9月4日凌晨，重慶市區內槍聲響成一片。反正的第二師第二團，抽調了一個營的兵力由第二師副師長林斌親自率領，對市長官邸發起了攻擊。同時，第二團剩下的部隊，對重慶郊外的叛軍發起了攻擊。裡應外合之下，城外的川西軍三個師的兵力不費吹灰之力就攻入了重慶市區內。
叛軍在這種情況之下，根本就無法和川西軍抗衡。最終，除了極少數人被打死之外，剩餘的人投降。因爲在進攻的時候，川西軍沒有動用重武器，因此對普通百姓的傷害也是微乎其微。
不過，市長官邸處的戰鬥，則比較激烈。市長官邸的衛隊和守衛這裡的第二師警衛連，都算得上是劉文龍和劉祥叔侄的心腹。他們依託市長官邸的建築，架設了重機槍和迫擊炮等，和反正的第二師第二團的一個營頑抗。
不過，戰鬥了幾個小時之後，這些叛軍都被消滅了。重慶市市長劉文龍，也被抓住了。在川西軍抓捕他的時候，他已經得知了劉祥被殺死在臥室內的消息。他想要自殺，但是卻被川西軍的士兵們給救了下來。他們叔侄既然膽敢發動叛亂，那麼，就得接受川西的懲罰。劉祥是死在川西的特種部隊手裡的，而劉文龍，則需要被帶到成都，接受公正的審判。當然，叛國罪在川西，同樣是死罪！
叛亂被平息之後，重慶的民衆無不拍手稱快。川西軍也僅僅只用了十分微小的代價，就得以解決了叛軍。最後統計的數據。在重慶傷亡的士兵和百姓，還沒有叛軍進攻齊江時候的損失大。當然，第二師的損失，則是沒有被計算在內的。
隨後，第二師剩餘的幾千殘兵，也被解除了武裝。他們參與了叛亂，給川西和王毓澤本人，造成了嚴重的損失。至於如何處置，則需要等候王毓澤的決定了。
9月7日，劉文龍以及他們叔侄的家人。都被押解到了成都。雖然，罪不及家人，但劉家那些參與了叛亂的人，同樣需要接受審判。如果情節嚴重的，照樣會按照川西的法律處置。至於那些沒有參與叛亂的人，也會統一安置他們的生活。從今往後，他們估計就得生活在川西的監視當中了。畢竟，王毓澤和不會放心他們，萬一這些人再搞事。或者乾脆來刺殺他或者川西的要員的話，那可就不好收場了。
9月8日上午。在巡閱使府外的廣場上，舉行了對劉文龍的公開審判。劉祥已經死了，就不在審判之列。上萬成都民衆，旁聽了這一次的審判。當法官最後裁決，以叛國罪判處劉文龍死刑，即刻執行之後，旁聽的民衆，都發出了歡呼聲。在他們的眼中，劉文龍就是一個該死的反賊。現在川西能夠有今天。完全是大帥的功勞。大帥剛剛去世，劉文龍叔侄就敢跳出來發動叛亂，簡直是罪該萬死啊！以至於下午劉文龍在被槍決前的遊街的時候，被憤怒的民衆用石塊等，砸的頭破血流，奄奄一息的。而那些警衛們，也沒有阻止。他們同樣對劉文龍恨之入骨。巴不得他被打死。
劉文龍被槍決，意味着這一次叛亂的主犯已經被處死，叛亂也基本平息了。接下來，則是對從犯的審判。以及對叛亂的第二師的處置問題了。前面一個問題非常好解決，交給法院去就可以了。但是第二師如何處置，這個就有些分歧了。
“大帥！第二師第二團雖然參加了叛亂，但他們並未對我們川西軍進行攻擊，也沒有傷害無辜的百姓。並且最後還是因爲他們反正，才使得叛亂很快被平息的。因此，我覺得第二團可以保留，並且以第二團爲主，重建第二師！”熊武發表了自己的意見。
“我倒是認爲，第二師的所有士兵，那些叛亂的士兵，將按照情節的輕重，進行軍法處置。至於第二團，則可以安排他們全部復員。誰也不敢保證，這樣的事還會不會發生！”國防部長蔣興國，發佈了自己的意見。
“我們可以讓軍情局介入，儘量的把那些參與叛亂，並且不是被蠱惑的士兵和軍官挖出來，剩餘的士兵，則保留下來。我們必須充分的考慮到。以現在的形勢，如果強迫第二師的全部官兵都復員的話，會產生多麼大的動盪。這無疑會讓他們失去希望，到時候如果再發生亂子的話，就很難處理了！”熊武解釋道。經過川西的宣傳，全體人民都知道了這件事。很多有親屬在第二師服役的百姓，都被罵的擡不起頭來。如果在發生強制第二師的士兵復員的事，很可能會引起社會的動盪的。
王毓澤皺起了眉頭，如果真是這樣的話，倒不是他希望看到的。
“這樣吧！讓軍情局介入，對第二師的官兵進行仔細的甄別，罪行嚴重的，直接上軍事法庭。罪行比較輕的，則強制復員。剩餘的人，再補充足夠的新兵，打散安排，重建第二師！”王毓澤說道。
“是，大帥！”王毓澤開口了，其他人自然也不會再爭論了。
“另外，針對這一次的叛亂，我發現了一個問題。那就是我們的軍隊體質的僵硬。爲什麼士兵們這麼容易受到劉祥的蠱惑呢？一方面，士兵們普遍的文化程度都不高，不明白事理大義，不知道他們真正效忠的是誰。另外一方面，則是士兵們的觀念的培養還不完善。因此，我提議在軍隊中增設文化教員一職，負責對士兵們進行精神文化方面的教育，要讓他們知道，他們效忠的是誰，不是他們的師長或者旅長，而是川西。這樣的話，下一次如果再發生這樣的事，那些普通士兵們還會受到蠱惑嗎？”王毓澤說道。
這種制度，完全就類似於後世的政治委員制度，可以讓王毓澤更加的容易掌控軍隊。即便將領們想要叛亂，但下面的人不聽他的，他也就沒有辦法了。
“大帥，這個辦法倒是好。不過，猛然要執行的話，我們需要補充大量的文化教員啊！以川西軍現在的規模來看，數量缺口比較大啊！”熊武說道。
“大帥，文化教員主要配置在哪一級？軍銜又該如何設置呢？”蔣興國也問道。國防部成立之後，軍隊的編制問題，已經劃歸國防部這邊負責了。
“文化教員，只需要設置到連和營一級就行了。連一級的文化教員，軍銜爲副連級。營一級的文化教員，軍銜爲副營級。這些文化教員的主要任務，則是教導士兵們識字，明理。同時，要讓士兵們知道效忠的對象，這一點尤爲重要。還有就是培養士兵們打仗不怕犧牲等勇敢作戰的觀念等等。至於缺口，可以在川西各大院校裡面擇優錄取。相信有很多的有志青年，都願意從軍的！”王毓澤說道。當然，他沒有明說，這些文化教員們最重要的任務，則是要教導士兵們要效忠於他了。每一次文化教員在上課的時候，反覆這樣提起的話，自然會在士兵們的心裡形成一個根深蒂固的觀念。這樣的話，叛亂之類的事，應該就再也不會發生了。
熊武、蔡雲和蔣興國等人都點了點頭，他們都知道這樣執行的好處。這樣的話，將提高士兵們對川西，對王毓澤本人的效忠。也將有利於對軍隊的掌控，避免類似的叛亂事件的再發生。
接下來的日子，川西的主流報紙，連篇累牘的介紹川西的叛亂已經被平息了，並且沒有造成嚴重的人員傷亡，同時，爲大部分的第二師的士兵們平反，表明他們只不過是被那些野心家迷惑了而已。同時，號召民衆要團結起來，效忠王毓澤，效忠川西，爲川西的富強而奮鬥。
對於川西如此迅速的就平息了叛亂，也有人感到非常的不爽。滿清、英法俄日四國，無一不是對這一次的叛亂抱有很大的期望的。結果，短短三天的時間，叛亂就被平息了，給川西造成的損失更是微乎其微，這讓他們大爲不滿。但是卻沒有辦法，這件事本來就是他們暗中做的，如果在明面上表現出來的話，他們還生怕川西會因此而找他們的麻煩。
第二師的士兵們的甄別工作也進行的非常順利，在軍情局的介入之下，很多有罪的士兵和軍官們，都受的了應有的懲罰。隨後，在參謀本部的支持之下，第二師進行了重建。第二師師長，也有林斌擔任，軍銜也晉升爲了少將。林斌這個人，還是有一定的能力的。只不過劉祥更加強悍，在劉祥的壓制之下，他纔沒有發揮作用的。第二師的中下級軍官，則全部由教導師和陸軍學院調配，確保這隻部隊不會纔出現類似的事件。
川西大規模的實行文化教員制度，在每一個連和營，都配置了文化教員，不僅僅提高了士兵們的文化，更加讓他們樹立了對大帥，對川西效忠的觀念，進一步的杜絕了出現叛亂的可能。
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