弟雷克斯，他也是眼鏡蛇組織的醫官，如果我是惡魔，那他又是什麼？”
“不可能！”安娜驚叫起來，然後表情變得瘋狂，衝向了王琦，“污衊我弟弟，我要殺了你！”
王琦一招制服了她，拍了拍手，白幽靈帶着雷克斯的屍體走了進來。
醫館的打扮安娜是熟悉的，直接就認了出來，有了王琦先前的話，她不顧一切掙扎起來，王琦放開了她，她撲在了醫館屍體旁，一把掀開了面罩。
啪嗒~
面罩掉落在地上，醫館被燒燬的面容出現在安娜眼前。
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看着這張熟悉的臉，就算是毀了容，安娜也一眼就認了出來，這個人的確是她的親弟弟雷克斯。
回想起自己被注入納米蟲的那個晚上，又有誰能夠悄無聲息潛入她房間？自己的經歷又是誰安排的？
一幕幕回憶起來，安娜終於崩潰了……
王琦嘆息一聲，離開了這裡。
沒過多久，白幽靈出現在他身後，“她自殺了。”
王琦沒說話，靜靜地發着呆。
電影裡安娜沒死，也不知道真相，雖然被監管在醫院中接受治療，卻未必好到哪去，畢竟第二部的時候連公爵杜克開始就死掉了，她活着也許會更痛苦。
如今這樣的結局，王琦也不知道是好還是壞，自己沒有親手殺她，卻跟親手殺了她沒任何區別。
伴隨着自己的力量越來越強大，經歷越來越多，人生悲歡離合，酸甜苦辣，王琦總有一些特別的感觸。