明朝的政治制度基本上已經趨於完善，所以，商道行要完成楊明所交代的任務也並不太難，只需依照明朝現有政治制度設立一個協調各類政務的內閣機關和分管各類政務的六部以及起着監察等作用的相關機構等即可。
但思慮到現在就建立內閣六部，似乎太過早了些，而且也太過招搖，畢竟建立內閣六部實質上就相當於另立中央了，和稱王建元也沒什麼差別，而且還會引起朝廷還有李自成的注意。
所以，楊明沒有聽從商道行直接就設立內閣大學士與六部尚書的意見，而是先設立內閣學士之職，下分六科，即吏、禮、戶、兵、刑、工六科，且每科分一個都給事中與兩個給事中，以總領該科事務。除此之外，還增設一都察院，以監察百官。
然而，一旦確立了中央機構，分守道和分巡道的職權就與六科發生了重疊，因而楊明索性就將這兩個職位撤掉。
由此一來，夔州就基本上就確立了一套完整的政治制度，楊明自然是最高的決策者，其中，內閣協助其處理各種政務，參謀部協助其處理各種軍務，秘書處則負責整理與分析各類軍政事務。
而六科則分別管理各類政務，都察院則負責監察百官，憲兵營則負責糾察軍隊違紀違法之事，順便還負責警衛與緝拿。錦衣使者則建立在司法之外，是楊明控制軍隊、官員等的最後屏障。
“內閣學士自然是你商大人莫屬，六科之中，吏科也可由你來兼任都給事中，這下你可滿意了吧，這內閣學士就可就相當於首輔，吏科都給事中也相當於吏部尚書，我把這兩個要職都給了你，你可得給我好好辦事”，楊明正說着，商道行就激動不已地躬身行禮道：“請公子放心，下官一定不會讓您失望。本小說手機移動端首發地址：”
“那就好，這禮科可交給講武堂的司業呂浪，戶科就讓張有財去打理，對於刑科和都察院就讓蘭良善兼着，畢竟他還掌握着警衛團，比較熟悉治安與刑偵類事務；兵科嘛，我記得原奉節縣縣令羅豐傑當初在四川巡撫陳士奇調遣官軍圍剿本公子的漢家軍時，就屬他奉節縣籌集的糧草最多，看來也是一干吏，就讓他當兵科都給事中。”
見楊明要用羅豐傑，商道行立即就變了臉色，但又不敢否決楊明的意願，只得強忍住不快，說道：“公子讓蘭大人掌管刑科與都察院是明智之舉，但這樣一來，綏定知府就空缺了，還有，下官覺得兵科不應該輕易交於他人，畢竟這關係到漢家軍。”
“不妨，這兵科不過是負責糧草調運與傷亡兵員及其家屬的撫卹工作等，不會對漢家軍起到多大的牽制作用，綏定知府就讓原東鄉縣的稅課大使公孫炎擔任”，楊明說道。
商道行見楊明執意要用羅豐傑也只好認了，便又問道：“那工科呢？”
“葛奇祚現在不是正忙着給城外的流民搭建房舍嗎，乾脆就把工科交給他，現在許多水利、房屋、橋樑都需要修繕，夠他忙的”。
一聽楊明還要重用葛奇祚，商道行的心理自然是不高興的，不過一想到至少自己職位比葛奇祚高也就沒多說什麼。
而楊明現在就是有意要重用葛奇祚和羅豐傑，無論商道行滿意不滿意，一是這兩人確實有些能力，二嘛，當然就是爲了遏制一下商道行。畢竟楊明不確定當這些人抱成團時，自己能不能鬥得過，不過讓他們彼此狗咬狗，倒不失爲一種好辦法，而且讓他們彼此競爭也對漢家軍的擴張具有助益。
“這樣一來，完整的行政結構也就搭建完畢，中央有內閣六科和都察院，地方上則有知府與知縣，基本上做到了權有所屬，事有所管，而且又與漢家軍的軍事系統相互分開，我們也就可以放心大膽進行一次針對特權階級的改革了，不過，這場改革就需要你商大人來主持了，你有信心嗎？”
楊明雖然要對享有特權的官僚士紳下手，但他不會親自出面，他得找個人替他執行，這個人自然就是商道行。
“下官自當竭力，請公子放心”，商道行同歸附漢家軍的其他官員一樣，基本上已經明白了楊明的理念，也知道該怎麼去做，雖然他們也知道這樣做會觸及他們日後的利益，但他們也知道既然選擇了這條路就必須有所犧牲。
“好，你只需記住一點，我們既然已經背離了朝廷就不能再背離百姓，所以，我們的根本出發點就是爲了天下百姓，我們要站在佔大多數的普通百姓這邊，團結小地主和下層士紳以及下等官僚，打擊豪強與上層官紳，務必做到耕者有其田！”
“記住了，下官也知道這樣做會得罪許多士紳，但正如公子所說，只有這樣做才能讓老百姓們的日子好過，才能讓天下民心站到我們這一邊，下官即便是赴湯蹈火也在所不辭！”商道行信誓旦旦地說道。
“下去吧，除了我剛纔指定的幾個官員任命外，其他的官職就由你去補齊吧，到時候把名單交給我審覈一下就可以了”，楊明說着就又拍了拍商道行的肩膀：“好好幹！”
“嗯”，商道行鄭重地點了點頭。
在楊明的囑託下，商道行剛成爲內閣學士沒幾天，就下達了他擔任內閣學士後的第一條政令，即着令兩府十三縣的主政官員立即對轄區內的田地與戶口進行清查，限十日內完成，並又命戶科準備對田產達一千畝以上的人家進行土地贖買。
但讓商道行沒想到的是，命令一下達後，雖然各級官吏們很是積極，但只有一些中小地主願意接受官方的贖買，許多豪門大戶並不買賬，甚至有些大戶還組織武裝進行反抗。
“公子，土地贖買的進展很不好，我們準備的三百萬銀元完全沒有花費出去，其中開縣的嚴監生家居然還打死了開縣縣令蘇則民”，商道行有些沮喪地對楊明說道。
“哼，我本不想太過狠辣，所以才願意拿銀錢來贖買，可這些人居然絲毫不給我面子，那我只有採取暴力革命了，你立即下一道指令，讓各府縣的官吏按照第二套方案，立即發動這些地主家的佃戶對這些地主進行反攻倒算，展開訴苦運動，從這些地主家得到的土地給直接劃分給各個佃戶，不必向上級請示！”
楊明見這些士紳連自己的這種溫柔的土地革命方式都不願意接受，不禁有些惱怒，但爲了不在這上面過多浪費時間，他也只得採取另一種暴力方式了，並命道：“我會調集漢家軍配合你們的行動！”