躲在浙江的耿繼茂見到中華軍以雷霆之勢擊敗了吳三桂的二十萬大軍，而且這個時候已經拿下了整個廣東，就已經意識到了自己將會成爲中華軍的下一個目標了，於是連連向清廷上書，請求歸降，讓江北的清軍接納他們。
而這個時候清廷也沒有料到南方的戰局竟然進展的這麼快，這纔多長的時間啊，中華軍就已經橫掃了幾大勢力，就連吳三桂都在廣州城下戰死了，南方雖說還有兩個藩王，但是也都是苟延殘喘，支持不了幾天，因此朝堂之上對提出這個建議的范文程也大肆討伐，范文程本來就是四朝元老，這個時候年齡又大，身體也不好，被下面的這羣人一起，兩腿一蹬，就死了，這下子那些討伐他的大臣自己也傻眼了，雖說范文程出了一個餿主意，但是至少他能夠拿出一些辦法，這個時候他死了，南方的這種局面該由誰去收場啊。
這個時候滿朝的文武大臣都將目光投向了鰲拜的身上，他是滿清的第一勇士，這個時候又掌握着大清最多的軍隊，是不折不扣的實權人物，眼下這種危急的局面，也只有他能化解大清朝的險境了。
今天鰲拜一點都不想離開京城，因爲一旦他離開的話，保皇派的那些人肯定會趁機在宮內宮外朝堂之上培植自己的勢力，打壓他的黨羽，這還不算，依照着之前清軍對中華軍的作戰經歷來看的話，即便是他親自掛帥，也未必見得一定會比其他人要好。打勝了還好說。要是一旦戰敗。那麼將是對他的威望和實力的雙重打擊，到那個時候，那些一直就跟他作對的人肯定會趁機對他發難，所以鰲拜不肯上前線。
不過這個時候即便是你不願意去，滿朝的文武大臣都指望着你，任你再怎麼推辭也絲毫沒用，再加上小皇帝也一直言辭懇切的請他出馬，要是再三拒絕的話。勢必會給人留下把柄，說他目無君主、蠻橫無理，鰲拜無奈，只能接受了南征的主帥一職。
九月二十五號清廷正式任命，十月十號大軍從北京出發。
鰲拜雖然頂着一個南征主帥的名頭，但是朝廷之上誰都不指望他能夠將中華軍擊敗或者趕跑，只是希望他能夠憑藉着豐富的作戰經驗，保住朝廷辛辛苦苦組建的江北防線，不要你安定南方，至少要保住北方不再淪喪。
不過即便是清廷派出了大軍南下。項玉這邊卻一點都不擔心，因爲中華軍在北京城的眼線早已經清軍的作戰意圖打聽的一清二楚了。所以項玉也不着急，這個時候準備召回張聰和他的軍隊，好讓他率軍北上，拿下耿繼茂的半個浙江和半個江蘇，只要將他們解決掉，那麼江南的局勢就算是徹底的平靜下來了。
這個時候經過一個多月的休整，趙登明的大軍已經進入了雲南，正準備對昆明城發動進攻，滇軍目前幾乎將所有的兵力都集中在了昆明城中，準備進行垂死掙扎了。
望着昆明的城牆，趙登明有點錯愕，三個月前他的軍隊還在廣州城內參與守城，那個時候誰能想到風頭正盛的滇軍會敗退的這麼快，只用了一場大戰，攻守的雙方就調換了，從滇軍進攻中華軍防守變成了滇軍防守中華軍進攻了。
不過眼前這座城將是南方最後的一座城市了，只要拿下它，那麼整個南方將再無戰事了。
面對着中華軍的三萬大軍攻城，胡國柱和夏國相幾乎將城中所有的青壯年都強徵入伍，讓他們參與守城了，只是這些百姓哪裡經歷過戰爭，一登上城牆，見到中華軍擺下的殺氣騰騰的陣勢，自己就把自己給嚇住了，哪裡還能指望他們發揮什麼作用。
趙登明讓人給守軍送信，勸他們投降，中華軍保證不傷害他們的生命，只是吳世番年紀雖幼，但是卻很有骨氣，他將自己的祖父的死全都怪罪在中華軍的頭上，所以根本就不考慮投降的事情，表示要死戰到底。
既然勸降無效，趙登明也不再勉強，於是中華軍就開始進攻昆明瞭，這一戰對於中華軍來說幾乎沒有什麼難度，城中的守軍這個時候不僅裝備低劣，士氣低落，而且他們在人數上都不佔優勢，在中華軍的猛烈火力的進攻之下，昆明的城牆和幾處城門很快就被攻破了，而城內的守軍大部分都投降了，吳世番原本抵死不降，卻被夏國相硬生生的拖着走了，不過還不等他們逃出城就被中華軍士兵追上了，吳世番和夏國相兩人都死在了亂軍之中，而胡國柱則帶着三千多人的軍隊向南突圍，逃出了國境線，跑到了緬甸去了。
昆明一戰之後，整個南方就全都被中華軍收入囊中了，而張聰這邊的三萬軍隊也很快就打到了杭州城下，耿繼茂悲憤交加，死在了城中，而他的兒子耿精忠則帶着一部分敗軍度過了長江，向清廷投降了，他們本來就是清朝的臣子，這個時候向清軍投降指望他們能夠保護自己的安全，不想因爲這個時候他們毫無利用的價值，所以清軍將他們幾個人軟禁了起來，軍隊編入清軍自己的隊伍之中，至此，南方的三藩就徹底的滅亡了，華夏大地上開始面臨南北對峙的局面了。
在佔領了南方九省之後，中華軍暫時收兵罷戰，並不是項玉不想一鼓作氣的統一全國，而是因爲在這之前，軍隊輾轉征戰多時，士兵們都已經疲憊不堪，加上之前的連續作戰，使得軍中的物資這個時候面臨一個短缺的局面，即便是各地的軍工廠趕工加點的進行生產，也已經跟不上前線軍隊的戰鬥消耗了。
在熱兵器時代，作戰對後勤的依賴要遠大於冷兵器時代，光是士兵的武器彈藥的消耗數字就已經十分驚人了。
不過趁着這段時間，各地剛好將土地清查清楚，將原先個藩王及其大臣們罷戰的土地全部清理出來，這些土地都是需要用來安置這個時候遍佈各地的難民時候用的。
這個時候，除了四川貴州這兩個地方沒有經歷過大的戰事意外，包括湖南、江西、廣東在內的好幾個省份都是一片焦土，戰亂、匪患、流寇的襲擾使得這些地方的生產活動遭受極大的破壞，項玉之所以不敢急着對江北的清軍發動進攻，跟這個情況也有很大的關係。
南方的幾個省份目前需要安置的流民人數多達數百萬，這些人需要馬上的安定下來，不然的話很容易造成嚮明朝末年那樣的情況，到時候只怕局勢會變得更加複雜。
不過好在這個時候中華軍的手中有大量的糧食，所以能夠順利的將他們送回原先居住的地方，再將被收繳的土地進行分配，這些人也不難安置下來，不過要想對北方用兵，那必須等到這些地方的農民將農作物全部種下去以後才行，不然的話大量的糧食一旦被消耗，第二年在糧食還沒有收穫之前，中華軍的處境就很微妙了。
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