天漸要亮時明軍才發現他們處於海上的一場風暴之中，這時明軍已經有數十艘船隻傾覆了，海面上漂浮着大量的碎散的雜物，明軍的陣型也變得凌亂不堪，上百艘船被吹得緊挨在一起，體型較小的船隻抗風能力要差上許多，這時在海面上左搖右晃，搖擺不定，船隻尚且如此，更別提船上的人了，水軍將士已經吐得一塌糊塗，陸軍士兵更是站立不穩，狂吐不止，更有幾百名士兵抓持不牢從搖晃的船隻上跌進了海里。
鄭成功倒吸一口涼氣，這場風暴是從正東方過來的，若是昨夜他不下令停船的話，後半夜裡明軍的船隊就會正好駛進風暴的中心，而不是像現在這樣只是在風暴的邊緣了。
鄭成功從小就在海上打拼，航海經驗豐富，他見風暴漸漸向着東北方向去了，於是暫時不急着起錨航行，而是傳下命令讓各船統計一下損傷情況。
風力在緩慢減小，這時候雨勢卻越來越大，漸漸成了瓢潑大雨，落下的雨滴密密麻麻將視線都變得模糊起來，項玉心裡十分着急，船隊剛剛遭受一場風暴，許多船體受損嚴重，這個時候再來一場大雨，不只是船上的人員受不了，就連這些船隻也經受不住。
鄭成功看了一眼正東方，這正是他們的航行方向，遠處的雨勢似乎要比這邊小上一些，他於是下令船隊起錨向東前行。
這個時候明軍很多船隻的船帆都因爲之前的大風收了起來，這個時候海上的風力依舊十分強勁，這就意味着船隊不能使用風帆了，水手們只好紛紛跑到船艙下層，打開水線附近的艙板，伸出船槳，開始用力划槳，海上這時波浪很大，許多船槳一伸出去就被攪斷了，海水也從船槳伸出去的開口處往船艙裡面灌進來，水手們知道這樣下去船隻會撐不住，只好又關上了艙口，將艙底裡面進的水都舀出去。
明軍船隻移動不了，只好再次放下船側的錨。
明軍被困在海上整整兩天的時間，知道風暴過去，驟雨停歇，士兵和工匠們纔開始出來檢修船隻，不久之後這一次風暴的損失的統計報告便遞交到了鄭成功的面前。
明軍在這場風暴中一共損失了一百五十多條船隻，主要是體型較小的裝運物資的後勤船隻，運兵船和水軍的戰船損失比較輕微，但是人員的損失也是十分慘重，一共有超過六千名士兵和船員失蹤或者死亡。
鄭成功看着這份報告，不由得想起了北伐的時候船隊在吳淞口遭遇的那場風暴，一樣是損失慘重，甚至是自己的兒子都慘遭不幸，而且那一次的北伐之徵是失敗了的，這讓他不僅聯想到這一次的出征臺灣，一時悲慟不已，噴出了一口鮮血。親兵和身旁的將領一看，紛紛急着將他扶進船艙，又忙着去找大夫過來給他把脈，一時亂成一片。
項玉自然是不知道這些事情的，他這時在船隊中間的一條運兵船上面，這條運兵船比較大，在這次風暴中損失不大，即便如此，船上的陸軍士兵這時都雙腿無力，面色慘白的躺在船艙的各處空地，項玉的軍隊士兵被分成了兩批，上了兩艘運兵船，一共四百五十人，董江的士兵並沒有來。
此時船艙中躺倒的士兵正是項玉的士兵，他自己也好不到哪裡去，整整兩天的時間，他跟大部分的士兵一樣都是暈船暈的厲害，兩天時間項玉就瘦了一大圈，這時正有氣無力的坐在甲板上，望着遠處的海面出神。
船艙裡面有一股很難聞的氣味，項玉不想呆在船艙內，所以才掙扎着出來了，這時外面的風雨已經停歇了下來，海面上風平浪靜一片祥和。
船上的船工們正在忙着檢修船帆和各處艙室，船隊附近的海面上有十幾艘小船正在打撈海面上漂浮的物品，這裡面也有船員和士兵們的屍身。
項玉帶來的四百人中也有二十多名士兵落水，之前風雨交加的沒辦法搜救，這個時候再去搜尋顯然已經遲了，他這時看向東方，東面就是此行的目的地臺灣的方向，只不過這個時候還是什麼都看不到，項玉知道歷史上鄭成功出征臺灣損失了接近一萬名將士，卻沒想到船隊還沒到澎湖就遭遇了這麼慘重的損失。
張聰這時走上來，站在項玉身後，項玉回頭看了他一眼，臉上擠出了一絲笑容：“他的燒退了嗎？”
“退了，大夫說已經不要緊了，只不過脫水有點嚴重，我已經安排了人經常給他喂水。”張聰顯然知道他的心事，於是將自己的安排全部說了出來。
項玉“嗯”了一聲，便不再說話，士兵中有很多人都因爲暈船暈的厲害因此吐的一塌糊塗，因爲吐得厲害所以這兩天幾乎都沒有進食，所以有很多人都出現了脫水的症狀，這其中以劉陽最爲厲害，他年紀較小，又是內陸長大的，根本就沒沒怎麼坐過船，因此暈船暈的十分厲害，從昨天開始就發起燒來，脫水加上發燒一下子就病倒了，項玉常聽人說體格強健的人生起病來更加厲害，這話用在劉陽的身上確實是十分適用，整整一天他都高燒不退，大夫們也沒有什麼辦法，只能吃藥，中藥見效又比較慢，所以昨天一天症狀都沒有改善，好在今天燒退了，不然可就真的危險了。
這一天船隊都沒有前進，到了傍晚時分，明軍將士紛紛走出船艙來到甲板上，經過一天的休憩，大多數人的暈船現象都要好轉了一些了。
鄭成功這時也悠悠醒轉過來，幾名將領見他終於醒了過來，臉上的愁雲這才散去了一些。
“我睡了多久了？”鄭成功發現自己躺在牀上，身邊圍着好幾個大夫和心腹將領，大家又都是一臉的擔憂，這纔想起自己之前好像是暈過去了。
“王爺，您睡了有五個時辰了！”一名將領回答道，他不敢直接說出鄭成功吐血暈過去的事，婉轉的說他只是睡過去了。