文祿三年，6月，戰況陷入僵局，加上朝鮮破壞過度，造成瘟疫流行，當地徵發糧食不易，以及急於保全佔據朝鮮南部四道的戰果，遂派使節隨同明使沈惟敬由釜山至北京城議和。
7月，朝廷宣詔退兵以進行日本幕府封貢事宜，於是李如鬆大軍撤退，只留劉綎及遊擊吳惟忠共七千六百人分別扼守要口。但兵部尚書石星一意主和，再撤吳惟忠的部隊，結果只留劉綎部隊防守。
9月，朝鮮國王李昖雖上表答謝朝廷援救及助其復國，但是暗中對中日議和卻排除朝鮮有所不滿，此時日軍仍然佔據朝鮮南部四道，並牢牢握有釜山城。
12月，明朝命薊遼總督顧養謙兼責打理朝鮮事宜，並召回宋應昌、李如鬆。
萬曆皇帝下令大兵盡撤，但同時強調：雖然撤兵，但倭情狡詐，未可遽稱事完。
在五月八日，武田正信在名古屋城接見了大明議和使臣沈惟敬。他這知道這個人在歷史上欺上瞞下，導致談判破裂，最後自己也死了。
武田正信看着下方的沈惟敬，出言道：“沒想到明國會派一個你這樣的人過來。”
沈惟敬眼中略微驚訝，他沒想到對方是精通漢話的他笑道：“哦？將軍殿下是在哪聽說過在下的名聲？”
武田正信搖搖頭道：“你的名聲不重要，重要的是，議和的條件，你要是敢敷衍了事，欺上瞞下，不用你們皇帝動手，吾親自砍下你的頭顱！”
使臣中一御史大怒道：“爾乃藩國一王，沈大人是上國使臣，就算有過錯，也輪不到爾等管轄！”
武田正信大怒，怒拍桌子，下首原田正行直接拔刀。
那御史有些驚慌，但仍然喝罵道：“爾等意欲何爲！我乃上國使臣，你們不但不畢恭畢敬，還想殺了我嗎？大明天軍就在朝鮮，一旦我身死，大明天軍頃刻而至！”
武田正信氣急而笑，真是官字兩個口，怎麼說都有理，可想明朝皇帝是有煩惱了。
武田正信一揮手，道：“哼，吾不想與你們廢話，李昖這廢物，居然敢辱罵吾派去的使臣，這次打朝鮮就是要給他一個教訓。
吾只有三個條件，第一，李昖寫上一封國書向吾道歉，第二，李昖必須送三個公主到本國來，要是糊弄吾，幕府將會再度出兵！第三，此番幕府損失，李昖必須賠償！
這是吾三個條件，只要達成，吾自會讓大軍撤退，朝鮮不從，那吾只能親自去取。”
沈惟敬眼皮一跳，他還以爲是什麼苛刻的條件，現在聽了武田正信的三個條件，心裡踏實了許多。
畢竟朝鮮現在還在大明庇護下，而武田正信提的條件都是割朝鮮的肉，與大明並沒有太多的關係，而且這次出兵都是萬曆內庫掏的錢。
沈惟敬回道：“將軍殿下提的條件確實合理，此事待在下傳信給兵部尚書石大人，待他准許後，協議便成了。”
10月，日本議和使者本莊秀重與明朝使團一道去北京，本莊秀重也早已與小西行長達成了攻守同盟。
本莊秀重到了北京後，與石星進行了談判，一口答應了石星提出的三項條款：日軍在受封后迅速撤離朝鮮和對馬；只冊封而不準求貢；與朝鮮修好不得侵犯。
談好之後，本莊秀重宴請石星，塞了些銀錢。
之後是大明，日本，朝鮮三方會談，朝鮮使臣對於大明已經答應武田幕府的三個條件，大爲憤怒，這是私底下把朝鮮賣了。
朝鮮使臣面紅耳赤道：“石大人，這三個條件分明就是在折辱我國啊！”
本莊秀重笑道：“你們朝鮮還有什麼可以折辱的，要不是有大明宗主國在，你們的京都漢城都還在我軍手中！”
朝鮮使臣指着本莊秀重，氣的渾身顫抖：“你！你……粗鄙！簡直不可理喻！”
本莊秀重冷哼一聲：“你們不答應也可以，我軍可以再度出兵，打到你們同意，這一次可是朝鮮蓄意破壞和談，到時候只怕大明宗主國不幫你們了！”
石星在一旁慢悠悠道：“金大人，好漢不吃眼前虧，大明天兵作戰也是需要銀錢的，之前你們答應的糧草也是缺斤少兩，我大明官兵也是一直埋怨吶，金大人要三思啊！”
朝鮮使臣面色悲憤，沉默一會後就把消息傳給了李昖，李昖也是發了一通脾氣，但是他都在亡國邊緣了，還有什麼反抗之力，最後還是同意了。
幾天之後，三方簽訂和約，本莊秀重派去幾名侍女去檢驗三位朝鮮翁主的容顏等等。
之後，本莊秀重先行一步，跟隨石星迴到大明京城，萬曆皇帝賜下一封冊書。
“奉天承運皇帝，制曰：聖仁廣運，凡天覆地載，莫不尊親帝命。溥將暨海隅日出，罔不率俾。昔我皇祖，誕育多方。龜紐龍章，遠賜扶桑之域；貞珉大篆，榮施鎮國之山。嗣以海波之揚，偶致風佔之隔。當茲盛際，諮爾豐臣平秀吉，崛起海邦，知尊中國。西馳一介之使，欣慕來同。北叩萬里之關，肯求內附。情既堅於恭順，恩可靳於柔懷。茲特封爾爲日本國王，賜之誥命。於戲龍賁芝函，襲冠裳於海表，風行卉服，固藩衛於天朝，爾其念臣職之當修。恪循要束，感皇恩之已渥。無替款誠，祗服綸言，永尊聲教。欽哉！”
隨後本莊秀重帶着冊封書，朝鮮三位翁主以及第一批賠償乘船歸國，在朝鮮的幕府軍隨後陸續歸國。
武田正信選了一名翁主作爲新的侍妾，另外兩名給了武田陽信和明丸。
之後武田正信大賞三軍，挑選精銳之士組成了幕府五萬旗本大軍，拱衛二條御所。
此事之後，國內一片祥和。
文祿四年，織田市憂鬱而亡，武田正信開始追求長生，於是在比叡山上的遺蹟上建立了一座登天台。
武田正信已經老了，他是穿越而來，可見長生不老說不定也存在，他還不想死。