南京城可以說是一場大明和刑天軍之間最大規模的一場會戰，加上戰前刑天軍的準備時間，歷時總共一個月的時間左右，整體上殲滅了南直隸官軍近十萬左右，其中有近八萬官軍是主動放下了武器投降了刑天軍，這些人之中近三分之一後來被刑天軍重新整編，歸入到了肖天健麾下，其餘的則令其解甲歸田，遣返回原籍務農抑或是就地安置做工。
對於那些南京留守官員，其中大部最終不是被刑天軍生擒，就是直接投降了刑天軍，對於這部分官員，肖天健也擇其中有能力之人予以留用，其餘的則發至各地編管。
但是也有十幾個南京留守官員，最終城破之際選擇了以身殉國，要麼帶着家丁死戰被殺，要麼便選擇了自盡。
至於刑天軍入城之後，在城中勳貴、豪紳、貪官家中抄沒出來的財物，就不用細表了，絕對是一個驚人的數字，起碼讓肖天健吃兩年是沒問題的，至於繳獲的甲冑、武器，自然也不是少數，起碼再武裝起來幾萬精兵也是沒有多大的問題的。
而值得一提的是其中的歷史名臣史可法，他在定淮門被破的時候，坐鎮城西一帶的聚寶門，聽聞城破之後，他帶着義子史德威率兵趕往城北，試圖力挽狂瀾，將定淮門重新奪回來，但是何奈在他得到消息之後，孫應元已經戰死，大批刑天軍已經攻入城中，史德威麾下官軍在遭遇刑天軍之後，僅僅是堅持了不到一個鐘頭，便自行潰散，最終史德威被擒，史可法在迴天無力之下，跳下了城牆殉國而死。
肖天健直至南京城徹底被控制之後，親自過問之下，才找到了史可法的遺體，對於史可法的死，肖天健頗爲無奈，也十分痛惜，不過他也知道，這是沒有辦法的人，對於史可法這樣忠貞的大明之臣，即便是抓住了他，也很難說服他投降自己，最終他還是會選擇赴死的，這也許就是他這樣的人的命運，國傾之時，是免不了會出現這樣的事情的。
於是肖天健便下令收殮史可法的遺體，同樣也予以厚葬，同時他抽時間在下葬史可法的時候，還親自前去上香，予以紀念，算是成全了他這樣一個忠臣的忠名。
同時肖天健下令厚待史可法的家人，保護他的家人和財產不受任何騷擾，在南京城之中就地擇地安置，並且將一處沒收的院子賜給了他的家人居住，也算是給予了最高的禮遇。
而單單打下南京城，還不是南直隸之戰的結束，在肖天健控制了南京城之後，立即便派羅立劉耀本等將開始朝着四周攻略了起來。
南京城的失守，丁啓睿被俘，無疑將整個南直隸殘餘的地區的指揮系統徹底破壞，使得南直隸剩下的那些官府控制的地區，都陷入到了羣龍無首各自爲戰的境地之中，同時也給南直隸乃至天下的官府乃至官軍一個最爲嚴重的打擊，官軍和刑天軍的兵力在這個時候已經徹徹底底的被逆轉了過來，所以不管是在兵力上還是士氣上，南直隸各處在南京城被破之後，都已經失去了和刑天軍對抗的基礎了。
也就在南京城被破沒幾天時間的九月底，滁州便在李栓柱率部抵達城下的時候，宣佈了開城投降，十月初六刑天軍水軍運送大批兵將配合劉耀本所部的主力兵抵揚州城，這個時候揚州知府任育民誓不投降，率領揚州城中近萬守軍跟劉耀本所部對抗，總兵莊子固更是率部夜間出城對劉耀本所部進行夜襲，但是因爲刑天軍提前的宣傳，揚州城中的軍民倒是對刑天軍並不是很牴觸，而且南京方面在被破之後，有南京的居民到了揚州，告知揚州人刑天軍乃是仁義之師，破南京城之後，並未大掠，反倒是開倉放賑救濟城中饑民。
本來老百姓最怕的就是刑天軍這樣的賊軍破城之後禍害百姓，但是聽聞這些事情之後，自然也就不會敵視刑天軍了，雖說當官的還有一些有錢人以及一些讀書人仇視刑天軍，認爲大明纔是正統，可是老百姓就沒這種覺悟了，天下誰來做跟他們關係不大，最關鍵的還是吃飽肚子最重要，上半年的時候江南洪水，揚州城也遭水禍，但是官府卻不思賑濟，有錢人更不肯拿錢出來賑災，反倒是許多糧商趁機閉糶，惜糧不售，導致了城內外不少人家被餓死，所以老百姓並不支持官府。
於是在劉耀本率部攻打揚州城四天之後，城中內應趁亂起事，令劉耀本所部攻入西門，揚州城也就此告破，守軍也都聽說了刑天軍優待俘虜的事情，所以城破之後抵抗並不激烈，很快便放下了武器投降了劉耀本，根本沒有像歷史上史可法在南京抵擋清軍時候，發生太過激烈的爭奪戰。
與此同時羅立領兵進抵常州府，常州府抵抗也僅僅兩天時間，城中知府因爲不肯投降被手下一個官吏帶人抓了起來，隨即開城獻降，常州府當即便宣告被破。
這時候刑天軍已經完全有能力數路兵馬分兵行動，對南直隸一帶展開了大規模的進攻行動，但是相較於刑天軍這邊的統一調動，南直隸各處都是在各自爲戰，每每一處遭到刑天軍攻擊的時候，其它地方的官軍只考慮自保的問題，根本不予支援，所以刑天軍很容易便在局部形成優勢兵力，很快攻破城池。
官府在這個時候也已經徹底失去了民心，刑天軍只要所到之處，往往百姓都會立即舉雙手歡迎，掉頭幫着刑天軍攻城拔寨，就連一些守軍也暗中找刑天軍聯絡，刑天軍一到便馬上投降，掉頭便成了刑天軍的人，使得接下來這一個多月時間，刑天軍各部的行動非常之順利，各部分兵進擊，不讓各地官府做任何準備，便勢如破竹一般的連續攻下了滁州、揚州府、常州府、蘇州府、鎮江府、松江府等地，其中滁州、常州、鎮江等地更是幾乎不費吹灰之力，官府和城中守軍便主動開城獻降，其餘的雖然進行了抵抗，但是抵抗也並不激烈，守軍之中有人倒戈一擊，頓時便宣告城破，到了十一月的時候，整個南直隸也僅剩下了東北部的淮安府和寧國府兩府尚沒有被刑天軍所破，但是隻要刑天軍會師北上，這兩地估計也很難堅持多久。
南京被破的消息很快便傳至了京師之中，崇禎聽罷之後當場便哭暈了過去，朝野更是一片哀聲，那些朝臣勳貴們更是一個個如同驚弓之鳥一般惶惶不知所措，到了這個時候誰都知道，大明恐怕是要徹底完了，刑天軍攻下了南直隸之後，朝廷已經失去了最大的財政來源之地和糧食供應的基地，而朝廷可以控制的地域也僅剩下了北方京輔和山東這兩省之地，政令已經無法有效的傳遞到其餘的行省，更不可能再接受到其他行省的支持了，就更不用說是重振起來，將刑天軍給滅掉了。
所以雖然崇禎哭暈過去，也無濟於事，他們只能惶惶然留在京師之中，等待着天下傾覆的這一天的到來了。