至此約翰等於迅掌握了未來討伐佈雷努斯夫婦的證據和名義，但他沒有着急去做此事，而是隱忍下來，畢竟——現在約翰手頭能動員的人馬連一萬都沒有。故而下面這位“行政大長”更加雷厲風行地掌控了皇都的行政部門，火拔擢了許多在帖薩利.莫利亞時代就追隨他的元老和新貴們，接替了伯里爾等人被捕後的空缺職務，開始真正運作起這個飄零的“帝國”來。
施政方面，約翰乾脆撤銷了名存實亡的軍區制度，統一將編制和力量集中起來，將他所能掌握的土地統一分爲兩個“大區”即“西方大區”、“東方大區”，每個大區的長都是“大公爵”，前者職務他遙授給了叔父伊薩克.科穆寧，統轄範圍爲帖撒羅尼迦、帖薩利、莫利亞和伊庇魯斯地區；後者職務他則暗中許給了對他最爲忠誠的將軍泰提修斯，統轄地爲普魯薩、加利波利和多利拉愛姆地區；至於“海軍大伯爵”和“勞迪西亞大伯爵”他依舊爲阿薩西都斯和雷蒙德兩位保留，來邀買人心。另外，約翰又將阿克塞頗考斯任命爲自己“帝國秘書”總揆政務，這本是個希拉剋略王朝時代的職務，類似於御墨官，但因父親暫時生死不明而前御墨官麥萊斯在戰場上英勇陣亡，故而約翰爲了避嫌，便恢復了個古代官職授予自己的突厥奴僕。
對於新設的這兩個大區，皇子的方針是“戰備一體”，而皇都和帝國所有資源都要無償地提供給這兩個大區。但雖然“戰備一體”口號喊得響，私下皇子已經派遣許多他信得過的使節和修士，和博希蒙德、高文與西奧多羅進行接觸，摸索停戰和談的道路。
數日後，皇太后達拉賽娜和大牧馬斯達斯有些氣憤地找到約翰，斥責他非但沒有追索泰提修斯在菲羅梅隆臨戰脫逃的罪責，反倒將其提拔爲“大公爵”。
面對這樣的指責，約翰當即表示接受，“馬上即派遣欽官前往普魯薩城，撤銷泰提修斯所有軍職，將其拘禁回地牢審訊定罪”。
但這完全是虛以委蛇的手段，泰提修斯先前始終呆在皇都一帶爲約翰出謀劃策，現在他又混在“欽官隊伍”裡渡海前往普魯薩“法辦自己”去了。進入軍營後，泰提修斯便對外聲稱“自己被拘捕”，實則躲在幕後指揮梅里塞洛斯及全部新軍，隱蔽如蛇般地朝尼西亞城小鳥的營地逼去......
同時在皇都內，皇太后和大牧的第二個請求是：不可以再侮辱拷打帝國宰輔伯里爾，並將所有被捕入地牢的官員釋放回家。
約翰也爽快答應了，但是廢除了這羣人的所有榮譽和頭銜，並且要求他們每人交出三分之一的家產來“贖罪”，輸往自己掌握鑰匙的皇產司金庫。當錢財齊備後，約翰喚來阿克塞頗考斯，叫他順着大道騎着快馬，直接前往塞薩洛尼基城下，和博希蒙德談判，“現在我改變主意，與其將金錢送給薩利安凱撒和威尼斯這兩個不甚可靠的對象，莫如和博希蒙德開誠佈公地談。”
“要我撤去圍困也很簡單啊。”塞薩洛尼基城下的圍城營地裡，帳內的博希蒙德晃着切割肉塊的小刀，坐在個被砍倒的聖像雕塑上，身後全堆着劫掠來的燭臺、畫像和金銀器具飾，對着約翰的使者侃侃道來，“先給我六萬帝國金幣，然後給我安條克**君王的頭銜。”
說完博希蒙德提着小刀，站起來走到了阿克塞頗考斯的面前，幾名滿臉猙獰的諾曼人跟在其後，“你是突厥人？”
阿克塞頗考斯將帽子取下來，果然是個光腦殼，後面帶着兩根牛尾巴似的辮子。
博希蒙德哈哈笑起來，連說有意思有意思，“一個突厥人，高文用來當貼身的旗手軍僕也就算了，約翰居然任命爲帝國秘書和外交使臣。好吧，這個和議我已經很誠懇地說出了己方的條件，你能不能代表你主人接受呢？”
但見阿克塞頗考斯毫無懼色和羞怒地在炎熱的天氣裡，將帽子重新端端正正扣在腦袋上，“當然沒有問題，六萬金幣倉促間難以集齊，可以先給公侯殿下四萬金幣，剩下用租賃諸城邦的航船和提供的穀物、糧草來支付，如何？”
“可以。”博希蒙德翹起鬍子，將小刀轉下襬在手指上，張開雙臂。
阿克塞頗考斯退走後，蓋伊等心腹靠近博希蒙德詢問說，“就這樣？”
“就這樣，打下面前的這座城市又有什麼用，繼續朝着對方滿是花崗岩的那座巨大皇都進軍？”博希蒙德說着搖動着中指，“不，不，不，我的朋友們，憑靠現在拼湊起來的軍力，那是根本達不到的目標。當初的豪言，是永遠趕不上實際的估算的。我們現在的目標是，坐着希臘人租賃來的船隻，和意大利諸城邦簽署賣地和約，能騙到弄到越多的錢越好，然後去塞浦路斯，攻陷那裡的城市，一邊打下來，一邊賣給意大利城邦或者賣給高文。然後，我會以塞浦路斯爲跳板，帶着希臘帝國的正式冊封和阿普利亞正牌公爵的頭銜，殺回安條克去。”
接着，博希蒙德忽然目露兇光轉身，將小刀摔出一道電光，飛過驚呆的衆人身間，直紮在營帳的架柱上，那小刀的把柄還在嗡嗡晃動着。
“現在希臘皇帝已經徹底慘敗在高文的手裡，再打落水狗毫無價值。我就是要回安條克去，我等這個機會已經等了足足一年，不是爲了證明我比別人強，而是要證明我失去的東西，我一定要奪回來......”
此刻，高原酷夏灼熱的陽光下，靠近布拉西龍和比提尼亞的邊境處，滿是無邊無際赭黃色和赤黑色的砂礫山峰，使得熱浪裡的某處蘋果樹綠得格外顯眼，白色的果花落在平整的地面上，一位裹着破碎衣甲和斗篷的中年武士，面目黧黑頭凌亂而骯髒，握着把上好弦的弓坐在樹下，他的坐騎已經倒在旁邊累到奄奄一息了。
馬蹄聲粼粼，在這棵蘋果樹的旁邊二十尺開外，幾名騎着矮馬的庫曼馬匪（敗戰後這種羣體很常見）正立在那裡。
那中年人腰帶上懸着的兩把劍，鞘金光閃閃，照亮了這羣馬匪的雙眼和彎曲的馬刀。