紅凌回到現實世界後，開始爲剛纔說的大話而後悔。她在情急之下答應了神元星人，讓他們在晶球的虛擬世界內製造星艦等武器裝備。然而，她所說的他們已經掌握了利忍先鋒在虛擬世界裡建造星艦的技術並不是真的。如今騎虎難下，他只得厚着臉皮找到J博士，讓他開發一種可以在虛擬世界裡建造星艦的系統。
雖然紅凌的本意是讓J博士開發一個類似的系統，只要能讓神元星人操作起來，至於能不能造出真的星艦，這倒不是很重要，她只是想讓她的族人們將憤怒轉化爲工作的動力，暫時不要去想復仇的事而已。
然而J博士聽完紅凌的請求，卻興奮起來，因爲以他科學家的直覺，這種技術對他來說，並不是不可實現的，只是之前一直忙於其他事務，並沒有往這方面考慮，他想着既然利忍先鋒當年在劣勢的情況下，利用這種技術隱藏了實力，並保存了實力。而如果攻守之勢已經發生了逆轉，正值此時，他們更需要利用這種技術來隱藏實力。
因此，J博士十分高興地答應了紅凌的請求，並投入半數的科研人員投到這個項目中。以圖一舉攻克虛擬世界製造星艦的技術難關。而J博士手下另一半科研人員，則投入了納雲之母送給渡宇他們的禮物--水晶球的信息破解任務。
說起這水晶球信息的破解，雖然對於崔極有辰軒來說，是十分困難的事，但到了J博士他們這些科技狂人手裡，卻是十分簡單的事了。
這水晶球裡所包含的信息，總得來說，就是關係納雲星生物系艦船的發展歷程，以及生物系星艦的製造過程的信息。
信息分成兩個部分，第一部分就是生物星艦的發展歷程，納雲星上的生活在大氣層中的生物就多達上萬種，而這其中，又有上千種是適合改造成各型艦船的，由於這些生物大多身體是中空的，內部有很多空間，可以將動力系統，武器系統和維生系統等星艦系統置於其中。
再者，這些生物大多擁有十分堅硬的外殼，就是高能激光武器也難以傷其分毫，第三，這些生物體量大小不一，最大的，其體積達到了長3公里，寬1.5公里，厚度1公里的大小，完全是巨型星艦的體量。最小的達到了米級，幾乎滿足了各型艦船的尺寸。
更重要的是，納野星人的身體能直接融入這些生物體內，與這些生物形成共生體系，神經網絡也相連在一起。這等於所有的納野星人是通過聯繫這些星艦生物的神經系統來操作星艦的。這種方式既快速，又精準。所以這些生物系星艦的靈活機動性比崇明帝國系列星艦要強得多。
納野星人在最初進入太空時，也是走傳統飛船路線的，但當他們到達鄰近的納雲星系，無意中發現這些生物後，便開始對這些生物進行馴化，最開始，他們馴化這些沒有經過任何改造的生物，用來充當行星際的交通工具。
但後來，他們不再滿足於只是將這些生物用於簡單的行星際運輸工作，他們利用基因技術對這些生物進行了改造，使他們可以與納野星人神經系統聯接起來，這樣，操作起來更簡便了，他們以通過基因改造，使這些生物更適合太空中的高輻射環，使它們可以前往更遙遠的星際。
後來，由於納野星人開拓了很多殖民地，實力進一步壯大，他的野心也開始膨脹起來，當他們的艦船進入星盟區，打算在這片新的星區開發自己的新殖民地時，他們的船隊遭到了崇明帝國艦隊的全力阻擊，所有飛船全軍覆沒。
對於這種情況，當時的納野星高層極爲震怒，當了解到，他們是進入了一個由崇明帝國建立的星際聯盟--星盟，並遭到崇明帝國物艦隊打擊時，他們決定大力發展星際力量，一雪前恥。
在此之前，納雲星生物改造的艦船用於軍事的佔很少一部分，但這次事件之後，納野星人開始大力將這些生物改造成軍事艦船。而納雲星便有取之不盡用之不竭的生物資源，生物系戰鬥星艦中最厲害的便要數耀斑級星艦了，而這種星艦，便是由吞雲鯨改造而成。而這種生物，正是渡宇第一次去納雲星見到的那種生活在納雲星頂端大氣中的巨型生物。
在納野星人時期，他們還是有計劃地改造納雲星生物的，並不會超出納雲星的承受範圍，因而這個時期，總管納雲星生物體系的納雲之母也是積極配合他們，說起來他們之間也算是一種共生關係，納野星人更是將納雲之母敬若神明，此階段，他們之間是一種和諧互助的關係。
然而利忍先鋒掌控納野星人的勢力範圍後，爲了能在最短的時間裡掌控整個星域，他們大量生產生物系星艦，其星艦的建造速度已經超出了納雲之母的承受範圍，納雲之母對於這些貪得無厭，把她當成生產工具對待的人，沒有半分好感，只是迫於利忍先鋒的勢力，纔會屈從於他們。
當渡宇再次去到納雲星時，納雲之母通過神經網絡感知了渡宇的心性，發現這是個值得信賴的人，又通過閱讀他的記憶，瞭解了他的身份，於是，她主動與他取得聯繫，並把自己的生命精元交給了這個年輕人。她知道只有他才能拯救納雲星的生靈，做爲回報，她決定把生物系星艦的改造方法以禮物的形式賜與了他們。這無疑是一份厚禮，將對渡宇的反抗同盟計劃起到舉足輕星的作用。
而資料的第二部分，就是生物系星艦的具體改造方法了。首先是通過基因層面，對這些生物進行改造，使其身體結構更適宜太空航行，同時，也通過改造，讓其生成一種包含操作人族羣基因的連接器官，此器官主要功能便是與星艦的操作員進行神經系統的關聯。
完成了基礎改造以後，接下來，便是將維生系統，武器系統，探測系統等星艦必須具體的功能性部件整合到這些生物體內。當然，這些系統也皆包含了生物終端，起到與生物體融爲一體的作用。 像高能粒子聚能炮，卵型飛蟲腐蝕彈，超極光炮，這些都是納野星人特有的武器，這些威力強大的武器皆被整合到生物系星艦中，並形成強大的戰鬥力。
更爲奇妙的時，生物系星艦在一定範圍內會形成心靈感應的效應，達到信息共享，統一行動的目的。因此，生物系星艦在執行集羣作戰任務時是非常默契的，這也是生物系星艦的一大優勢。
J博士與其研究團隊得到這些資料信息後，簡直到了欣喜若狂的地步，因爲，這意味着，他們在泰元星安置下生命精元后，這裡將成爲他們生產生物系星艦的基地，而且納雲之母賺他們這樣禮物的意義就在於此。
遊天明將倖存的交智星人盡數撤離到了三才星之後，一切開始按部就班起來，雖然在交智星上的成果皆毀無一旦，但他們龐的艦船隊伍，還是將一些十分重要的東西帶到了三才星，此時，他們在三才星上的主要工作便是重建工作。
三才星是一顆未開化的星球，雖然環境適宜，但並未進化出智能生物，一切都處於原始狀態，這無疑爲他們提供了廣闊的發展空間。爲了不破壞三才星的自然環境，他們只在一些空曠地建立聚居區，聚居區又是半球型的能量膜圍起來，形成一個獨立的空間，在能量膜外圍，則是一都半透的玻璃牆以阻隔三才星上的生物過入聚居區內。
同時，這兩道障礙也使得交智星人不得隨意進入到除聚居區以外的其他區域。 經歷大毀滅災難的種族，變得更注重保護自己的生存環境。如此這般，交智星人在三才星全球建立了10個聚居區，佔地只達到三才星陸地的千分之一而已，這種佈局，使得他們與三才星的自然環境和諧共相處，互不干擾。
爲了讓三才星免遭交智星毀滅的命運，遊天明決定將警戒網擴大到方圓百光年的範圍內。只要有不知名的，或是利忍先鋒特有的艦船駛入這片星區，巡邏艦隊將毫不留情的予以摧毀，以此保證三才星的星域座標不被暴露出去。
而負責外圍警戒任務的，正是覺明和荒智雨率領的50艘複合星艦，隨後，紅凌，辰軒，崔極，以及慕曉他們都加入了這支警戒隊伍，他們一邊負責三才星的外圍警戒任務，一邊打探渡宇和聶雲的消息。 然而轉眼半年過去了，渡宇他們依舊沒有任何消息，這經過半年時間的煎熬後，這些渡宇的忠實夥伴們，幾乎都快絕望了。
慕曉更是每天以淚洗面，後悔自己沒能跟了渡宇同去。 不過，三才星上的事業，卻是蒸蒸日上。在覺明他們的層層警戒之下，半年之內，再無利忍先鋒的艦隊來襲，而那些星際海盜，更是忌憚遊天明如今的實力，不敢越雷池半步。 一切似乎都按部就班地進行着，他們也在漸漸積儲實力，以圖反擊。
然而，某一天，覺明他們的艦隊碰上了一艘極爲奇特的飛船，這艘飛船並不是來自任何覺明他們已知的文明，但這艘飛船的先進程度，卻足以驚倒他們中的任何人。而這艘奇特飛船的到來，給他們帶來了一個十分意想不到的消息。