解決完鬆永久秀，就剩下荒木村重的叛亂沒有解決了，荒木村重在看到鬆永久秀滅亡，而石山本願寺沒有出兵援助，失望之下只能籠城固守，而且將村次所娶的光秀次女送還了明智家。
斷然決定對抗畿內的霸主信長，帶給村重的是孤獨的籠城戰。村重的謀叛能否成功，實際上取決於毛利家，只有毛利的援軍能將荒木軍從籠城的困境中解救出來。
然而，毛利家援軍遲遲不到，荒木村重一度震動畿內的叛變行動，終於變爲無果的掙扎。
最大的打擊，是荒木村重的左右手高山右近重友、中川瀨兵衛清秀先後於七月月九日、二十四日開城投降。
荒木村重謀反後，織田信長立刻開始外交行動，高槻城主高山右近本來就不很贊成荒木村重謀反，京都南蠻寺神父阿爾甘諾因信長的威脅入城勸說，這位著名的基督徒只得降伏。
茨木城主中川瀨兵衛是荒木村重的表弟，少年時就一直跟隨他的舊臣，而且還是荒木家中主張謀反一派的首領——現在也離開了他。
這兩位重臣既然和平開城，原本以寄騎方式依附村重的攝津小豪族也就見風使舵，紛紛降伏了織田信長。
七月九日，信長經能勢街道佈陣刀根山，傳令諸將攻略攝津。此前一天，織田軍先鋒萬見重元、堀秀政、菅屋長賴等人在有岡城外佈置鐵炮隊，萬見重元進城戰死。
八月，荒木村重籠城有岡城，織田信長返回安土。明智光秀曾向信長進言，只要荒木村重投降，就免他一死。但是，荒木村重根本不考慮這個建議，信長因而大怒。
籠城持續了三個月之後，羽柴秀吉軍阻礙了毛利家的軍糧運輸，有岡城中糧食將盡。
天正五年十月二日，荒木村重經過化裝，從懈怠的蒲生忠三郎賦秀（氏鄉）陣地逃出，離開仇敵伊丹兵庫頭殞命之地，進入兒子荒木村次所守的尼崎城。
隨從只有乾助三郎、森本六兵衛、本條莊右衛門、秋岡次郎太夫等側近五、六人。助三郎手上，竟然還抱着“兵庫壺”、“立桐筒”這些茶具。
荒木村重拋棄妻子、將士，完全不顧名譽地逃離有岡城，導致城內軍心徹底崩潰。織田軍大將瀧川一益得知此事後甚至不敢相信。
不久，有岡城西南面上臘冢砦（又稱女郎冢砦）副將宮肋平四郎向一益表示效忠，引導織田軍發動總攻擊，接連攻下有岡城附近各砦，守將野村丹後守、渡邊勘太夫等人自殺。
《信長公記》記載，瀧川左近使臣佐治新介與上臘冢砦守將中西新八郎交涉，中西所部足輕大將星野、山肋、隱岐、宮肋謀反，引瀧川大軍入上臘冢。是時荒木勢大潰，上下紛紛逃入城中，親子兄弟不得相保，啼泣遍地，戰況極爲悽慘。
是年十一月十九日，明智光秀說服城內留守將領荒木久左衛門、池田和泉開城，二十四日有岡城陷落。
第二年信長命池田恆興的長子之助擔任有岡城主，天正十一年池田之助被秀吉轉封美濃後，有岡城就廢棄了。
十二月十三日，信長在尼崎城郊外七鬆地方屠殺有岡城中村重的妻子兒女僕從，以刺激城內的荒木村重。
佛洛伊斯的《日本史》記載：“他首先將一百二十名地位較高的女人綁在十字柱上刺死，第二次的處刑是對完全無罪的人處以殘酷的屠殺，其殘暴前所未聞。第三次處刑更加恐怖，毫無人道。他將五百一十四名民衆分別關在四間平房，其中有一百八十人是婦女。他收集大量的木材，放火將他們活活燒死。那些男女發出悲慘恐懼的喊叫聲。”
十二月十六日，荒木一族子女十六人，人質六十人，在京都六條河原被斬首。
天正六年正月播磨三木城陷落，別所長治自殺。荒木籠城戰繼續進行，直到這一年的閏三月二日，聽到本願寺投降的消息，村重終於放棄抵抗，逃出尼崎城。
有岡城破時，荒木村重的堂兄花隈城主志摩守元清前往尼崎協助守城，花隈城留守由大河原石見守具雅擔任。
北畠具雅是伊勢北畠家北畠晴具的長子，天正五年剛剛成爲荒木村重的家臣。就是此人，孤軍堅守到天正八年七月，始向池田恆興提出要求，以自己切腹的條件保全城中將士的性命，然後自殺。
花隈開城，攝津平定，荒木村重叛亂乃告結束。
此時，荒木一族已經自海路逃到毛利領內，得到了毛利家的庇護，荒木村重就此離開了歷史舞臺。
然而，一族的慘死和自己的逃亡，實在有些不稱。也許是無法忘卻那些死去的人，村重剃髮出家，取號道糞。
天正十年，信長在京都本能寺死於明智光秀的謀反。秀吉在山崎間合戰中戰勝光秀，光秀敗死。
天正十一年，秀吉召回荒木村重，任用了此時還跟隨在村重身邊的幾個親舊老臣。
致力於成爲天下人的秀吉，也許不希望攝津國主的人材留在毛利領內。此後村重改號筆庵道薰，以茶人身份度過了殘生，最初住在攝津菟原舍，受召成爲秀吉的御伽衆，上了大阪城。總之，再也沒有以武士的面目出現。
天正四年安土城的朝會諸人中，織田信長、信忠、明智光秀都已死去，林佐渡守通勝被信長追放，瀧川將監一益在越前大野靠着三千石領地養老，丹羽長秀於天正十三年重病而死。
聯盟今川家的《七日茶禪》“漁父生涯竹一竿”一節提到：“與明智光秀、細川藤孝合稱織田家三大文化人的荒木村重（道薰）在修習過程中與七哲的另一位織田有樂齋長益風氣不合。
道薰脩養很高且認真，長益則不太專心。性格上，村重希望建功立業，在織田家的地位提升很快。相反，長益身爲信長親弟，終日只以‘活着、喝茶’爲目標。
結果，長益因懂得優勢、劣勢，按自己的能力從不以求封爲目標，悠然生活，七十五歲得享善終。
而道薰，在反叛失敗後做了茶人，臨死前，在堺町說：‘比之高觀遠瞻，求功利，不若平實而求生，方寸間自成天地。’下半生身爲秀吉茶人的他，漸漸悟道，未給自己加上‘復仇’、‘功利’的目標。”
荒木村重是否是利休七哲之一還有爭議，但伴着名物小豆鏁和荒木高麗、立桐筒、兵庫壺、寅申壺、姥口平釜悄然度過餘生的道薰，已經不是當年“天下威名弓取”的梟雄了。
天正十四年五月四日，公曆是六月二十日，道薰死在堺町，享年五十有二，法名爲“秋英宗薫居士”（堺南宗寺）、“心英道薫禪定門”（伊丹荒村寺）。