下面殺聲震天，片刻後，齋藤軍一把火把周圍的房子全部點燃，連帶着那滿是傷員的屋敷也陷入了一片火海。最後那面代表着足利家的旗幟在最後時刻被燒掉。
荒川崎大喊道：“打起精神來！敵人就要進攻了！”
明智左馬介撿起朱槍，大聲說道：“報仇！”
“報仇！”
這兩個字是在場所有人的心聲。
但是，本圀寺只剩下中心的寺廟了，也就是本丸。三好軍和齋藤軍如潮水般的衝向本圀寺寺廟的大門，十幾名身強力壯的足輕用繩子套住一根大樹幹，揹着它撞擊寺門。
其餘的足輕攀爬石垣，翻入寺內殺敵。
明智左馬介和荒川崎帶領着殘兵五百多人拼死抵抗，但是面對數千敵軍，力有不逮。
很快城牆失守，寺門也被攻破，這個時候足利義昭也被迫穿上甲具，在一幫重臣的幫助下停留在大殿。
明智光秀穿着甲具，身上揹着一把鐵炮，還有一把長弓，他站在高處利用長弓和鐵炮射殺敵軍三十人。
就在大家以爲堅持不住的時候，三好軍和齋藤軍慌忙撤退了，原來是三好長逸帶着兩千多敗軍回來了，三好政康無奈，宣佈撤軍。
敵軍一撤走，還在奮戰的將士瞬間力疲，坐在地上休息。
大殿內的足利義昭聽到消息，喜極而泣：“吾以爲今日要效仿吾哥哥了！”
大家劫後餘生，心情都很好。
不過荒川崎杵着片鐮槍一步一拐的走出寺門，前去那個還在燃燒的地方走去，一百多名還能動的武田軍也跟着前去。
明智光秀正在照看明智左馬介，問道：“他要去幹嘛？”
明智左馬介回道：“他手下的足輕，有八十多名，在二之丸落城的時候，豎起將軍大人的旗幟，在那裡死戰，最後被敵軍放火燒死了，還有幾名奉公衆在裡面。”
明智光秀點點頭：“嗯，都是勇士！主公大人會有獎賞的。”
三好軍敗走片刻後，荒木村重和伊丹親興率領的援軍趕到了本圀寺。
明智光秀前去迎接，請他們進入大殿參見足利義昭。荒木村重等人看到足利義昭沒事才放下心來。隨後他們請求追擊三好軍。
足利義昭剛剛差點就掛了，這個時候他怎麼可能讓荒木村重他們去追擊，立馬就拒絕，荒木村重他們也沒強求，畢竟之前在桂川一戰，他們也沒佔到便宜。
至於明智光秀派出去使番早就到了岐阜城，而從岐阜城到本圀寺應該三天的路程，不過兩天就被織田信長走完了。
本圀寺歷經大戰，已經殘破，不適合足利義昭居住，足利義昭沒有等待織田信長的大軍，讓荒木村重他們護送到了京都。
而三好三人衆和齋藤龍興沒有攻破本圀寺，殺死足利義昭，只能帶領兵馬退往攝津。
織田信長到達京都後，參見了足利義昭，送上了一些禮金之類的東西安撫足利義昭的情緒，隨後斥責了留守京都的羽柴秀吉。
畢竟羽柴秀吉所在的京都距離本圀寺很近，但是在荒木村重等人出兵援助的時候，羽柴秀吉居然沒有反應，可見羽柴秀吉在京都也是玩忽職守。
不過在六條本圀寺之戰中，織田信長看得出明智光秀和細川藤孝的才能，至少在危機時刻，細川藤孝提前築城，讓本圀寺多了一層保護，而明智光秀當機立斷派出使者求援。
最後他得知一支僱傭軍在此戰中死戰不退，五百人折損過半，特別是明智左馬介說出八十多名重傷兵死戰被燒死也讓織田信長感懷。
於是織田信長召見了荒川崎。荒川崎在這次合戰中也受了傷，他進來的一瘸一拐。
荒川崎跪坐在地上，頓首道：“見過織田上總介大人。”
織田信長點頭道：“你在這次合戰中的表現讓我很欣賞，怎麼樣，出仕本家，帶着你的足輕一起。”
荒川崎搖頭道：“多謝大人的好意，在下不過是一介浪人，逍遙自在慣了，不太喜歡規矩。這一次也是拿錢辦事，不想壞了自家的名聲。出來混的，說到就要做到。”
織田信長點頭，他也沒有強求，隨後就讓人賞賜荒川崎一千貫，就讓他退下了。
隨後織田信長賞賜了那些前來援救的人，三好義繼被三好長逸射了一箭，不過傷口不深，當時摔下馬暈了過去，被身邊的家臣和幾名近侍保護着，在亂軍中找了個地方躲了起來。
池田勝正還好一些，他只是軍勢被三好家打垮了，跟着敗兵往近江跑，最後碰上前來支援的淺井長政才穩住自己的敗兵，最後收攏了大部分軍勢，跟着淺井長政前來京都。
織田信長看着綁有白色繃帶的三好義繼，說道：“河內守，對於你的遭遇，本家深感同情，帶本家穩定之後，一定會帶兵討伐三好長逸這些亂臣賊子。河內就是你的獎賞。”
三好義繼激動道：“哈，在下多謝織田大人！”
之後織田信長又對和田衆、池田勝正、荒木村重和伊丹親興一一給了賞賜。
等他們下去後，織田信長對明智光秀問道：“你願意來本家嗎？”
明智光秀張了張嘴，他對於出仕織田家還是有些意動的，特別是新任將軍足利義昭比起第十三代將軍足利義輝，差的不是一點半點。之前他作爲足利義昭與織田信長之間的聯絡人，在織田家待過，所以去了的話也不會有什麼不適應的地方。
明智光秀斟酌了一下言辭：“在下十分抱歉，目前幕府還需要人幫忙。”
織田信長點點頭，他明白明智光秀這是不好意思現在就跳槽，估計要等一段時間。
經過這次合戰，織田信長意識到本圀寺的防禦依舊空虛，而且他的威望還不足以讓京畿的一些人臣服。
爲了足利義昭的安慰，被廢棄的二條御所重新翻修。
在六條本圀寺合戰爆發時，與長谷繼布聯絡，在堺町幫助池田正綱的上谷正數早已南下伊勢，前往北畠家。